左边一列id代表个体/记录,右边是这些个体/记录属性的布尔值。我想做个处理,返回每个个体/记录中属性为1的列标签集合。...二、实现过程 这里【Jin】大佬给了一个答案,使用迭代的方法进行,如下图所示: 如此顺利地解决了粉丝的问题。
可以用^标记做[ ]内的前缀,表示除[ ]内的字符之外的字符。比如 搜索 oo前没有 g的字符串的行....$grep '[a-z]\{5,\}' aa 显示所有包含每个字符串至少有 5 个连续小写字符的字符串的行。...如果要同时新增多行,则每行之间要用反斜杠\来进行新行的添加 ? 4、取代行:c 命令 c 的后面可以接字符串,这些字符串可以取代 n1,n2 之间的行 ?...为打印一个域或所有域,使用 print 命令。这是一个awk 动作 awk 的运行过程: ① 如果 BEGIN 区块存在,awk 执行它指定的 actions。...2、定义函数的格式为: ? 3、举例: 例 1:删除文件中的空行 这个脚本(脚本名为del.lines)可以处理一个或多个文件。每个文件在用sed删除空行之前要先核实是否存在。
版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。.../wc -l file*统计每个文件行数 join/paste将多个文件按照列合并 tee >>流重定向到文件, /dev/null使用 sort对文件按照指定列排序, uniq按照列获取唯一列大小,每列计数等...10 xac 10 xad 2 当然也可以使用awk将文件名按照参数传递统计(google-> awk count file line/ linux pass parameter to awk ): ?...当然我们也可以添加前缀例如: $ split -a5 split.zip $ ls split.zip xaaaac xaaaaf xaaaai xaaaal ... xaaaaa xaaaad...bb bb $ uniq test.txt aa bb # 如果不排序的话文件内容如下,使用 uniq test.txt输出结果不变 aa bb aa bb 使用uniq -c 统计每个key对应的行数
一元加,减和逻辑非 ^ * 求幂 ++ -- 增加或减少,作为前缀或后缀 $ 字段引用 in 数组成员 记录和域 记录 awk把每一个以换行符结束的行称为一个记录。...如 awk '{print NR,$0}' test将输出test文件中所有记录,并在记录前显示记录号。 域 记录中每个单词称做“域”,默认情况下以空格或tab分隔。...awk 'BEGIN{print "TITLE TEST"}只打印标题。...数组name中的下标是一个自定义变量x,awk初始化x的值为0,在每次使用后增加1。第二个域的值被赋给name数组的各个元素。...match函数会设置内建变量RSTART为字符串中子字符串的开始位置,RLENGTH为到子字符串末尾的字符个数。substr可利于这些变量来截取字符串。
Maths 90 3) Shyam Biology 87 4) Kedar English 85 5) Hari History 89 下面的例子中我们将会显示文件内容,并且添加每一列的标题...基本使用示例 本部分会讲述一些有用的AWK命令和它们的使用示例,所有的例子都是以下面的文本文件 marks.txt 为基础的。 ?...数组 AWK支持关联数组,也就是说,不仅可以使用数字索引的数组,还可以使用字符串作为索引,而且数字索引也不要求是连续的。数组不需要声明可以直接使用,语法如下: ?...exit用于退出脚本,参数为退出的状态码,可以通过shell中的$?获取 函数 内建函数 AWK提供了很多方便的内建函数供编程人员使用。...由于函数比较多,个人觉得单纯看每个函数的使用也没有什么实际意义,比较容易遗忘,因此,这里只简单的列出常用的一些函数,只需要对其有个印象即可,使用的时候再去 查手册 效果会更好一些吧。
