使用R脚本的Snakemake，错误:找不到snakemake对象
Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统，用于构建和运行数据分析的工作流程。它的主要特点是可扩展性、灵活性和易用性，可以帮助用户自动化和并行化复杂的数据分析流程。
错误信息"找不到snakemake对象"通常表示在使用R脚本的Snakemake时，没有正确导入或安装Snakemake库。要解决这个错误，可以按照以下步骤进行操作：
- 确保已经正确安装了Snakemake库。可以使用以下命令在R环境中安装Snakemake：
install.packages("snakemake")- 在R脚本的开头添加导入Snakemake库的语句：
library(snakemake)- 确保Snakemake库的版本与R脚本兼容。可以使用以下命令检查Snakemake库的版本：
packageVersion("snakemake")- 如果Snakemake库已经正确安装并导入，但仍然出现错误，可能是因为Snakemake对象的命名空间冲突。可以尝试使用完整的命名空间来引用Snakemake对象，例如：
snakemake::snakemake(...)总结： Snakemake是一个用于构建和运行数据分析工作流的Python库。要解决"找不到snakemake对象"的错误，需要确保正确安装和导入Snakemake库，并检查命名空间冲突的问题。
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我在和Snakemake建一条管道。一条规则涉及使用readr读取CSV文件的R脚本。当我使用--use-singularity和--use-conda运行管道时，我会得到这个错误
Error: Unknown TZ UTC
In addition: Warning message:
In OlsonNames() : no Olson database found
Execution halted
谷歌表示，readr正因缺少而崩溃，但我不知道如何安装tzdata包并让readr看到它。我正在容器中运行整个管道，以确保可再现性。Snakemake建议在Miniconda容器上使用Mambaf
浏览 4提问于2021-06-21得票数 2
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我在一个名为myenvname的conda环境中安装了一个Python模块myenvname。
我的snakemake文件包含一个简单的规则：
rule checker2:
output:
"tata.txt"
conda:
"myenvname"
script:
"scripts/test2.py"
test2.py的内容如下：
import modulename
with open("tata.txt","w") as _f:
_f
浏览 21提问于2022-11-17得票数 0
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3回答
在snakemake中，您可以像这样调用外部脚本：
rule NAME:
input:
"path/to/inputfile",
"path/to/other/inputfile"
output:
"path/to/outputfile",
"path/to/another/outputfile"
script:
"path/to/script.R"
这样可以方便地访问R脚本中名为S4的snakemake对象。在
浏览 6提问于2019-08-08得票数 4
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我正在尝试用crontab设置一个自动化系统来使用Snakemake处理文件。下面是我用来发送给slurm的bash脚本。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=nextstrain
snakemake --configfile config.yaml --jobs 100 --keep-going --rerun-incomplete --latency-wait 360 --cluster 'sbatch' -r -p --useconda
这张纸条按预期运行。但是，当我通过crontab运行脚本时：
0 8 * * 1 /bin/bash /ho
浏览 10提问于2022-07-27得票数 0
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。
另一个问题是集群提交/多线程。据推测，Snakemake将把任务提交到多个节点上，并自动使用多个核心，而无需修改代码。那么，使用cluster和/或cores调用一个R脚本来执行整个管道，或者将管道分解成多个规则/步骤，并在该规
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
我正在尝试使用一个外部脚本运行一个snakemake规则，该脚本包含一个通配符，如snakemake 中所述。然而，我在运行snakemake时遇到了KeyError。
例如，如果我们有以下规则：
SAMPLE = ['test']
rule all:
input:
expand("output/{sample}.txt", sample=SAMPLE)
rule NAME:
input: "workflow/scripts/{sample}.R"
output: "output/{sample
浏览 15提问于2021-05-22得票数 0
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我是新的蛇形和使用集群，所以我会感谢任何帮助！
我有一个在服务器上正常工作的snakefile，但是当我试图在集群上运行它时，我没有找到提交作业并让它执行的适当命令。就像其他用户发现的那样，它是“停滞”的。
我在SGE集群上运行它，其中只有一个节点( head节点)，我们通过该节点提交作业。我们不能以交互方式运行作业，也不能在head节点上运行密集命令。通常，我会运行bwa命令，如下所示：
qsub -V -b y 'bwa mem -t 20 /reference/hg38.fa in/R_1.fastq in/R_2.fastq |samtools view -S -bh -@ 7
浏览 11提问于2017-05-16得票数 1
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我有两条规则：
