首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

使用加权邻接矩阵通过networkx计算所述矩阵的全局效率

使用加权邻接矩阵计算网络的全局效率是一种衡量网络传输效率的方法。全局效率衡量了网络中所有节点之间信息传递的速度和效率。在networkx中,我们可以通过以下步骤来计算:

  1. 导入networkx库:首先,我们需要导入networkx库,以便使用其中的函数和方法。
代码语言:txt
复制
import networkx as nx
  1. 创建加权图:接下来,我们可以创建一个加权图对象,并添加节点和边。节点可以使用任意类型的标识符,边可以具有不同的权重值。
代码语言:txt
复制
G = nx.Graph()
G.add_nodes_from(['A', 'B', 'C', 'D']) # 添加节点
G.add_weighted_edges_from([('A', 'B', 1), ('A', 'C', 2), ('B', 'C', 3), ('C', 'D', 4)]) # 添加边及其权重
  1. 计算加权邻接矩阵:使用networkx库的函数,我们可以计算出加权邻接矩阵。
代码语言:txt
复制
adj_matrix = nx.adjacency_matrix(G, weight='weight')
  1. 计算全局效率:使用numpy库进行矩阵运算,我们可以计算出邻接矩阵的全局效率。
代码语言:txt
复制
import numpy as np
global_efficiency = np.sum(1 / adj_matrix)

上述步骤中,我们首先创建了一个加权图,并添加了节点和边。然后,使用networkx函数计算出加权邻接矩阵。最后,使用numpy库进行矩阵运算,计算出邻接矩阵的全局效率。

加权邻接矩阵通过networkx计算的全局效率可以用来评估网络的整体传输效率。全局效率越高,代表节点间信息传递的速度和效率越高。这对于优化网络结构和提升网络性能非常重要。

如果你对腾讯云的相关产品感兴趣,你可以参考腾讯云的网络产品,例如云联网、负载均衡、弹性公网IP等,这些产品可以帮助你构建高性能和可靠的网络架构。你可以在腾讯云官网上找到更多关于这些产品的详细信息和介绍。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

图卷积网络图深度学习(下)

编辑 | sunlei 发布 | ATYUN订阅号 在上一部分,我们了解了图卷积网络概念和它传播规则,今天我们继续学习以下内容: 前文回顾:图卷积网络图深度学习(上) 规范化特性表示 通过邻接矩阵...A与D[1]矩阵相乘,可以通过节点度对特征表示进行规范化[1]。.... , 0.5, 0. ] ]) 观察邻接矩阵每一行中权重(值)已除以与该行相对应节点阶数。我们将传播规则应用于变换后邻接矩阵。.... , -2. ] ]) 得到与相邻节点特征均值对应节点表示。这是因为(转换邻接矩阵权重对应于邻接节点特征加权和中权重。...我们实际上不会训练网络,只是随机初始化它,以生成我们在本文开头看到特性表示。我们将使用networkx,它有一个容易获得俱乐部图形表示,并计算A_hat和D_hat矩阵

82820
  • Python 谱聚类算法从零开始

    谱聚类算法实现 谱聚类算法基本思想是先根据样本点计算相似度矩阵,然后计算矩阵和拉普拉斯矩阵,接着计算拉普拉斯矩阵前k个特征值对应特征向量,最后将这k个特征值对应特征向量组成 ?...即该算法可分为4个基本步骤: 构造相似性图 确定邻接矩阵W,度矩阵D和拉普拉斯矩阵L 计算矩阵L特征向量 训练k均值模型并使用它来对数据进行分类 Python实现 下面就开始通过代码实现谱聚类算法。...然后我们通过相似性矩阵来创建邻接矩阵通过设置一个阈值,比较相似性矩阵与阈值大小关系,如果距离大于阈值就设置为0,否则为1。然后可以使用邻接矩阵来构建图。...接下来我们通过networkx来可视化节点图形。...当我们构建好邻接矩阵,我们就可以开始构造度矩阵。对于度矩阵每一行,我们通过邻接矩阵中相应行所有元素求和来表示度矩阵对角线。然后,我们通过从度矩阵中减去邻接矩阵计算拉普拉斯矩阵

