从MCMCglmm中提取随机效果
是指在Bayesian统计中，使用MCMCglmm软件包提取混合模型（Mixed Model）中的随机效应（Random Effects）。混合模型是一种包含固定效应（Fixed Effects）和随机效应的统计模型，常用于处理具有层次结构或者重复测量的数据。
MCMCglmm是一个在R语言中实现的统计软件包，用于进行贝叶斯混合线性模型分析。它基于MCMC（Markov Chain Monte Carlo）方法，通过模拟蒙特卡洛采样来对模型参数进行估计，从而得到后验分布。随机效应是模型中由于个体间的差异或者观测数据之间的相关性而引入的随机成分。
提取随机效果可以帮助我们理解模型中随机成分的贡献和影响。它可以用于评估不同层次间的变异程度、个体间的相关性以及对应的不确定性。通过提取随机效果，我们可以更全面地分析和解释混合模型的结果。
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请注意，以上推荐的腾讯云产品仅为示例，实际选择应根据具体需求和项目要求进行评估和决策。
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我有一个函数可以多次运行MCMCglmm。shuffles <- 1:10library(dplyr) dplyr::bind_rows(., .id = 'shuffle')
ddd 此部分仅提取固定<e
浏览 37提问于2020-10-28得票数 1
我在R中运行了几个MCMCglmm模型，并希望绘制回归估计值以及置信区间。我只对绘制固定效果感兴趣，因为我的随机效应是单个演员，个人接受者和团队--所有这些在统计上都不重要。我的问题是，我应该能够跳过一些代码，通过使用var.idx来指定我只想要绘制某些效果；但这是抛出错误"var.idx: is not a graphical parameter。我的MCMCglmm模型叫做m1.teaching。这是对我有用的代码。sds=m1.coefs.present.r$'
浏览 4提问于2014-06-19得票数 1
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我正在寻找一个类似于在nlme，lme4和brms中使用的ranef()的命令，它将允许我在我的MCMCglmm模型中提取单独的随机效果。在我的数据集中，我有40个提供者，我想为每个提供者提取随机效果，并将它们绘制在毛虫图中。任何建议都是很棒的。谢谢。如果有用，这里是我的MCMCglmm模型：
prior.3 <- list(R = list(R1 = list(V = diag(2), nu = 0.002)),= diag(2), nu =
浏览 11提问于2017-12-02得票数 5
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我需要从我的模型中提取出随机效应的后验估计值和间隔。library(MCMCglmm)sm.surv(Chick)时，在第二行代码中会出现以下错误：smranef.surv=as.mcmc(smranef.surv)
mcm
浏览 5提问于2019-11-24得票数 2
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我有来自参与者(part)的主题内生理数据，他们都在三轮(round)上观察了刺激(阅读报纸)，每轮都有五篇论文(paper)，每一轮中都有报纸中的可变访问次数(visit)。我试着用随机效应考虑生理学上的个体差异(让我们暂时满足于拦截)，也许用另一种随机效应考虑子弹的疲劳。因此，我想在R中运行的模型是，在SPSS中： /FIXED=CONDhier CONDabund CONDhier*CONDabund我读到过lme<em
浏览 0提问于2013-11-21得票数 41
我在MCMCglmm中运行了一个随机斜率模型，在随机效果部分，我有一个单独的协变量交互作用。当使用predict()从这个模型中获得估计值时，我遇到了一个错误，我似乎无法处理这个错误。下面这个更简单的例子(一个随机截取模型)遇到了同样的错误，所以我想知道我做错了什么？示例数据由20个个体组成，对于某个协变量，每个个体测量20次，两组中每组10个个体，加上一个协变量和一个响应变量(y)： set.seed(123)
dat <- data.fra
浏览 30提问于2020-03-20得票数 2
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我想用R包MCMCglmm来估计二项式模型。该模型应包括一个截距和一个斜坡-作为固定部分和随机部分。如何指定接受的prior？(注意，，但是在一个更复杂的环境中。)
浏览 1提问于2016-11-15得票数 0
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因此，我正在寻找一种快速的方法来从R中的MCMCglmm模型中创建一个DIC分数表，我运行了10个不同的模型，可以使用以下代码分别从每个模型中提取DIC，其中模型称为m1：
m1.DIC <-我已经查看了MCMCglmm包的文档，没有发现任何提示，说明我是否可以通过一些内置函数获得跨模型的快速摘要。有一个吗？还有别的包裹能做到这一点吗？我知道rethinking包使用compare进行快速和简单的模型比较，但这似乎不适用于MCMCglmm输出，因为我得到了