Maths 90 3) Shyam Biology 87 4) Kedar English 85 5) Hari History 89 下面的例子中我们将会显示文件内容,并且添加每一列的标题...上述代码执行后,输出以下内容 在程序的开始,AWK在BEGIN语句中打印出标题。...--version 选项 输出版本号 基本使用示例 本部分会讲述一些有用的AWK命令和它们的使用示例,所有的例子都是以下面的文本文件 marks.txt 为基础的。...数组 AWK支持关联数组,也就是说,不仅可以使用数字索引的数组,还可以使用字符串作为索引,而且数字索引也不要求是连续的。...由于函数比较多,个人觉得单纯看每个函数的使用也没有什么实际意义,比较容易遗忘,因此,这里只简单的列出常用的一些函数,只需要对其有个印象即可,使用的时候再去 查手册 效果会更好一些吧。
可以用^标记做[]内的前缀,表示除[]内的字符之外的其他字符(即匹配不在此括号中的任何字符)。比如 搜索oo前没有g的字符串的行....$ grep ‘[a-z]\{5,\}’ aa 显示所有包含每个字符串至少有5个连续小写字符的字符串的行。...的第二行前增加“XXXXX”字样的新行 如果要同时新增多行,则每行之间要用反斜杠\来进行新行的添加 4、取代行:c命令 c的后面可以接字符串,这些字符串可以取代n1,n2之间的行 5、打印:p命令...B、使用sed脚本文件,格式为: sed [选项] -f sed脚本文件 输入文件 C、要使用第一行具有sed命令解释器的sed脚本文件,其格式为: sed脚本文件 [选项] 输入文件 不管是使用shell...函数由两部分组成:函数标题、函数体。 标题是函数名。函数体是函数内的命令集合。 标题名应该唯一;如果不是,将会混淆结果,因为脚本在查看调用脚本前将首先搜索函数调用相应的shell。
域(字段)awk中每个非空白的部分叫做域(或者字段),从左到右依次是第一个域,第二个域。$1,$2表示第一域第二个域,$0表示全部域,也就是整行。...awk -F "\t" '{OFS="\t"} {if ($4==3) $4=5}1' test.txt 上述命令指定输入分隔符为TAB,如果第4个字段为3,则将其替换为5,然后打印出来({}后跟1表示打印...),打印的域分隔符为TAB## awk使用### BEGIN和END- BEGIN模块后紧跟着动作块,这个动作块在awk处理任何输入文件之前执行,所以它可以在没有任何输入的情况下进行测试,它通常用来做一些执行真正的文本处理之前的预处理工作...,比如改变内建变量的值,如OFS,RS和FS等,以及打印标题。...,p) 返回字符串s中从p开始的后缀部分 substr(s,p,n)返回字符串s中从p开始长度为n的后缀部分使用示例:gsubawk 'gsub(/^root/,"netseek") {print
真的很难很繁琐,每个命令下面又有许多个小参数,套娃!...,把匹配或修改过的行打印出来,通常与-n参数合用删除第一行常用 第一行往往为标题行三驾马车中都使用单引号!...awk取出第9列?....gz | awk '{if($3=="gene"){print NR,$0}}' > Ygenecat Ygenewc -l Ygene如何计算每个外显子的长度?...Data/example.gtf文件匹配feature为exon的行每一行第5列➖第4列即为exon的长度int只取整,如何进行四舍五入?+0.5
问题在于dos2unix命令往往不是系统默认安装的,你要自行安装后才可以使用。一个替代的方法是用sed命令。...合并两个fastq文件 cat fastq1 fastq2 >merged_fastq 获取fastq文件名前缀 (假设fastq文件名是test.r1.fq.gz,我们想得到其前缀test) your_string...或者: your_string |awk –F. ‘{print $1}’ ? 或者(如果是在脚本中实现这一功能的话): 利用shell中的字符串变量删除功能${var%%}来实现。 ?...统计不重复的基因个数 (假设基因名在第一列) awk ‘{print $1}’ your_file | sort-u | wc –l ?...求取某一列平均值 (假设求第四列的平均值) awk ‘{x+=$4} END {print x/NR}’your_file ?