all_participants = ['01','03','04','05','06','07','08']
rule all:
input: expand("data/interim/tables/screen/p{participant_id}.csv",participant_id=all_participants)
rule extract_screen_table:
output: "data/interim/ta
浏览 1提问于2018-02-23得票数 1
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我使用一系列R标记脚本在Snakemake管道的末尾生成报告。如果其中一个标记文件出现错误并失败，则错误不会保存到日志文件中，因此以后不可能进行调查。
根据我的研究，我还没有找到一种方法来做到这一点，但是:在管道中运行减价文件时，是否有一种将R标记中的错误重定向到日志文件的方法？(我的管道使用SnakeMake作为管道，但我假设这适用于任何管道)。
浏览 4提问于2021-01-22得票数 1
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我目前正在编写一个snakemake管道，我想为此包括一个perl脚本。脚本不是由我编写的，而是从页面编写的。我以前从未使用过perl。
我通过conda安装了perl (5.32.1)。我已经安装了miniconda，并且正在我的大学unix服务器上工作。
perl脚本规则的代码如下所示：
rule r1_filter5end:
input:
config["arima_mapping"] + "unprocessed_bam/{sample}_R1.sam"
output:
config["arima_mapping"] +
浏览 12提问于2022-08-09得票数 5
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我正在尝试创建一个对多个错误源具有健壮性的snakemake流水线。我想在我的管道中调用一个bash脚本。提醒用户注意问题的一个标准过程是在bash脚本的开头使用以下内容：
#!/bin/bash
set -e
set -u
set -o pipefail
当使用管道将std重定向出时，pipefail会检查错误。我的脚本中有以下几行简单的代码
# Read the first argument
input=$1
less $input | head -10
当我在终端中直接使用运行我的脚本时
bash script.sh input
它运行得很好，没有检测到错误。
然后，我希望在如下规则
浏览 2提问于2021-06-23得票数 0
2回答
我有Snakamake规则如下所示，其中通配符包含特殊字符，所以我使用sub对它们进行转义，请参阅答案。输出文件：data/extract_AAV(1).csv。
import re
rule get_data:
input:
output: "data/extract_{re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)}.csv"
shell: "python get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1'
浏览 4提问于2020-04-28得票数 1
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我目前正在使用Snakemake构建我的NGS管道，并且有一个关于R库加载的问题。我的规则调用的几个脚本需要加载R库。因为我找不到全局加载它们的方法，所以它们被加载到R脚本中，当我在几个单独的输入文件上运行相同的规则集时，这当然是多余的计算时间。
有没有办法保持一个R会话来执行几个规则，并预先加载所有需要的库？
干杯，祖伊普
浏览 11提问于2017-01-14得票数 1
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我想使用snakemake实用程序(5.6.0)来使用存储在EGA上的文件。首先，我想尝试官方文档中编写的代码，所以我尝试了以下内容： import snakemake.remote.EGA as EGA
ega = EGA.RemoteProvider()
rule get_remote_file_ega:
input:
ega.remote("ega/dataset_id/foo.bam")
output:
"data/foo.bam"
shell:
"cp {input} {outp
浏览 7提问于2019-09-27得票数 1
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我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
我试着运行snakemake来测试一份小工作。守则如下：
rule kallisto_quant:
input:
idx='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Arabidopsis_thaliana.fa.index'
fwd='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R1_008.trimmed.fastq.gz'
rvs='/fullpath/snakemake-example/K
浏览 2提问于2018-06-26得票数 0
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我希望能够在Snakemake创建的R conda环境中安装来自GitHub的R包，以及在python环境中通过pip安装python库。此后，我将在一套完整的规则中使用这些环境。
我最初的想法是创建一个运行脚本的规则来安装指定的包。
例如，我的初始运行是：snakemake -j1 --use-conda -R create_r_environment。
我的蛇形
rule create_r_environment:
conda:
"envs/r.yaml"
script:
"scripts/r-dependencies
浏览 1提问于2020-10-31得票数 5
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我试图像下面的snakefile一样，在snakemake规则中遍历R脚本中的列表，但得到了错误。
from snakemake.utils import R
rule test:
run:
R("""
print("hello!")
