使用sed删除两个字符之间的行
使用sed删除两个字符之间的行
提问于 2021-02-24 11:56:42
我有多个txt格式的数据集，其中有一个可预测的内容。我正在尝试删除第一组行。第一行从>*chromosome开始，我想删除>*plasmid之前的所有内容。我可以告诉它删除>中的所有内容，直到它再次遇到它，或者删除第一个>和第二个>之间的所有内容。我一直在尝试这样的东西：
sed -i.bak '/>/,/^\>*$/{d}' file.txt这不起作用，我找到的原始代码是：
sed -i.bak '/>/,/^\s*$/{d}' file.txt回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-02-24 15:51:50
使用此Perl一行程序：
perl -0777 -pe 's{^>chromosome.*(?=^>plasmid)}{}sm' in.fasta示例：
# Create example input file:
cat > in.fasta <<EOF
>foo
TCGA
>chromosome
ACGT
>plasmid
CGTA
EOF
perl -0777 -pe 's{^>chromosome.*(?=^>plasmid)}{}sm' in.fasta > out.fasta以out.fasta格式输出
>foo
TCGA
>plasmid
CGTAPerl单行程序使用以下命令行标志：
-e：告诉Perl查找内联代码，而不是文件中的代码。
-p：每次循环一行输入，默认情况下将其赋给$_。在每次循环迭代后添加print $_。
-0777：对整个文件进行Slurp。
正则表达式使用以下修饰符：
/m：允许多行匹配。
/s：允许.匹配换行符。
^>chromosome.*(?=^>plasmid)：匹配>chromosome开始的正则表达式从行首开始，后跟0个或更多字符，并在(但不包括)与行首的>plasmid匹配时结束。表达式(?=PATTERN)是长度为零的正向先行。
另请参阅：
perldoc perlrun: how to execute the Perl interpreter: command line switches
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66350421
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