R中共现图
R中共现图
提问于 2014-09-30 11:58:03
我对R非常陌生，我有一个csv文件，看起来
A B C D
A1 a v a
A2 v v a
A3 a a a我想用它制作一个co occurrence plot，但是当输入有字符而不是数字时，我想不出如何绘制它。
我试过使用几个包(我无法让它们任何一个工作)，其中一个是cooccur。它给了我以下错误"Error in rowSums(spp_site_mat, na.rm = T) : 'x' must be numeric"。如果你能给我指点任何有用的东西或者给出任何代码建议，我会非常感激的。
编辑：
行将有来自A列的值，列将是它们的对应值，"a“和"v”，如这个链接所示。
此外，我有数百个列，因此不能使用as.numeric(table$B)将每一列更改为数字。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2014-09-30 13:39:25
您可以使用table每一行来计数唯一的值，然后使用rbind.fill形成一个矩阵。然后，可以使用geom_tile将计数作为标签添加到绘图中。
# your data
dat <- read.table(text="A B C D
A1 a v a
A2 v v a
A3 a a a", header=TRUE)
library(plyr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
# transform your data
mat <- rbind.fill.matrix(apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i)))))
mat[is.na(mat)] <- 0
rownames(mat) <- dat$A
# plot
ggplot(melt(mat), aes(Var2, Var1, fill=value)) +
geom_tile() +
scale_fill_gradient(limits=c(0,3), low="white") +
geom_text( aes(label=value))
编辑
关于代码
mat <- rbind.fill.matrix(apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i)))))从里面开始
apply(dat[-1], 1, function(i) t(as.matrix(table(i))))apply和MARGIN = 1将函数应用于数据行，不包括第一列。该函数的目的是为每一行列出值。as.matrix用于改变输出的格式，t (转置)改变矩阵的方向。(这很可能是一种更简洁的方法)
由于每行中可能没有相同的值(第3行没有v's)，所有值都不会在每个表中表示--因此rbind将无法工作。来自plyr包的plyr填充了NA。
下面将缺失(NA)替换为零
mat[is.na(mat)] <- 0页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/26129038
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