假设一个同事A，创建了一个表并初始化了数据（实际环境数据量较大，有1G多的数据），但是他忘记提交了。...分析到这里，我们已经知道事情的前因后果了，解决也很容易，找到那个会话的信息，然后定位到哪个同事，让其提交即可解决。但是，为什么没有提交与提交过后的差距那么大呢？是什么原因呢？...相关理论与概念如下： 为什么要一致性读,为了保持数据的一致性。...如果一个事务需要修改数据块中数据，会先在回滚段中保存一份修改前数据和SCN的数据块，然后再更新Buffer Cache中的数据块的数据及其SCN，并标识其为“脏”数据。...当其他进程读取数据块时，会先比较数据块上的SCN和进程自己的SCN。
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
转置会先将data.frame用as.matrix()转成矩阵格式，然后再转置，最终得到一个矩阵。...因为data.frame可以存放多个类型的数据，但matrix只能存放同一种数据类型，对于输入的data.frame而言,如果有字符型数据，那么整个data.frame的数值型数据都会被转成字符型·。
通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？...本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号的一位读者的提问 ?...大家可以关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言相关问题，如果我恰巧会的话，我会抽出时间介绍对应的解决办法 首先你已经有了构建好的进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本的序列名称 第二列y是想要替换成的id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新的进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出的进化树文件没有了最初的支持率的信息，我们再通过一行代码给他加上就好了
如果你从事SEO行业一段时间了，你是否偶尔会遇到这种情况，网页批量消失，搜索网站标题，完全查询不到结果，甚至输入网址查询都没有结果，那么一定是网站出问题，被搜索引擎降权了。 ...2、付费购买链接 操控外链最简单的办法就是购买链接，但微妙的购买链接，很难被识别，比如：双方站点相关性比较高，并且双方的导出链接几乎不是很多，这让搜索引擎很难判定，但如果你选择购买的链接，导出链接极高...3、频繁的修改网页标题 有的站长喜欢频繁的更改网页标题，如果你每一篇文章都是经常修改标题的话，搜索引擎会认定为你是一个极其不稳定的站点，逐渐会降低排名，时间久了，可能会从索引库删除你的网址。 ...4、单一的锚文本 很多站长为了提高关键词排名，经常是利用大量的内部锚文本指向关键词，但他忽略了一个问题，就是锚文本过于单一，而不是多元化的利用相近的关键词替代，这也是一个非常不友好的行为。 ...5、服务器不稳定 服务器不稳定是一个最致命的问题，它经常影响蜘蛛对网站进行爬行与索引，长时间的访问不到网站，搜索引擎会降低你站点的质量评级，时间久了，所有页面几乎都会被索引库删除。
r的future包提供了一种实现多线程并行计算的接口，但有时候在使用时，我发现r启动了比我设定的多得多的计算资源。...( mean = mean(x$v1), sd = sd(x$v1) ) }) rv 上面我启用了10个线程（workers）对数据进行处理，但实际运行的时候CPU的资源图可以会类似下面这样...在很久之前我就问过future包的作者，讨论在：https://github.com/HenrikBengtsson/future/issues/343 R语言大神任坤做了一段非常好的解释： 理解起来就是...问题的核心在于R很多包或者底层库在你不知道的情况下启动了并行计算，例如data.table。...举一个例子就是，如果你指定了4个worker，你只想使用4个CPU核心计算，但如果并行计算的内容函数使用了像data.table包的操作，而默认情况下data.table为了加速计算会使用系统全部的核心数目
一个需求，实现去除列表中的多个重复对象。 比如 a,b,c 在列表1 出现，bc 在列表2 出现，ad 在列表3 出现，那么仅仅保留1:abc, 2:空, 3:d。...这个列表中的对象可以是数据框，也可以是单个字符，也可以是列表，可以是任何类型的对象。...一个举例场景就是： 我有一个列表对象，这个列表对象里还有若干个列表，每个列表里面还有若干个对象，每个对象是一个存放基因名的向量。 这些不同的列表是不同的实验，而每个对象对应的是一个样本的富集基因。...思路就是循环列表中的每一个子集中的所有内容，去和之前的所有内容进行比较（%in%）；并且子集本身也是去重的。...a2 %in% a1] tmp13[[i]] = a3 } tmp13 就是根据比较去重后的新列表了。 因为这个代码长度的缘故，请实际动手操作一下，体验一下过程。
这里有两种方法来做到这一点，并且将原始的列表元素名称作为新数据框的一个列。...) # 查看结果 print(df) 在这个例子中，fill = TRUE参数确保了所有向量会被填充到相同的长度，use.names = TRUE参数保留了列表元素的名称作为列名。...在这个例子中，Reduce函数迭代地将列表中的向量组合（通过cbind）成一个单一的数据框，names(mylist)用于获取列表元素的名称并设置为新数据框的列名。...如果列表中的向量长度不相等，直接使用 rbindlist 或者 Reduce 结合 cbind 会遇到困难，因为这些函数通常要求所有向量具有相同的长度以便能够形成一个规则的数据框。...df <- bind_rows(df_list) # 查看结果 print(df) 在这些方法中，data.table 的 rbindlist 方法提供了一个简单且直接的解决方案，特别是当你希望保持原始列表中向量名称的顺序时
