使用biopython对PDB文件中的残基进行重新编号 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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BioPython-PDB-1

使用：最近有很多蛋白结构要分析就找到了这个简单看下，使用的ide还是jupyter notebook 官网链接： https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN.../latest/ 好吧有中文教程简介（从官网扒下来的）： Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。...Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或者FORTRAN编写的模块实现扩展。...实例：直接用它来处理结构文件 #读取结构文件 #(1)读取mmcif文件 #创建一个mmcif解析器 from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser parser.../Atom，结构/模型/链/残基/原子）的体系架构： #结构由模型组成 #模型由多条链组成 #链由残基组成 #多个原子构成残基 #上一副UML图，官方的。。。

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寻找蛋白结构中的紊乱残基

紊乱残基，分析蛋白结构的时候，经常遇见的一个点，以前的，我觉得蛋白结构就是结构，唯一的稳定的，直到我亲眼遇到了几个坑。...好吧开始用的biopython，编程语言还是python 直接代码：我懒得排版，你们就简单看拿个蛋白：1h10 ?...大致看来没什么区别，在cartoon显示中，假如出现什么值得注意的地方，那事情就有点难办了 #建造一个mmcif解析器 from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser...357个 #（水，ligand也算残基（biopython说法应该是异质残基）） len(structure[0]['A']) #判断一个残基是否位为紊乱残基 for i in structure[0]...MSE het=H_MSE resseq=63 icode= > 1 1 #查看一些细节，pymol也可以，更加直观 #基本到残基这个级别剩下的足够自己操作以及解决了

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PDB文件说明

PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即PDBID，文件的扩展名为.pdb。...PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即PDBID，文件的扩展名为.pdb。...实际分子模拟中往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出的PDB文件中无此列....根据PDB标准, TER记录标识了分子链的结束. 文件中如果缺失了TER记录, 应该插入它们. 或者, 作为替代方法, 对每条链使用不同的链标识符....由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大, B因子相对较高, 所以在统计中除去了这部分残基, 具体方法是将数据中B因子高的残基去掉10%, 对剩下的残基进行统计, 计算平均值.

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分子对接PyRasetta--Pose

、对几何结构进行修改，并通过PyMOL和PyRosetta的PyMOLMover工具实现可视化呈现。...确保文件成功加载的一种方法是仅保留PDB文件中的ATOM记录行。...residue24 = pose.residue(24)PyRosetta内部对pose残基的编号方式与PDB文件不同。通过pose.pdb_info()对象可以获取与PDB文件对应的原始编号信息。...第24号残基对应的PDB链标识符和残基编号。...文件中残基A:28的N-Cα键和Cα-C键的键长。

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linux中对.jar文件的配置文件进行修改

第一步，进入你的.jar的当前文件夹 cd xxx 第二步，编辑你指定的 .jar 文件编辑之前请先备份 cp xxx.jar xxx-1.2.jar 输入编辑命令 vim xxx.jar...第三步，找到你要编辑的文件输入命令进入vi模式（esc :） ..../xxxx(搜索你指定的文件) 直接回车找到你的文件找到之后再次回车进入编辑的文件编辑完 wq 退出第四步重新启动项目 java -jar xxx.jar

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分子对接PyRasetta--Rosetta Energy Score Functions

例如，要将能量分解为各残基的贡献值，使用：print(ras.energies().show())其中代表残基编号。残基24的总范德华力、溶剂化效应和氢键作用贡献值分别是多少？...代码1YY9，使用pyrosetta.toolbox.pose_from_rcsb函数下载并加载到新的Pose对象中）残基Y102与Q408之间的能量。...要找到D链Y102和A链Q408的残基编号，需使用残基链标识符和PDB残基编号，通过pose2pdb()方法转换为Pose编号：### BEGIN SOLUTIONpose = pyrosetta.toolbox.pose_from_rcsb...对pose进行评分并确定这两个残基间的范德华能量和溶剂化能量。...使用以下命令来提取特定残基对的贡献值，其中rsd102和rsd408是上述两个目标残基对象（注意不是残基编号——需使用pose.residue(res_num)获取对象）：emap = EMapVector

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分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

导入刚才下载的复合物PDB文件（1e8y.pdb）。注意：有两种方法导入文件，一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…，另一种是通过命令行。...如果是从PDB网站上下载蛋白，如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB，或者通过fetch 命令下载，这在前面有介绍。...sphere surface mesh dots ribbon 等模式 H：Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏 L：Label 显示object中残基、原子等名称或者属性 C：Color...对Object 进行着色知道这些，里面的内容多试试几次就知道怎么回事啦。...然后鼠标选中对接的残基 ? 同样将残基改一个名字，我这里是rr。在p中的H点击sticks，将蛋白的棍状结构隐藏起来。 ? 然后是在rr中选择S里面的sticks，单独显示残基的棍状结构。 ?