默认列中间加TAB键, -d参数可以改变列之间的分隔符 split - 分割文件 split -d -l 10000 file chunk_ # 按行数分割文件,每个文件最多10000行,分割成的文件名为...0, 使用<或<< 标准输出(/dev/stdout):代码为 1,使用>(覆盖)或>>(追加) 标准错误输出(/dev/stderr):代码为 2,使用 2>或 2>> &> 标准输出和错误输出同时重定向...,通常用来为文件增加标题 sed '1a\hello' file # 在第1行后面插入一行,内容为hello sed '1r file2' file1 # 在第1行后面读入file2的内容 sed '...表达式与操作符 Awk 表达式的符号与 C 语言的类似,基本的表达式有数字,字符串,变量,字段,数组以及函数调用。变量无需声明,它们在首次使用时被初始化为null。...其表示方法为array[expr],expr在内部被统一转换成字符串类型,因此 A[1],与 A["1"]相同,事实上索引都是“1”。索引为字符串的数组被称为关联数组。
-W help or --help, -W usage or --usage 打印全部awk选项和每个选项的简短说明。-W lint or --lint 打印不能向传统unix平台移植的结构的警告。...is a test 3 Are you like awk This's a test 10 There are orange apple # 使用多个分隔符.先使用空格分割,然后对分割结果再使用","...一元加,减和逻辑非^ ***求幂++ --增加或减少,作为前缀或后缀$字段引用in数组成员过滤第一列大于2的行$ awk '$1>2' log.txt #命令#输出3 Are you like awkThis's...a test10 There are orange,apple,mongo过滤第一列等于2的行$ awk '$1==2 {print $1,$3}' log.txt #命令#输出2 is过滤第一列大于...,字符串匹配# 输出第二列包含 "th",并打印第二列与第四列$ awk '$2 ~ /th/ {print $2,$4}' log.txt-------------------------------
简单来说awk就是把文件逐行的读入,以空格为默认分隔符将每行切片,切开的部分再进行各种分析处理,切开的部分使用awk可以定义变量、运算符,使用流程控制语句进行深度加工与分析。...",内容:" $0}' passwd # "文件名:" 用于拼接字符串 运行效果 使用printf替代print,可以让代码阅读性更好: awk -F ':' '{printf("文件名:%5s,行号...passwd 运行效果 11.多分隔符使用 “one:two/three”字符串按照多个分隔符”:”或者”/“ 分割,并打印分割后每个列数据: echo "one:two/three" | awk...-F '[:/]' '{printf("%s\n%s\n%s\n%s\n",$0,$1,$2,$3)}' 运行效果 12.添加开始与结束内容 给数据添加开始与结束: echo -e "abc\nabc...运行效果 13.使用循环拼接分割后的字符串 “abc itheima itcast 21” 使用空格分割后,通过循环拼接在一起: echo "abc itheima itcast
awk 是一种编程语言,用于在linux/unix下对文本和数据进行处理。数据可以来自标准输(stdin)、一个或多个文件,或其它命令的输出。它在命令行中使用,但更多是作为脚本来使用。...算术运算符 + - 加减 * / & 乘 除 求余 ^ * 求幂 ++ -- 增加或减少,作为前缀或后缀 [mingongge@ ~]#awk 'BEGIN{a="b";print a,a++,a-...#打印以:分隔且长度为4字符的第一列内容 awk –F : ‘/[916]/{print $1}’ datafile #匹配916的行以:分隔打印第一列 awk -F : '/^Vinh/{print...#打印以:分隔且长度为4字符的第一列内容 awk -F : '$1~/Tommy Savage/ {print $5}' 2.txt awk -F : '($1 == "Tommy Savage")...{print $5}' 2.txt #打印以:分隔且第一列为Tommy Savage的第五列内容 ll |awk 'BEGIN {size=0;} {size=size+$5;} END{print
