ABC Portal :一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库

总结

ABC Portal 是一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库（http://abc.sklehabc.com）‌，旨在为血液学和免疫学研究提供交互式分析工具。该数据库由‌中国医学科学院血液病研究所‌团队开发，收录了大量人类和小鼠的单细胞数据集，涵盖正常造血发育和多种血液疾病状态。‌ ‌数据库内容与功能：‌ ABC Portal 整合了 ‌198 个单细胞转录组数据集‌（包括 122 个人类和 76 个小鼠数据集），来源涉及骨髓、外周血、脐带血等造血组织，数据类型包括正常造血发育和 12 种血液疾病（如急性髓系白血病、淋巴瘤等）以及炎症和感染相关研究。所有数据均通过统一的分析管道处理，并提供人工矫正后的细胞类型注释，便于跨数据集比较。核心功能模块包括：

‌UMAP可视化模块‌：支持多级细胞注释（原始注释与统一注释切换）和基因表达可视化（如小提琴图），可用于探索细胞异质性或恶性细胞特征。 ‌表达分析模块‌：允许用户查询特定基因签名或血液疾病相关基因集（如“AML LSC+基因”）的表达水平，并进行样本间比较。 ‌交互式筛选工具‌：用户可根据物种、组织来源、疾病状态等条件自定义筛选数据子集，并支持跨数据集的对比分析。‌ ‌应用与价值：‌ 该数据库为研究血液细胞分化轨迹、疾病机制及药物反应提供了高效的数据资源，例如可用于揭示白血病干细胞相关基因的表达特征或比较不同疾病亚型的细胞组成。其设计注重易用性，通过网页界面简化复杂数据分析流程，适用于血液学、免疫学及转化医学领域的研究人员。

样本选择与筛选功能

ABC 门户支持按物种、组织来源、疾病和出版物搜索数据集。

ABC门户的一个重要特点是，针对数据集的特定筛选器及其组合可实现自定义样本选择与再分析。例如，用户可从B-ALL样本中选取经流式细胞术分选的CD45+细胞，以进行后续分析与比较。

可以使用“+ 添加”按钮有选择地添加数据集专用筛选器。

样本筛选器的不同组合，包括组织类型、患者表型、流式细胞术分群及治疗方案，均可恢复并应用于所有分析模块。

2.应用模块

UMAP模块

本模块包含两项探索功能。一项功能是多层级细胞注释，包括原始样本信息、原始细胞类型注释（如可用）、统一的细胞类型注释以及恶性程度。

用户可借助滑块按钮轻松切换原始标注与统一标注。

我们提供一个开关按钮，用于显示恶性细胞的可能细胞类型，方便用户探索恶性细胞的特征与异质性。

另一项功能是通过UMAP和小提琴图可视化基因表达。

还可以针对特定细胞类型、不同细胞类型或不同恶性程度的样本之间比较基因表达。

组成模块

该模块显示每个样本或每位患者的细胞组成。可比较不同样本之间的细胞组成差异。

特征表达模块

此模块显示所选特征中基因的缩放表达值。除了KEGG通路外，我们还从文献中收集了15个与血液疾病相关的基因集，以方便用户进行分析，例如“AML LSC+ 基因”特征。

此模块允许在选定细胞类型中的不同患者之间，或在不同细胞类型之间比较特征表达，从而揭示患者间的特征差异或细胞类型间的特征富集情况。用户还可选择若干感兴趣的细胞类型或样本进行查看。

配体-受体网络模块

“LR网络”模块展示了选定细胞类型的预测配体-受体网络。该模块包含三个级别的LR分析：LR网络、LR配对强度和LR基因表达。

对于“LR网络”，用户可通过筛选边的强度或更改网络布局，来自定义和探索LR网络。

对于“LR配对强度”，用户可通过切换分析类型，探索选定细胞类型与其他细胞类型之间LR相互作用配对的强度。这些相互作用配对的方向是从配体指向受体，强度图按方向分为两类。

“LR基因表达”显示配体和受体基因的表达水平。

3.跨数据集比较

ABC门户提供了一种便捷的工具，用于跨数据集比较。在‘比较’页面下，用户可选择多个数据集，以比较不同样本间的细胞组成和基因表达。

可比较并突出显示每个样本中每种细胞类型的细胞计数和比例。

可在感兴趣的细胞类型中比较各样本的基因表达。