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国家基因库生命大数据平台

覆盖BT × IT领域包括时空组学、空间组学等多组学信息及大数据技术在生物医学领域创新应用

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时空组工具 | 使用 scCube 模拟空间转录组中的多种变异

测试工具模型数据性能

空间分辨转录组学 (SRT) 面临的一个紧迫挑战是对计算方法进行基准测试。一种广泛使用的方法是利用模拟数据。然而，目前可用的模拟 SRT 数据存在偏差，这严重影响了方法评估和验证的准确性。近日，《Nature Communications》发表了一个用于独立、可重复和技术多样化的 SRT 数据模拟的 Python 包——scCube，其不仅可以在基于参考的模拟中保留基因的空间表达模式，还可以在无参考的模拟中生成具有不同空间变异性的模拟数据。

2024-07-26

1150

生化小课 | 酶影响反应速率，而不是平衡

容器翻译进程事件系统

要理解催化作用，我们必须首先了解反应平衡和反应速率之间的重要区别。催化剂的作用是提高反应速率。催化剂不会影响反应平衡。(回想一下，当反应物或产物的浓度没有净变化时，反应处于平衡状态）。任何反应，如 S ⇌ P，都可以用反应坐标图（图 6-2）来描述，这是反应过程中能量变化的图示。如第 1 章所述，生物系统中的能量用自由能 G 来描述。在坐标图中，系统的自由能与反应进程（反应坐标）相对应。正向反应或逆向反应的起点称为基态，即在给定条件下平均分子（S 或 P）对系统自由能的贡献。

2024-07-26

1170

Microbiome新成果揭示东非蝙蝠与啮齿动物的多种新型病毒

研发大数据科技框架数据

2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Microbiome》发表。该研究题为“Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution, recombination, and cocirculation”，研究团队对在东非地区采集的近1300份蝙蝠和啮齿动物样本进行了宏转录组测序，揭示了这些野生动物中的病毒多样性，重组和跨地域传播特征。

2024-07-26

870

NC | 肠道微生物研究揭示年轻与老年肠癌共有特征，为年轻肠癌早筛提供新视角

论文数据编码对象工具

2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Nature Communications》发表。该研究题为“Consistent signatures in the human gut microbiome of old- and young-onset colorectal cancer”，通过大规模的粪便宏基因组测序以及对已有结直肠癌数据的整合分析，研究团队发现了年轻和老年肠癌共有的肠道微生物特征，尤其是某些特定细菌物种和毒力因子。

2024-07-26

790

生化小课 | 反应速率和平衡具有精确的热力学定义

翻译工作基础 equation

反应平衡与反应的标准自由能变化 ΔG′° 密不可分，而反应速率与活化能 ΔG‡ 相关。了解这些热力学关系的基本介绍是了解酶如何工作的下一步。

2024-07-26

1400

生化小课 | 酶按其催化的反应进行分类（含酶的简介小结）

许多酶都是通过在其底物名称或描述其活性的单词或短语后添加后缀"-ase"来命名的。因此，尿素酶催化尿素的水解，而DNA聚合酶催化核苷酸聚合形成DNA。在已知催化的特定反应之前，其他酶因其广泛的功能而被其发现者命名。例如，一种已知具有消化食物功能的酶被命名为胃蛋白酶（pepsin），源自希腊文 pepsis，意为 "消化"；溶菌酶因其具有裂解（分解）细菌细胞壁的能力而得名。还有一些酶因其来源而得名：胰蛋白酶的名称部分来源于希腊语 tryein，意为 "磨损"，它是通过用甘油摩擦胰腺组织而获得的。有时，同一种酶有两个或多个名称，或者两种不同的酶有相同的名称。为了减少歧义，全世界的生物化学家采用了一套酶的命名和分类系统。该系统根据催化反应的类型将酶分为七类，每类又有子类（表 6-3）。每种酶都有一个由四个部分组成的分类编号和一个系统名称，用以确定它所催化的反应。

2024-07-15

1240

时空组工具 | 用SpatialGlue从空间多组学中解析空间域

性能神经网络数据分析工具数据

空间组学技术的进步允许从同一组织切片获取多种类型的数据。为了充分发挥此类数据的潜力，我们需要空间信息数据集成方法。近日，《Nature Methods》发表了一种名为SpatialGlue的新方法，该方法基于图神经网络，通过双重注意力机制，首次成功整合了小鼠脾脏、胸腺和大脑的空间多组学数据。

2024-07-15

2200

NC | ezSingleCell：一站式单细胞和空间组学综合分析平台

数据分析开发可视化数据算法

单细胞和空间组学技术的迅速崛起生成了大量数据，为提供具有用户友好界面的更全面的数据分析平台，近日《Nature Communications》发表了一款交互式且易于使用的应用程序——ezSingleCell，无需事先具备编程知识即可分析各种单细胞和空间组学数据类型。

