热点基因集：中性粒细胞相关genes signatures分享

生信技能树

发布于 2025-11-20 12:02:10

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最近我们整了很多热点相关的基因集，收藏在专辑《热点基因集专辑》，已经有下面这么多了，后续还会不断地更新，欢迎关注：

今天分享一个来自发表在Cancer Cell 杂志（IF=48.8）上的文献，于2022年12月12日发表，标题为《High-resolution single-cell atlas reveals diversity and plasticity of tissue-resident neutrophils in non-small cell lung cancer》。里面提到的与中性粒细胞相关的两个基因集。

Neutrophil 基因集介绍

这几个基因集是做这通过对bulk RNA-seq数据进行解卷积，得到的。在文献中的应用就是下面的图片中的各种打分了。

TRN signature：tissue-resident neutrophil，组织驻留型中性粒细胞，特指那些长期驻留（而不仅仅是募集）在特定组织（如肿瘤组织、黏膜组织等）中的中性粒细胞亚群。是 NANs 和 TANs 两种signature的合并。

NANs signature：normal adjacent tissue-associated neutrophils，癌旁正常组织相关中性粒细胞

TANs signature：tumor-associated neutrophils，肿瘤相关中性粒细胞

这些TRN特征基因的表达在不同的TRN亚群中具有异质性（图6H）
TRN基因特征与抗PD-L1治疗失败相关（图6I）
TRN特征的预后效益在抗PD-L1治疗组中显著（图6J），但在多西他赛化疗组中不显著（图6K）

对应的基因

文章分享了这三个基因集在附表中，给的又是一个pdf文件（为什么表格总是要放在pdf里面呢？）：

上一次整理基因集一列一列截图搞得，今天想了一下可以这样：用DeepSeek提取，指令如下

按列提取出来图片中的基因，生成一个Rlist对象，第一行作为名称，然后要自己检查一下生成的结果对不对：

# 创建Rlist对象
gene_signatures <- list(
  TRN = c("AG04", "ARG1", "CCR3", "CCRL2", "CYP4F3", "DDIT3", "ERGIC1", "FLOT1", 
          "FLOT2", "FRAT2", "HIF1A", "IRAK2", "LRP10", "MAFF", "MAP1LC3B2", 
          "MCOLN1", "MGAM", "MMP25", "MSRB1", "NBN", "NDEL1", "NFE2", "NOD2", 
          "PADI4", "PBX2", "PHOSPHO1", "PI3", "PLAU", "PPIF", "RASGRP4", 
          "REPS2", "SULT1B1", "TGM3", "TOM1", "TSEN34", "UBR5-AS1", "XKR8", "ZNF267"),

  NAN = c("AG04", "ARG1", "CYP4F3", "ERGIC1", "FLOT2", "FRAT2", "LRP10", "MGAM", 
          "MMP25", "MSRB1", "NDEL1", "NFE2", "PADI4", "PBX2", "PHOSPHO1", 
          "RASGRP4", "REPS2", "SULT1B1", "TSEN34", "XKR8"),

  TAN = c("CCR3", "CCRL2", "DDIT3", "FLOT1", "HIF1A", "IRAK2", "MAFF", "MAP1LC3B2", 
          "MCOLN1", "NBN", "NOD2", "PI3", "PLAU", "PPIF", "TGM3", "TOM1", 
          "UBR5-AS1", "ZNF267")
)

# 检查结果
str(gene_signatures)