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问所有clusters均表达血管平滑肌的成熟marker（包括免疫细胞，内皮细胞，成纤维细胞）？

提问于 2022-01-09 15:04:38

回答 1关注 0查看 313

全血管的单细胞测序进行数据分析时发现在所有clusters均表达血管平滑肌的成熟marker（包括免疫细胞，内皮细胞，成纤维细胞等等），为什么？

数据分析

回答 1

EatRice

修改于 2022-01-10 08:35:03

可能是分类有问题。确定不同类型的细胞在各项分类参数上存在一定的差异。

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单细胞转录组绘制肺癌图谱

肺癌是一种异质性疾病，包括不同的组织病理学亚型。除了腺癌和鳞状细胞癌外，2021 年 WHO 分类还包含肺神经内分泌肿瘤 (NEN) 类别。其中包括高级别神经内分泌癌 (NEC)、小细胞肺癌 (SCLC) 和大细胞神经内分泌癌 (LCNEC) 以及肺的低级别和中级别神经内分泌肿瘤 (NET)，也分别称为典型类癌和非典型类癌。

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单细胞 RNA 测序揭示动脉瘤性肾下腹主动脉的细胞异质性

腹主动脉瘤 (AAA) 是一种危及生命的心血管疾病，其特征是与正常直径相比，动脉壁永久性扩张 50% 或更多。AAA 的主要病理特征包括细胞外基质 (ECM) 降解, 内侧收缩血管平滑肌细胞 (VSMC) 丢失, 以及外膜和中膜中的免疫细胞浸润和活化，所有这些都会加重血管重塑和主动脉壁的弱化。

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2022/03/14

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单细胞测序绘制正常与畸形的人脑血管图谱

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脑血管系统提供营养并调节神经功能所必需的血液交换。多种细胞类型（包括内皮细胞、周细胞、平滑肌细胞和血管周围成纤维细胞）之间的协调通讯为动脉、毛细血管和静脉的功能特化提供了基础。细胞功能障碍会导致脑血管疾病，这是导致死亡和残疾的主要原因。然而目前缺乏全面的人脑脑血管细胞图谱。

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2023/02/10

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Nat Genetics|单细胞、单核、VDJ、空间构建肺全图谱和免疫生态位

数据分析

肺脏除了拥有气体交换功能外，还具有重要的屏障功能，对人体健康至关重要。肺脏功能异常可引起肺部疾病。目前，肺部疾病在全球死亡原因中排名第三，全面了解界定肺功能的细胞和微环境对于治疗肺部疾病十分重要。

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2023/07/10

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不同人群冠脉中血管生理相关细胞分型的单细胞转录图谱

研究：从3例心脏移植患者中取正常血管（3条主动脉、2条肺动脉、9条冠状动脉）做单细胞测序分析细胞异质性。聚类结果显示有25簇细胞群统计为10类，其中血管平滑肌细胞最多。对比不同动脉细胞组成，发现了一些血管特异性平滑肌细胞及成纤维细胞亚群。正常情况下血管平滑肌及成纤维细胞之间交流密切。动脉粥样硬化相关基因在内皮细胞和巨噬细胞中富集、内皮细胞与免疫细胞间的联系在动脉粥样硬化中增强。ICAM1/VCAM1和ITGB2之间相互作用可能是动脉粥样硬化的重要机制。

生信技能树jimmy

2023/02/10

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Science: 小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标

cell marker na

昨天Science文章背靠背揭示癌症中细胞感应氧气的新机制一文从表观水平分析了细胞中组蛋白修饰如何感知环境变化而发生不同的调控机制。

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单细胞测序构建糖尿病足溃疡图谱

糖尿病足溃疡 (DFU) 是糖尿病的一种严重并发症，其发病机制还不清楚。本文使用单细胞转录组对患者足部、前臂和外周血单核细胞的 174,962 个单细胞进行分析，发现在一个特殊的成纤维细胞群中存在一些基因的过表达：MMP1、MMP3、MMP11、HIF1A、CHI3L1和TNFAIP6。并且伤口愈合的 DFU 患者的 M1 巨噬细胞增加。空间转录组学分析表明，与未损伤或伤口边缘的皮肤相比，这些愈合相关的成纤维细胞更倾向于分布在伤口床（wound bed）。M1巨噬细胞和M2巨噬细胞分别在治疗者和非治疗者中有较高的细胞丰度。本文确定了可能对DFU愈合有效的重要细胞类型，为其治疗提供新方法。

生信技能树jimmy

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单细胞转录组揭示了人类角膜的异质性

健康的角膜是一种透明且无血管的组织，它允许光线进入眼睛。它由五层组成：上皮、鲍曼层、基质、后弹力膜和内皮，其结构和透明度的维持取决于每一层的不同类型细胞的功能。本文对从八个健康供体角膜中分离出的 19,472 个细胞进行了单细胞转录组分析，提供了健康人类角膜的图谱，确定了在维持角膜稳态中具有不同作用的亚群。

