正如我所期望的那样，我很难计算出重叠的区间。这是一个由开始到结束定义的间隔的R data.table： > library(data.table)
> dt1 = data.table(start=c(1, 5, 3), end=c(10, 15R data.table中的foverlaps()或IRanges的各种函数来实现这一点。查看IRanges也不能给出
浏览 18提问于2019-04-15得票数 3
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我想使用foverlaps找到两个床文件的相交范围，并将包含重叠范围的任何行折叠成一行。在下面的例子中，我有两个具有基因组范围的表。1 130 1317: Y 1 15我在想，新的foverlaps我还想首先确认，在一个表中，对于任何给定的染色体，停止坐标不与下一行的开始坐标重叠。例如，染色体Y:1-15和染色体Y:10-50需要折叠到染色体Y:1-50 (见第二表第
浏览 8提问于2014-12-19得票数 13
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我试图计算海洋物种和人类活动的重叠深度范围。所以对于每个物种，都有一个最小和最大的深度，我想要有效地计算出与4个不同活动的深度范围重叠的深度范围。我认为这可以用data.table::foverlaps()或IRanges::findOverlaps()来完成，但我不知道如何计算重叠的值，而不仅仅是它是真还是假。因此，如果发现D种在40~100 m深度之间，活动1发生在0~50m深度，则重叠为10m
浏览 1提问于2020-08-21得票数 1
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R中基于聚类因子的重叠区域分组
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使用来自foverlaps包的data.table函数，可以得到重叠区域(它只显示25行，但超过5万行)，我希望对每个id的重叠区域进行分组，同时考虑到以下条件:如果它们具有相同的ID和属于相同或不同组的重叠区域例如，给定数据集：ID=c("1015_4_1_1","1015_4_1_1","1015_4_1_1&qu
浏览 4提问于2022-11-22得票数 1
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即使有了多核库，我最多也可以减少8或10倍的时间，不足以处理大约100万起案件。对于较少的情况，data.table::foverlaps()解决方案更快(<5000左右；取决于除了n之外的随机性，因为它使用
浏览 4提问于2015-12-12得票数 7
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假设我有一组部分重叠的区间date1 <- as.POSIXct("2000-03-08 01:59:59")int3 <- new_interval(date5, date6)
有没有人知道如何构建一个时间序列图，为每个时间点提供该时间点重叠间隔的数量
浏览 0提问于2014-12-22得票数 2
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我有两个data.frames，每个都有三列: chrom，start和stop，让我们称它们为rangesA和rangesB。对于rangesA的每一行，我都会查找rangesB中的哪一行(如果有的话)完全包含rangesA行--这里我指的是rangesAChrom == rangesBChrom, rangesAStart >= rangesBStart and rangesAStop <= rangesBStop。
现在我正在做下面的事情，我只是不太喜欢。请注意，出于其他原因，我遍历了rangesA的各行，但这些原因都不是什么大问题，它只是在这个特定的解决方案下使代码更具可读
浏览 3提问于2010-10-12得票数 13
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我知道使用生物导体的IRanges，使用reduce可以解决以下问题。但是，由于该函数只接受数字输入，而且我无论如何都在使用data.table，所以我想知道是否使用data.tables'foverlaps()实现了以下van。)加入/合并事件：
正如上面提到的，我知道这可以使用生物导管的IRanges</e
浏览 1提问于2018-06-27得票数 1
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我试图找出有两个标识符的数据框架的重叠周期，这与在这个主题上提出的其他问题不同，在这个专题中，重叠的观察只能计算为一个标识符。我试图找到每个公司标识符的重叠期，计算每个事务ID。我使用@Waldi中的代码来创建这个可重复的示例，在本主题中可以找到(我只在示例数据框架中添加了一个确定的标识符或"FirmID“)：
library (data.table)：
dt <- data.table(df
浏览 2提问于2022-04-06得票数 1
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为此，我在区域和个人之间循环，找到一个与区域重叠的segment (其中大约有25000个)，然后将其附加到表中。721290 1688192 2这个函数的工作原理正是我所需要的，只是它需要很长时间才能运行(使用我尝试过实现应用函数，在其他一些问题中，我看到了使用列表而不是data.frame。我还看到有一些data.table和plyr选项可以简化这一点。我尝试过这些方法，但没有成功地让它与嵌套循环一起使用</
浏览 4提问于2016-03-23得票数 1
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参见下面的测试示例，使用邪恶的完全交叉连接完成工作。library(data.table)
dt1 <- data.table(id1=1:10, D=2*(1:10), key="id1")biocLite("IRanges")
# Solution using Bioconductor IRanges.
浏览 1提问于2014-02-25得票数 6
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我可以使用2 for循环来完成这个工作，但是它效率很低，因为它是由一个比较大约180个日期到30000行日期范围。4 66 68 410 2是否有一些TidyVerse函数或其他任何东西可以有效地执行此转换
浏览 8提问于2022-02-03得票数 1
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我敢打赌，在其他编程语言(如java )中，这是有点直截了当的，但我不知道如何在R中做到这一点，有人知道这样做很容易吗？期望产出： ans <- data.table::foverlaps(que, ele_)
浏览 2提问于2016-08-03得票数 0
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注意:为了方便起见，我使用了上一篇文章中的示例数据集。这意味着：
space t1 t2 id i.t1 i.t2但是，我只是尝试通过ref创建一个新的列，其中计算map中在ref时间间隔内的行数。虽然我理解一个非常基本的解决方案是只使用<
浏览 1提问于2014-09-25得票数 2
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提高R(矢量化？)效率
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我有脚本在R，需要8分钟来运行，这基本上比较了800记录的日期范围在多年期间。太长了。我对R很陌生，并且非常肯定它与我的嵌入式循环有关。而且，当我尝试将我的数据转换为玩具问题时，它似乎不起作用。
浏览 2提问于2014-10-10得票数 2
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美国邮编在R中的离散化
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我想把带有邮政编码的数据离散成区域。样本：'45654''99453'我有6类规则：地区2-东南: 20000-399994区-西南部: 70000-79999,85000-88499地区6-个人电脑: 90000-99999region'
浏览 4提问于2014-11-12得票数 1
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5回答
与开始和结束位置重叠连接
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考虑下面的data.table。第一个定义了一组区域，其中包含每个组‘x’的起始和结束位置：# 3: c 19 22# 5: e 7 25d2 <- data.tablea 2 1
浏览 8提问于2014-06-29得票数 51
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第二和第三次给药进入第二和第三窗口等，但如何达到预期的解决方案？
就像我说的，我感觉很亲密，但我不知道如何把结果加入到块中去-df.
浏览 0提问于2020-05-27得票数 4
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