第一次使用软件之前，首先应该导入学生名单和题库，由于最初这个软件是编写了自己用的，自己清楚每个注意事项，所以不会有问题。但是后来使用这个软件的老师越来越多，就暴露出一些小问题。...例如，原来的代码没有对学生名单进行检查，而是直接导入，这样的话就很容易导致数据库里学生名单有重复。 代码原来的样子： ?...要解决这个问题很简单，只需要在导入之前先检查一下Excel文件中的学生名单是否在数据库中已存在，如果有冲突就拒绝导入，如果没有冲突就进行导入。...捋清思路之后，对代码进行改写即可，尽可能地利用原有的代码，避免重复编写代码。 修改后代码： ? 代码修改之后，导入重复信息时的界面： ? 导入不冲突的信息时的界面： ?
让我们首先看看，从Excel中读取百万级数据并将其插入数据库时可能遇到的问题： 内存溢出风险 加载如此庞大的Excel数据可能导致内存溢出，需要注意内存管理。...EasyExcel在解析Excel时，不会将整个文件一次性加载到内存中，而是按行从磁盘逐个读取数据并解析。 性能问题 针对百万级数据的处理，单线程显然效率低下。提升性能的关键在于多线程处理。...在数据插入方面，除了利用多线程，还应当结合数据库的批量插入功能以进一步提升速度。 错误处理 在文件读取和数据库写入过程中，可能遇到诸多问题，如数据格式错误、不一致性和重复数据等。 因此，应分两步处理。...一般不推荐直接回滚操作，而是自动重试，若尝试多次仍无效，则记录日志，随后重新插入数据。 此外，在这一过程中，需考虑数据重复问题，可在Excel中设定若干字段为数据库唯一约束。...在处理过程中，并非每条数据都直接操作数据库，以免对数据库造成过大压力。设定一个批次大小，例如每1000条数据，将从Excel中读取的数据临时存储在内存中（可使用List实现）。
2015-01-26 软件开发中，经常涉及到不同数据库（包括不同产品的不同版本）之间的数据结构与数据的导入导出。...处理过程中会遇到很多问题，尤为突出重要的一个问题就是主从表之间，从表有外检约束，从而导致部分数据无法导入。...方法2：使用SQL Sever数据库自带的【复制数据库】功能或者【导入数据】功能按照向导操作即可。 ?...本文以SQL Server2008R2数据库为数据源、SQL2008 Express为目标数据库为例主要解决主从表之间，从表有外检约束时，数据导入失败的问题。...identity的，比如定义的时候nameid identity（1，1)就是说从1开始增长，每次加1，那么插入一条记录nameid字段是不需要手动赋值(一般也不允许）。
title: "day5note"output: html_documentdate: "2024-03-11"csv格式可用excel、记事本、sublime、R打开r语言读取 读入r语言得到一个数据框...，对数据框的修改不会对该表修改分隔符号 ：逗号 空格 制表符(\t)纯文本文件后缀没有意义，不起决定性作用1.表格文件读入r语言，成为数据框1.1直接读取read.table() #通常读取txt格式read.csv...#csv格式write.csv(test,file = "example.csv")#txt格式write.table()3.R特有的数据保存格式：Rdata#只能用R打开#保存的是变量save(test...= 1,check.names = F) #第一列设置为行名 #不要检查文件列名的特殊字符5.注意：数据框不允许重复的行名rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1)...' are not allowedrod = read.csv("rod.csv")5.1 矩阵只允许一种数据类型，其中的字符数再怎么as.numeric()都不能改变数据类型#判断两个数据是否相同:identical
ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) #row.names= 表示第一列为行名，注意行名不能重复，如果行名有重复，需要处理处理数据...# check.names= 表示检查看列名是否存在特殊符号，F表示保持原文件的符号 #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod...("soft.txt",header = T,sep = "\t") #调整数据的分隔符 soft2_2 <- read.delim("soft.txt",header = T) #可以使用read.delim...write.table(soft,file = "soft.txt") #导出成txt格式 图片 R特有的数据保存格式： Rdata #6.将soft保存为Rdata并加载。...文件导入成列表模式 a = import("abc.mp4",format = "\t") #加上format=参数可以打开问题文件，读取xlsx文件的优秀函数 b = import_list("jimmy.xlsx
软件安装 我修改了只截图里的参数，其他保持默认 ? ? ? 更改配置 安装成功之后，为了保证后续的R语言能正常使用MySQL，需要修改配置文件。...创建用户和数据库 打开MySQL的终端 ? 在其中创建新用户，并赋予全部的权限。...BiocManager::install('GEOmetadb') 数据导入MySQL 这一步极其的繁琐，因为涉及到数据过多，有些数据还特别大。...=F) sql='show tables;' dbGetQuery(con, sql) gene name 从org包里面提取基因ID和基因名的对应关系，然后导入数据库中。...刚开始运行时，R提示了几个warnning，然后网页端里面的内容明显没有完全加载。 ? 经过我的直觉排查，我发现作者在ui.R里面使用了中文的引号。 ?
