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GEO数据介绍和分析流程
数据库
geo
开发
数据
芯片
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。在GEO最基本的组织层面，有四种基本实体类型。前三个（样本，平台和系列）由用户提供; 第四，数据集由GEO工作人员根据用户提交的数据进行编译和策划。
生信菜鸟团
2024-06-28
129
0
GEO图表介绍
芯片
geo
pca
数据
图表
#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log，如果没去过，要记得计算log（否则会导致logFC值过大）
生信菜鸟团
2024-06-28
62
0
GEO数据分析前准备
学习笔记
go
数据分析
geo
工具
生信菜鸟团
2024-06-28
116
0
GEO数据分析流程之芯片4
数据分析
geo
数据
芯片
学习笔记
生信菜鸟团
2024-06-28
55
0
GEO数据分析流程之芯片3
数据挖掘
数据分析
geo
公众号
芯片
三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-06-28
58
0
GEO数据分析流程之芯片2
geo
表格
芯片
网站
数据分析
今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-06-28
79
0
GEO数据分析流程之芯片1补充
geo
数据
芯片
异常
数据分析
提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase（R包）提取。（狭义的对象，是被R包的作者定义的）。
生信菜鸟团
2024-06-28
79
0
GEO数据分析流程之芯片1
数据分析
geo
数据
芯片
异常
提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase（R包）提取
生信菜鸟团
2024-06-28
43
0
【文章荐读】：中性粒细胞图谱揭示抗肿瘤抗原递呈效力
http
https
com
数据
github
Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency - PubMed (nih.gov)
生信菜鸟团
2024-06-27
99
0
Kallisto — 基于伪比对的转录本定量
索引
数据处理
工具
量化
数据
Kallisto是由Nicolas Bray主导开发的一款专门用于从 RNA-Seq 数据中量化转录本的表达丰度的工具。发表于 2016 年的《Nature Biotechnology》期刊，其具有以下特性：
生信菜鸟团
2024-06-26
97
0
生信技能树-day19 转录组下游分析-标准化、聚类、差异分析
模型
数据
算法
count
data
• 测序深度：每个样本的测序深度（产生的数据量）不完全一样，同一条件下，测序深度越深，基因表达的read读数越多。
生信菜鸟团
2024-06-25
134
0
生信技能树-day18 转录组上游分析-比对、定量
服务器
后台
数据
索引
统计
今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-06-25
97
0
生信技能树-day17 转录组上游分析-数据质控、过滤
trim
后台
脚本
数据
统计
今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-06-25
99
0
生信技能树-day20 转录组下游分析-富集分析
数据库
csv
集合
数据
搜索
今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-06-25
101
0
比对软件BWA及其算法（下）
内存
软件
数组
算法
索引
BWA-MEM是李恒大神于2010在bioinformatics发布的一款比对软件
生信菜鸟团
2024-06-14
239
0
慢性病毒性肝炎（二）中性粒细胞亚群细分策略
marker
https
analysis
cell
C4看起来不像中性粒细胞呀，其中RPL5、RPS12、RPL13、RPL4、RPL10和RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker，此外HLA-DPA1、HLA-DPB1和HLA-DRA都是MHC-II型基因，似乎不表达于中性粒细胞？
生信菜鸟团
2024-06-13
74
0
vcf2maf—从VCF到MAF，解锁基因突变的秘密
测试
工具
数据
数据库
缓存
vcf2maf 是由 Cyriac Kandoth 主导开发的一款用于将 VCF (Variant Call Format) 文件转换为 MAF (Mutation Annotation Format) 文件的生信分析工具。广泛应用于癌症基因组研究中的变异数据处理，其具有以下特性：
生信菜鸟团
2024-06-12
265
0
植物生物学与生物技术: 聚焦基因组学与生物信息学
基础
模型
数据
系统
数据分析
分析植物适应环境变化和胁迫反应的分子机制对植物生物技术至关重要。其中关键方法包括生物信息学方法、高通量测序和后基因组技术。测序和系统生物学方法提供了从分子到细胞、器官和种群水平的植物生长的全面视图。基因组学和生物信息学促进了植物细胞中蛋白质-蛋白质和基因调控相互作用的建模，为更好的作物生产和可持续性提供了基础。同时，植物-病原体相互作用研究补充了这一领域的网络建模。
生信菜鸟团
2024-06-11
63
0
一键完成三种差异分析：DEseq2, edgeR and limma
class
compare
函数
模型
数据
Limma基于线性模型，通过使用贝叶斯方法估计每个基因的差异方差。它使用经验贝叶斯方法来将信息从所有基因中借用，特别是在样本较少时提高估计的稳定性。
生信菜鸟团
2024-06-11
107
0
利用GEO2R在线进行DEG表达分析
数据
变量
测试
工具
公众号
GEO2R 是一个交互式网络工具，允许用户比较GEO系列中的两组或多组样品间鉴定在实验条件下差异表达的基因。GEO2R 使用 DESeq2 、GEOquery 和 limma 对 NCBI 计算的原始计数矩阵进行差异表达分析。生信技能树公众号就介绍过：作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢
生信菜鸟团
2024-06-11
105
0
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