a = c(1, 2, 3)
for (i in a)
{
print(i)
}
""")
这是错误。
R
浏览 0提问于2019-05-21得票数 2
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1回答
在执行量化之后，我正在使用一些快速的R脚本来绑定文件(kallisto/鲑鱼)。问题是，我得到了一个R错误，说我的输入文件长度不一样，所以cbind()不能工作。
显然不是这样的，它们都是16887行(使用bash检查)，并且在没有蛇形的R中工作得很好。
同样值得一提的是，我确实得到了一个随机数的样本(~ 1到4)的输出。
以下是R代码：
sample <- read.table(snakemake@input[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
if (!file.exists(snakemake@params[[1]])) {
mer
浏览 2提问于2020-04-21得票数 1
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我正在做snakemake，为我的工作做管道。我的输入文件是(示例fastq文件) /project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-1_R1.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-1_R2.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/H667-2_R1.fastq.gz
/project/ateeq/PROJECT/snakemake-example/raw_data/
浏览 136提问于2019-06-11得票数 1
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我试图解决的总体问题是，在我正在构建的QC管道的每一步，都可以统计每个文件中存在的读取次数。我有一个以前使用过的shell脚本，它接受一个目录并输出每个文件的读取次数。由于我希望使用目录作为输入，因此我尝试遵循Rasmus在本文中提出的格式： https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/961/rule-with-folder-as-input-and-output 下面是之前在管道中创建的一些示例输入： $ ls -1 cut_reads/
97_R1_cut.fastq.gz
97_R2_cut.fastq.gz
98_R1_cut.
浏览 110提问于2019-06-19得票数 2
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在我的数据分析中，我经常使用来自远程位置( URL)的xlsx或csv文件。我希望我的代码是可重现的和可理解的，所以最好的办法是在我的Python代码中下载文件，这样URL就包含在我的脚本中，但是运行我的脚本每次都会下载文件，这需要太长的时间。所以我的问题是:有没有一个Python库可以自动下载和缓存文件，这样我就可以像这样在代码中使用URL from remotecaching import r_url
f = open(r_url("https://domain.tld/resource.csv")) 在本例中，r_url下载该文件(如果它不在本地缓存中)，并返回缓存文
浏览 21提问于2019-04-06得票数 0
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对于Snakemake工作流，我需要在许多BAM文件中操作标记，并希望通过脚本(using the Snakemake script: directive)来处理这些标记。我的具体方法是使用pysam stream processing。 infile = pysam.AlignmentFile("-", "rb")
outfile = pysam.AlignmentFile("-", "wb", template=infile)
for s in infile:
(flowcell, lane) = s.query_
浏览 26提问于2019-01-16得票数 2
我在尝试运行调用R脚本的snakemake规则时遇到问题。相关的snakemake规则如下所示： rule summarize_transcripts:
input:
lineages = expand("../final/{seq_run}/{exp}_transcript_lineages.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN),
salmon_dir = expand("../salmon_quant_results/{experiment_id}", experiment_id=EXP),
浏览 78提问于2021-06-30得票数 0
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下面是一个带有的示例。
---
title: "Test Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
params:
rmd: "report.Rmd"
output:
html_document:
css: "custom.css"
---
## R Markdown
This is an R Markdown document.
Test include from snakemake `r snakemake@input`.
浏览 10提问于2021-08-03得票数 1
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1回答
我必须对遗传信息进行估算，但是脚本和文件位于不同的位置。还涉及到一些与are (集群)并行的作业。过多的人工运行等待是完成工作所必需的。
为了简化混乱，我想把这些bash脚本放到Snakemake管道中。预期的结果将是一个Snakefile，其规则仅由shell脚本组成，因为输入/输出文件已经指定。
为此，我必须运行以下简单示例：
假设我们有一个名为test.txt包含列表的输入：
13 234 34 4
以及用于排序的bash脚本，称为test.sh：
sort -n test.txt > test1.txt
为了通过Snakemake运行这个脚本，我制作了Snakefile：
rul
浏览 1提问于2019-08-08得票数 0
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我定义了要传递给shell脚本的envvars。 envvars:
"PASS" 如果我忘记在shell中指定它们，使用snakemake -n的预演将提醒我设置它。执行在我的本地机器上运行良好，但是我没有设法将envvar传递到我的集群环境中。尽管我设置了环境变量，但我在集群执行后遇到了下面的snakemake错误。由于snakemake错误，作业永远不会启动。 WorkflowError in line 10 of /home/workflows/Snakefile:
The following environment variables are requeste
浏览 23提问于2020-07-29得票数 0
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我有一些代码，我正在合并到Snakemake管道中。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，所以我想编写灵活的代码。我有一个配置文件，可以被Snakemake读取，还有一个配置文件，如果代码在Snakemake之外运行，它将被解析。
