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    FUMA:基因关联的功能图谱和注释

    SNPs 提供广泛的功能注释。...GWAS 统计摘要是 SNP2GENE 流程的必备输入项。FUMA 接受多种格式。例如,PLINK、SNPTEST 和 METAL 输出格式可照常使用。对于其他格式,可提供列名。...每一行应包含一个 SNP 的信息。输入的 GWAS 统计摘要文件可以只包含 SNP 子集(例如,您的研究感兴趣的 SNP,以便对其进行注释),但在这种情况下,MAGMA 的结果将不再相关。...如果输入文件有其他名称,可在指定输入文件时在相应的输入框中输入。需要注意的是,应避免使用名称如上但元素不同的列。...此外,如果您对特定的基因组区域感兴趣,也可以上传包含 3 列(染色体、起始位置和终止位置)的文件来提供这些区域。然后,FUMA 将使用这些基因组区域选择与 LD 相关的 SNP 进行注释和绘图。

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    使用Calcite解析Sql做维表关联(二)

    继上一篇中使用Calcite解析Sql做维表关联(一) 介绍了建表语句解析方式以及使用calcite解析解析流表join维表方法,这一篇将会介绍如何使用代码去实现将sql变为可执行的代码。...实现流程分析: 注册表 根据对create语句解析的结果:表名称、字段信息、表属性,注册成为相应的源表、结果表; join 拆解 使用calcite 解析后得到两个部分join部分、insert部分,join...部分得到的流表先转换为流,然后根据维表配置的属性(维表来源、查询方式等)选择不同的维表关联策略,得到一个关联之后的流,最后将这个流注册为一张表;对于insert部分就比较简单,insert部分的select...的表直接更换为关联之后的流表,然后执行即可。...接下来将流表与维表进行关联查询,根据维表根据设置的不同属性:同步/异步查询、cache/nocache方式、查询不同的外部存储等,需要实现不同的查询方式。

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    使用Calcite解析Sql做维表关联(一)

    维表关联是离线计算或者实时计算里面常见的一种处理逻辑,常常用于字段补齐、规则过滤等,一般情况下维表数据放在MySql等数据库里面,对于离线计算直接通过ETL方式加载到Hive表中,然后通过sql方式关联查询即可...,但是对于实时计算中Flink、SparkStreaming的表都是抽象的、虚拟的表,那么就没法使用加载方式完成。...透过维表服务系列里面讲到的维表关联都是使用编码方式完成,使用Map或者AsyncIO方式完成,但是这种硬编码方式开发效率很低,特别是在实时数仓里面,我们希望能够使用跟离线一样sql方式完成维表关联操作。...在Flink1.9中提供了使用sql化方式完成维表关联,只需要实现LookupableTableSource接口即可,可以实现同步或者异步关联。...select节点与SqlJoin节点,执行逻辑就是根据SqlJoin节点做维表关联之后生成新的表,然后去select这样新的表。

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    如何使用SysRq组合键修复无响应的Linux系统

    如何使用SysRq组合键 触发的动作取决于SysRq组合键中使用的命令键。对调试最有用的命令键是。 "t "将系统中每个进程的堆栈跟踪打印到内核日志中。这个输出允许人们看到所有进程在那一刻在做什么。...使用SysRq组合键修复抖动问题 同时按键盘上的Ctrl + Alt + Fn键。 用另一只手按SysRq键。如果你的键盘上没有SysRq标签,请按Prtscn键。...这样做之后,等待几秒钟,你的机器就会停止抖动。上述的组合键在你的系统上执行了以下任务。 R:将键盘切换到Raw模式。 E:向除init以外的所有进程发送SIGTERM信号。...修复无反应的Linux系统 当内存不足时,一些特定的进程会使计算机的工作陷入瓶颈。在这样的情况下,SysRq组合键可能会派上用场。另外,你也可以重启系统,立即杀死可能导致该问题的进程。...但这并不是一个可行的选择。 你也可以使用ps命令监控你的Linux系统上的运行进程。该命令将输出诸如进程ID、按CPU分配给进程的时间、当前的TTY外壳等信息。

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    annovar注释的进阶使用

    菜鸟团公众号肯定讲过annovar的使用了。比如Nickier的vcf文件的注释及ANNOVAR的使用。 而在使用 ANNOVAR 之前,你应该知道和ANNOVAR 是如何注释 RS ID 的?...annovar最常使用的方式是这样的。...其实annovar提供了对indel不进行处理的方式,-keepindelref参数。 但是很怪,这个参数不能在table_annovar.pl里直接使用,所以注释分成更规范的两步。...多样本 直接使用table_annovar.pl注释多样本vcf时,会产生Otherinfo列非常多的问题。...添加自有数据库 官方的数据库列表包含了很多常用数据库,但是有时候会需要一些比较特殊的信息。比如亚洲人群的MAF信息。 在找到数据之后,就想利用annovar的注释机制将此信息也添加到注释结果中去。

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    流计算和数据库表的关联

    在回答这个问题之前,首先我们得把表和流统一了。 什么是表呢?...常规意义上的表指的是一堆拥有行列性质的数据,每一行都有着唯一的主键(无论是隐性还是显性的),在某种程度上,一张表的存储结构是一个只增不减的log(LSM树或者是B树),事务就是对这个log上的某条记录快照的更改及最终应用在...流是一系列变化数据的无穷集合,流犹如一条河流,生生不息。也就是只增不减的log 而流和表的联系就在于这个log了。...从一张表中生成流:将这张表的变更过程一条条记录下来,就变成了流 从流中形成一张表:不断执行流中的一系列事务更改日志的生成的结果就是一张表了。 对这个概念的通俗理解就是Oracle里的物化视图。...一张物化视图就是将一系列原始表的变更日志应用在原始表上的结果表。