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2022/06/13

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Bulk和scRNA-seq的综合分析揭示与心力衰竭相关的细胞类型

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心力衰竭(HF)是一种慢性进行性综合症，死亡率很高。HF是一种严重的心功能障碍，其特征是射血功能或心室充盈功能受损，或两者兼而有之。心衰给卫生保健系统带来了相当大的负担，而且发病率的上升与多种因素有关：年龄、肥胖、高血压、糖尿病、缺血性心脏病、合并症、遗传、环境等，使其难以预测。

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单细胞测序获得人类肺的分子细胞图谱

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在单个器官中系统地识别和定位所有的分子细胞类型，以建立一个完整的分子细胞图谱很困难。该研究使用scRNA-seq，对所有肺组织间室和循环血液中的约75,000个人类细胞进行测序，定义了人类肺部58个细胞群的基因表达谱和解剖位置。通过比较人类和小鼠的数据，揭示了细胞类型及特异性表达基因在器官进化过程中的广泛可塑性。

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【单细胞文献解读】肺癌微环境中的基质细胞图谱

marker

肺癌是人类肿瘤的头号杀手。虽然近年来靶向治疗和免疫治疗取得了突破性进展，但患者仍会出现耐药、免疫治疗无效等情况。在单细胞水平上研究可以精确了解患者体内、以及患者间的异质性，提高细胞差异性研究的分辨率，帮助更好指导治疗。

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人类胸腺发育的细胞图谱揭示了T细胞组库的形成

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INTRODUCTION：胸腺（thymus）是 T 细胞发育和 T 细胞受体（T cell receptor, TCR）组库形成的重要器官，塑造了机体的适应性免疫。T 细胞的胸腺内发育有空间协调性，受胸腺微环境（thymic microenvironment）多种细胞类型的精细调节。尽管胸腺在多种动物模型中被广泛研究，目前尚缺少一份完整的人类胸腺图谱帮助我们理解人体免疫系统。

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人类远端肺部气道细胞图谱绘制

bmp

人类疾病通常呈现异常的细胞类型或细胞状态。单细胞技术的发展可以在单细胞分析率下全面绘制复杂组织的分子特征。到目前为止，大多数肺细胞图谱研究都依赖于活检样本或支气管冲洗得到的解离细胞。但这不能代表整个肺部，人类远端气道的综合图谱依然缺乏，其中就包括了与呼吸道疾病有关的终末细支气管和呼吸道细支气管(TRB)。本文用空间转录组学和单细胞转录组测序技术构建了人类远端气道的精细图谱，确定了不同的TRB细胞类型以及分子特征。

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子宫腺肌病在位内膜和异位病灶的单细胞转录组分析

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背景子宫腺肌病（Adenomyosis，AM）作为常见的妇科慢性良性疾病，其精确的发病机理尚不清楚。单细胞RNA测序（Single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）能够发现罕见的细胞亚群，探索其遗传学和功能的异质性，并揭示每个细胞的独特性，让我们能从更为详细和微观的方面解释生物学问题。作者利用scRNA-seq鉴定了AM中在位内膜（Eutopic endometrium，EM）和异位病灶（Ectopic lesions，EC）的基因表达模式，并探索了AM的潜在发病机制。

生信技能树jimmy

2021/05/18

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人类食管癌肿瘤微环境细胞亚群细分

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结果：文章研究了128个体的单细胞转录组的ESCC肿瘤的组成。从恶性上皮细胞中确定了8个常见的表达程序并进行定义，并分析了癌细胞与其他细胞之间的相互作用以及TME中不同细胞类型之间的相互作用。还确定了一些与患者生存显著相关的几种标志物，这可能与ESCC患者的预后有关。

生信技能树

2023/02/27

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【单细胞文献解读】前列腺癌进展的细胞亚群和生物标记物

前列腺癌位居男性发病率的第二位。从单细胞水平上了解前列腺癌患者的异质性和肿瘤微环境，可以了解疾病的发生和进展，也有助于筛选新型标记物并指导治疗。

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Nature子刊！肺癌四个阶段的单细胞转录图谱！

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今天小编为大家带来一篇NC的单细胞经典范例文章，作者使用单细胞测序揭示了肺腺癌进展的四个阶段中细胞和分子水平的变化。文章题目为Deciphering cell lineage specification of human lung adenocarcinoma with single-cell RNA sequencing，上周刚刚发表。

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【单细胞文献解读】转移性肺腺癌的异质性及动态变化

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远端转移是肺癌致死的主要原因。理解转移性肺癌的肿瘤微环境动态变化，可以揭示肿瘤诱导的免疫改变，有助于探索新的免疫治疗策略。

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Science | The Tabula Sapiens：人类的多器官、单细胞转录组图谱

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今天我们介绍由Tabula Sapiens联盟发表在Science上的工作，该工作创建了一个人类参考图谱，包括来自24种不同组织和器官的近50万个细胞。该图谱使得400多种细胞类型的分子特征、它们在组织中的分布以及基因表达的组织特异性变异成为可能。

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