使用R包seqinr编写fasta文件？

使用R包seqinr编写fasta文件是一种将生物序列数据存储为fasta格式的方法。fasta文件是一种常见的序列数据文件格式，通常用于存储蛋白质和DNA序列。以下是使用R包seqinr编写fasta文件的步骤：

安装并加载seqinr包：

install.packages("seqinr")
library(seqinr)

创建一个序列对象：

seqobj <- seq DNA("AGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG

从FASTA文件中，仅提取具有指定分类的条目

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我想从人类分类法中提取fasta文件的所有条目，并将这些条目放入一个新的较小的fasta文件中。我正在尝试使用R，但我不确定如何使用它。来自fasta文件的两个条目如下： >sp|Q4R572|1433B_MACFA 14-3-3 protein beta/alpha OS=Homo sapiens GN=YWHAB PE=2 SV=3 MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSS WRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFY LKMK

浏览 1提问于2019-03-28得票数 0

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如何在R中捕获字符串的特定部分

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我用seqinr包读取了一个包含一些基因的fasta文件。现在，每个基因都有属性，它们给了我这样一行： > getAnnot(g[1]) ">Translation:ENSANGP00000020176 Database:core Gene:ENSANGG00000017687 Clone:AAAB01008888 Contig:AAAB01008888_84 Chr:2R Basepair:42989807 Status:known" 我想得到的结果是基因:ENSANGG00000017687 谢谢，这是我的代码 ##rm(list=ls()) library(

浏览 0提问于2014-07-09得票数 0

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如果FASTA文件包含多路复用数据，如何将其上载到R？

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我希望使用seqinr方法将FASTA文件上传到R进行分析。然而，它们是多路复用序列。 library(seqinr) dnafile <- system.file("sra_data-3.fasta", package = "seqinr") read.fasta(file = dnafile, as.string = TRUE, forceDNAtolower = FALSE) 这段代码声明没有>可读，但它正在读取的是这个，它显然有一个箭头，但也有其他文本，我认为这是它不喜欢的。 '>' SRR573784.1.2 G3G

浏览 2提问于2022-04-04得票数 0

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如何将seqinr SeqFastadna对象转换为生物字符串DNAStringSet以实现R中的多序列比对

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我正在处理fasta文件中的DNA序列数据，并且只能在这个项目的R中工作。我使用seqinr包执行一些操作(选择序列的子集，更改fasta报头等)。在下一阶段的分析中，我想做一个多序列比对，并且已经使用了msa包。如果导入fasta文件，我可以让msa工作，但我很难在R中直接从seqinr列表对象移动到作为msa输入的Biostrings对象。示例数据-假设fasta_file.fasta是一个内容如下的fasta文件： >seq1 ATATATAT >seq2 CGCGCGCG >seq3 ATATCGCG >seq4 ATATATAT 我使用的代码是： # Loa

浏览 8提问于2021-10-23得票数 0

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如何在R中搜索和分离FASTA格式文本的属性

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我有一个FASTA格式的文件，它本质上是一个特殊的文本文件，包含许多条目，其中一个条目如下所示，我在R中指定了名称"FASTA“，原始文件是红色的，格式如下所示，使用R中的seqinr包。 FASTA<- structure(list(`tr|A1Z6G9|A1Z6G9_DROME` = structure("MSISASHPCGLNADGTATQYKESTATIQTSGLQSSPRSFLPEREDTLEYFIKFPKPSSKNEFVLAKDHDGEDSHVPIVMLLGWAGCQDRYLMKYSKIYEERGLITVRYTAPVDSLFWKRSEMIPIGEKILKLI

浏览 2提问于2013-08-29得票数 2

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用R写FASTA文件输出

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我正在尝试使用ClustalW执行多序列对齐。代码可以工作，我可以在R中看到我的终端上的对齐，下面是我编写的代码。 library(BiocManager) library(msa) library(Biostrings) mySequences <- readRNAStringSet("C:/Users/School EC/Desktop/MSA project/only_unaligned/no_recomb/1_unaligned.fasta") mySequences myClustalWAlignment <- msa(mySequences, &#