差异分析 将基因计数导入 R/RStudio 工作流程完成后，您现在可以使用基因计数表作为 DESeq2 的输入，使用 R 语言进行统计分析。 7.1....导入表达矩阵 开始导入文件夹中的 featureCounts 表。本教程将使用 DESeq2 对样本组之间进行归一化和执行统计分析。...统计 获取基因数量的基本统计数据 # 使用 FDR 调整 p-values 从检测中获取结果 results <- results(ddsMat, pAdjustMethod = "fdr", alpha...注释基因symbol 经过比对和总结，我们只有带注释的基因符号。要获得有关基因的更多信息，我们可以使用带注释的数据库将基因符号转换为完整的基因名称和 entrez ID 以进行进一步分析。...通路可视化 Pathview 是一个包，它可以获取显著差异表达基因的 KEGG 标识符，还可以与 KEGG 数据库中发现的其他生物一起使用，并且可以绘制特定生物的任何 KEGG 途径。
**R语言中读取CSV如：test= read.csv('ex3.csv')即将ex3.csv中的内容提取出来，传递给变量test，生成一个数据框。后续对数据框的操作，对文件无影响。...使用其他软件无法打开，只能在R语言中查看。...#列名中的“-”符号会转换成点（.）ex2 <- read.csv('ex2.csv', row.names = 1, check.names = F)#row.names为指定哪一列作为行名。...数据框不允许重复的行名！！！...#当指定fill参数为TRUE时，读取文件时，会自动将空行的地方填充成NA。但是，当出现某些行间隔空缺的时候，会将空行后一列的内容补充到前一列的空行中来，从而造成数据错乱。见下图。
背景： 在一次处理excel批量数据导入时，需要导入一个订单的发货时间，导入模板中对应的时间那一列使用的是日期格式。...那么导入进来DEBUG发现是一个数字，比如2022年7月5日导入进来之后就变成了44745。...原因： 因为excel中的时间是从1900年开始的，而转换成文本类型的数字则代表着1900年之后的N天，知道这个原理之后，就很好解决这个问题了： /** * 将日期数字转为时间格式...Calendar.SECOND, second); return dateFormat.format(c.getTime()); } /** * 校验是否数据含小数点
从 NebulaGraph 作为一款图数据库的产品定位上来说，核心应用场景是 TP 场景，而对 TP 型数据库产品来说，有几个特性是非常重要的：稳定：数据库作为底层的基础设施，许多业务是基于数据库运行的...图数据库不同于其他数据库，数据一直处于持续地遍历、迭代中，因为即便是数据量不大的情况下，数据的迭代会导致它的结果异常大，这就造成了内存的管理压力。...K 跳就是从一个点出发，比如说从我出发，去找寻我好友（一跳）的好友（两跳），这种查询，可能社交或者反欺诈的场景中使用会比较多。...因此，设立了 batch 字段用来将一批数据导入到数据库中，默认参数设置是 128，不过这里要根据你自身的数据特性来进行优化。...与从 nGQL 中调用的内置函数一样，UDF 的逻辑通常扩展或增强了 nGQL 的功能，使其具有 nGQL 没有或不擅长处理的功能。UDF 被定义后可以重复使用。
前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。...所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...现在把这个技巧分享给大家，让我们的讲师助教团队总结了经验如下： 使用`ascp`从EBI下载fastq数据 mkdir -p /data/project/pig_lncRNA && cd /data/project...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。...2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路 另外，其实这个教程是一个系列，我们即将上线在B站的lncRNA-seq数据处理。
file="XXX.txt")write.table(test,file="example.txt")##导出时不要覆盖源文件数据框进行的修改不会同步到表格文件。...分隔符逗号，空格，制表符（\t）Rdata——R语言的数据保存格式保存的是R语言的变量，不是表格文件，支持多个变量保存在同一个Rdatasave(test,file="example.Rdata")load...= F)## check.names检查列名是否有特殊字符；##row.names第一列作为行名；#注意：数据框不允许重复的行名rod = read.csv("rod.csv",row.names =...1)rod = read.csv("rod.csv")##先不加row.names = 1，读取去除重复值后再设置行名；#3.读取soft.txtsoft <- read.table("soft.txt...用于读取导出文件的R包图片示例#data.tableinstall.packages("data.table")library(data.table)soft = data.table::fread("
这例子将展现怎么使用我们熟悉的SQL语句把数据集完美的写在SQLite数据库用于随后的分析，这些数据是关于汽车性能和燃油效率问题的。这数据集包含于初始安装R时。...由于被包含的数据在R可用，这就没有必要去从分开的表格或者外部来源导入。这样的数据集的使用保存在R文件示例；所以他们是在R安装时或者在新包导入时伴随代码而添加上来的。...没有复杂的CREATE TABLE语句要求与列名的明确的定义及数据类型、精度、存储配置或其他选项。当聚焦执行临时探索性数据分析时这种细节是不必要的，而没必要像在被供长期使用的集中数据库一样定义模式。...许多SQL客户有以这种方式将数据导出选项。从数据库导出CSV的可使用任何电子表格程序进行快速验证。 R本身可以从各种文件格式导入数据。...对于导入的数据，时间R命令要求去读取并且在console上预览。这数据是先读进R，预览命令时之后调用，作用于新导入的数据并展示它的目录。
