问是否有一种方法来替换所有特定字符的出现，但只在第n行上出现？

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您的问题很容易回答，但在处理通用fasta文件时不会对您有所帮助。Fasta文件有一个序列头，后面有一个或多个行，可以连在一起来表示序列。Fasta文件格式大致遵循以下规则：

• 以字符(>)开头的描述行(平移)或标头/标识符行给出了序列的名称和/或唯一标识符，并且还可以包含附加信息。
• 在描述行后面是标准的一个字母字符串中的实际序列本身。除有效字符以外的任何其他内容都将被忽略(包括空格、制表符、星号等)。
• 序列可以跨越多条线。
• 多序列FASTA格式将通过将几个序列FASTA文件连接在一个公共文件中来获得，通常是在两个后续序列之间留一条空行。

要回答OP的问题，如果您只想处理每一行，请执行以下操作：

awk '!(NR%2){gsub(/[^CTAG]/, "N")}1' file.fasta

但是，在下列任何情况下，此方法都将失败：

• 具有多行序列的fasta文件
• 具有可能在后续序列之间空行的多fasta文件

一个更好的方法是排除标题行并处理所有其他行：

awk '!/^>/{gsub(/[^CTAG]/, "N")}1' file.fasta

由于@kvantour对fasta文件的解释，这里有另一个sed解决方案比以前的解决方案更适合您的任务：

sed '/^>/! s/[^ACTG]/N/g' file.fasta

• 如果这一行不以/^>/!**:**开头，则/^>/!**：**执行以下操作，
• s/[^ACTG]/N/g**:**将除ACTG以外的所有字符替换为N。

这里有一个使用awk的解决方案

awk 'NR%2 ==0{gsub(/[^CTAG]/, "N")}1' file

结果

SEQUENCE_1
AGCNGTNANTGCTG
SEQUENCE_2
AGGNGTNANTGCTC

如OP所希望的那样，我只是在寻找每一个偶数行来应用更改

NR/2 == 0

NR是从file读取的记录数(此处的行)

gsub(/[^CTAG]/, "N")用所有不是C、T、A、G的字符替换

[^CTAG] ^是否定的

awk采用expression action格式

在这里，expression是NR/2==0，操作是用N替换为不是CTAG的gsub