浏览 6提问于2022-09-25得票数 0

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在R中加载FASTA文件比使用seqinr中的read.fasta()更快

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我目前正在使用来自R包seqinr的函数read.fasta()。我认为创建索引文件已经加快了读取速度，但我想知道是否已经有了另一个函数来更快地加载它？我寻找函数read.big.fasta()从PopGenome，但包已经从CRAN和生物导体，所以我不太确定了。有什么建议吗？

浏览 4提问于2020-01-17得票数 0

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如何使用匹配模式()在R中的多序列文件(.fasta)中找到特定的氨基酸

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我有一个文件(mydata.txt)，其中包含许多具有格式的外显子序列。我想为每个DNA序列(考虑到框架)找到start ('atg')和stop ('taa'，'tga'，'tag')密码子。我尝试使用matchPattern ( R包中的一个函数)来找到这些氨基酸：例如，mydata.txt可以是： >a atgaatgctaaccccaccgagtaa >b atgctaaccactgtcatcaatgcctaa >c atggcatgatgccgagaggccagaataggctaa >d at

浏览 0提问于2013-07-28得票数 1

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将.fasta文件中的所有字母拆分为矩阵的每列一个字母

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我想在R中做以下事情。我有一个包含大约90个基因序列的.fasta文件，如下所示： >3 dna:chromosome chromosome:ASM162521v1:3:6424947:6434108:1 GTTAGATTTTCAAATTTTTCCAAAGTTTTATAATTTTCATTTTTTTAAGAATTCCATTTT TTTCGAATTTTTTCGAATTTTTTAGCTTTTTAGAAGCTTTCAGTTTTTAAGTTTTCTTAA #(.. contains up to 9300 letters) >6 dna:chromosome chromosome:ASM

浏览 20提问于2019-09-20得票数 0

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使用GRanges对象上的坐标从FASTA文件中提取序列片段

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我需要提取枯草芽孢杆菌的基因间序列。我在R中有完整的B.subtilis序列，用seqinr进口。我使用软件包seqinr的函数read.fasta将dna序列导入R；然后，我从枯草芽孢杆菌genbank文件中创建了一个GRanges对象，使用包"genbankr“提取基因间坐标。这是具有代码间坐标的GRanges对象的格式： GRanges object with 3841 ranges and 1 metadata column: seqnames ranges strand | intergenic_id <

浏览 1提问于2017-06-02得票数 2

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SimRAD用户: fasta导入以防止insilico.digest字符串拆分错误

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我正在尝试使用下面的代码对SimRAD包中的RADseq运行进行内部计算机消化。我认为问题出在数据的加载上--我一直收到以下错误： strsplit中出错(DNAseq，split = recognition_code，fixed = FALSE，perl = FALSE)：非字符参数在我的Fasta文件中，我的fasta头文件是: gi 32456060 emb BX526834隐孢子虫微小染色体6号染色体我全部删除。，和|之前在文件名中，因为我读到|特别可能会导致strsplit错误。不幸的是，我发现的SimRAD文档中没有一个涉及这个问题，我在论坛上找到的所有strsplit错误都与

浏览 0提问于2015-05-26得票数 0

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在Python中调用R包时出现问题

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对于上下文:我的目标是创建一个图形界面，以便用户可以运行我在R中开发的程序。该界面是使用python (3.3版)中的Tkinter模块完成的。现在我正试着让它在Windows中工作。我相信我已经成功地使用python调用了R解释器来运行我的R文件(run.R)。在这个文件中，我将R包称为“seqinr”。然而，当我从python调用R解释器时，我得到了如下结果：我运行以下代码： os.system('C:/"Program Files"/R/R-3.6.1/bin/Rscript run.R') 我得到了这样的结果： Error in library(se

浏览 9提问于2019-11-26得票数 1

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使用read.table()时，新行会产生不必要的空白字段

我刚从R开始，试着掌握一些内置的函数。我试图组织一个基本的FASTA文本文件，如下所示： >ID1 AGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCC >ID2 TCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCG >ID3 GAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGAC 放在这样的桌子上： ID Sequence ID1 AGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCC ID2 TCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCG ID3 GAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGAC 或者