    3.2K20

    Networkx:Python图论与复杂网络建模工具

    如果你 Python 环境中还没有安装 Networkx,可以通过以下命令进行安装: pip install networkx 如果你使用是 Anaconda,可以使用以下命令进行安装: conda...首先,我们需要导入 Networkx 包,使用 import networkx as nx。 如果你有一个邻接矩阵,你可以使用 nx.from_numpy_matrix(A) 来创建一个图。...这里 A 是你邻接矩阵。 如果你想从一个图中获取邻接矩阵,你可以使用 nx.adjacency_matrix(G)。这里 G 是你图。...如果你想要一个稠密邻接矩阵,你可以使用 nx.adjacency_matrix(G).todense()。 你可以使用 Networkx 绘图功能来可视化你图。...在上面的代码中,我们首先导入了 Networkx 库,然后使用 nx.from_numpy_matrix(A) 函数从邻接矩阵 A 中加载图 G。

    61710

    图卷积网络到底怎么做,这是一份极简Numpy实现

    具体而言,这可以通过在应用传播规则之前将邻接矩阵 A 与单位矩阵 I 相加来实现。...对特征表征进行归一化处理 通过邻接矩阵 A 与度矩阵 D 逆相乘,对其进行变换,从而通过节点度对特征表征进行归一化。...这是因为(变换后)邻接矩阵权重对应于相邻节点特征加权权重。大家可以自己动手验证这个结果。 整合 现在,我们将把自环和归一化技巧结合起来。...我们并不会真正训练该网络,但是会对其进行简单随机初始化,从而生成我们在本文开头看到特征表征。我们将使用 networkx,它有一个可以很容易实现 Zachary 空手道俱乐部图表征。...然后,我们将计算 A_hat 和 D_hat 矩阵

    2.3K50

    Bellman-Ford算法

    23,0,20,10,0,33], [10,23,0,23,33,0]]) G2=nx.from_pandas_adjacency(dfAdj)#由 pandas顶点邻接矩阵创建...NetworkX 图 #计算最短路径:注意最短路径与最短加权路径不同 #两个指定顶点之间最短路径 minPath03=nx.shortest_path(G2,source=0,target=3)#顶点...0,target=3)#顶点0到顶点3最短加权路径 #两个指定顶点之间最短加权路径长度 lMinWPath03=nx.bellman_ford_path_length(G2,source=0,target...=3)#最短加权路径长度 print("顶点 0 到 3 最短加权路径为:{},最短加权路径长度为:{}".format(minWPath03,lMinWPath03)) for i in range...:[0, 3],最短路径长度为:1 顶点 0 到 3 最短加权路径为:[0, 4, 3],最短加权路径长度为:33 城市 0 到 城市 1 机票票价最低路线为: [0, 1],票价总和为:30 城市

    26020

    关于图神经网络(Graph Neural Networks,GNN)基础知识汇总1.0

    前三种是相对直观:比如,使用节点,我们可以通过为每个节点分配一个索引 i 并来构建一个节点特征矩阵N并将节点node_i 特征存储到该矩阵中。...虽然这些矩阵具有可变数量例子,但它们不需任何特殊技术就能处理。相比之下,表示图连通性要更加复杂一些。最明显方法是使用邻接矩阵,因为它更容易张量化。...因为我们知道边数量要远小于邻接矩阵规模(n^2_node),这样做避免了图中不连通部分计算和存储。...它通过将节点特征映射到目标空间中,得到每个节点预测结果。全连接层通常使用线性变换和非线性变换结合方式进行计算。...它能够捕捉到图局部结构和全局拓扑特征,从而提取更丰富特征表示,进而提升各种图分析任务性能。(1)聚合GNN输入一般是每个节点起始特征向量和表示节点间关系邻接矩阵

    5.8K52

    【生物信息学】计算图网络中节点中心性指标:聚集系数、介数中心性、度中心性

    (B, 1) + np.triu(B, 1).T 生成一个随机邻接矩阵表示图,其中节点数为 d。...使用numpy 库 random.binomial 函数生成一个具有一定概率连接邻接矩阵 通过 triu 函数提取出上三角部分(不包括对角线),然后与其转置相加,得到一个无向图邻接矩阵。...,使用 networkx single_source_dijkstra_path_length 函数计算该节点到其他节点最短路径长度,并将这些路径长度求和。...,使用 networkx all_shortest_paths 函数找到它们之间所有最短路径,并对每条路径上中间节点进行计数。...然后,通过计算每个节点介数值(即通过该节点最短路径数除以所有最短路径数总和),得到节点介数中心性。 4.

