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使用3D Slicer进行颅骨去除

关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除 准备 此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块...使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网 ?...在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的 ?...Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha) 使用...在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件 点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可 ?

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    使用3D Slicer对图像进行配准

    在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑)...3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官;(2)兼容MRI、CT、US(超声)、核医学以及显微镜下的影像;(3)拥有双向可交互性 准备 1. 3D Slicer下载 下载链接...安装过程不予累述,注意如果有独显的话,打开该软件的时候,右击鼠标,选择用图形处理器运行,不然会使用CPU运行,会比较卡 安装及加载文件教程 2....搜索Elastix,安装SlicerElastix 配准 将两组需要配准的dicom文件拉入软甲所在位置,根据提示框将两组文件都进行加载 点击搜索框,选择Elastix ?

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    使用 WebAssembly 对 Istio 进行扩展

    首先安装 tinygo 工具,前往 https://github.com/tinygo-org/tinygo/releases/tag/v0.30.0 下载对应的版本,比如我们这里是 Linux 系统,可以使用下面的命令进行安装...docker 镜像来进行编译。...部署 WASM 我们可以将这个 main.wasm 文件放到一个 ConfigMap 中,然后挂载到 Envoy 中,这样就可以在 Envoy 中使用了,比如我们可以使用下面的命令来创建一个 ConfigMap...为了解决这个问题,Istio 便引入了一个新的用于自定义 Wasm 插件对 Istio 代理功能进行扩展的新顶层 API - WasmPlugin CRD,不再需要使用 EnvoyFilter 资源向代理添加自定义...url 字段指定了 Wasm 模块的拉取位置,这里的 url 是一个 docker URI,除了通过 HTTP、HTTPS 和本地文件系统 (使用 file://)方式加载 Wasm 模块之外,还可以使用

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    具有穿透性微针的新型脑机接口

    与犹他阵列不同,新型硅微针阵列的新型脑机接口由柔性,透明和更薄的材料制成。基于柔性基板的透明特性,研究人员利用光学刺激和成像对动物的神经活动进行了探究。...利用光遗传学和双光子荧光显微成像技术 记录麻醉小鼠体内电生理信号 如图2a-c所示,穿透SiMNAs背衬的光学通道,能够通过阵列进行双光子成像。...利用光遗传学和双光子荧光显微成像技术, 记录清醒小鼠体内电生理信号 如图3a所示,对头部固定的清醒小鼠进行了感觉刺激诱发反应,并进行了电生理信号记录。...为了消除运动伪影对实验产生的影响,在清醒小鼠的自发活动期间,对单个单元进行了隔离。图 3d 说明了从单个 SiMN 检测到的单个单元和相应的尖峰间隔 (ISI) 直方图。...基于灵活背衬的透明性,在长期植入实验装置的小鼠中通过光遗传学刺激和2光子成像进行了演示。最后,使用1024通道证明了SiMNA的可扩展性,该1024通道SiMNA可在小鼠大脑中进行局部刺激诱发反应。

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    NeuroImage:磁共振3D梯度回波磁化转移序列同时对铁和神经黑色素进行成像

    此外,在过去的几年中,通常通过3D SWI扫描成像的N1征兆作为帕金森病患者病理生理变化的潜在成像生物标志物正受到人们的关注。...一年后对帕金森病患者进行评估,以确认诊断,使用与帕金森病诊断基线相同的MDS-PD诊断标准。...MTC-QSM过程包括以下步骤:使用第一回波磁数据应用脑提取工具(阈值=0.2,侵蚀=4,岛=2000)Smith(2002);使用3D相位展开算法(按沿非连续路径的可靠性进行3D排序或3DSRNCP)...对NM、QSM和重叠分数数据进行最尾部层面的部分容积校正。部分容积效应 是基于最大尾部切片和第二和第三最尾部切片的对比度通过以下方式计算的: 使用覆盖NM和含铁SN的所有切片的边界进行体积分析。...以相同的分辨率和脑覆盖年龄获取两个数据集,并使用SPM软件将量值图像对齐,然后根据几何位移矩阵对QSM数据进行转换。对每个病例,从整个3D ROI中提取平均敏感度,并在两个半球上求平均敏感度。