浏览 1提问于2016-01-05得票数 4

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R:使用base R将fasta文件读取到data.frame中-而不是生物字符串(等等)

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如何使用基本代码将FASTA文件直接读取到R中的数据帧中。这些文件存储信息生物序列(例如DNA或蛋白质)，并且对于n个单独的生物分子(id1到idn)具有2*n行，因此属于以下类型： >id1 #(always starts with a `>`) seq1 >id2 seq2 ... >idn seqn 如果一个人想要使用base R(而不是像Biostrings和seqinr这样的专用包，它们使用新的类来进行各种生物序列操作)，那么如何使用read.table来获得带有id和seq列的简单数据帧呢？

浏览 1提问于2014-11-10得票数 1

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为什么我不能在R中加载seqinr包？

我正在学习R。我已经成功安装了"seqinr包“。但是当我加载"seqinr“包时，它是错误的。有人知道如何解决这个问题吗？我曾尝试安装包ade4，但显示为类似于

浏览 0提问于2018-10-21得票数 0

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多序列比对R

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第一个问题！我是一个新手，与R和序列比对在一般。我试图使用MSA (多序列对齐)包在R(R‘’studio)上进行多序列对齐。我使用seqinr包将我的fasta文件上传到R。它只包含两个大致相同大小的序列-一个模板和一个查询。但是，我遇到了用户手册没有描述的错误。这就是我在终端机上输入的内容 > query<-"file name"$"sequence within the file" > template<-"file name"$"sequence within the file" >

浏览 4提问于2020-02-03得票数 1

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如何确定DNA序列列表中已知基元之间的平均距离

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这就是我的问题:我在寻找已知序列中一个母题之间的平均距离，并将其扩展到一个序列列表.第一部分完成了，第二部分(扩展到序列列表)是问题所在！所以，在这里，我做第一部分的方式： source("motifOccurrence.R") #https://www.r-bloggers.com/calculate-the-average-distance-between-a-given-dna-motif-within-dna-sequences-in-r/ library("seqinr") df <- readDNAStringSet("X.fasta&

浏览 0提问于2016-09-28得票数 0

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如果不存在值，则R中的表()需要返回零

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我对R比较陌生，我正在做一些dna序列分析。如果序列中没有N，我想知道如何使表函数返回零。它不是返回零，而是返回下标超出界限。我可以做一个if声明，但我认为可能有一个非常简单的方法来解决这个问题？谢谢你的帮助！ library(seqinr) firstSet<-read.fasta("NC_000912.fna") seqFirstSet<-firstSet[[1]] length(seqFirstSet) count(seqFirstSet,1) count(seqFirstSet,2) seqTable<-table(seqFirstSet) seqTa

浏览 4提问于2014-12-06得票数 0

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我无法定义我的fasta文件，我在R中输出了fasta文件，在终端中使用了"makeblast“命令

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我使用R中的以下代码获得了fasta输出，我需要读取我的fasta文件(homo_ref.faa)，我通过终端将这些代码作为"makeblastdb -in homo_ref.faa -dbtype prot“使用。但我得到了"BLAST options error: File homo_ref.faa does not exist“。您将如何建议我对代码进行更改？ library(seqinr) library(Biostrings) library(data.table) library(tidyverse) #read homo_tabular format hom

浏览 8提问于2022-10-01得票数 1

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如何将ShinyR函数与UI集成？

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我正在尝试开发我的第一个小型shinyR应用程序，但它的UI无法与其功能正确集成。运行app后浏览文件时，不会执行该函数。请在我的代码下面找到。我是这个领域的新手，我将非常感谢您的支持。 library(seqinr) library(shiny) # User interface ui <- fluidPage( titlePanel("Welcome to DotMatcher Plot App"), sidebarLayout( sidebarPanel ( fileInput("protein1",

浏览 0提问于2019-04-28得票数 0

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如何在带有头部的Fasta格式的R中编写pairwiseAlignment？

