使用dplyr巧妙地将多个二进制列转换为基于R中列名的因子 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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GEO数据挖掘-基于芯片

) # 关于scale的进一步学习：zz.scale.R4.2 解析4.2.1 dat = as.data.frame(t(exp))将表达矩阵 exp 转置后转换为数据框。...5.2.3 deg = mutate(deg,probe_id = rownames(deg))使用 dplyr 包中的 mutate 函数为数据框 deg 添加一列 probe_id，该列的值为数据框...这一步将表达矩阵中的探针 ID 替换为对应的基因符号，使得矩阵更加易读。提取差异基因diff_gene = deg$symbol[deg$change !...ekk 使用 setReadable 函数将KEGG富集结果中的基因ID转换为更容易理解的基因符号...ont = "ALL"：指定进行所有GO分类（生物过程BP、分子功能MF、细胞组分CC）的富集分析。readable = TRUE：将富集结果中的基因ID转换为基因符号。

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R语言 | R基础知识

1安装包问题：如何安装R包？方法：使用install.packages()函数来安装包，括号中写上要安装的包的包名。...以安装ggplot2包为例： install.packages("ggplot2") 讨论：如果想要同时安装多个包，可以使用一个包的向量进行参数传递。...install.packages(c("ggplot2","dplyr")) 2加载包问题：如何加载一个已经安装了的包？方法：使用library()函数，括号中写上要加载的包名。...③自定义列的类型默认情况下，read_excel()会自行判断每一列的数据类型。假如我们想要规定每一列的类型，可以使用col_types参数。...我们也可以通过将某些列的类型设置为"blank"来丢弃它们。

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R数据科学整洁之道：使用 tibble 实现简单数据框

（例如，不能将字符串转换为因子）、变量的名称，也不能创建行名称。...可以在 tibble 中使用在 R 中无效的变量名称（即不符合语法的名称）作为列名称。例如，列名称可以不以字母开头，也可以包含特殊字符（如空格）。...等其他 R 包中使用这些变量，也需要使用反引号。...创建 tibble 的另一种方法是使用 tribble() 函数，tribble 是 transposed tibble（转置 tibble）的缩写。...最后总结 tibble 相对于数据框来说，更简单，但更方便使用，两者的主要区别是： tibble 不能创建行名。 tibble 不能改变输入的类型（例如，不能将字符串转换为因子）、变量的名称。

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快速掌握R语言中类SQL数据库操作技巧

在数据分析中，往往会遇到各种复杂的数据处理操作：分组、排序、过滤、转置、填充、移动、合并、分裂、去重、找重、填充等操作。这时候R语言就是一个很好的选择：R可以高效地、优雅地解决数据处理操作。...可参考↓↓ R语言 | 第一部分：数据预处理 7.数据筛选和8.抽样 R语言数据管理与dplyr、tidyr | 第4讲 5 dplyr中5.1筛选filter和5.3选择select R...x数据集中第一列数据 #方法二：dplyr::mutate#数值重定义和赋值 #将Ozone列取负数赋值给new，然后Temp列重新计算为(Temp - 32) / 1.8 mutate(airquality...=5) 8 数据分裂分裂计算，是把一个向量按照一列规则，拆分成多个向量的操作。...分成2步操作，第一步先分成与数据集同样长度的因子，第二步进行分裂，可以把一个大的向量拆分成多个小的向量。

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《高效R语言编程》6--高效数据木匠

tidyr方便了收集与分割两个常见的操作 gather()收集是将列名换成新变量，将宽表变成长表，spread()是实现相反过程的函数。...用法是：gather(data,key,value，-religion),分别是数据框，要转换成分类的列名,单元值的列名和清除收集的变量使用seperate()分割联合变量分割是指将一个实际由两个变量组成的变量分割成两个独立列...列改名 rename()，使用反引号‘`’包裹，允许R使用不规范的列名。...非标准计算代码中没有引号包裹的原始名字，这种方式叫做非标准计算（NSE），高效交互使用函数，减少键盘输入，允许Rstudio中自动完成。还是函数名多个_。...如果两个都是新手，推荐dplyr。为了提升性能，可以设置键，类似数据库的主键，方便二进制算法提取目标子集行。 ?

