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4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列查找

[序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 基因组序列主要构成成分是基因序列,重复序列和基因间序列。...基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释核心是基因识别,为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复和低复杂性序列。 什么是重复序列?...重复序列(repetitive sequence)是在基因组不同位置出现相同或对称性序列片段,一般不编码多肽。组织形式有两种:串联重复序列和分散重复序列。...常用数据库 GIRIRepBase:常用真核生物DNA重复序列数据库 RepeatMasker:常用重复序列分析工具 ALU数据库:人和灵长类Alu重复片段 LINE-1数据库...: STR数据库:短串联重复序列数据库,不再提供服务 ---- 1 RepeatMasker工具 这个工具有webserver版本和命令行版本 Using and Understanding

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STL中有序序列查找算法

1.binary_search() 二分查找一般比顺序搜索要快,但要求序列元素是有序。 参数定义:binary_search() 实现了一个二分查找算法。...它会在前两个参数指定范围内搜索等同于第三个参数元素。这个序列元素必须被排成升序序列或者至少相对于所查找元素是有序。...注意:binary_search() 能告诉我们元素是否在这个序列,但当它在序列时,却不能告诉我们它位置。...另一个版本 binary_search() 接受一个额外参数,它是一个用于查找元素函数对象;显然,它必须和用于对被查找序列进行排序比较操作有相同效果。...4.equal_range() 找出有序序列中所有和给定元素相等元素。 参数定义:前两个参数是指定序列两个正向迭代器,第三个参数是要查找元素。

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Git仓库恢复已删除分支、文件或丢失commit

在使用Git过程,有时可能会有一些误操作 比如:执行checkout -f 或 reset -hard 或 branch -d删除一个分支 结果造成本地(远程)分支或某些...commit丢失 可以通过reflog来进行恢复,前提是丢失分支或commit信息没有被git gc清除 一般情况下,gc对那些无用object会保留很长时间后才清除...reflog是git提供一个内部工具,用于记录对git仓库进行各种操作 可以使用git reflog show或git log -g命令来看到所有的操作日志 恢复过程很简单...通过git branch recover_branch[新分支] commit_id 来建立一个新分支 这样,我们就把丢失东西给恢复到了recover_branch分支上了。...Q:怎样找回历史版本删除文件?

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LInux查找

grep 命令用于查找文件里符合条件字符串一列。若不指定任何文件名称,或是所给予文件名为 -,则 grep 指令会标准输入设备读取数据。...参考文章 二、find 2.1 基本用法 用于在文件树(目录结构下)查找文件,并作出相应处理 。 命令参数 pathname: find命令所查找目录路径。...-exec 参数后面跟是command命令,它终止是以;为结束标志,考虑到各个系统中分号会有不同意义,前面加反斜杠\。 示例 在目录查找更改时间在n日以前文件并删除它们 find ....-perm -7 -print | xargs chmod o-w 三、awk awk工作流程是这样:读入有’\n’换行符分割一条记录,然后将记录按指定域分隔符划分域,填充域,0则表示所有域,1表示第一个域...NF 表示是浏览记录个数,NF 表示最后一个Field(列),即输出最后一个字段内容默认域分隔符是"空白键" 或 “[tab]键”。

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go已知列表查找字符串

01 May 2016 go已知列表查找字符串 最近在开发遇到一个需求,需要查找某个给定字符串是否属于有效字符串。...例如以下字符串都是有效字符串: "key1" "key2" "key3" "key4" "key5" "key6" 若查找字符串是key1,存在key1,所以key1是有效字符串,若查找字符串是key0...,但是该方式查找效率最高,时间复杂度为常数O(1),所以一般推荐使用; 方式二由于需要遍历所有字符串,时间复杂度是O(N),N是切片长度,随着长度增大,查找时间越长,但是相比方式四,代码少了很多,谨记代码越少出错概率越小...,要想软件没有bug,唯一方法就是不写代码; 方式三通过使用go标准库sort,将切片先排序后,使用二分法查找目标字符串,算法复杂读相对方式二和方式四较好,为O(logN),N为切片长度,可读性较好,...若查找字符串是key1,则时间复杂度O(1),但是若查找字符串是最后一个字符串时,时间复杂度和方式二一样,都是O(N),N表示字符串个数,但是该方式没有没有使用任何数据结构,如果对内存开销要求高,可以推荐使用