我尝试编写一个R脚本，用它可以将一个文件中的一组序列与另一个文件中的单个序列进行比对。到目前为止，我对结果非常满意，但我有一个大问题。如何编写fasta格式的pairwiseAlignment输出和头文件名？我做了这件事(还有其他事情)： seq1 <- readDNAStringSet("file1.fasta", use.names=T) seq2 <- readDNAStringSet("file2.fasta", use.names=T) mat <- nucleotideSubstitutionMatrix(match = 1,

浏览 1提问于2015-09-04得票数 1

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序列比对

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我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。 pdb id uniprot id 1dbh Q07889 1e43 P00692 1f1s Q53591 首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。 library("seqinr") seq1 <- "MDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSK

浏览 6提问于2013-02-08得票数 0

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在查找函数的帮助参考页时，如何指定包？

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如何查找函数的帮助手册页面并在R中指定包？例如，计数出现在seqinr和plyr中。如果我想在plyr中查找计数，命令是什么？我尝试过一些明显(但错误)的猜测，比如"?plyr::count“ 编辑:当我做？计数时，我收到以下消息： Help on topic 'count' was found in the following packages: Package Library plyr /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources

浏览 2提问于2012-04-27得票数 6

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在R中连接Fasta文件

我有多个fasta格式的核苷酸序列文件。我需要把这些文件连接到一个fasta文件中。另外，我想相应地重新命名这些序列。是否有任何可以在R中工作的R包或可执行软件？

浏览 0提问于2018-04-15得票数 0

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如何将矩阵写入临时R对象而不是硬盘驱动器？

我在R中编写了一个管道，它使用了来自生物导体的几个包，这些包需要读取.FASTA文件(本质上是一个自定义格式化的.txt文件)。现在，我有一个矩阵，我使用如下函数将其写入.FASTA文件： exportFASTA(matrix, file = "directory\\sample.fasta") 然后，在文件位置上运行算法： algorithm(file = "directory\\sample.fasta") 我希望改进我的代码，这样我就不必将文件写入硬盘驱动器。相反，我将.FASTA (即.txt文件)写入一个临时的R对象，R将将其解释为硬盘上存在这样的文

浏览 3提问于2013-11-30得票数 0

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如何在R中创建包含多个序列的fasta文件

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我一直在从一个在线数据库(uniprot)中提取fasta文件，方法是使用下面的库获取它们的登录号： install.packages("protr") library("protr") IDs <- c( "xxxx","AAAAA") Proteins_IDs <- getUniProt(IDs) #Test for this Proteins_IDs 这可以完美地将感兴趣的序列转换为fasta格式，然后我就可以编写它了。我遇到的问题是将多个序列写入一个单独的合并fasta文件。

浏览 168提问于2021-11-19得票数 1

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接收NameError -如何修复？

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我正在进行一个项目，并对我用nano编写的以下代码有问题 from Bio import SeqIO import sys import re fasta_file = (sys.argv[1]) for myfile in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): if len(myfile) > 250: gene_id = myfile.id list = re.match('H149xcV\_\w+\_\w+\_\w+', gene_id) pri

浏览 4提问于2020-11-23得票数 0

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在R中转换/转换丰度(OTU)表/data.framework(转换为fasta文件)

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目前我正在处理一个大型数据集，到目前为止，我可以通过无数的google搜索和长期的尝试与错误会话来解决我的所有想法/问题。我已经成功地使用plyr和重塑函数对我的不同数据集进行了一些转换，并且学到了很多，但我认为我已经到了一个我现在的R知识将不再对我有帮助的地步。即使我的问题听起来非常具体(即OTU表和fasta文件)，我想我的尝试是在许多不同的领域(而不仅仅是生物信息学)的一个常见的R应用程序。现在，我已经将一个引用序列文件与一个丰度表合并，我想根据这个data.frame的信息生成一个特定的文件--一个fasta文件。我的df现在看起来有点像这样： repSeq sw.1.1

浏览 0提问于2015-03-03得票数 2

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包装ape:提取密码子中的前两个核苷酸

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我有一个fasta文件，里面有一个DNA seq我想删除每个密码子中的第三个核苷酸。我想我可以选择第一个2核苷酸在一个细分步骤。我在R中工作，使用ape和seqinr软件包 >read.dna("test3", format="fasta")-> test3 >test3 1 DNA sequences in binary format stored in a matrix. All sequences of same length: 888 Labels: XX_00004 Base composition: a

