专注R语言在生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load(..."E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family...") + # css样式的标题 labs(title = "突出显示个别条形的重叠条形图...theme(plot.title = element_markdown(), axis.text.x = element_blank() ) 本文用到了很多之前学过的R包和技巧
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。 下次将介绍如何对条形图着色、调整条形图的宽度和间距、添加数据标签等内容。...1绘制基本条形图 演示数据 以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。 position='dodge'以使得两组条形在水平方向上错开排列，否则，系统会输出堆积条形图。...c52 d20 3.11 0.7908505 10 0.25008887 6 c52 d21 1.47 0.2110819 10 0.06674995 绘图代码 使用...58 335 4.34 4.35 2.75 6 0.24 Very Go~ J VVS2 62.8 57 336 3.94 3.96 2.48 绘图代码 使用
本期开始继续基础图表(柱形图/条形图(bar charts))的绘制推文教程，但在系列绘制之前，我们先介绍下个人较喜欢的一个绘图R包-ggchicklet包，用于绘制带圆角角度的柱形图(Rounded...接下来，我们使用ggplot2 对其可视化展示(默认设置): bar_chart <- ggplot(data = test_data) + geom_col(aes(x=Class,y=Data...guide_legend(nrow = 1,title = "") )+ labs(x = "Class", y = "Data", title = "Base Charts in R...这里： scale_fill_manual(values = c(brewer.pal(6,"Paired"))) 是使用了RColorBrewer颜色主题包的方法，我后面会抽时间专门出几期关于颜色设置的推文啊...总结 本期推文算是基础柱形图之前的“前菜”-ggchicklet包的介绍及实例展示，这个包也是我比较喜欢的R可视化包之一了，当然 hrbrthemes包也需要灵活掌握哦，可以帮你快速制成“高大上”可视化图表作品
，该视图为每条数据创建一个条形图。...给条形图使用真实世界的数据。...数据使用国家名称在条形图中绘制。...SwiftUI 是一个很好的平台，用于创建视图和快速重构独立的子视图。在 SwiftUI 中构建条形图需要做一些工作，随着使用数据来试用条形图，可以确定更多的定制化。...使用 GeometryReader 可以创建适应更多可用环境的条形图。在这篇文章中，我们创建了一个简单的条形图，有数值，下面有标签，还有图表的标题，下一步就是分离出 x 轴和 y 轴。 - EOF -
本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...我们也可以使用tab_stubhead_head()为它创建标签名。...= html("Solar R....md()函数可以完成markdown转换，html()可以创建html支持的格式。
就是下面这张图，在途中用条形图展示了不同季节样本浮游动物的组成情况，同时使用带误差棒的折线图来表示浮游动物生物量的变化，相当于在一幅图中同时展示了群落的相对丰度和绝对丰度。 ?...对于这种图我一直都是使用R的base函数来完成的，代码其事并不复杂涉及到的无非就是plot、barplot、axis、text、mtext、par等几个基本的函数。...barplot绘制条形图，这里要注意应用axes = F将坐标轴去除，并使用names.arg将横坐标的标签定义为空，注意有几组其对应的数字就设置为几，xlim的范围从0至样本组数目+2。...使用text添加其对应的标签，注意这里的line用于调整坐标轴的位置，如果左侧空间不够，需要调整上一步par内mar中的第二个数值。 ? 条形图绘制完成之后绘制折线图。...使用plot添加折线图，type定义为b表示折线+点，axes同样设置为F去除坐标轴，xlim保持与条形图一致，xlab和ylab均设置为空，ylim根据具体的数据进行调整。
富集分析及结果可视化 也用视频给大家介绍过 ☞GO和KEGG富集分析视频讲解 最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了...经过小编的认真研究，发现跟R版本有关。前面小编给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。 我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。...ego, split="ONTOLOGY",showCategory = 10,label_format=100) + facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free") 关于如何使用...R做GO和KEGG富集分析，可参考下文，或点击https://ke.qq.com/course/3583374#term_id=103726356 ☞GO和KEGG富集分析视频讲解
我插入“表格”的时候为什么出现“表不能互相重叠”错误？ 大海：那是因为你选择用于创建表格的数据范围里已经有其他表格存在了。 小勤：啊？我好像原来没有创建过超级表啊。 大海：可能忘记了呗。...大海：所以你不能再在和它有交叠的区域（范围）创建表格了。 小勤：那我要把下面那些没有在“表格”中的数据包含进去，都放到一个表格里怎么办？ 大海：可以直接在原来的“表2”上扩展啊。
之前我们已经讲过很多条形图啦，但是今天我们再来讲一种条形图——环状条形图（Circular barplot）。当厌倦普通的条形图的时候或者空间有限但是要展示较多样本的时候，都可以考虑使用环状条形图。...什么是环状条形图（Circular barplot） 条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。...还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。...2个月前，人民日报使用了环状条形图展现了全球的疫情状况，直观的同时还很美观。 ? 人民日报：截止北京时间3月11日12时 世界疫情地图 这是另一个例子，关于森林覆盖率和人口密度。...如何作环状条形图 1）需要什么样的数据 我们这次使用的数据以及代码来源Azandis的博客[1]。我根据最终的图片，整理了所需要的数据。
在这里我们仍将使用R内置的mtcars数据集来演示。...第二部分：条形图 在R中我们可以使用barplot(height)函数来绘制条形图，这里height可以是一个向量或者矩阵。如果是一个向量的话，则它的值就决定了每一个条带的高度。...这里使用horiz=TURE这个参数来设置条形图为水平状态，使用name.args=参数来给不同的组别添加标签。...条形图的绘制不必非得是计数或者频数类数据。你可以使用均值、中位数和标准差等来绘制条形图，将aggregate()函数的结果传递到条形图barplot()里。 2....在条带数目很多的情况下，条带的标签可能彼此之间有重叠而无法完整显示。如果想是标签排版简洁且不重叠，可以使用cex.name=这个选项来使各个字体大小递减。
使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...我们也可以使用tab_stubhead_head()为它创建标签名。...R. (1977) *Interactive Data Analysis*....= html("Solar R....md()函数可以完成markdown转换，html()可以创建html支持的格式。
傻傻分不清楚 使用R语言快速绘制三线表 三线表是表格中的一种，以上3个R包是专门用来画三线表的，不过对于其他类型的表格就不太擅长了。...R. (1977) *Interactive Data Analysis*....Wiley.") ) gt_tbl 添加带交叉引用的脚注： 使用tab_footnote()函数，使用locations参数指定要添加角标的位置。...R. (1977) *Interactive Data Analysis*....= html("Solar R.
