我在不同的.smk文件中存储了我的SnakeMake规则。我有一个带有以下输入函数的文件(a.smk) # Some processing input: get_input现在在另
浏览 7提问于2020-02-04得票数 1
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我正在使用Snakemake向集群提交作业。我所面临的情况是，我只想在所有其他规则运行之后才强制某个特定的规则运行--这是因为这个作业的输入文件(R脚本)还没有准备好。我碰巧在Snakemake文档页面上看到了这个，它声明可以强制执行规则命令- 。在我的qsub集群工作流中，我希望tximport_rsem只在rsem_model完成之后才执行，并且我尝试了"touchfile“方法，但是我无法使它成功地工作。Missing
浏览 0提问于2019-06-03得票数 0
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file2.vcf file3.vcf > sample.vcf
正如@jeeyem所建议的那样，我尝试了dyn
浏览 3提问于2018-03-30得票数 2
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log
我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，我将输入和输出称为
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我的Snakefile有两条规则:一条使用通配符生成多组文件，另一条将所有内容合并到一个文件中。，这不允许我跟踪从第一条规则到第二条规则的文件：Missing input files for rule
浏览 7提问于2022-03-06得票数 1
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ERR35179 male tumor 16在给定一个subject_id时，我需要输入tumor和来自dataframe的control示例，并与来自配置和文件终止的路径连接，以生成一个使用subject_id的输出。为此，我编写了以下规则(在snv_calling.smk文件下)： input:
tum
浏览 7提问于2022-02-14得票数 2
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我对snakemake相对来说是个新手，而且我很难适应分散收集的DeepVariant工作流到snakemake规则。
在最初的Snakefile中，我想将第一步分散到集群中。*格式以中间文件格式跟踪碎片号，因此我需要使用字符串格式来提供input、output和shell字段中的碎片号和碎片总数，并在scatter规则的params中以通配符的形式提供碎片编号。expand()<
浏览 3提问于2020-07-11得票数 4
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我的snakemake管道包含31条规则，这让我发疯了。它是一个映射和snp调用管道，它使用BWA和HaplotypeCaller等。根据所使用的程序，我为每个规则创建了一个conda环境。我的代码相当长，如果需要，可以在以下地址看到：
具体来说，当我想构建DAG时，snakemake告诉我，haplotype_caller规则没有参考基因组作为输入。但它在档案里。REFERENCE = config["consensus"]["reference"
浏览 18提问于2022-10-14得票数 0
首先，这可能是Snakemake and pandas syntax的复制品。然而，我仍然感到困惑，所以我想再解释一次。 在Snakemake中，我加载了一个包含多个列的示例表。其中一列名为“READ1”，它包含样本特定的读取长度。我想分别获得每个样本的这个值，因为它可能不同。我所期望的是： rule mismatch_profile: rseqc_input_bam os.
浏览 10提问于2019-01-08得票数 2
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我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容： ### Snakefile input:[0]def run_test(): with open(out_file, "w")
浏览 28提问于2020-06-12得票数 1
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在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？ 让我解释一下，以防不清楚： 假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读/写。用户B随后导航到dir/，将输入文件<
浏览 29提问于2021-10-27得票数 1
从中，我知道我可以定义一个概要文件并通过我可以将其中一个配置文件设为默认配置文件(在输入命令snakemake时使用)吗？在.bashrc中定义别名是一种变通方法。然而，我想知道是否有一个“官方”的snakemake解决方案。Sideremark:我创建snakemake默认配置文件的最初动机是定义默认核心数，这样
浏览 1提问于2021-05-14得票数 1
希望你能帮我解决我的问题或者告诉我提交报告。
我正在从另一个蛇形文件中的github“导入”一个snakemake模块，这是本地的。这似乎打乱了当地蛇形动物的目标。当第二个snakefile被导入时，目标不再是规则'all‘所指定的目标，而是由一些任意的(?)规则在导入的snakefile中，即使导入的snakefile不包含任何相关规则。使用githu
浏览 4提问于2021-10-06得票数 1
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我是蛇形蛋糕的新手。当我在“蛇形码头”( Docks of snakemake， )中阅读Snakemake教程时，我不明白它的含义。有人能解释一下吗，非常感谢！如果一个输入文件比一个输出文件更新，或者一个输入文件将由另一个作业更新，Snakemake只会重新运行作业。
浏览 7提问于2018-01-05得票数 0
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我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,snakemake</
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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在我刚刚更新为(7.15.2)的Snakemake版本中，"snakemake -n“将返回每个作业的”原因“。例如，这可以是“由另一个作业更新的输入文件”、“丢失的输出文件”或“更新的输入文件”。我只想在“缺少输出文件”的情况下运行作业，而忽略所有有其他原因的作业。在以前版本<em
浏览 1提问于2022-10-18得票数 0
toolX --threads {threads} | tee {log} 2> {log}当我检查回送的snakemake日志文件时，我会发现三个作业提交的行：“toolX作业的排队时间限制为引入attempt参数为4.1.02017~09-26.我用的是snakemake 6.15.1。
我正在使用来自的slurm作业提交脚本。，这让我感到意外，然后测试了与复杂规则中</em
浏览 7提问于2022-02-07得票数 3
我有一个相对较长的数据分析管道，有几个模块，它创建了许多输出文件和图表。现在，我希望能够相对轻松地运行这个管道，但是使用两个不同的参数集(或更多)存储在两个独立的config.yaml文件中。特别是，我希望能够轻松地运行一个配置文件、另一个配置文件或同时运行这两个配置文件的整个管道。然后，输出将存储在两个不同的文件夹中。作为第一次尝试，
浏览 4提问于2022-01-27得票数 0
我在为一件很简单的事而挣扎。在我的snakemake管道输入时，我希望有一个目录，列出它的内容，并并行处理该目录中的每个文件。我天真地认为，这样的事情应该会奏效： input: output:
"out/{test}.txt"我可以找到的所有资源都是从
浏览 4提问于2021-12-15得票数 0
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下面的Snakefile在AmbiguousRuleException中失败run_id = ['R1']
bwa: S1.bam这是意料之中的，但是，如果library_id和run_id的具有相同的值，则不检测歧义，只执行第一条规则
浏览 4提问于2021-08-23得票数 1
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