浏览 3提问于2015-02-27得票数 1

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如何将FASTA文件转换为DNAbin？

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我有一个包含30个序列的fasta文件，我想使用R中的BarcodingR包。然而，该包要求数据采用DNAbin格式。如何将Fasta输入转换为DNAbin？谢谢。

浏览 74提问于2021-11-02得票数 0

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随机子序列fasta序列与变更序列名

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我有一个fasta文件(fas2)，它有大约1000个fasta序列，下面是fasta序列的两个示例： >gi|108863165-BAdV-2 ATGGCTACTCCTTCGATGATGCCGCAGTGGTCTTACATGCACATCGCCGGGCAGGATGCCTCCGA >gi|108863163-BAdV-1 ATGGCGACGCCGTCGATGATGCCCCAGTGGTCGTACATGCACATCGCCGGGCAGGATGCCTCAGA 我在网上查阅了很多教程，使用readDNAStringSet来读取fasta文件。所以我用这个评论来读我的文件： fas3 <-

浏览 1提问于2015-03-18得票数 0

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如何使用readline()从第二行开始？

我正在用Python编写一个简短的程序，它将读取一个FASTA文件，该文件通常采用以下格式： >gi|253795547|ref|NC_012960.1| Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome, 52 lines GACGGCTTGTTTGCGTGCGACGAGTTTAGGATTGCTCTTTTGCTAAGCTTGGGGGTTGCGCCCAAAGTGA TTAGATTTTCCGACAGCGTACGGCGCGCGCTGCTGAACGTGGCCACTGAGCTTACACCTCATTTCAGCGC TCGCTTGCTGGCGAAGCTG

浏览 0提问于2011-04-22得票数 5

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如何使用R读取多个FASTA文件？

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我有以下问题:我有10个不同的FASTA文件，每个文件中有数千个序列。我想从每个fasta文件中读取所有的序列，然后(用粘贴)创建一个包含所有序列的大文件。我的问题是:如何在同一时间读取不同的文件？我试过了： a<-list.files() 然后 for (x in a) { temp<-read.table(x) seq<-summary(temp) print (seq) 但是它不能正常工作。我也尝试了命令read.fasta，但它给了我一个奇怪的输出(不是所有的序列) 非常感谢你的帮助，这将是非常感谢！法比奥 PS。我开始使用R只有一周了，ago...so，请耐心

浏览 5提问于2012-02-17得票数 1

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如何修正R中的oligonucleotideFrequency错误

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我对包"seqinr“的read.fasta函数有问题。当我将它与一起使用时，它不会创建所需的向量。另外，当我在手工构建的向量上使用函数计数时，结果是一个零表。这是我的密码： library("seqinr") library(MASS) #GETTING THE FILES AFTER FRAGMENTS OF 500 files <- list.files(path="/Users/CamilaMV/Desktop/TESIS/", pattern=".fna500mer..split", full.names

浏览 3提问于2015-07-19得票数 0

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在R中将多个文本序列文件转换为Fasta文件

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我有100多个DNA序列文件，它们是文本文件，我想把它们转换成Fasta格式。我试过使用cat，但它并没有提供预期的产出。如何以R格式将这些文件转换为fasta格式？例子： file1.txt ATCTACGTACGTGCATG file2.txt CGTAGCATTGCATGATC 预期产出 file1.fa >file1 ATCTACGTACGTGCATG file2.fa >file2 CGTAGCATTGCATGATC

浏览 8提问于2022-07-11得票数 0

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如何根据序列id组合FASTA序列？

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我有9个FASTA文件，代表了9个基因的DNA序列。每个FASTA文件包含121个序列，代表121个菌株。每个序列的名称是每个菌株的id。但是，在每个文件中，没有对id进行排序，例如，在Gene1.Quicka中： >1 AAA >16 TTT >2 GGG ... 在基因2中： >2 CCC >34 AAA >1 GGG ... 我想把这9个基因FASTA文件转换成121个菌株FASTA文件，在每个文件中，简单地将9个基因组合成一个菌株。例如，在example 1中： AAAGGG 应变2.紧固： GGGCCC 我怎样才能在R中做到这一点？

