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Linux下的文本排序让我很意外

我分享给大家的ngs流程里面经常是需要制作配置文件,里面的每个样品名字都有两个测序文件,因为目前都是双端测序,制作配置文件的过程其实就是Linux下的文本处理,代码如下所示: echo A_{1..25...1..25}语法就是这个大括号扩展(brace expansion)的序列输出功能,其中两个点是进行序列输出,然后外面套的大括号是进行扩展。...,你值得拥有: 书籍我推荐两本: 作业的话,力推我设计的5套习题,加油,在生物信息学的路上等大家!...最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam.../vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。

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    我的程序员生涯按下了终止键......

    2017年我大学毕业,开始下定决心从零基础学前端,到现在已经6年了。我简单聊聊这些年的收获和成长。...在寒冷的冬天里,当别人下班后都钻进被窝时,我在电脑前面敲代码,我不断告诉自己,熬过这个冬天,一切都好了。于是。我一天天坚持着。...凡是别人会的,我不信我学不会。   经过我的努力,我学完了HTML+CSS,javascript,jQuery,bootstrap,angular,HTML5和CSS3等前端技术。...2022年,我上岸了,同时我的程序员生涯也结束了,真的很舍不得舍不得......现在我还时不时的看看以前写的文章,关注最新技术。作为程序员,我很骄傲。...我也相信程序员的明天会更好,未来任何智能的背后都有程序员默默付出的影子。加油同胞们,我为大家打call!!!

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    为什么我的BERT不行?

    当然了,bad case分析这块我也聊了很多,多分析能发现其中的端倪,知道模型需要什么,该怎么处理,我再放一遍在这里,希望能好好阅读。...训练层面的分析 BERT的训练其实挺多讲究的,这里的实验效果要保证对参数的有一定的要求,所以大家要多去观察训练过程暴露的问题,训练过程其实就是要观测loss变化、验证集效果等的问题,放置没学到、学飘了之类的问题...类似的思路其实我在这两篇文章里其实都有谈过: 心法利器[44] | 样本不均衡之我见 所以,很多时候你需要的可能是更多地挖掘数据,从日志,从更多渠道去找,这个可能比增强本身要好。...这里背后的逻辑可以参考我这篇文章: 心法利器[45] | 模型需要的信息提供够了吗 训练问题 针对训练问题,其实也就是一个经验的问题了,多弄其实问题就会小很多,大家可以多去看各个论文使用的超参,一般调的差不多基本都不会有的...而文章本身的输出并非是按照这个思路走,而是从一些大家经常问的点深入来讨论,希望能从我的角度和风格来思考和回答问题。

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    为什么我要写自己的框架?

    其实说白了框架就是使用别人造好的轮子。在软件开发里面就是command+C/command+V。 先自我介绍一下,我是一名信管专业的大学生,从我的专业可以看出我就是以后大家嘴里的程序员。...曾几何时,我觉得很兴奋,在如此短的时间内就可以做到这样的高度,让我十分的开心。开发出的内容也完全符合校内应用的需求。我变成了一个别人眼中的“大师”。 但事情并没有往想象的地方发展。...框架用的时间久了之后就发现了一个问题:我真的有学习过吗?我学的内容真的有用嘛,这些框架内的东西能对我今后有帮助吗,当然,这种想法不是一天形成的,还有一个小的故事。...但当有一天在讲授开发经验的时候,当我当着大家的面真的静下心来写我需要展示的一个类的时候,以前用了这么多的框架,我发现在这么多人面前的我已经几乎写不出来一个正确的类了!!...于是我又开始新的一轮学习,看大量的书籍,有一天我重新打开Yii框架在我当时看起来很难理解的代码的时候我发现:我居然有点明白它的工作原理,知道整体的架构了!

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    为什么我的Redis这么“慢”?

    如果你的服务请求量并不大,但 Redis 实例的 CPU 使用率很高,很有可能是使用了复杂度高的命令导致的。...同样的,当删除这个 Key 的数据时,释放内存也会耗时比较久。 你需要检查你的业务代码,是否存在写入大 Key 的情况,需要评估写入数据量的大小,业务层应该避免一个 Key 存入过大的数据量。...内存中的的数据写入磁盘,这个会加重磁盘的 IO 负担,操作磁盘成本要比操作内存的代价大得多。...下面就针对这两块,分享一下我认为比较合理的 Redis 使用和运维方法,不一定最全面,也可能与你使用 Redis 的方法不同,但以下这些方法都是我在踩坑之后总结的实际经验,供你参考。...总结 以上就是我在使用 Redis 和开发 Redis 相关中间件时,总结出来 Redis 推荐的实践方法,以上提出的这些方面,都或多或少在实际使用中遇到过。

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    为什么我的HibernateDaoSupport没有注入SessionFactory

    前言 很早之前,就打算写这一篇文章了(其实有很多源码分析的文章打算写,但是自己太拖延了导致很多文章搁浅了)。我为什么要写这一文章呢?...事情的缘由是同事在SpringBoot项目中有一个A类继承HibernateDaoSupport,但是程序运行总是抛出没有成功注入SessionFactory的错误,后来我debug Spring源码解决了这个问题...这个错误的原因是A类的RootBeanDefinition中的autowireMode的值为0,在AbstractAutowireCapableBeanFactory类中的populateBean方法中没有执行到...(这里维护的是bean和bean依赖的对象之间的关系,也就是MyBaseDao --》 MySessionFactory)中。...这里的BeanDefinition和populateBean方法中的RootBeanDefinition是不一样的。

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    为什么我的 WordPress 网站被封了?