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Linux下如何对目录中的文件进行统计

统计目录中的文件数量统计目录中文件的最简单方法是使用ls每行列出一个文件，并将输出通过管道符传递给wc计算数量： [root@localhost ~]# ls -1U /etc |wc -l 执行上面的...-1选项表示每行列出一个文件， -U告诉ls不对输出进行排序，这使的执行速度更快。ls -1U命令不计算隐藏文件。...为了更好地控制列出的文件，使用 find命令而不是 ls: [root@localhost ~]# find /etc -maxdepth 1 -type f |wc -l -type f选项告诉find...递归统计目录中的文件如果想要统计目录中的文件数量，并包括子目录中的，可以使用 find命令： [root@localhost ~]# find /etc -type f|wc -l 用来统计文件的另一个命令是...总结在本文中，将展示几种查找Linux目录中的文件数量的不同方法。

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基于3D图神经网络的局部特征描述

作者训练了没有结构折叠偏差的网络，可以对广泛的功能空间(>800个EC)中的酶结构进行分类。作者的模型对结合位点位置的不确定性以及不同结合位点中的相似功能具有稳健性。...作者的目的是学习如何利用分子识别特性从结构中预测EC编号。虽然使用机器学习预测EC编号并不新颖，但明确编码3D信息来预测EC编号的基于结构的方法相对较少。...模型部分作者提出TopEC，一个使用图神经网络进行酶功能预测的软件包。(图1a)。图 1 基于结构信息预测EC编号而不受结构折叠偏差的影响是具有挑战性的。...作者通过过采样训练网络，以减少对更多人口主类的偏差。为了比较，作者使用各自出版论文中描述的最佳设置，在数据集上重新训练了EnzyNet（一个3D-CNN）和DeepFRI（一个GCNN）。...对于来自不同PDB结构的五个正确预测的苏氨酸-tRNA连接酶域，催化残基根据GNNExplainer的归一化重要性进行着色(图3g )。

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用Python学生信

intersection 先对triple_set中的、b进行操作， #得到的结果再与c用 intersection 函数运算，最后得到一个结果。...：文件打不开 SyntaxError：语法错误 NameError：名称无法识别 10第13章使用外部模块：R语言的Python调用接口本章主要介绍了一下rpy2的使用方法，因为版本原因，我没安装上这个包...https://biopython.org/wiki/Documentation 14第19章使用序列数据 19.2 将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列，并把它写入FASTA文件 #代码有所改变...Bio import ExPASy from Bio import SeqIO #下述代码只能同时对一个SwissProt的AC进行处理， handle = ExPASy.get_sprot_raw...21.2 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标 #Bio.PDB包可用来从网络上检索大分子结构，读写PDB文件，计算原子间的距离和角度，叠加结构。

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蛋白组学—两个蛋白质之间的分子对接

，点击Entry编号，uniprot中可以直接跳转PDB数据库https://www.rcsb.org/（也可以复制编号，直接去PDB数据库中去检索），同理下载SLPI的最佳蛋白质结构。...链B和链D：在PDB结构文件4DOQ中，SLPI蛋白有两个链，分别标记为链B和链D。每个链也包含了SLPI的部分序列，从第85到131位氨基酸。...3 使用HDOCK进行蛋白质之间的分子对接使用HDOCK（http://hdock.phys.hust.edu.cn/）进行分子对接，作业提交后等待，页面会10秒刷新一次，可以收藏页面，作业完成后直接进入相同页面查看结果即可...问2:把model的pdb文件导入pymol中，可以在pymol中显示结合能吗？在PyMOL中，无法直接显示结合能。...4 PYMOL中的可视化操作将model1的pdb文件导入PYMOL中进行可视化操作参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1FZyMYGEMF/?

