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问Biomart下载转录因子结合位点信息列表？

提问于 2020-04-26 07:47:24

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Biomart下载转录因子结合位点信息列表出错,总是下载了一部分后就中断,继续下载后,最后下载下来的是一个HTML文档

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批量预测转录因子（TF）和转录因子结合位点（TFBS）

http php

在真核生物中，基因的编码序列在DNA链上是不连续的，被非编码序列隔开。这些基因，只有在转录因子结合到其特定的DNA序列上后，基因才开始表达。那么，我们要了解的是，什么是转录因子？什么又是转录因子结合的的特定的DNA序列（转录因子结合位点）？

阿凡亮

2020/04/14

14.5K0

如何获取目标基因的转录因子（上）——Biomart下载基因和motif位置信息

其他

科研过程中我们经常会使用Ensembl（http://asia.ensembl.org/index.html）网站来获取物种的参考基因组，其中BioMart工具可以获取物种的基因注释信息，以及跨数据库的ID匹配和注释等。

生信宝典

2018/09/21

9.1K3

原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

其他

目的： 1、分析该转录因子结合位点。 2、分析该转录因子可能作用的基因及信号通路

Y大宽

2018/10/11

2.2K0

unibind:human转录因子结合位点数据库

数据库 sql

unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析，对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子，通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点，该数据库网址如下

生信修炼手册

2019/12/19

1.4K0

RcisTarget||转录因子结合基序富集

数据库 sql node.js https 网络安全

每对基因基序的得分可以用不同的参数来进行。因此，我们提供多个数据库(motif-rankings)，根据以下几种可能性:

生信编程日常

2020/10/29

4.3K0

Genome Research封面文章｜张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱

http

合子基因组激活（ZGA）是早期胚胎发育过程中最重要的生物学事件之一，转录因子在这一过程中具有重要的作用，绘制转录因子的全基因组结合位点图谱对于揭示其调控ZGA的机制具有重要意义。目前用于检测转录因子结合位点的技术主要依赖于高质量的特异性抗体，在已有的研究中仅有少数转录因子在ZGA时期的结合情况是已知的。

生信宝典

2022/03/27

4530

Genome Research封面文章｜张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱

数据分析-启动子进化分析

count na sequence

启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。启动子位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与称为转录(transcription)因子的这种蛋白质(proteins)结合而控制基因活动的。转录因子就像一面"旗子"，指挥着酶(enzymes)(RNA聚合酶polymerases) 的活动。

小胡子刺猬的生信学习123

2022/06/28

2.8K0

一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

其他

本文授权转载自科研小助手（ID：SciRes）斜体小一号字体为生信宝典的备注或校正。

生信宝典

2018/08/17

110.7K1

Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这

其他

转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。尽管众多科学家对理解转录因子如何控制基因表达有着浓厚的兴趣，精准定位转录因子在基因组上的特异性结合位点，以及转录因子结合后最终如何参与转录调节仍然具有挑战性。

生信宝典

2018/12/24

12.5K0

磷酸酶、转录因子、KRAS ——“不可成药”靶点？ | MedChemExpress

nat NAT 网关

传统的药物靶点绝大部分是具有适合的结合位点和明确的活性位点的蛋白质。药物分子往往通过“占位驱动”的药理学作用模式发挥作用。这种方法虽然可行，但并不能适用于所有的靶蛋白，尤其是在蛋白本身缺乏相应的结合口袋、蛋白的内源性底物高亲和力、蛋白存在于细胞内部药物分子无法抵达、蛋白的致病机制不依靠蛋白间相互作用或催化活性等情况下。

MedChemExpress

2023/02/27

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磷酸酶、转录因子、KRAS ——“不可成药”靶点？ | MedChemExpress

转录因子01.Chip-seq筛选DNA序列靶点

数据库 sql tcp/ip

我们前面说过，科研论文的三大元素——疾病、表型和分子，从差异到表型，这是科研最基本的要素，属于现象差异，是什么或者怎么样的问题，但没有回答为什么的问题，用学术语言来说，就是机制是什么。

芒果先生聊生信

2020/07/08

2.9K0

转录因子详细介绍(motif)

其他

TF: transcription factor转录因子 TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点 TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点

Y大宽

2018/09/10

5.5K0

Bioinformatics | 通过序列与结构信息识别小分子与RNA的结合位点

腾讯云测试服务

今天给大家介绍南开大学杨建益教授等人在Bioinformatics上发表的文章“Recognition of smallmolecule–RNA binding sites using RNA sequence and structure”。

智能生信

2021/02/04

1.2K1

Cell子刊 | 肠内分泌细胞单细胞测序分析（附资源库传送门）

ast na

2019年12月17日，北京生命科学研究所袭荣文实验室在《Cell Reports》（IF：7.815；2018）杂志发表题为“The Cellular Diversity and Transcription Factor Code of Drosophila Enteroendocrine Cells”的文章，系统性的解析了果蝇肠道中内分泌细胞的亚型、分布、转录因子代码及信号调控机制，提出Notch 信号通路的侧抑制作用及发育过程中建立的不同的体节身份共同决定了肠内分泌细胞的多样性。

生信宝典

2019/12/21

1.2K0

不同数据库的转录因子差异如何

数据库网站 http tfs 数据

高通量测序在这几年火速发展，常规的RNA-seq分析是我们先找到合适的相关基因，然后进行下游靶基因的验证。其实，研究调控基因上游的转录因子更能加深后期机制研究的深度。通过转录因子注释和表达量聚类分析，再结合WGCNA分析确定候选转录因子与所关注的性状之间的相关性，建立以转录因子为hub gene的调控网络，这是一个非常系统的机制研究思路。

生信菜鸟团

2023/10/24

8330

BioMart下载多个基因的同源基因

网站

上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列，这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因，用到的工具是Ensembl网站的Biomart功能。

阿凡亮

2020/04/14

1.7K0

转录本融合位点上下游序列获取

python

通常建议大家对RNA-seq数据使用 STAR-Fusion 来检测转录本融合现象，得到的结果如下：

生信技能树

2019/05/09

1.6K0

2018 升级版Jaspar数据库

其他

R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具—Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图，用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。

生信宝典

2018/08/17

2K0

转录因子（TF）的作用方式

其他

转录因子主要有3种作用方式调控基因表达： TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。和TF有关的基因转录既可以上调也可以下调，TF通过以下几个方面调控基因表达，包括：

Y大宽

2018/09/30

3.2K0

因子列表缺失数据

com na object set

所有的数据集合可以分为三类，连续型，名义型和有序型。连续型例如1 2 3 4 5 8 9 10，名义型如sample1 sample2 sample3 ，而有序型 good better best；周一，周二，周三……等。在R中名义型变量和有序性变量称为因子，factor。这些分类变量的可能值称为一个水平level，由这些水平值构成的向量就称为因子。因子主要用于计算频数，可以用来分组。可以通过factor()函数中的labels选项对因子的值进行批量修改。

生信喵实验柴

2022/10/25

4970

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