首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >问答首页 >单细胞分析seurat完成后,如何提取多样本数据集data?

单细胞分析seurat完成后,如何提取多样本数据集data?

提问于 2024-11-21 16:24:42
回答 0关注 0查看 45

单细胞分析后,构建了seurat对象,使用的是多样本数据,想要提取data做cellchat分析,但是data按样本分开了,想问如何全部提取合并?

回答

成为首答用户。去 写回答
相关文章
Seurat 4.0 || 单细胞BMNC多模态参考数据集
Seurat 4.0 || 您的单细胞数据分析工具箱上新啦 Seurat 4.0 || 单细胞多模态数据整合算法WNN Seurat 4.0 || 分析scRNA和膜蛋白数据 Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据 Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集
生信技能树jimmy
2020/11/09
1.2K0
Seurat 4.0 || 单细胞BMNC多模态参考数据集
Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集
Seurat 4.0 ||您的单细胞数据分析工具箱上新啦 Seurat 4.0 ||单细胞多模态数据整合算法WNN Seurat 4.0 || 分析scRNA和膜蛋白数据 Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据
生信技能树jimmy
2020/11/09
3K1
Seurat 4.0 || 单细胞PBMC多模态参考数据集
seurat包分析多组对比单细胞数据
library(Seurat) #import data #C_data T_data 为要分析的data.frame Control<-CreateSeuratObject(counts =C_data,min.cells = 5, min.features = 10,project = "control") Treat<-CreateSeuratObject(counts =T_data,min.cells = 5, min.features = 10,project = "treat") #将多个数
生信编程日常
2020/04/01
1.5K0
单细胞转录组高级分析一:多样本合并与批次校正
实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的单细胞数据如何合并在一起,是否需要校正批次效应呢?先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应:
生信技能树jimmy
2020/09/04
38.6K8
单细胞转录组高级分析一:多样本合并与批次校正
单细胞分析一 下载数据,加载Seurat 包
参考教程:单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
用户11173986
2024/06/20
1.2K0
单细胞转录组 | 使用SingleR进行细胞亚群自动注释
上一期我们介绍了如何人工进行亚群注释,本期我们来介绍单细胞转录组数据的自动注释方法:SingleR。
生信real
2022/12/20
5.1K1
单细胞转录组 | 使用SingleR进行细胞亚群自动注释
单细胞分析十八般武艺3:fastMNN
单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 重温seurat官方教程
生信技能树jimmy
2021/04/16
7.2K0
单细胞分析十八般武艺3:fastMNN
单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略
随着单细胞技术的成熟,单细胞数据分析往往不再是单个组织样本,这有时候在计算(资源与时间)上是一个挑战。为此,Seurat也提供了可以探索的并行策略。鉴于入门单细胞数据分析的同事大多不是计算机出身,我们借助知乎的回答来解释一下什么是并行:
生信技能树jimmy
2020/06/23
3.8K0
使用cytoTRACE评估不同单细胞亚群的分化潜能
感兴趣的可以自己去阅读该文章:《Dynamic transcriptional reprogramming leads to immunotherapeutic vulnerabilities in myeloma》
生信技能树
2022/07/26
4.6K0
使用cytoTRACE评估不同单细胞亚群的分化潜能
scanpy和Seurat单细胞分析对比
尝试把曾老师的单细胞seurat分析的代码转换成scanpy版本的,包括样品读取,质控,harmony去除批次效应,降维聚类,marker鉴定。
生信技能树
2023/11/16
1.8K0
scanpy和Seurat单细胞分析对比
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候,用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤,了解 Seurat 包的各种功能。比如我们经常使用的是pbmc3k这个数据集:
生信技能树
2023/12/05
1.2K0
它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
单细胞转录组整合分析——seurat包
该包于去年新推出了整合功能。文章19年6月份发表于cell杂志,原文题目为:Comprehensive Integration of Single-Cell Data 被引量超过300次
生信菜鸟团
2020/03/30
2.1K0
单细胞分析工具--ECAUGT提取hECA数据
首先可根据表型信息(meta.data)筛选目标细胞群,常用的两个条件是器官(organ)与细胞(cell_type)类型
生信技能树jimmy
2023/02/16
3520
单细胞分析工具--ECAUGT提取hECA数据
单细胞Seurat - 数据处理 (2)
从数据集中删除不需要的细胞后,下一步是数据标准化。默认情况下,我们采用全局缩放标准化方法“LogNormalize”,该方法将每个单元格的特征表达测量值标准化为总表达,将其乘以比例因子(默认为 10,000),并对结果进行对数转换。在 Seurat v5 中,标准化值存储在 pbmc[["RNA"]]$data 中。
数据科学工厂
2024/02/22
3770
单细胞Seurat - 数据处理 (2)
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
大家自行去GEO官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)搜索下载自己想要的单细胞测序数据。本文后面会提供数据用于示例代码测试。
单细胞指南
2023/08/02
4.6K0
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
用V5版本Seurat做单细胞数据文献复现
V5和V4的代码区别主要在前期导入数据和其中的数据有些许改变,曾老师在之前的几篇推文还有直播中都有提到。
生信菜鸟团
2024/01/19
3.3K0
用V5版本Seurat做单细胞数据文献复现
单细胞多样本整合之R语言版scVI
上个帖子简单介绍了scVI和scANVI,以及其python环境部署,并尝试运行了一个示例数据,详见:
生信菜鸟团
2023/08/23
2.5K1
单细胞多样本整合之R语言版scVI
轻轻松松在R里面拿捏这130万单细胞的数据集
因为这个Seurat的V5版本还是有一些优势的,比如可以轻轻松松拿捏这130万单细胞的数据集,需要参考Seurat官网的3个资料:
生信技能树
2024/01/05
9130
轻轻松松在R里面拿捏这130万单细胞的数据集
Scissor算法-从含有表型的bulkRNA数据中提取信息进而鉴别单细胞亚群
在做基础实验的时候,研究者都希望能够改变各种条件来进行对比分析,从而探索自己所感兴趣的方向。
凑齐六个字吧
2024/07/09
5160
Scissor算法-从含有表型的bulkRNA数据中提取信息进而鉴别单细胞亚群
单细胞分析十八般武艺2:LIGER
LIGER能够跨个体、物种和方法(基因表达、表观遗传或空间数据)识别共有的细胞类型,以及数据集特有的特征,提供对不同单细胞数据集的统一分析。
生信技能树jimmy
2021/04/16
5.5K0
单细胞分析十八般武艺2:LIGER

相似问题

单细胞:如何把想要的cluster提取出来,再进行分析?

1635

胃癌单细胞数据集GSE163558复现遇到的问题?

010

提取下载的一个seurat对象子集,报错?

1159

如何合并不同数据类型的单细胞数据库?

070

物种数量及多样性的外推分组数据?

058
相关问答用户
新浪微博 | 高级总监擅长4个领域
腾讯云TDP | 产品KOL擅长5个领域
某公司 | 程序员擅长1个领域
添加站长 进交流群

领取专属 10元无门槛券

AI混元助手 在线答疑

扫码加入开发者社群
关注 腾讯云开发者公众号

洞察 腾讯核心技术

剖析业界实践案例

扫码关注腾讯云开发者公众号
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档