浏览 0提问于2018-09-29得票数 1

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函数，它读取文件的内容并创建带有大写内容的新文件。

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如果有人已经问过这个问题，我会事先表示歉意，但我已经花了几个小时寻找答案。我是Python (3.5.1，Windows 10)的新学生，我的任务是编写一个函数，读取Fasta文件的内容(该文件的名称由用户指定)，并创建一个新文件(用户也给出的名称，可以是.fasta或.txt)，并使用大写的Fasta序列。fasta文件是格式化的，因此序列的标题前面有插入符号，后面的行是字符(我想大写的)。一个fasta文件可能包含多个>行在整个文件中，我不想大写这些行。 import sys def fasta_upper(fasta_input_file, fasta_output_file):

浏览 4提问于2016-04-07得票数 0

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如何从dict转换FASTA序列/如何使函数输出为字符串？

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首先，我不能使用BioPython :(我需要从一个FASTA文件中翻译一堆FASTA序列，并将它们转换成蛋白质序列。FASTA文件是这样的； >some info ACCGGGCTAAA >other info ACCGCCAATTT 所以我可以创建一个只输出DNA序列的函数，但是当我试图翻译它时，我得到了以下错误；"TypeError:类型为'_io.TextIOWrapper‘的对象没有len()“，我不知道如何解决这个问题。非常感谢您的帮助！另外，我正在学习我的第一门Python课程，所以请像对一个笨蛋一样解释我的答案:) #Open the file f

浏览 1提问于2016-03-30得票数 0

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遍历FASTA条目并重命名重复项

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我有一个包含大量条目的FASTA文件。虽然所有的DNA序列都不同，但FASTA的一些名字是相同的。如果一个名字有多个副本，我想附加一个数字，使它们成为唯一的名字。例如： >NAME ATTTTTGGGGGGTGTGTG >NAME ATTTTTTTTCGCGCGC >NAME AAACCCTTTGTG 会变成： >NAME_1 ATTTTTGGGGGGTGTGTG >NAME_2 ATTTTTTTTCGCGCGC >NAME_3 AAACCCTTTGTG 谢谢。更新。因为我计划在R中使用它，所以我将fasta序列导入到R中，并将其作为数据帧df。然后，我可

浏览 1提问于2011-10-19得票数 2

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用R中的seqinr软件包计数DNA序列的碱基

我有一个从fasta文件中提取的数组 > dat [1] "t" "a" "t" "t" "t" "a" "c" "c" "g" "a" "c" "g" "a" "a" "a" "t" "t" "a" "a" "t" "a" "c" &#

浏览 8提问于2020-12-16得票数 1

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使用BioPython更改FASTA文件中的记录id

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我有以下FASTA文件，original.fasta >foo GCTCACACATAGTTGATGCAGATGTTGAATTCACTATGAGGTGGGAGGATGTAGGGCCA 我需要将记录id从foo更改为bar，所以我编写了以下代码： from Bio import SeqIO original_file = r"path\to\original.fasta" corrected_file = r"path\to\corrected.fasta" with open(original_file) as original, open(corre

浏览 2提问于2015-09-01得票数 2

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python 2.7使用大行读取文件

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我有一个fasta文件，我只想打印序列 f = open ("NC_007970.fas",'r') for line in f: print line 它只打印第一行> NC_007970 我认为问题出在fasta文件本身，它由第一行和'>‘组成，第二行是序列，序列本身没有新的行，它的长度约为19000个字符 > NC_007970 GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTA

浏览 0提问于2013-12-12得票数 0

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python子进程命令行解析错误

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我正在运行一个用子进程WolfPsort程序编写的python程序。它是一种用于蛋白质定位检测程序的生物信息学工具。但是，python子进程不会导出我的输入文件。这是密码 #!/usr/bin/python # secref.py is for secretome refining import os import sys import subprocess if len(sys.argv) != 2: print >> sys.stderr, 'Usage: python secref.py [*.fasta]' exit(1)