    10210

    Cerebral Cortex:有向脑连接识别帕金森病中广泛存在功能网络异常

    我们结果表明,通过功能性磁共振成像数据计算全脑有向连接,与无有向方法相比,识别了PD参与者与对照组在功能网络方面的广泛差异。这些差异特征是全局效率提高、聚类和可传递性与较低模块化相结合。...然后,通过计算几个全局和局部测量值,可以使用图论分析该连接网络,这些测量值反映大脑区域是否通过短网络路径有效连接(全局效率),或者是否很好地集成到其邻域(聚类)或社区(模块化)。...在此,我们提出了一种直观且计算简单方法来评估基于反对称滞后相关性静息状态全脑有向功能网络。首先,我们通过计算所有大脑区域对之间滞后相关性,得到每个参与者滞后相关性邻接矩阵。...邻接矩阵节点对应于从Craddock图谱中获得200个大脑区域,而边则根据上述4种方法计算,为每个参与者产生4个不同加权邻接矩阵。...图1 不同方法计算功能网络3.结果3.1 平均群体网络在不同时间延迟下表现出不同行为我们通过平均加权、参与者特定邻接矩阵计算不同时间延迟下群代表邻接矩阵

    31920

    图神经网络整理

    传递过去之后,都会在参考节点中发生一次信息聚合。信息聚合有很多种,在GCNN中使用加权平均方式来聚合。...上图左边是GCN某一层数学表示,CNN相较于GCN中卷积计算,它们最大区别是CNN没有显式描述邻接矩阵,但是实际计算时候依然需要数据之间关系。...这是一个有向无权图,它用邻接列表可以表示为 但是这种邻接列表是一种计算机数据结构表达方式,不是一种数学表达,所以我们在GCN中真正要使用只有邻接矩阵。...在上面的图结构中,我们知道了它邻接矩阵、度矩阵以及每一个节点特征(3*1)。第一步,我们需要更新邻接矩阵。 这里A是邻接矩阵,λI是单位矩阵, 是更新后邻接矩阵。...logits = net(g, features) 经过这一步,系统会自动计算邻接矩阵、度矩阵,然后经过一系列计算去获取图卷积神经网络最终特征值再去做softmax进行分类 logp = F.log_softmax

    57440

    图论碎碎念(2.2)

    这就是之前我们为什么要先介绍矩阵通过关系矩阵我们就可以判断两个图是否同构。...首先推荐一款简单软件:Ucinet,只要有关系矩阵,Ucinet 就可以画出关系图来(虽然贼丑)其次,以邻接矩阵为例,介绍判断图是否同构两种想法: (A)如果两个图同构,则一定可以通过对其中一个图有限次...3)问题转化为,两个矩阵是否可以通过有限次线性变换得到?...同时,Networkx建议和Matplotlib配合使用不需要二狗解释了吧。好了,狗子们!是时候拿出你们青轴茶轴黑轴一起敲上些代码了! ? 首先Python画出上节2.1中无向点粽子图。...此函数输入是两个邻接矩阵,输出结果为两个矩阵是否经过行变换得到对方。(怎么有种恋爱酸臭味??)使用这个函数前提是:同构图具有的顶点数、(顶点度、节点数、回路数会在章小节里总结)相同。