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使用 Python 对波形中的数组进行排序

在本文中，我们将学习一个 python 程序来对波形中的数组进行排序。假设我们采用了一个未排序的输入数组。我们现在将对波形中的输入数组进行排序。...− 创建一个函数，通过接受输入数组和数组长度作为参数来对波形中的数组进行排序。使用 sort（）函数（按升序/降序对列表进行排序）按升序对输入数组进行排序。...使用 for 循环遍历直到数组长度（步骤=2）使用“，”运算符交换相邻元素，即当前元素及其下一个元素。创建一个变量来存储输入数组。使用 len（）函数（返回对象中的项数）获取输入数组的长度。...例以下程序使用 python 内置 sort（）函数对波形中的输入数组进行排序 − # creating a function to sort the array in waveform by accepting...结论在本文中，我们学习了如何使用两种不同的方法对给定的波形阵列进行排序。与第一种方法相比，O（log N）时间复杂度降低的新逻辑是我们用来降低时间复杂度的逻辑。

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蛋白质基础组成结构

Xponge的安装和使用 Xponge是一款基于python开发的可以用于蛋白质建模的软件，可以用pip进行安装和管理： $ python3 -m pip install xponge --upgrade...(ACE+ALA*10+NME,'multi_ALA.pdb') 生成的pdb文件，用vmd打开之后显示如下：使用还是非常的方便。...实际分子模拟中往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出的PDB文件中无此列. 这个格式里面有一个比较坑的点是，atom_name占位符长度会影响对齐位置。...（原子名称），res_names（残基/氨基酸名称），res_ids（残基位置编号）这几个参数，就可以生成一个符合格式要求的pdb文件。...总结概要本文通过对Xponge+VMD的工具对蛋白质进行建模，然后总结了20种氨基酸的具体信息，也就是蛋白质的基本组成单元。通过对这些氨基酸的组合，就可以得到一个具有生物活性的蛋白质。

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一文读懂PDB格式 protein database bank

最近在做分子对接和分子模拟，涉及到了一些盲区，必去pdb文件是按照列位数储存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出现一些错误，比如信息错位，因此有必要了深入解下结构相关的格式pdb、...cif、sdf等等pdb的分子对接前处理包括去除非氨基酸残基、去水、加氢、末端修复等等，在上次的分子对接文章中用了get_pdb.py脚本利用pdbfixer api和文本过滤，来处理蛋白结构。...模型编号需连续（如MODEL 1对应ENDMDL，下一个模型为MODEL 2），且所有模型的化学组成、序列需完全一致。...ANISOU记录中，29-70列替换了ATOM记录中31-66列的坐标、占据率和温度因子，用于存储6个经10⁴倍缩放的各向异性温度因子参数，其余列（1-27、77-80）与对应的ATOM记录保持一致。...如果你从RCSB下载x-ray的结构一般会有共结晶的小分子，一般会被记录为HETATMHETATM用于记录非标准残基（如示例中的镁离子MG、硫酸根SO4），格式与ATOM基本一致，核心区别是残基为非标准化学物质

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Spring Boot使用 jasypt 对配置文件中敏感信息进行加密

日常使用中，数据库、redis、kafka等信息一般会配在配置文件中，而且以明文的方式，这样就很不安全，容易造成重要信息的泄露。正好之前我们做新加坡的时候用到 jasypt 进行加密存储。...input：要加密的信息如图所示，私钥为123456，lixj 加密后的密文为：resHmHRaVO6d7CcyJLHv8Q== 如果不喜欢可以执行多次，每次生成的密文都不一样。...3、配置将加密后的信息配置在配置文件，使用 ENC 关键字。...System.out.println(decrypt("9HhTbI9i6bh7D2tAVDYblA==", "123456")); } } Copyright: 采用知识共享署名4.0 国际许可协议进行许可...Links: https://lixj.fun/archives/springboot使用jasypt对配置文件中敏感信息进行加密

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lightdock - - tutorials（zn-0.9.3）