我在我的Snakemake文件中的规则中有以下结构：
rule some_rule:
input:
input_file
output:
output_file
script:
runfile.py
然后，在runfile.py中，我测试了脚本是否在Snakemake中运行，如下所示：
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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假设我有一个config.yaml文件，如下所示
results: "results/"
reference_database: "data/zymogen_alignment_file.fasta"
basecall:
perform_basecall: True
configuration: "dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg"
我可以访问我的Snakefile中的所有参数，如config["results"]、config["basecall"]["perform_
浏览 2提问于2021-03-03得票数 2
回答已采纳
我写了一些R脚本，我想使用snakemake将它们集成到一个分析管道中。我几乎完成了这个管道，除了一个R脚本。在这个R脚本中，其中一个参数是一个列表，如下所示： group=list(A=c("a","b","c"),B=c("d","e"),C=c("f","g","h")) 我不知道如何在snakemake中调用这种参数。 我编写的R脚本和snakemake脚本如下： R脚本： library(optparse)
library(ggtree)
library(
浏览 18提问于2019-05-13得票数 1
我一直在尝试创建可移植的snakemake，它在"wrapper.py“脚本中执行预先创建的脚本。但是，到目前为止，我发现从shell调用snakemake.shell来从命令行运行函数的所有示例。因此，我认为脚本的等效之处是使用来自snakemake.script的snakemake.script来执行脚本。但是，当我在规则中使用它时，它会引发如下错误：
Traceback (most recent call last):
File "/home/robertlink/stack_overflow_dummy_example/.snakemake/scripts/tmpq
浏览 2提问于2020-10-15得票数 0
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我一直在研究snakemake executor的脚本，我得到了这个错误： snakemake: error: unrecognized arguments: --google-lifesciences --google-lifesciences-region 代码： snakemake --google-lifesciences --default-remote-prefix disha_lodha/data --use-conda --google-lifesciences-region us-west1. 有人能提出解决这个问题的建议吗？
浏览 12提问于2020-10-24得票数 0
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我正在尝试用自定义python脚本构建一个snakemake管道。我的一些脚本出现了错误，导致管道关闭。但是，虽然在shell输出中我几乎看不到导致关闭的python错误消息的结尾，但是这个错误不会被记录到任何地方。它不会登录到自动创建的snakemake.log中(只说明哪个脚本失败而没有提供错误消息)，并且向规则中添加一个" log：“，其中一个文件夹失败了，只会创建一个空日志。
是否有一种方法来访问错误消息，这样我就可以解决基本问题了吗？
编辑:我当前的snakemake规则如下：
rule do_X:
input: "{Wildcard}_a"
浏览 6提问于2022-07-01得票数 -1
我尝试强制Snakemake按顺序运行规则(具有多个作业)，以避免内存冲突。 rule run_eval_all:
input:
expand("config["out_model"] + "{iLogit}.rds", iLogit = MODELS)
rule eval_model:
input:
script = config["src_est"] + "evals/script.R",
model = config["out_model&#
浏览 61提问于2021-07-08得票数 1
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我正在使用snakemake来编写我的工作流程。为了重用代码，最简单的方法是使用语句include: "path/to/other/Snakefile" 这在大多数情况下都可以正常工作，但在通过report()函数创建报告时会失败。问题是它找不到为标题指定的.rst文件。 因此，report()似乎具有其他Snakefile所在的工作目录，而不是主Snakefile所在的工作目录。 有没有一种灵活的解决方法，这样它的行为就像是加载到Snakefile中，然后像在主Snakefile中一样执行？ 这是另一个Snakemake文件中的示例规则： rule evaluation:
浏览 26提问于2019-10-04得票数 2
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我正在编写一个Snakemake管道，其中包含一个运行R脚本的规则。这个规则有自己的环境，如下所示：
channels:
- conda-forge
- r
- bioconda
dependencies:
- r-base = 4.1.1
- r-ggplot2 = 3.3.5
- r-biocmanager = 1.30.16
在上面的软件包旁边，我还需要，它可以与biocmanager一起安装。
if(!require(ggbio, quietly=TRUE)){ # if the package is not there, install it
BiocManager
浏览 10提问于2021-12-07得票数 0
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我是新手使用snakemake，我有一个问题，当做步骤gatk VariantRecalibrator在snakemake上，它产生了错误，但脚本可以运行没有错误时，蛇的格式。 import snakemake.io
import os
REF="/data/data/reference/refs/ucsc.hg19.fasta"
HM="/data/data/variant_call/hapmap_3.3.hg19.sites.vcf"
OMNI="/data/data/variant_call/1000G_omni2.5.hg19.sites.v
浏览 62提问于2019-05-30得票数 0
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我试着从蛇形码头开一个码头集装箱。作业运行并产生正确的输出，但当它们完成时，我得到
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
