问如何重新加载函数(或更改包优先级)
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Stack Overflow用户

提问于 2017-06-15 16:19:33

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我正在使用矩阵库来处理稀疏矩阵。偶尔，我需要运行一个使用生物导体包的函数，它依赖于S4Vectors库。不幸的是，矩阵中的"colSums“函数与S4Vectors中的"colSums”函数冲突。因此，当我运行这个函数时，它破坏了我的"colSums“函数，这真的很烦人。

对于这个问题，我知道有两种常见的解决方案: 1)在加载矩阵库之前加载生物导体包--然而，我很少使用这个函数，所以我倾向于只在需要的时候加载生物导体包。2)而不是调用"colSums"，而是调用"Matrix::colSums“--然而，这是非常不方便的，我需要更改我的整个代码库。

理想情况下，我只是加载生物导体包，运行我的功能，然后通过卸载生物导体包或重新加载矩阵包来清理我的环境。然而，我在做这些方面有困难。首先，是否有可能重新加载矩阵：：colSums(以便替换S4Vectors::colSums)？其次，当我试图卸载S4Vectors时，R会抱怨，因为很多其他包都依赖它。

因此，除了S4Vectors为什么有一个与R中最常用的稀疏矩阵包冲突的函数这一显而易见的问题之外，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新装载一个包不可能那么困难，对吧？

matrix

sparse-matrix

bioconductor

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回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2017-06-16 04:50:25

正如您已经知道的，正确的方法是编写Matrix::colSums。

一个不需要重写代码的简单解决方案是添加一行

colSums <- Matrix::colSums

在你的密码里。然后，这个colSums属于您的全局环境，因此在任何其他库之前都可以找到。

编辑

我找到了更好的解决办法。我将用plyr和dplyr演示，因为它们都有arrange函数，并且会引起冲突。

Example1。dplyr稍后加载，因此获胜。

library(plyr)
library(dplyr)
environment(arrange)  
# <environment: namespace:dplyr>

例2. plyr获胜

# unload libraries
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)

关键是搜索顺序，您可以通过search函数找到它。下面，您可以看到plyr先于dplyr。

search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "package:dplyr"     "tools:rstudio"    
# [5] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
# [9] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

示例3.您可以在搜索列表中指定要加载库的位置；pos参数。

unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")    

library(plyr)
library(dplyr, pos=length(search()))
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>

search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "tools:rstudio"     "package:stats"    
# [5] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
# [9] "package:methods"   "Autoloads"         "package:dplyr"     "package:base"

总之，您可以加载Bioconductor库，并提供大量的pos。也就是说，你说Bioconductor依赖于S4Vector，而S4Vector是导致冲突的原因。不幸的是，您不能直接控制依赖包的位置，因为require语句在Bioconductor包中。

解决方法是，首先使用S4Vector选项加载pos，然后加载Bioconductor。

library(S4Vector, pos=10)  # replace 10 by an appropriate large number
library(Bioconductor)

然后，S4Vector将按搜索顺序放在Matrix之后。

另一种解决办法

如果您想重新加载Matrix，那么您也可以这样做：

library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>

unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>