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    CMU阵列:3D打印实现对大规模高密度电极阵列定制化

    3D打印的实现 为了实现以纳米粒子形式自由使用材料,该团队使用了喷墨和气溶胶喷射技术。...图2 使用3D纳米粒子打印制造微电极阵列;同一阵列中不同高度的柄允许在组织内进行不同深度的记录。...尽管该阵列有很高的密度和灵活性,制造过程仍然实现了高度均匀的探针制作,其中所有的探针垂直角度未超过1°。气溶胶喷射打印过程还允许对尖端形状和轮廓进行简单的CAD设计。...为了测定急性使用期间重复插入如何影响阻抗,该团队将PEDOT:PSS尖端的柄插入琼脂糖模型脑中数次,测量其对柄阻抗的影响。...图6 鼠脑中的探针植入;和传统的高密度微电极阵列不同,由于横截面积小,尖端窄,该团队的阵列在基本手术操作下能够成功穿透小鼠大脑,排除了对附属设备的需要,如振动驱动、气动插入锤,大大降低了手术复杂程度。

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    使用R语言进行异常检测

    本文结合R语言,展示了异常检测的案例,主要内容如下: (1)单变量的异常检测 (2)使用LOF(local outlier factor,局部异常因子)进行异常检测 (3)通过聚类进行异常检测 (4)对时间序列进行异常检测...lofactor()函数使用LOF算法计算局部异常因子,并且它在DMwR和dprep包中是可用的。下面将介绍一个使用LOF进行异常检测的例子,k是用于计算局部异常因子的邻居数量。...我们也可以如下使用pairsPlot显示异常值,这里的异常值用”+”标记为红色。 ? Rlof包,对LOF算法的并行实现。...在上图中,聚类中心被标记为星号,异常值标记为’+’ 对时间序列进行异常检测 本部分讲述一个对时间序列数据进行异常检测的例子。在本例中,时间序列数据首次使用stl()进行稳健回归分解,然后识别异常值。...一些用于异常检测的R包包括: extremevalues包:单变量异常检测 mvoutlier包:基于稳定方法的多元变量异常检测 outliers包:对异常值进行测验 来自数据分析之禅

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    在VScode中对R语言进行环境配置

    从前,有一个名叫阿磊的程序员,他对编程充满了热情,但总是对新事物感到好奇又有点害怕。一天,他听说了一个强大的编程语言——R语言,它在数据分析和统计学领域非常流行。...于是他开始在浏览器中输入“R语言下载”,结果不小心输入成了“R语言美餐”,网页上出现了各种美食图片,阿磊看得直流口水,完全忘记了下载R语言的事情。...过了一会儿,阿磊终于意识到自己走神了,他重新输入了正确的关键词,找到了R语言的官方网站,下载并安装了R语言。接下来,教程告诉他需要在VSCode中安装R扩展。...于是他安装了“R Rainbow”,期待着他的代码能变得五彩斑斓。 安装完成后,阿磊打开了一个新的R脚本文件,开始尝试写他的第一行R代码。他输入了print("Hello, R!")...作为vscode的长期使用者,现在开始宇宙第一编辑器中配置R的环境 1.下载R 请点击这里跳转 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 2.安装R 选择中文

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    使用变量对 SQL 进行优化

    赋值部分SET也是固定写法,就是对变量@I进行赋值,=右边的就是赋值内容了 定义好变量后就可以将其带入到查询语句中了,每次只需要修改赋值部分,查询语句就会根据赋值内容查询出相应的结果 2、为什么要使用变量...我们使用变量对其进行修改 DECLARE @ORDER_ID VARCHAR(20) SET @ORDER_ID='112' SELECT * FROM T1 WHERE ORDER_ID=@ORDER_ID...3、什么时候该/不该使用变量 常见的在线查询一遍都可以使用到变量,将变量作为参数传递给数据库,可以实现一次查询,重复使用执行计划。...如果单独查询某个语句时间很久,比如超过半个小时了,这种使用变量没有什么明显的效果。 4、变量窥测 事物都存在两面性,变量对常见查询可以提高查询效率。...今天的内容讲到这里,如果对变量还有什么不明白的,可以在底下留言,我会一一回复的。

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