第二、客户端会缓存这些CSS或JS文件，每次更新了 JS 或 CSS 文件后，改变版本号，客户端浏览器就会重新下载新的JS或CSS文件，起到刷新缓存的作用。...原理： 例如 .htaccess 设置的 CSS、JS 缓存都有一个过期时间，如果在访客的浏览器中已经缓存了这些文件，在这些缓存未过期之前，浏览器只会优先从缓存中读取这些 CSS 和 JS 文件，如果你在服务器上修改了这些文件...一个网站的访客成千上万，你不可能在更新 CSS 后让每个访客都刷新一下缓存，那么这个问题你会怎么处理呢？ 方法一：更改CSS文件名 其实解决这个问题很简单，缓存是通过文件名标记缓存的内容的。...如原先 HTML 中的 CSS 调用语句如下： 注意：部分代理缓存服务器不会缓存网址中包含 "?" 的资源，所以方法二可能会导致你原先的缓存功能失效，可以改用第一种方法。
data.table 1、I/O性能： data.table的被推崇的重要原因就是他的IO吞吐性能在R语言诸多包中首屈一指，这里以一个1.6G多的2015年纽约自行车出行数据集为例来检验其性能到底如何，...DT[i,j,by] 如果这个过程是SQL中是由select …… from …… where …… groupby …… having 来完成的，在R的其他基础包中起码也是分批次完成的。...自定义名称： mydata[,....就是如此简单，连接的执行逻辑是，内侧是左表，外侧是右表，所以是DX left join DT 如果没有设置主键，需要显式声明内部的on参数，指定连接主键，单主键必须在左右表中名称一致。...左手用R右手Python系列——数据合并与追加 长宽转换： 长宽转换仍然支持plyr中的melt/dcast函数以及tidyr中的gather/spread函数。
Python和R是数据科学生态系统中的两种主要语言。它们都提供了丰富的功能选择并且能够加速和改进数据科学工作流程。...在这篇文章中，我们将比较Pandas 和data.table，这两个库是Python和R最长用的数据分析包。我们不会说那个一个更好，我们这里的重点是演示这两个库如何为数据处理提供高效和灵活的方法。...我们使用计数函数来获得每组房屋的数量。”。N”可作为data.table中的count函数。 默认情况下，这两个库都按升序对结果排序。排序规则在pandas中的ascending参数控制。...data.table中使用减号获得降序结果。 示例5 在最后一个示例中，我们将看到如何更改列名。例如，我们可以更改类型和距离列的名称。...类型:HouseType 距离:DistanceCBD 数据集中的distance列表示到中央商务区(CBD)的距离，因此最好在列名中提供该信息。
默认有标题，分隔符是“\t”(制表符)（2）文件导出1⃣️ 导出csv格式: write.csv(要导出数据框的变量名, file=" example.csv"). example是自己设置的名称2⃣️...保留列名和行名保留列名：header=T, 表格自带的列名会变成真正的列名。...("ex2.csv")图片图片data.table包：fread（）1） 非常方便，可以准确读取一些“问题文件”，例如刚刚有缺失空列的soft.txt，最好带上参数 data.table=F,可以确保产生干净的数据框...> soft_1data.table::fread("soft.txt",data.table = F)(非常方便，不需要乱七八糟的参数，可以读出复杂的文件）rio包：1) import() 可以读入一些后缀不正确的包...>aa$sheet1 #可以通过$sheet读取这个表格文件的不同工作簿3）export() 可以把一个由多个数据框组成的列表输出为带有多个工作簿的表格文件
NameNode 里有个叫 Namespace 的，它是维护整个 HDFS 文件系统的目录树结构及目录树上的状态变化的，比如一个目录树长这样...NameNode 里有还有个叫 BlockManager的，它是用来维护整个文件系统中与数据块相关的信息及数据块的状态变化的，比如，/user/bbb.avi 这个视频文件很大，它会被切分后存放在不同的地方...当我们想要查看 HDFS 上的某个文件时，都需要先问问 NameNode，这个文件它被切成了几小块(Namespace的作用)，每个小块都保存在哪台机器上(BlockManger的作用)，然后我们再按顺序去那些机器...当 HDFS 里的目录和文件变多，Namespace 要维护的目录树就会变大；同时，文件数量增加，BlockManager 要记录的文件被切分后的 Block 信息就多了。...这两样东西都是维护在 NameNode 的内存里的，所以呢，慢慢地 NameNode 占用的内存就跟着变大了。
这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。...涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...fwrite data.table 语法 dt[i, j, by] 数据过滤与合并等操作与 R 基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、...文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？...正则表达式与字符串处理：base 与 stringr 列表处理与迭代计算：purrr 统计建模：stats 与 broom 绘图：graphics 与 ggplot2 函数编程：apply家族和purrr
