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问无法从Microsoft在10上安装Bio::SeqIO模块
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Stack Overflow用户

提问于 2020-01-13 18:07:00

回答 2查看 4K关注 0票数 1

我使用了微软商店的Ubuntu18.04LTS for Windows，并尝试用cpanm Bio::SeqIO安装BioPerl模块Bio::SeqIO。Perl版本为5.26.1。模块安装似乎失败了：

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'XML::LibXNL::Reader' is not installed, Module 'XML::LibXML' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::DOM' is not installed
! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7
58 distributions installed

如果我运行一个带有行的脚本，使用Bio::SeqIO；我得到一个错误：

    Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the 
        Bio::SeqIO module) (@INC contains: ...

我不知道该如何进行。我可以尝试安装使用cpanm失败的依赖项，但我不知道这是否是一种正确的方法。

perl

windows-subsystem-for-linux

bioperl

回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-01-13 20:30:37

我在我的Windows 10笔记本电脑上试过这个：

安装了WSLUbuntu18.10，如描述的这里，然后
在Linux终端窗口中使用系统perl，即/usr/bin/perl (也许最好使用perlbrew并安装自定义perl，从而避免使用sudo)： sudo apt-获取更新sudo apt-获取-y安装使gcc libexpat1 1-dev sudo cpan本地：：lib sudo cpanm -n App：：cpan减sudo cpanm -n Time::Zone #--失败测试sudo cpanm -n XML::DOM::XPath # <--失败的测试sudo cpanm-n：：SeqIO

这对我有用。

票数 4

Stack Overflow用户

发布于 2020-01-14 00:22:11

也许sudo apt-get install bioperl bioperl-run会安装您可能需要的所有模块。

比泊尔

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/59721851

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