浏览 8提问于2014-09-29得票数 0
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1回答
我需要从我的模型中提取每个固定效果的后验SE估计。 为了便于说明，与我正在使用的数据集类似的数据集是基本R中的ChickWeight数据集。我提取固定效果的后验估计和间隔的方法如下所示： #load packagem.surv<-lmer(weight ~ Time + Diet + (1|Chick), data=ChickWeight)
library(MCMCglmm)
浏览 23提问于2020-12-16得票数 1
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names.col = species, vcv = TRUE, na.omit = FALSE, warn.dropped = TRUE)
我知道我可以通过应用MCMCglmm
浏览 0提问于2018-07-02得票数 4
1回答
我想从一个用MCMCglmm估计的模型中模拟感兴趣的数量，大致就像Zelig包那样。在Zelig中，您可以为独立值设置所需的值，软件可以为结果变量(期望值、概率等)计算结果。# Same model with MCMCglmmm1.mcmc <- MCMCglmm(y~z, data=df, family = "gaussian", verbose= FALSE)有没有办法用MCM
浏览 1提问于2014-01-11得票数 2
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我试图用MCMCglmm来适应一个非常简单的模型，但是我被卡住了。对此数据建模的一种方法是对学生成绩使用随机截取，以说明每个学生成绩之间的相关性。设$\mu_i$是学生截取，$sigma$是残差sd，$\sigma_{\mu}$是截取的sd。可以很好地拟合模型的第一个参数化(随机截获)。附注：如果没有人告诉我只适合随机拦截模型，我会很感激。后续:我目前正在尝试使用BRMS来适应该模型，但仍然会对MCMCglmm中的任何“黑客攻击”持开放态度。
浏览 6提问于2021-01-09得票数 1
1回答
在MCMCglmm中，我很难记住美国、idh和idv函数的含义。我知道这些是考虑到随机方差-协方差结构的函数，但它们是英语中某些单词的缩写吗？记住它们和它们的潜在意义是很有帮助的。非常感谢。
浏览 3提问于2020-06-30得票数 1
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我想比较模型(“拟合”)值的响应变量估计使用零充气泊松分布与观测值从数据。有人能就从这种模型中提取响应变量的条件均值的机制提出建议吗？本质上，我只想使用观察到的数据和模型中的响应变量的预测值来计算残差，但是predict还没有实现MCMCglmm中zi泊松族模型的数据尺度。require(MCMCglmm)
example = data.frame(response=rbinom(10000,1,0.05), predictorA=rnorm(10000,100,10burnin
浏览 1提问于2015-08-14得票数 1
2回答
我已经使用R中的gamlss包运行了带有随机截获的beta回归模型。re(random = ~1|mf), data = poll_df)
我想从模型对象中提取每个分组因子(mf)的随机效果，以便创建预测的概率图，但我找不到它们存储在对象中的位置/是否存储在对象中。分组因子的每个值的随机截获是否可用？如果是，在哪里？
浏览 71提问于2018-01-26得票数 2
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我可以使用summary(fm1)从nlme摘要中提取固定效果。但是正在苦苦挣扎着如何获得Random effects:部分。
浏览 2提问于2012-01-28得票数 8
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我已经成功地拟合了一个线性混合效果模型，我正在寻找提取单个组的随机效果分量。我知道可以使用以下命令提取随机效果的完整列表然后print(random.effects(模型))给出一个包含两列的组名称和随机效果列表，即使数据本身似乎只有一列我的问题是，是否可以通过组名“查找”与特定组相关联的随机效果，或者，如果不能，我如何才能找到与random.effec
浏览 2提问于2010-09-10得票数 2
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glmmTMB 是一种从模型中提取后验模式和可信区间的方法，类似于lme4模型(例如)。
我正在使用计数数据(可用的)，这些数据是零膨胀和过分散的，并且具有随机效应。var increases quadraticallyconfint(model) #this gives the confidence intervalssmfixef.model = sm.model@fixef
smfixef.model
浏览 4提问于2020-05-19得票数 2
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