一、文件读写（R语言与外部数据的沟通） 1.csv文件的读取方式： 1) excel读取 2) 读取为文本文件 3) sublime（适用于大文件） 4) R语言读取...更改方法： 行名没有正确识别，修改用： row.names =1 列名改变了，修改时用：check.names =F ###为什么列名会被修改，因为在R语言中默认列名不能出现特殊字符...###小技巧： 图片 # data.table 读取任何形式的文件 ，包括问题文件 soft = data.table::fread("soft.txt",data.table = F) #正常文件...读取后是列表，然后对列表取子集。...class不能识别文件名称，是只能识别数据的函数。 判断数据类型的时候不带引号，不带后缀。
，将每个样本的原始数据文件加载到R中，然后创建一个Seurat对象，最后将所有Seurat对象存储在一个列表 (sceList) 中。...x = sceList[1]：指定第一个Seurat对象作为合并的基础。y = sceList-1：合并列表中其余的Seurat对象。...samples 是样本名称的列表，这些名称将作为每个样本细胞的前缀。合并后，sce.all 是一个包含所有样本的单个Seurat对象，包含所有细胞的基因表达数据。...RNA 这个assay中的所有数据层的名称。...换句话说，JoinLayers 会对所有数据层进行检查，并确保它们的维度（基因数和细胞数）一致。如果有任何层在之前的操作中缺失了某些基因或细胞，JoinLayers 会根据现有的层来补全。
版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...data.table为了加快速度，会直接在对象地址修改，因此如果需要就要在修改前copy，直接修改的命令有:=添加一列，set系列命令比如下面提到的setattr,setnames,setorder等；...当使用dt_names = names(DT)的时候，修改dt_names会修改原data.table的列名，如果不想被修改，这个时候应copy原data.table，也可以使用dt_names <-...,默认FALSE,如果TRUE，跳过空白行 key，设置key，用一个或多个列名，会传递给setkey showProgress,TRUE会显示脚本进程，R层次的C代码 data.table,TRUE
最近接收到粉丝的求助，说她安装一个包data.table失败了，提示她R包data.table依赖于最新的4.0以上，所以被迫升级了R，结果仍然是搞不定它，又降级为3.6，折腾了三天三夜，仍然是折戟沉沙在包...我觉得她的故事非常典型，值得分享，很多人缺乏“透过现象看本质”的能力，总是会被各种各样的R报错的表面信息给误导。 我们首先回顾一下她遇到的报错： ?...（PS：起初没有意识到她安装一个data.table包的代码如此复杂，肯定是中间经历了各种各样的搜索，被带歪了） 初步怀疑是默认安装的data.table包版本太高了，所以找到旧版本R包给她，但是接下来的报错更诡异...我完全搞不懂她为什么就遇到了这么稀奇古怪的错误，关键是我自己的mac根本就没有pkg-config这个东西，安装包也丝毫不费劲啊！...也就是说，接下来我自己的data.table包也被搞坏了，真是尴尬啊。而且，我终于想通了为什么粉丝会误以为她自己的R需要升级到4.0了，因为报错里面的确有一个警告，说这个包是4.0条件下创造的。
M att Dowle 与 data.table “ Matt：“老子在给世界上最大的金融机构打工，你竟然说 BUG 修复要等6个月？！” S-PLUS 客服：“为什么你不试试 R 呢？”...data.table 也是 github 中第八大受关注的 R 开源项目。此外，data.table是目前 RStudio CRAN 镜像中下载最多包。...在实战中，data.table 获得了 Kaggle 排名第一的 Gilberto 的青睐，他的原话很直接—— data.table is COOL!!!...2014年洛杉矶会议上的演讲。在这段21分33秒的演讲中，Matt 回顾了自己在伦敦大投行的工作经历（雷曼兄弟以及所罗门兄弟）、自己与 R 的偶遇以及开发 data.table 的动机。...更重要的是，我有了那么多第三方开源包。 也是在那时，三年前的那个想法再次冒了出来：我能够让下面的代码在 R 中运行吗？
接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二） 使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[]...中，by所对应的组合中的值是唯一的，虽然实现了目标，但结果中没有设置键： key(type_class_test0) #> NULL 这种情况下，我们可以使用keyby来确保结果的data.table自动将...一般data.table会保持原来的顺序返回，有时候我们想要设定排序，keyby也可以实现，所以是一举两得： type_class_test = product_info[product_tests][...("volume") #> year average #> 1: 2015 4000 #> 2: 2016 4003 我们可以利用此包专门的语法创造一个列数动态变化的组合，并且组合中的列是由动态变化的名称决定的.../wiki查看完整功能列表。
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