--anm : 如果启用此选项，ANM 模式将被激活，并使用 ANM（通过 ProDy）对骨架柔性进行建模。...文件中：R A.SER.150 R A.TYR.151 PL B.LYS.2L B.ARG.3 P其中R表示Receptor，L表示Ligand，而该行的其余部分是原始 PDB 文件编号格式中的残基标识符...请注意，支持残基插入代码（例如，在使用 Chothia 抗体编号的抗体-抗原系统时）。末尾的P标签表示这种约束是被动式的，与主动式（无标签）形成对比。...-min: 如果启用此选项，则在每个群集的每一步，针对最佳萤火虫进行基于评分的局部最小化。使用的算法是scipy.optimize库中的 Powell（fmin_powell）实现。...可以定义一个包含评分函数名称及其权重的文件，例如：cat scoring.confsipper 0.5dfire 0.8对于每个姿势，评分将在这个例子中是两个函数的线性组合：Scoring = 0.5*

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Biopython | 介绍和安装

基本上，Biopython是python模块的集合，这些模块提供处理DNA，RNA和蛋白质序列操作的功能，例如DNA字符串的反向互补，寻找蛋白质序列中的基序等。...高质量，可重用的模块和脚本。可在集群代码，PDB，NaiveBayes和Markov模型中使用的快速数组操作。基因组数据分析。 (3)....好处 Biopython只需很少的代码，并具有以下优点 - 提供用于聚类的微阵列数据类型。读取和写入Tree-View类型的文件。支持用于PDB解析，表示和分析的结构数据。...支持在Medline应用程序中使用的日记数据。支持BioSQL数据库，该数据库是所有生物信息学项目中广泛使用的标准数据库。...样本案例研究让我们来看看一些用例(种群遗传学，RNA结构等)，并尝试了解Biopython在该领域如何发挥重要作用：人口遗传学种群遗传学是对种群内遗传变异的研究，涉及对种群中基因和等位基因频率随时间和空间变化的检查和建模

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biopython简介

对常用的文件格式，比如fasta, blast等，进行读写 2. 对blast, clustalw等常用软件的集成 3....对NCBI, SwissPort, PDB等常用生物信息学数据库的检索和解析 4. 进化树的构建 5....基因组数据的可视化 biopython采用了面向对象的开发模式，将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。...Bio.SeqRecord, 提供了SeqRecord类，包含了序列的注释信息，比如fasta文件中的序列标识符 3....Bio.PDB, 提供了PDB数据库的接口，可以查询，检索，下载，解析数据库中的内容 9. Bio.Phylo, 提供了查看系统发育树和可视化的各种方法 10.

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氨基酸分子结构和原子命名

PDB文件时，我们会发现其中每一个原子在所处的残基内的命名都是唯一的。...那么这就是丙氨酸的所有重原子在PDB文件中的命名，如下图是一个含有丙氨酸的蛋白质的PDB文件。...并且，这种加数字编号的方法对于重原子也是同样适用的，比如下图所示的色氨酸：同样的方法我们可以找到氮基碳原子和位的氧基碳原子，这样我们就可以按照连接的远近关系对其中的重原子进行命名。...那么综合下来，我们将会得到的重原子的命名就是："C,N,O,CA,CB,CG,CD1,CD2,NE1,CE2,CE3,CZ2,CZ3,CH2"，下图是一个真实蛋白质PDB文件中的色氨酸的命名：总结概要...PDB格式的文件是最常用于存储蛋白质构象的一种，其中也是以各个氨基酸(残基)为基本单位，在氨基酸内部对原子进行唯一性的命名。

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. | 用于查找和注释蛋白质结构以进行计算分析

PDBminer为用户提供信息，如目标蛋白质结构所覆盖的氨基酸范围（不论PDB文件中的编号如何）、蛋白质结构本身的质量信息、与其他蛋白、核酸链和配体的复合物细节等信息。...对于配置文件或命令行中的每个UniProt访问号，PDBminer使用3D-Beacons数据库或PDBe来识别与特定蛋白质相关的所有PDB结构，并访问其元数据。...图 2 PDBminer根据元数据对可用的PDB或AlphaFold结构进行排名。AlphaFold模型始终排在第一位，以便与实验结构进行容易的比较。其余结构随后根据以前发布的最佳结果进行排名。...排名使用的实验方法按以下顺序：X射线晶体学、Cryo-EM、NMR，然后是其他较少使用的方法，如中子衍射和纤维衍射。这些信息都可在输出文件中找到，允许用户根据需要进行筛选。...此外，PDB文件中编码的蛋白质序列与UniProt序列的任何差异都以红色突出显示，便于检查突变的存在。

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