2024-07-15

3240

热点综述 | 健康和疾病中的空间转录组学

人工智能工具开发模型数据

空间转录组技术的快速发展加快了包括肾脏病学在内的多个领域的发现步伐。2024年5月，《Nature Reviews Nephrology》发表综述文章，概述了当前和新兴的空间转录组学方法、其应用以及该领域仍面临的挑战。

2024-05-20

1740

生化小课 | 免疫反应包括一系列特殊的细胞和蛋白质

连接系统翻译开发

免疫是由各种白细胞带来的，包括巨噬细胞（macrophages）和淋巴细胞（lymphocytes），所有这些都是由骨髓中未分化的干细胞发育而来的。白细胞可以离开血液并在组织中“巡逻”，每个细胞都会产生一种或多种蛋白质，这些蛋白质能够识别并结合可能发出感染信号的分子。

2024-05-20

720

Nature Plants发表玉米雌穗的空间转录组图谱

数据库大数据论文数据网络

2024年5月14日，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在Nature Plants在线发表。该研究题为“A spatial transcriptome map of the developing maize ear”，该研究构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，最终共获得了12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。利用空间组学的优势，鉴定到了两个在小花分生组织顶端中特异性表达，并决定其分化确定性的MADS-box基因。通过整合单细胞转录组及空间转录组数据，研究人员探索了一种高通量基因挖掘的新方法，通过构建细胞特异性的基因共表达网络鉴定了一批潜在控制玉米雌穗建成的新基因。

2024-05-20

1600

生化小课 | 镰状细胞性贫血是一种血红蛋白分子疾病（含蛋白质与配体的可逆结合：氧结合蛋白质小结）

翻译函数连接模型异常

遗传性人类疾病镰状细胞性贫血惊人地证明了氨基酸序列在决定球状蛋白的二级、三级和四级结构及其生物功能方面的重要性。已知人类中有近500种血红蛋白的遗传变异；除少数外，其余都相当罕见。大多数变异由单个氨基酸残基的差异组成。对血红蛋白结构和功能的影响通常很小，但有时也会非常大。每一种血红蛋白变异都是基因改变的产物。变异基因被称为等位基因。因为人类通常每个基因有两个拷贝，所以一个个体可能有一个等位基因的两个拷贝（因此该基因是纯合的）或两个不同等位基因各有一个拷贝（从而是杂合的）。

2024-05-11

1950

Nature Methods | 基因组学数据去卷积分析的挑战与展望

工具数据数据类型性能 methods

去卷积是根据各种组学数据估计细胞类型丰度的有效方法。尽管近年来去卷积分析方法取得了重大进展，但挑战仍然突出。2024年2月，《Nature Methods》发表Perspective，探讨基因组学数据去卷积分析的挑战，同时从计算角度提出解决这些问题的建议。

2024-05-11

2620

万种鸟类基因组计划最新成果：提出现生鸟类新分类方案，揭示雀形目鸟类利用古病毒序列调控大脑基因

事件数据系统重构论文

2024年4月，万种鸟类基因组计划（B10K）在《自然》（Nature）及《自然·通讯》（Nature Communications）发表了两项新成果。

2024-05-11

2420

生化小课 | 血红蛋白与氧的结合受 2,3-二磷酸甘油酯的调节

2,3-二磷酸甘油酸（BPG）与血红蛋白分子的相互作用进一步完善了血红蛋白的功能，并提供了一个异向变构调节的例子。

2024-04-26

1.3K0

生化小课 | 两种模型提出了协作绑定机制

在血红蛋白等多亚单位配体结合蛋白中，T→ R转变发生了吗？配体与具有多个结合位点的蛋白质协同结合的两个模型极大地影响了对这个问题的思考，定义了两种主要的可能性。

2024-04-19

1050

时空组工具 | SpatialData：一个开放的、通用的空间组学数据框架

框架数据存储工具开发

空间分辨组学技术正在改变我们对生物组织的理解。然而，由于数据量大、数据类型异构以及缺乏灵活的空间感知数据结构，单模式和多模式空间组学数据集的处理仍然是一个挑战。2024年3月，《Nature Methods》发表了一个建立统一、可扩展的多平台文件格式的框架——SpatialData，为空间注释和跨模态聚合与分析提供便利。

2024-04-18

3580

Database | LettuceDB：栽培生菜的综合多组学数据库

浏览器数据数据库 database 表格

作物基因组学在过去十年中发展迅速，从多组学研究中产生了大量的组学数据。如何利用积累的数据成为作物科学的一个关键而迫切的需求。

2024-04-11

2850

数据存在CNGBdb，可以发哪些杂志？【J CACHEXIA SARCOPENI】

生命周期数据大数据表格基础

Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle

2024-04-11

1530

生化小课 | 配体的协同结合可以定量描述

equation plot 翻译工作

1910 年，Archibald Hill 首次分析了血红蛋白与氧的协同结合。这项工作得出了研究配体与多亚基蛋白协同结合的一般方法。

2024-04-11

3760

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