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RepeatMasker:查找基因组上重复序列

RepeatMasker软件用于查找基因组上重复序列,默认情况下,会将重复序列原有的碱基用N代替,从而达到标记重复序列目的。...除此之外,也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除方式,来标记重复序列。 该软件将输入DNA序列与Dfam和Repbase数据库已知重复序列进行比对,从而识别输入序列重复序列。...在Sequence输入或者上传FASTA格式DNA序列;Search Engine选择比对软件,Speed/Sensitivity选择运行模式,不同模式主要区别在于运行速度与敏感度差异,DNA.../configure 需要注意是,至少需要安装上述四种比对软件任意一种。...运行完成后,会生成多个文件,后缀为masked文件为标记重复序列文件,后缀为.out文件保存了重复序列区间信息。

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JavaScript变量查找

众所周知,JavaScript变量是按照作用域链来进行查找(作用域和作用域链相关知识可参看我另一篇文章,《基于JavaScript作用域链性能调优》), 那么,对于一个简单赋值操作,等号左右两边变量查找方式一样吗...LHS(left-hand-side左查找)和RHS(right-hand-side右查找) 概念如下: LHS查询:试图找到变量容器本身,从而可以对其进行赋值 RHS查询:查找某个变量值 对于一个赋值语句...var a = b;,等号左侧进行LHS查询,等号右侧进行RHS查询;如果是一个普通打印语句console.log(a),那么,查找变量a属于RHS查询。...两者相同之处:都遵循作用域链查找。 2....参考文章首部例子: b = 4; console.log(b); // 4 delete b; console.log(window.b); // undefined 程序并没有声明变量b,但是由于

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查找DLL函数

1.引言 自己在工作,发现在一个项目是生成dll,其中包含很多个头文件和cpp,但是其中一个头文件Test.h里面有一行代码是 bool DLL_EXPORT MyFunction(int a);...但是却没有Test.cpp来实现这个函数定义 那就奇怪了,有了函数声明,但没有定义 2.我思路 我第一个思路是既然头文件是Test.h,那按照自己之前生成dll方式,它生成dll文件也一定叫Test.dll...,那应该名字也一样,现在看来,之前查头蒙了,怎么能自己包含自己生成dll呢,笑掉大牙 那我想有没有一个文件可以查我这个项目Test生成Test.dll里面包含函数呢,因为既然我MyFunction...,所以只有个印象,但没有记住 3.Dependencies 把Test.dll加载进去,点击左侧Test.dll,右边是上下两幅,上面是自己导入,下面是给别人用 网上找个图代替下: 我在上面按Ctrl...+F,搜MyFunction果然搜到了,并且发现它在bbb.dll,这时我再去Test项目中看附加库依赖文件,发现确实有bbb.dll 至此问题解决

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如何查找一个域名子域名记录

起因是在Cloudflare和DNSPod添加域名时系统会扫描待添加域名子域解析记录,感觉很神奇。方法一:穷举/使用字典通过穷举N位数子域,例如从000到zzz,找到部分子域。...不管是穷举还是跑字典,都需要一条条向DNS服务器请求来获得解析情况。...方法二:通过查询HTTPS/SSL证书数据证书授权机构有一个叫证书透明度(Certificate Transparency)项目,会把每个SSL/TLS证书发布到公共日志。...我在腾讯云免费申请TrustAsiaSSL证书通过上面那个crt.sh网站都能查到,但是其他证书机构/付费证书能不能查到就不清楚了。...其他方法上面只列举了两个最方便使用方法,除此之外还有很多别的方法,例如DNS区域传送、DNS缓存探测(DNS Cache Snooping)、DNS聚合器(DNS aggregators),但比较麻烦不方便使用就不列出了

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TODS:时间序列数据检测不同类型异常值

当时间序列存在潜在系统故障或小故障时,通常会出现逐点异常值。这种异常值存在于全局(与整个时间序列数据点相比)或局部(与相邻点相比)单个数据点上。...当数据存在异常行为时,通常会出现模式异常值。模式异常值是指与其他子序列相比其行为异常时间序列数据序列(连续点)。...Discords 分析利用滑动窗口将时间序列分割成多个子序列,并计算子序列之间距离(例如,欧几里德距离)以找到时间序列数据不一致。...当许多系统之一处于异常状态时,系统异常值会不断发生,其中系统被定义为多元时间序列数据。检测系统异常值目标是许多类似的系统找出处于异常状态系统。例如,具有多条生产线工厂检测异常生产线。...我希望你喜欢阅读这篇文章,在接下来文章,我将详细介绍在时间序列数据检测不同类型异常值常见策略,并介绍 TODS 具有合成标准数据合成器。

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