探索SLE：从ABCportal网站在线分析系统性红斑狼疮患者外周血单细胞数据

三兔测序学社

发布于 2026-01-05 10:37:10

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前言：

ABC Portal 是一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库（http://abc.sklehabc.com）‌，旨在为血液学和免疫学研究提供交互式分析工具。该数据库由‌中国医学科学院血液病研究所‌团队开发，收录了大量人类和小鼠的单细胞数据集，涵盖正常造血发育和多种血液疾病状态。‌

‌数据库内容与功能：‌ ABC Portal 整合了 ‌198 个单细胞转录组数据集‌（包括 122 个人类和 76 个小鼠数据集），来源涉及骨髓、外周血、脐带血等造血组织，数据类型包括正常造血发育和 12 种血液疾病（如急性髓系白血病、淋巴瘤等）以及炎症和感染相关研究。所有数据均通过统一的分析管道处理，并提供人工矫正后的细胞类型注释，便于跨数据集比较。

核心功能模块包括：

‌UMAP可视化模块‌：支持多级细胞注释（原始注释与统一注释切换）和基因表达可视化（如小提琴图），可用于探索细胞异质性或恶性细胞特征。 ‌表达分析模块‌：允许用户查询特定基因签名或血液疾病相关基因集（如“AML LSC+基因”）的表达水平，并进行样本间比较。 ‌交互式筛选工具‌：用户可根据物种、组织来源、疾病状态等条件自定义筛选数据子集，并支持跨数据集的对比分析。‌

实战步骤

步骤1：进入ABC portal网址，在【Search】界面Disease栏选择 Systemic lupus erythematosus.然后出现一个数据集，只有一个-GSE96583，出现相关基本信息。点击数据集ID，跳转页面进入分析界面。

SLE患者不同细胞类型基因表达分析

步骤2：在分析界面有各种参数，主要看Results界面：UMAP模块中，可以对不同细胞类型进行基因表达分析。

步骤3.在Expression of selected gene 中输入目标基因IFI44L，可以在2所在下面查看SLE患者中IFI44L在不同细胞亚群中的表达情况。然后可以在3处只选择CD4+T细胞查看

步骤5.可以挑选感兴趣的细胞亚群，查看UMAP中所在区域是哪里。

步骤6.查看不同样本中细胞亚群绝对数量与相对比例。

功能基因集在SLE 患者细胞亚群中的富集分析

步骤7：功能基因集在SLE 患者细胞亚群中的表达情况。在Signature Expression模块，我们首先在上方Filter过滤模块所有样本，点击submit。不选择就默认全部样本。然后在不同基因功能数据集来源中，选择Reactome pathway，选择感兴趣的通路。先在7所处位置选择比较类型是样本间比较，然后选择目的cell type.点击提交。