Mfuzz是用来进行不同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包，使用起来非常方便，直接输入不同样本归一化后的counts或者FPKM及TPM值就可进行聚类。 输入文件的格式很简单： ?...行为基因，列为样本，保存为制表符分隔的txt文件。 ## 安装R包 if (!...library("Mfuzz") ## 导入基因表达量 gene <- read.table("input.txt",header = T,row.names=1,sep="\t") ## 转换格式...filter.NA(eset, thres=0.25) 由于输入的表达量中不允许有缺失值NA出现，所以我们要填补缺失值。...## 标准化 gene.s <- standardise(tmp) 聚类时，我们需要输入两个参数，c和m。
R包如何使用 （1）---获取帮助 查看帮助文档：？...逻辑值的否定 {} 多行代码 ：：包：：函数 4.认清函数和数据 · 只有数据才能被取子集！[] · 两个中括号前取子集一般是从列表中提取！...重启（诡异的错误）： 1.session 2.Rstudio 3.电脑 （2）找不同： 比较数据：能正确运行的数据、出错的数据 异常值？重复值？非法输入？数据类型？数据结构？...读取-编辑修改-导出（不一样的数据名） ！！不要覆盖原文件 ！！让代码可重复，数据可重现 不要使用excel会改基因名称！...【数据框不允许重复的行名！会报错！先处理重复值，再设为行名！
要提升读取数据的性能，可以指定通过结果集（ResultSet）对象的setFetchSize()方法指定每次抓取的记录数（典型的空间换时间策略）；要提升更新数据的性能可以使用PreparedStatement
③ sublime打开（适用于大文件） ④ R语言打开 #1.读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt") 注：文件读取是R语言里数据框的来源之一；表格文件读到R语言之后得到一个数据框...一般用read.table()读取txt文件，用read.csv()读取表格文件；非要交叉使用的话读取文件时需要限定好参数； 读取失败的两种表现：报错/意外的结果 -（1）报错：no such file...,check.names = F) #把第一列设置为行名，不改特殊字符 ③ 数据框不允许重复的行名，否则会报错； 图片 解决办法：先不加row.names参数读进来，然后处理第一列的重复值（如两列取平均...、去重复），之后再将第一列设置成行名 #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod = read.csv("rod.csv")...要起新的名字生成新的文件——便于重复分析过程和重现分析结果； 4.R 特有的数据保存格式：R data -（1）R语言特有的格式，只有R可以打开，无法用其他软件打开; -（2）保存的是变量，不是表格文件
数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2 <- read.csv("ex2.csv“",row.names = 1,check.names = F) #row.names...=1指定第一列为行名，check.names=F指定不转化特殊字符#注意：数据框不允许重复的行名#rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) #再次重复：数据框不允许重复的列名...2倍的标准差，并写出用户使用该函数的代码 。...="y.Rdata")class(y)# $不支持矩阵，因此不能在这里使用class(y[,1])mean(as.numeric(y[,1]))#矩阵只允许一种数据类型，单独更改一列的数据类型没有意义，
CSV是电子表格和数据库的常用数据交换格式，易于程序读取和处理，可通过各种软件进行创建和编辑。...②、csv的四种打开方式： R语言读取文件获得数据框是我们前一篇阿榜的生信笔记中讲过哦，大家应该还记得吧? 有没有人和阿榜第一次学习到这个知识点一样，会觉得在R语言上修改了数据会对原文件产生修改？...二、认识分隔符 常见的分隔符有三种：逗号、空格、制表符，如下图所示： 3、将表格文件读入R语言，成为数据框 4、将数据框导出，成为表格文件 大家注意其格式 5、R语言特有的保存格式——Rdata 注意：...这张图出现的问题怎么解决呢？ 还是用参数，row.name=1：第一列是行名；check.names=F:不检查行名是否合法化，允许使用不规范的变量名，例如包含空格或特殊字符的变量名称。...： #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod = read.csv("rod.csv") 下面这张图片的问题，阿榜碰到过。
新手笔记R语言赋值符号是<-R代码带英文括号函数getwd()获取工作路径R语言的向量数据结构由元素构成，元素可以是数字或字符串我们熟悉的表格在R语言的数据结构是数据框？...向量的定义和构建标量是由一个元素组成的变量；而向量则由多个元素组成使用向量一般给变量赋值；向量有以下四种创建方式x<- c(1,2,3) #最常用，c创建几个元素构成的向量x<- 1:10 #：构建从...1-10之间所有的整数x<- seq(1,10,by = 0.5) #构建从1-10之间所有的整数，步长0.5x<- rep(1:3,times=2) #重复两次1到3的整数b....数据框tip：运行项目时需要将文件放置于工作目录下；R中严格区分大小写；改错变量可以重新赋值覆盖；可以使用并保存脚本文件，文件格式为Ra....直接使用数据框变量plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width) #iris是R中的一个内置数据集数据框，可以直接使用，提取其中两列作散点图save(X,file="test.RData
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