    作为站长,最不想看到的就是网站被封了,封禁不仅影响网站业务,甚至会有罚款和监禁的风险。...历史任务审核适用于中途接入 WordPress COS 插件的站长,创建一个历史审核任务就可以扫描以往所有用到的静态资源文件,避免已发布页面被封禁的风险。...上述两种审核配置都支持用户自定义审核策略,通过设置自定义策略可以定制涉黄涉政等个性化场景的审核;审核后支持按照指定的分数范围进行冻结,智能机审+精确人审的方式帮你有效避免违法内容的传播;审核结果可以通过配置的回调链接返回给用户...查询审核任务:通过发起任务时获取到的任务ID,直接查询对应任务ID的网页审核结果。审核结果中包含了审核是否成功、网页的审核处理建议、违规的图片和文字等。...,对存储在 COS 中的图片、视频等静态资源进行多场景的审核。

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    BI为什么我的查询运行多次?

    此行为是正常的,旨在以这种方式工作。引用单个数据源的多个查询如果多个查询从该数据源拉取,则可能会出现对同一数据源的多个请求。 即使只有一个查询引用数据源,这些请求也会发生。...Caching可以减少对同一数据源的多个请求的可能性,因为一个查询可以受益于已针对其他查询运行和缓存的相同请求。...在云环境中,每个查询都使用自己的单独缓存进行刷新,因此查询无法受益于已为其他查询缓存的相同请求。折叠有时,Power Query的折叠层可能会根据正在下游执行的操作生成对数据源的多个请求。...隔离多个查询可以通过关闭查询过程的特定部分来隔离多个查询的实例,以隔离来自重复请求的位置。...此步骤假设你不担心源之间的数据泄漏,因此,可以使用Excel中的“设置快速组合”选项中所述的“始终忽略隐私级别”设置设置来完成数据隐私防火墙的禁用,或者使用“忽略隐私级别”,并可能会提高Power BI

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    面试官:能在容器里面通过 kill -9 杀死容器吗?问倒一大片。。。

    pid是进程的PID号。 强制终止进程可能会导致进程意外终止,因此需要谨慎使用,kill -9还可以用于终止僵尸进程。 上面我了解了关于 Kill 命令的具体使用方法以及注意事项。...我们都知道,容器里面第一个进程的PID为 1,那么当我们进入容器后,能否通过。 # kill -9 1 的方式杀死自己吗 ? 答案是不能。为什么呢?看下面。...细心的你可能已经发现了,我说的是无法在容器内的PID Namespace里面杀死。那么,容器外呢?...所以,在进入容器后,想要在容器内停止容器可以使用以下命令: docker stop container_id> 其中,container_id> 是要停止的容器的 ID。...另外,也可以使用以下命令来直接强制停止容器: docker kill container_id> 这个命令会向容器发送一个SIGKILL信号,直接杀死该进程并终止容器。

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    咦,为什么我的事务回滚不了?

    这就意味着带有 DDL 语句的事务将来没有办法 rollback。 我举一个简单的例子,大家一起来看下: 我们来一起看下我这里的测试逻辑: 首先查询总记录数有四条。 开启一个事务。...对于上面的案例,如果大家去掉第四步的 alter,那么回滚是可以回滚成功的,这个小伙伴们自己来测试,我就不演示了。...我举个简单例子: 可以看到,跟第一小节的测试步骤一样,只不过第四步换成一个 GRANT 语句,那么最终的事务回滚也会失效,原因就在于事务已经提交了。...flush privileges 导致事务隐式提交 optimize table 导致事务隐式提交 repair table 导致事务隐式提交 我在网上看有人说 LOAD DATA 会隐式提交事务,...最佳实践 那么多隐式提交,我怎么记得住呀?其实不用背,你只要记着事务里只写增删改查(INSERT/DELETE/UPDATE/SELECT),就不会错啦!

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    prometheus 告警机制 - 我的告警为什么重发

    为什么告警总在重复发,有时不重复发,怎么避免 告警会在两种情况下重发 告警 group 列表中告警有变更(增加或者减少) 告警持续到 repeat_interval 配置的重发时间。...告警 group 列表理解:在 alertManager 中,同 group 的告警,在 group_interval 的时间段内触发,会聚合到一个列表,如图一。...当 prometheus 下次扫描告警规则时,发现告警列表中的告警(新增/恢复),才会触发告警。 比如一个 group 的告警 A, B,C 在 30s 触发,聚合到一个告警列表发送。...解决办法 group 将易变的告警和容易持续异常的告警分到不同的组,发送时组内就不会存在一直是异常的告警。 快速把告警修好。...group_wait: 10s # 分组等待的时间 group_interval: 30s # 上下两组发送告警的间隔时间。

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