expr通过指定冒号选项计算字符串中字符数) expr bkeep.doc : '\(.*\).doc' # 在expr中可以使用字符串匹配操作,这里使用模式抽取.doc文件附属名...列求平均值 awk '!...;print substr(info,4,10);}' # 截取字符串(substr使用) awk 'BEGIN{info="this is a test2010test!"...ok":"no found";}' # 匹配字符串(index使用) awk 'BEGIN{info="this is a test2010test!"...(info,tA," ");print length(tA);for(k in tA){print k,tA[k];}}' # 字符串分割(split使用) awk
-W help or --help, -W usage or --usage 打印全部awk选项和每个选项的简短说明。...如$ awk -F: '{print $1,$5}' test将打印以冒号为分隔符的第一,第五列的内容。...14. awk编程 14.1. 变量 在awk中,变量不需要定义就可以直接使用,变量类型可以是数字或字符串。...14.8. awk的内建函数 14.8.1. 字符串函数 sub函数匹配记录中最大、最靠左边的子字符串的正则表达式,并用替换字符串替换这些字符串。如果没有指定目标字符串就默认使用整个记录。...match函数返回在字符串中正则表达式位置的索引,如果找不到指定的正则表达式则返回0。match函数会设置内建变量RSTART为字符串中子字符串的开始位置,RLENGTH为到子字符串末尾的字符个数。
-c 提取范围 以字符为单位进行分割 -b 提取范围 以字节为单位进行分割。这些字节位置将忽略多字节字符边界,除非也指定了 -n 标志。...示例: 多个sed程序命令执行 将sed.txt文件中的第1行删除并将 itheima 替换为 itcast # 第一种方式, 多个sed程序命令 在每个命令之前使用 -e 参数 sed -e '1d'...Shell好用的工具:awk 介绍 awk是一个强大的文本分析工具,相对于grep的查找,sed的编辑,awk在其对数据分析并生成报告时,显得尤为强大简单来说awk就是把文件逐行的读入,以空格为默认分隔符将每行切片...示例: 多分隔符使用 "one:two/three"字符串按照多个分隔符":"或者"/" 分割, 并打印分割后每个列数据 echo "one:two/three" | awk -F '[:/]' '{printf...小结 能够使用sort对字符串升序或降序排序 字符串升序: sort -kstart,end 文件 字符串降序: sort -kstartr,end 文件 能够使用sort 对数字升序或降序 数字升序:
:+开头,保留行,可能再次出现序列的标识及描述信息第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同,#H、I、Ggff基因组注释文件,共9列seqname:序列的名称。...表示除了第二行#常见command:a∶append,在指定行的后面加一行,内容为a后面的字符串#不会实际改变文档内容i∶insert,在指定行的前面加一行,内容为i后面的字符串#同上d∶delete,...删除某一行或某几行,也可删除匹配上的行#可用于去掉标题行c∶change,改变指定行的内容s∶更改或替换字符串 's/pattern/new/flags' ,将pattern 替换成new,可以指定flags...,会用预定义的字段分隔符划分每个数据字段,并分配给一个变量。...| head -52* 使用NR来打印行号:cat Data/example.gtf | awk'BEGIN{FS="\t";OFS=":"}{print NR,$9}' | head -5循环语句awk
$ grep '[a-z]\{5\}' aa 显示aa文件中所有包含每个字符串有5个连续小写字符的字符串的行。...awk 作用 awk 比较倾向于一行当中分成数个『栏位』(或者称为一个域,也就是一列)来处理。...{print $1 "\t" $7} 输出第一列 tab 和 第7列 使用BEGIN END模块 显示/etc/passwd的账户和账户对应的shell,而账户与shell之间以逗号分割,而且在所有行添加列名...现在我们要统计/etc/passwd文件中的:文件名,每行的行号,每行的列数 使用到的变量参数如下: FILENAME awk浏览的文件名 NR ...[end]user count is 40 运算 我们需要统计某个文件夹下的文件占用的字节数 因为文件占用的字节数 在 ls -l命令中的第5列 所以我们使用如下命令: ls -l |awk 'BEGIN
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