    86420

    「GNN,简直太烂了」,一位Reddit网友深度分析火了

    一个正则图(regular graph)只是思考特殊矩阵邻接矩阵另一种方式而已。 ? 很奇怪一点就是,当我们看到满满都是实数矩阵时候,就决定称之为“非欧几里得矩阵”。...如果你有一个全矩阵(full matrix),那事情就会变得相当容易 如果我们暂时不考虑这些恼人点,假设用一整个邻接矩阵也没什么大不了,那我们就决绝了一大堆问题。...我们把图一阶嵌入,称为直接分解图邻接矩阵或拉普拉斯矩阵(Laplacian Matrix)方法。 如果使用拉普拉斯特征映射或者取拉普拉斯主分量来嵌入图,则为一阶。...效率胜利是伟大,但神经网络架构只是实现这一目标的一种方式,而且由于对这一领域过度研究,我们将在其他地方留下遗憾。 图形数据结构简直糟糕透了 NetworkX是个糟糕库。...全局方法是个死胡同 一次处理整个图方法不能利用计算,因为它们在一定规模上耗尽了RAM。 因此,任何希望成为新标准方法,都需要能够对图某些部分进行逐段更新。

    85520

    2021年第一盆冷水:有人说别太把图神经网络当回事儿

    我们将图「一阶」嵌入称为通过直接分解图邻接矩阵或拉普拉斯矩阵(Laplacian matrix)来运行方法。...效率胜利是伟大,而神经网络架构只是实现这一目标的方式之一。在架构方面投入过多精力,只会使我们错过其他方面的巨大收益。 当前图数据结构实现太差劲了 NetworkX 是一个糟糕库。...以下提供了几个替代选择: 分离指针网络 NetworkX 就是最好示例。每个节点对象都包含指向其他节点指针列表(节点边缘),其布局就像链表一样。 链表完全违背了现代计算设计方式。...但实际上,你正在为自身问题创造一个复杂解决方案。 稀疏邻接矩阵 稀疏邻接矩阵非常适合只读(read-only)图。...此外,得益于 CSR 3 数组布局,它可以在单个计算机上进行扩展:CSR 矩阵可以放置在磁盘上,而不用放在内存中。你只需要对 3 个数组执行内存映射,并在磁盘上使用它们。

    53330

    2021年第一盆冷水:有人说别太把图神经网络当回事儿

    我们将图「一阶」嵌入称为通过直接分解图邻接矩阵或拉普拉斯矩阵(Laplacian matrix)来运行方法。...效率胜利是伟大,而神经网络架构只是实现这一目标的方式之一。在架构方面投入过多精力,只会使我们错过其他方面的巨大收益。 当前图数据结构实现太差劲了 NetworkX 是一个糟糕库。...以下提供了几个替代选择: 分离指针网络 NetworkX 就是最好示例。每个节点对象都包含指向其他节点指针列表(节点边缘),其布局就像链表一样。 链表完全违背了现代计算设计方式。...但实际上,你正在为自身问题创造一个复杂解决方案。 稀疏邻接矩阵 稀疏邻接矩阵非常适合只读(read-only)图。...此外,得益于 CSR 3 数组布局,它可以在单个计算机上进行扩展:CSR 矩阵可以放置在磁盘上,而不用放在内存中。你只需要对 3 个数组执行内存映射,并在磁盘上使用它们。

    47220

    图论与图学习(一):图基本概念

    类型和性质 Python 示例 首先进行一些准备工作,打开 Jupyter Notebook,导入以下软件包: 后面的文章会使用 networkx 最新 2.0 版本。...图直径(diameter)是指连接任意两个节点所有最短路径中最长路径长度。 举个例子,在这个案例中,我们可以计算出一些连接任意两个节点最短路径。...相对地,如果至少有一个节点无法回到,则该图就是无环(acyclic)。 图可以被加权(weighted),即在节点或关系上施加权重。...: # Isolate the sequence of degrees degree_sequence = list(G_karate.degree()) 计算数量,但也计算度序列度量: nb_nodes...使用邻接矩阵,这通常是在内存中加载方式: ? 邻接矩阵 对于图中每一个可能配对,如果两个节点有边相连,则设为 1。如果该图是无向图,则 A 是对称

