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KEGG 数据库｜是，但绝不只是 pathway
数据库
集合
数据
网络
系统
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
生信菜鸟团
2025-06-24
39
0
不同的细胞机制是三阴性乳腺癌化疗和 PD-L1 阻断联合治疗的基础
数据
基础
开发
连接
模型
背景：三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌中最难治的亚型。紫杉醇（PTX）和白蛋白结合型紫杉醇（Nab-PTX）是关键的化疗药物，Nab-PTX是PTX与白蛋白结合的修饰形式。2019年，FDA根据IMpassion130试验结果，加速批准atezolizumab（ATZ）联合Nab-PTX治疗不可切除的局部晚期或转移性 TNBC。然而，在IMpassion131试验显示与PTX联合治疗无进展生存期没有显著改善后，ATZ在TNBC中的批准被撤销。这些相互矛盾的结果引发了关于PTX和Nab-PTX对TIME的不同影响以及它们在 TNBC治疗中与ATZ的复杂相互作用的关键问题。
生信菜鸟团
2025-06-23
32
0
ImmGen：小鼠免疫细胞的“百科全书”
系统
芯片
基础
数据
网络
ImmGen 是「全球最全面的小鼠免疫细胞组学资源库」，由多个阶段（Phase I、II）、多种技术（芯片、RNA-seq、ATAC-seq、单细胞）和相关网络项目组成，旨在为免疫学和系统生物学研究提供最可靠的基线与参考。
生信菜鸟团
2025-06-23
39
0
有一些代码确实是没必要自己写了
人工智能
编程语言
技巧
模型
软件
OptiType is an HLA genotyping algorithm based on linear integer programming. It provides accurate 4-digit HLA genotyping predictions from NGS data. For further reading and documentation see the OptiType documentation.
生信菜鸟团
2025-06-21
38
0
药物发现 | 基于人工智能的胰腺癌协同药物组合发现
测试
模型
数据
机器学习
人工智能
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
80
0
数据资源 | HCDT 2.0：一个高度可信的药物-靶标数据库，包含实验验证的基因、RNA 和通路
编码
开发
数据
网络
数据库
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
83
0
基因组 | NC | KLHL17表达的等位基因效应揭示了胰腺癌全基因组关联信号在chr1p36.33处的遗传基础
系统
数据库
基础
计算机
数据
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
77
0
综述 | 焦亡：分子机制及其在疾病中的作用
连接
模型
系统
翻译
开发
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
91
0
细胞图谱 | Nat.Methods | 全小鼠大脑在整个生命周期中三维表观基因组和转录组的三组学单细胞图谱
数据
nat
methods
排序
生命周期
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
76
0
连接组学 | 人脑胶质母细胞瘤的全脑神经元回路连接组
量化
设计
数据
迁移
连接
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
101
0
Cell Research | 培养 AI 虚拟细胞：三大数据支柱和闭环学习
数据
系统
大数据
cell
模型
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团
2025-06-20
48
0
cytoscape蛋白互作网络可视化及插件使用
可视化
软件
数据
网络
插件
上期推文基于STRING网站，使用差异基因进行了蛋白互作网络分析——STRING网站：蛋白互作分析的高效利器
生信菜鸟团
2025-06-19
138
0
UMI-RNAseq—转录组绝对定量
alignment
project
sort
umi
连接
UMI(Unique molecularidentifier)——特异性分子标签（UMI）为 8-10nt 的短序列，可看做“条形码”，在文库构建时通过连接接头引入UMI标签连接到cDNA分子中，标记原始样品中的每个分子，对同一来源扩增产物进行追踪和最终提取分组，用于排除 PCR 扩增偏好性和测序偏好性引入的定量偏差，便于获得足够的读数以进行分析。
生信菜鸟团
2025-06-19
99
0
读付小兵老师《再生医学：生物材料与组织再生》
基础
数据
研发
迁移
变量
《再生医学：生物材料与组织再生》是咱们生信书房推荐的第64本书。那是一个在西安出差的周末，一早出来去找可以蹭的学术会议，发现每个周末都有生物学术会议，而且单细胞测序越来越多地被提及。不同城市的学术会议举办地址基本上集中在某个园区，上午参与了一个抗癌协会的会议。中午出来吃面的时候，误入一个生物打印的会议，会议的主题是：2025年国际增材制造技术前沿与应用会议。
生信菜鸟团
2025-06-16
66
0
更新R包版本还有这个不为人知的秘密
管理
基础
缓存
gnu
服务器
共享服务器，考虑到用户的需求，服务器维护团队已经在服务器上安装了1300+的公共R包，路径为： /refdir/Rlib。
生信菜鸟团
2025-06-15
129
0
CosMx空转数据分析导读
原理
数据分析
设计
数据
芯片
传统单细胞转录组技术（如 10X scRNA-seq）能获得高分辨率单细胞表达信息，但缺失了细胞在组织中的空间位置信息。空间转录组技术弥补了这一空白，能在组织切片上定位 RNA 分子，解析细胞在组织微环境中的分布与邻近关系。近年来，10x Visium、Slide-seq、Stereo-seq 等技术已被广泛应用。然而，这些技术通常是spot-based，空间分辨率有限，往往无法真正达到单细胞或亚细胞分辨率。
生信菜鸟团
2025-06-15
141
0
STRING网站：蛋白互作分析的高效利器
网站
string
数据
网络
数据库
小洁老师课上用到的是STRING数据库，所以这期我们一起来看一下如何使用STRING网站，得到蛋白互作分析结果
生信菜鸟团
2025-06-13
211
0
【QuPath】你还在手动导出分析结果吗？
工具
函数
脚本
数据
对象
上回书➡ 【QuPath】Multiplexed analysis之多重免疫荧光分析教程说到建立多通道分类器并识别细胞，那么结果该如何一次性导出呢？
生信菜鸟团
2025-06-12
130
0
DeepSeek助力快速生成DNBC4tools所需样本对应信息
data
sample
后台
数据
DeepSeek
前面我们介绍了华大 DNBelab C SeriesTM 单细胞转录组定量的基本流程： DNBC4tools—华大DNBelab系列单细胞分析pipeline
生信菜鸟团
2025-06-11
61
0
GO 数据库
系统
go
数据库
网站
数据
基因本体（GO）是一个用于组织和描述基因功能的系统，它提供了结构化和标准化的方式来表示生物学知识。GO 包含不同的概念，这些概念通过明确的关系连接起来，适用于所有生物物种。它帮助科学家对基因产物进行注释，比较不同生物体的功能，并整合来自各种数据库的知识，从而形成一个一致的计算框架来支持生物学研究。
生信菜鸟团
2025-06-11
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