浏览 12提问于2014-04-24得票数 0

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读取fasta文件并编辑python中的行

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我在编程方面是新手，这是我第一次使用python。我正在编写一个代码，它应该读取fasta文件并删除每个序列的头。我读取文件的代码： def read_fasta(inputfile): with open(inputfile,'r') as f: file=f.readlines() f.close return file fasta_file=read_fasta('SELEX_100_reads.txt') print(fasta_file) fasta文件的输出如下所示： ['@DBV2SVN1:110

浏览 3提问于2020-07-25得票数 0

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python上bash输出的打印错误

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我试图用python程序自动化bash中的一些进程(对于RNA-seq)，第一步是像下面这样从*.fastq传递文件。 Demo_T3_L001_R1.fastq Demo_T3_L002_R1.fastq Demo_T3_L003_R1.fastq Demo_T3_L004_R1.fastq Demo_T3_L001_R2.fastq Demo_T3_L002_R2.fastq Demo_T3_L003_R2.fastq Demo_T3_L004_R2.fastq (这些文件的内容与我的问题无关，但如果需要，我可以复制它们) 对于*.fasta，如下所示： Demo_T3_L00

浏览 1提问于2018-02-05得票数 0

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在java中，有没有一种方法可以根据文件名对文件夹中特定类型的文件进行分组并单独添加它们？

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我想知道有没有什么具体的方法来过滤文件名，并根据前缀将特定的文件单独添加到文件数组中？例如: File: A_error_log.txt，A.txt，A.fasta，B.fasta，B_error_log.txt从上面的文件列表我只想把A类型的文件移到一个文件夹，把B类型的文件移到另一个文件夹。标准的解决方案是，获取文件列表，然后使用get name检查它们是否有特定的文件名前缀，然后添加它们。我想知道有没有其他方法已经提出了这个4r？？

浏览 0提问于2012-11-02得票数 1

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查询(包seqinr)：错误

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我正在使用这个链接学习生物信息学：我使用R3.0.3和runing，在运行下面的代码时我得到了一个错误，为什么？ library("seqinr") choosebank("refseqViruses") query("Dengue1", "AC=NC_001477") attributes(Dengue1) Error: object 'Dengue1' not found 谢谢

浏览 5提问于2014-11-07得票数 1

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将文件重命名为linux中父目录的部分名称。

我必须根据父目录的部分名称重命名目录中的大量文件(每个目录一个文件)：例如 abc_S1_R1/contig.fasta bcd_S2_R1/contig.fasta cde_S5_R1/contig.fasta 我想要的最终名字是： abc_S1_R1/abc.fasta bcd_S2_R1/bcd.fasta cde_S5_R1/cde.fasta 我做这件事最好的方法是什么？谢谢。

浏览 0提问于2020-01-22得票数 0

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如何使用for循环在R中将fasta拆分为两列，而不使用任何包？

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我有一个fasta文件，看起来像下面这样，还有其他的头文件和相应的序列。如何编写带有"for循环“的代码，将其转换为数据帧，其中ORF名称存储在第1列，相应的上行和下行序列存储在第2列？(使用R studio) >YAL001C TFC3 SGDID:S000000001, Chr I from 152168-146596, reverse complement, Verified ORF, "Largest of six subunits of the RNA polymerase III transcription initiation factor complex

浏览 0提问于2020-05-08得票数 0

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如何使用perl删除fasta文件中的空白空间？

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我的fasta档案 >1a17_A a.118.8 TPR-like PADGALKRAEELKTQANDYFKAKDYENAIKFYSQAIELNPSNAIYYGNRS LAYLRTECYGYALGDATRAIELDKKYIKGYYRRAASNMALGKFRAALRDY ETVVKVKPHDKDAKMKYQECNKIVKQKAFERAIAGDEHKRSVVDSLDIES MTIEDEYS 否则，在fasta文件中尝试这个。 open(fas,'d:\a4.fas'); $s=<fas>; @fasta = <fas>; @r1 = grep{s

浏览 4提问于2014-08-22得票数 0

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