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    SQL处理表结构的基本方法整理(创建表,关联表,复制表)

    方法二:(由tianshibao提供) CREATE TABLE 新表 LIKE 旧表 复制旧表的数据到新表(假设两个表结构一样) INSERT INTO 新表 SELECT * FROM 旧表 复制旧表的数据到新表...FROM 旧表 如果是 SQL SERVER 2008 复制表结构,使用如下方法: 在表上面右击——编写表脚本为:——Create到——新查询编辑器窗口,你也可以保存为sql文件, 新查询编辑器窗口的话在最上面一条把...use databasename改成你要复制过去的数据库名称 如果遇到: IDENTITY_INSERT 设置为 OFF 时,不能向表 ‘id’ 中的标识列插入显式值。...SQL: select* from 日程安排 where datediff('minute',f开始时间,getdate())>5 说明:两张关联表,删除主表中已经在副表中没有的信息 SQL: delete...说明:得到表中最小的未使用的ID号 SQL: SELECT (CASE WHEN EXISTS(SELECT * FROM Handle b WHERE b.HandleID = 1) THEN MIN

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    MySQL 表和列的注释深入理解

    像代码一样,可以为表以及表中的列添加注释,方便其他人知晓其功能。对于一些字段,在经过一定时间后,创建者未必也能想起其具体的含意,所以注释显得尤为重要。...注释的添加 注释的添加是通过在定义表或列的时候在末尾加上 COMMENT 关键字来实现的,最长支持 1024 个字符。 可以在创建表的时候为表和列添加相应的注释。...'表的注释'; 执行上面的语句后创建了一个名为 test_comment 的表,并且为表和其中的 col1 列指定了相应的注释。...| +----------------+ 1 row in set (0.00 sec) 注释的更新 对已经存在的表和列,可通过相应的更新修改操作来添加注释。...' 1 row in set (0.00 sec) 表注释的添加,更新 通过 ALTER TABLE 来完成对表注释的添加和更新。

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    SQL处理表结构的基本方法整理(创建表,关联表,复制表)

    方法二:(由tianshibao提供) CREATE TABLE 新表 LIKE 旧表 复制旧表的数据到新表(假设两个表结构一样) INSERT INTO 新表 SELECT * FROM 旧表 复制旧表的数据到新表...FROM 旧表 如果是 SQL SERVER 2008 复制表结构,使用如下方法: 在表上面右击——编写表脚本为:——Create到——新查询编辑器窗口,你也可以保存为sql文件, 新查询编辑器窗口的话在最上面一条把...use databasename改成你要复制过去的数据库名称 如果遇到: IDENTITY_INSERT 设置为 OFF 时,不能向表 ‘id’ 中的标识列插入显式值。...SQL: select* from 日程安排 where datediff('minute',f开始时间,getdate())>5 说明:两张关联表,删除主表中已经在副表中没有的信息 SQL: delete...说明:得到表中最小的未使用的ID号 SQL: SELECT (CASE WHEN EXISTS(SELECT * FROM Handle b WHERE b.HandleID = 1) THEN MIN

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    A关联B表派生C表 C随着A,B 的更新而更新

    ,所以这也是打算写博客的主要原因——在解决完工作需求后,通过博客梳理整个解决问题的思路,加深记忆的同时,也相当于给自己做一份线上笔记,方便以后取用。...2这个标题比较接地气,因为老板就是这样给我提需求的 先说需求: A关联B表派生C表 C随着A,B 的更新而更新 走的弯路: 关联更新,所以我的重点找到关联上去了,然后就找到了外键,看了一大波外键的文章博客...,当我成功设置好外键时候,测试删除没问题,插入不会更新,所以我一开始以为是我外键设置的问题 直到我继续找资料看到一句话: sql里的外键和主键的定义是一样的,都是代表了索引 (这句话看了好多次,第一次是设置外键时候没法设置...,看了这句话才知道要先设置索引,具体外键的设置问题,会 再写一篇博客详细说明,里面涉及的内容还是比较多的) 所以我就想到了什么?...再加一句,标题是三个表,我只写了两个表,其实原理都是一样的!会一个后面的就自由发散吧!哈哈

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    SQL Tuning 基础概述06 - 表的关联方式

    hints:use_nl() merge sort join(排序合并) 驱动表和被驱动表都是最多访问1次,无驱动顺序,需要排序(SORT_AREA_SIZE),连接条件是或like导致无法使用...> > 使用。...hints:use_hash() 实验验证: 1.不同表连接的表访问次数验证 2.不同表连接的驱动顺序区别 3.不同表连接的排序情况分析 4.不同表连接的限制场景对比 5.不同表连接和索引的关系...5.不同表连接和索引的关系: 5.1 nested loops join 驱动表的限制条件建立索引,被驱动表的连接条件建立索引。...(虽然在两张表的连接条件都建立了索引,却只能消除一张表的排序操作) 注:本文为《收获,不止Oracle》表连接一章的总结笔记。

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