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    ICML 2024 | SurfPro:基于连续表面的功能性蛋白质设计

    今天为大家介绍的是来自Wengong Jin团队的一篇论文。如何设计具有特定功能的蛋白质?作者受到了化学直觉的启发,即几何结构和生化特性都对蛋白质的功能至关重要。因此本文提出了一种新方法SurfPro,能够在给定目标表面及其相关生化特性的情况下生成功能性蛋白质。SurfPro包含一个分层编码器,逐步建模蛋白质表面的几何形状和生化特性,以及一个自回归解码器来生成氨基酸序列。作者在标准逆折叠(inverse folding)的基准测试CATH 4.2和两个功能性蛋白质设计任务(蛋白质结合体设计和酶设计)上对SurfPro进行了评估。SurfPro在各项测试中均优于之前的最先进的逆折叠方法,在CATH 4.2上的序列恢复率达到了57.78%,并且在蛋白质-蛋白质结合和酶-底物相互作用评分方面表现出更高的成功率。

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