要在进化树上标记取样的样本
总样本的进化树,这个是随便构造的
library(ggtree)
library(phytools)
tree <- read.tree("data/20220829/fig2....nwk")
plotTree(tree)
假如我选了 "A","H","J" 这三个样本要测序
获取这这三个样本的 node label
lapply(c("A","H","J"),grep,tree...$tip.label) -> tips
获取这三个样本的所有父节点
lapply(tips,phangorn::Ancestors,x=tree,type="all") %>%
unlist()...parents
c(tips %>% unlist(),parents) -> nodes
## 可以把根节点去掉
setdiff(nodes,Ntip(tree)+1) -> nodes
在进化树上进行标记