在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...如何绘制直方图/条形图 1）需要什么格式的数据 本次我们来看一个新的R提供的数据，就是闪闪发光的钻石?Diamonds。 ?...所以前者我们做直方图，后者我们做条形图。 2）如何使用ggplot2做直方图 首先我们来看看钻石重量的直方图。...可以看到如果使用上述命令，每一个重量对应的都有一个柱子，显示了不同重量而非某个范围的重量所对应的钻石数量。...3）如何使用ggplot2做条形图 然后我们来瞧瞧条形图。
利用 R 包 pagedown https://github.com/rstudio/pagedown 可以非常轻松地创建非常美观的简历，我这里说的轻松是指我这种比较缺乏艺术细胞的人。...以下截图自 https://guangchuangyu.github.io/cv/ 可以看到大体分为几部分： 个人介绍 侧边栏个人头像 侧边栏联系方式 侧边栏的一些文字，这里 Y 叔展示的是一些 R...这个需要时间慢慢填写，你可以写入 markdown 以及 html 语法，它们在利用 R 渲染时会被自动转换。...不过一般的引用数倒是可以使用我之前写的小包 tinyscholar。 除了第一个文件准确比较复杂点，其他都非常简单。2 个Markdown 文件基本是自己想写啥都行。
本文介绍基于R语言中的readxl包与ggplot2包，读取Excel表格文件数据，并绘制具有多个系列的柱状图、条形图的方法。 ...首先，我们配置一下所需用到的R语言readxl包与ggplot2包；其中，readxl包是用来读取Excel表格文件数据的，而ggplot2包则是用以绘制柱状图的。...xlsx_file r"(E:\02_Project\01_Chlorophyll\ClimateZone\Split\Result\Result.xlsx)", sheet...通过上述代码，我们即可将数据读入R语言中；其具体格式如下图所示。...此外，如果大家是使用RStudio软件进行代码的撰写，还可以双击这一变量，更直观地查看读入后的数据具体是什么样子的，如下图所示。 接下来，我们需要对数据加以长、宽转换。
一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...安装R包：barplotggplot2plotly二、初阶图形2.1 基本条形图values 条形图、气泡图、桑基图、甘特图、树状图等。...领域广泛，除了生信外还运用于统计、财务、地图、人工智能等，后面会花篇幅专门介绍这个R包。图片还有很多刚入门或者准备入门生信的同学，特出此系列巩固和提供一些入门帮助。
今天给大家介绍一个可以自动搭配颜色的R包RColorBrewer。R包的安装载入就不再赘述。直接进入主题。...或者我们也可以R包中的颜色向量进行拼接也可以满足我们的需求。...我们今天趁此机会跟大家介绍一种自编程的绘图叫圆形条形图。首先我们来看下实现原理：首先我们要知道圆上的点的计算公式x=r*cos(a);y=r*sin(a)。...xsize*(length(name)-i+1)/length(name) #print(r) x=r*sin(k/180*pi) y=r*cos(...总结，如果想绘制其他的条形图原理通用，只要能把图像上的点有公式计算就可以绘制，同样颜色的搭配也可以参考RColorBrewer包或者自己设置。
1 读取Seurat对象 生成差异表达基因 library(Seurat) library(dplyr) sce R_Language/R_Practice/scRNA_Seq_column...colour = "grey80", linetype = "dashed"), panel.grid.minor.x = element_blank()) ## 图一：常规分组条形图...limits = c(minimum, maximum), breaks = seq(minimum, maximum, nbreaks)) #修改图例名字以及图中颜色 ## 图五：借用ggpubr包绘制条形图
点击下方公众号，回复资料分享，收获惊喜 简介 本文主要是基于：R沟通｜使用 Blogdown 构建个人博客写的。...所以一定要先把前面这一篇做好，项目创建好，网站部署好后，再做接下来的创建 rmd 文件，保存，github 提交，之后过几分钟网站就会自动同步你的最新博客啦！...小编的一些与 R 代码无关的就是直接创建 .md 文件写的。然后点击 Done 按钮，即可。...填写你的内容 注意：如果你不会使用 markdown 文件写文章的话。请你转到：1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总。或者你有其他写好的 md 文件的话。你可以直接将其导入即可。...Rmarkdown 视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】 R沟通｜Rmarkdown教程（4） R沟通｜Rmarkdown教程（3） R沟通
总结 这里我用了两个个小技巧，（1）首先明确ggplot2绘制堆叠条形图时，对number这一列相加，所以我将number设置为1，刚好代表每一行就是一个样本/患者（2）在计算百分比时，用了ddply函数
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