snakemake试图删除这些文件。
我试着调试过：：
将|| true、set +u或exit 0添加到规则中的shell命令中
运行--printshellcmds中显示的命令(它们运行得很好)
在bash脚本中以“严格”模式放置docker命令，以查看是否存在任何问题(没有)
在规则的shell:命令中打印实际的退
浏览 14提问于2020-11-07得票数 1
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以下snakemake脚本：
rule all:
input:
'test.done'
rule pipe:
output:
'test.done'
shell:
"""
seq 1 10000 | head > test.done
"""
失败，但有以下错误：
snakemake -s test.snake
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will
浏览 4提问于2017-10-04得票数 5
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问题：
在snakemake (python3)中，我正在运行一些用python2编写的软件。Snakemake使用python3运行软件，忽略调用python2的文件上的shebang。这是别人的软件，所以我不想费心重写它来让它在python3中工作。
问题：
如何强制snakemake在外部脚本中运行python版本，而不是在当前环境中运行python版本？
注意事项：
我知道snakemake允许用户使用--use-conda强制特定环境，并调用python2环境。但是，我不想这样做，因为生成的脚本的可移植性会降低。
我尝试过的：
我尝试使用#!/usr/bin/env python2或
浏览 38提问于2020-05-25得票数 1
当尝试在我们的一个集群上运行一些使用wrappers的Snakemake工作流时，我遇到了作业失败的问题，错误如下： WorkflowError:
Failed to open source file https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/raw/0.77.0/bio/cutadapt/se/environment.yaml
ConnectionError: HTTPSConnectionPool(host='github.com', port=443): Max retries exceeded with url:
浏览 29提问于2021-08-27得票数 0
我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。
我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。
下面是我的蛇形图：
rule extract:
input:
genes="data/gene_list.txt",
expression="data/expression_{dataset}.txt"
output:
"data/expressi
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我是Python的初学者，但我必须运行一个snakemake脚本，其中包含一个规则文件和一个配置文件。但是我被这个错误挡住了：
MissingInputException(job.rule, missing_input)
snakemake.exceptions.MissingInputException: Missing input files for rule all:
Kmer/FS01377_plot.pdf
Kmer/FS070_summary.txt
Kmer/FS01255_summary.txt
Kmer/FS01245_summary.txt [...]
我想我漏掉了什么但我
浏览 5提问于2022-05-02得票数 0
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我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。 调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？ 示例： sample = ["SRR12845350"]
rule prefetch:
input:
"results/Metadata/{sample}.json"
output:
"results/SRA/{sample}.sra
params:
"prefet
浏览 29提问于2020-11-05得票数 0
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我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？
在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？
更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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1回答
我有大量的输入文件组织如下：
data/
├── set1/
│ ├── file1_R1.fq.gz
│ ├── file1_R2.fq.gz
│ ├── file2_R1.fq.gz
│ ├── file2_R2.fq.gz
| :
│ └── fileX_R2.fq.gz
├── another_set/
│ ├── asdf1_R1.fq.gz
│ ├── asdf1_R2.fq.gz
│ ├── asdf2_R1.fq.gz
│ ├── asdf2_R2.fq.gz
| :
│ └── asdfX_R2.fq.gz
:
└── m
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
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我正在用snakemake建一条管道。我有一个检查点，它应该产生多个输出文件。这些输出文件稍后将在我的规则中使用，全部在expand中使用。问题是我不知道将产生的文件量，因此不能在扩展中指定数据集。 这些文件将在R脚本中生成。 示例： rule all:
input:
expand(["results/{output}],
output=????)
checkpoint rscript:
input:
"foo.input"
output:
report(
浏览 35提问于2020-01-07得票数 1
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这应该是一个简单的问题，但我终生都搞不懂它。我有一个非常非常简单的Snakefile (如下所示)：
rule test:
input:
"/home/username/input_data"
script:
"scripts/test.py"
在我的test.py文件中，我正在执行以下操作：
import snakemake
print(snakemake.input[0])
但我无法访问snakemake.input[0]。有一个和我的例子一样简单的例子，但是我不能让它工作。此外，在Python交互式shell
浏览 5提问于2020-06-03得票数 0
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