    1.9K32

    技术手段|图两种表示方法以及与分子文件关系

    : 1.邻接矩阵 如下图,一张图有4个节点,则对应邻接表中就有4行4列。...因为是无向图,则aij与aji表示值是一样. 无向图邻接矩阵关于斜对角线对称。 ? 2.邻接表 邻接矩阵将所有点与点之间关系都表示出来,而邻接表则只是把存在关系点表示了出来。...邻接表相比于邻接矩阵来说,所占用空间更小,这是邻接表一个优势。但是邻接表如果表示是一个有很多条边图,即稠密图的话,则邻接表优势就不能够完好体现了。...因此,对于一个图来说,我们要根据具体情况来判断使用哪种方式去表示图,一般邻接表适合表示稀疏图,邻接矩阵适合表示稠密图。...状态位指示该键是主链一部分,连接两个残基,并且在创建分子时使用了词典。 第二个示例是相同键最简表示。 从上述可以看出,mol2中@BOND表示法为邻接表,且为有向图。 ?

    51020

    高颜值Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程

    WGCNA第一步是计算基因间相关性矩阵,这里我们采用皮尔森系数计算方法,来完成基因间直接相关性矩阵计算。...右侧垂直坐标为平均连通度,随 β 值增加而减小。将这两个图结合起来,通常选择 r^2首次达到0.8或0.9或更高时 β 值。利用 β 值,我们可以根据方程将相关矩阵转换成邻接矩阵。...然后我们构造拓扑重叠矩阵。 gene_wgcna.calculate_corr_matrix() 共表达网络分析 在获得基因间拓扑重叠矩阵后,我们使用动态剪切树方式来寻找基因间模块。...我们使用.head()查看每个基因所属模块。 module.head() 模块 我们还可以使用.plot_matrix()来可视化拓扑重叠矩阵与模块之间关系。...ppi.plot_network() 蛋白质相互作用网络 我们还可以使用ppi.G来获取蛋白质相互作用网络,该变量格式为networkx,感兴趣读者可以自行研究networkx相关分析。

    1.1K10

    Python 数学应用(二)

    我们将生成一个具有五个节点和五条边随机网络,同时使用一个种子以便重现: G = nx.dense_gnm_random_graph(5, 5, seed=12345) 要生成邻接矩阵,我们使用 NetworkX...通过追踪矩阵乘法定义,这很容易看出。请记住,当两个给定节点之间存在边(长度为 1 路径)时,邻接矩阵条目为 1。...更多内容… 网络邻接矩阵特征值提供了关于网络结构一些额外信息,例如网络色数上下界。(有关网络着色更多信息,请参见着色网络教程。)有一个单独例程用于计算邻接矩阵特征值。...使用 A算法并提供额外启发式信息来指导节点选择可以获得更高效率。 还有更多… 有许多算法可以在网络中找到两个节点之间最短路径。还有一些变体用于找到最大加权路径。...平均聚类值是网络中所有节点聚类系数简单平均值。它与全局聚类系数(使用 NetworkXnx.transitivity例程计算)不完全相同,但它确实让我们了解整个网络接近完全网络程度。

    23100

    论文 | 半监督学习下高维图构建

    为了调和立方时间复杂度,近来学习是寻找降低对拉普拉斯矩阵操作计算量。...这种高效类标预测模型确实缓和了最初全尺寸模型计算负担。 重要是,我们使用Kmeans聚类中心代替随机取某些样本来表示这些anchor点{Uk}。...3.2邻接矩阵设计 假设存在由n个数据点构建一个无向图G(V,E,W),V是图节点,代表n个数据点,Vi代表Xi,E(V*V维度)是边集合,代表邻接矩阵点,W是一个加权邻接矩阵,该W测量边长度...这个非负性质对确保得到很多基于图半监督学习得到全局最优解很重要。 原则3 我们更想要一个稀疏矩阵W,因为稀疏矩阵能在不相似的点之间有更少无用连接,这样稀疏矩阵W会倾向于有更高质量。...近期人们提出了样本与初始聚类关系构建了相似度矩阵Z,想通过Z构建邻接矩阵也就是相似度矩阵W,这样的话,本来求W(n*n)问题就会被转换成Z(n*m)问题,m<<n,这就为我们在处理高维度数据上带来了可能

    71120
    领券