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框中的重复观测，仅保留唯一的观测。它可以基于指定的列对数据框进行去重操作，确保每个观测都是唯一的。...Dplyr Rename columns rename 函数用于重命名数据框中的变量名，能够快速修改变量的名称，使得数据的列名更符合用户的需求和习惯。...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框中的特定列，可以保留感兴趣的变量，并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活的变量选择操作。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据，能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对，便于进一步的分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据，能够将数据框中的一列分成多个列，根据指定的列名进行展开，使得数据以更直观的宽格式形式呈现

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R语言基于dplyr实现数据快捷操作

R语言在处理大数据方面一直是被人诟病的地方，那么有人就为R语言打造了一个dplyr包可以实现高效的数据预处理，减少内存的消耗，提升处理效率。今天就给大家详细看下这个包的具体功能。...首先看下包的安装： install.packages("dplyr") 接下来我们看下具体的功能： 1. as_tibble 将大的数据转化为友好展示的格式。...实例： library(dplyr) mtcars <- as_tibble(mtcars) ? 2. arrange 对数据集进行整体基于单列或者多列进行排序。...group_by基于单个或者多个变量进行分组。 13. n() 指的是统计行数 14. slice 选择输出的行。实例： ? 15. nest_by隐掉某个变量后面的数据，赋值给data，只展示大小。...16. across 针对某一列进行操作，两个参数：第一个为列名，第二个为操作函数。

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R语言入门（一）之数据处理

（例如向量c(1,2,3)）,times为对象中每个元素重复的次数（如times=c(9,7,3)就是将x向量的1重复9次，2重复7次，3重复3次） #rep(x,times)重复x，times次；使用..."R11.txt", sep = "\t", header = T) #读取R11.txt文件，header = T表示将数据的第一行作为标题 ?...a2 = a1[,1:3] #显示a1第一列到第三列内容 ? e = t(a1) #t（x）转置 ?...dplyr::rename(a2.2, Flower = Species) #将a2.2数据中的Species标题改成Flower后显示 ?..." = "Journal")) #merge 函数类似于 Excel 中的 Vlookup，可以实现对两个数据表进行匹配和拼接的功能；by.x，by.y：指定依据哪些行合并数据框，默认值为相同列名的列

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GEO

一、数据下载1.加载我们将要使用的R包library(GEOquery)2.先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。...#这个`是在我们提取的一列名称中有空格时，R语言会自动生成`}else if(F){ # 第二种方法，自己生成有风险，可能会数错数！...","RA"))# 如果不加level，那么将按因子名字的首字母排序Group六、探针注释的获取捷径library(tinyarray)find_anno(gpl_number) # 打出找注释的代码，...，解决办法有：1.随机去重（推荐使用）2.保留行和/行平均值最大的探针3.取多个探针的平均值3.加change列,标记上下调基因,用ifelselogFC_t=1p_t = 0.05 #设置logFC和...g,])) # t(exp[g,])是转置，行变成列，然后cor()计算列与列之间的相关性pheatmap(M)library(paletteer)#配色R包my_color = rev(paletteer_d

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

全文并非是对数据整理的实操整理,主要整理在数据整理/清洗中常用的R包介绍 library(tidyr) library(dplyr) library(stringr) library(tibble) 1..., new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R中的修改必须要赋值，不赋值=没发生 test 2.4 连续步骤的不同方法 2.4.1 多次赋值，产生多个中间的变量 x1...：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片 step2...= t(exp) %>% #将matrix进行行列转置 as.data.frame() %>% #将matrix转为data.frame rownames_to_column() %>%...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02的Rproject中)#1.读取ex1.txt txt用read.table读，变量名不需要有""，...#ex2 列被错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2...dplyr包中的函数test1 转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l 的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

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tidyverse：R语言中相当于python中pandas+matplotlib的存在

出版有《R for Data Science》（中文版《R数据科学》），这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。...从文件中读取数据 purrr：(提供好用的编程函数 tibble：data.frame升级款 stringr：处理字符，查找、替换等 forcats：处理因子问题 ?...其他格式转化，使用as_tibble转换为tibble格式 > dft_1 <- as_tibble(mtcars) > dft_1 # A tibble: 32 x 11 mpg cyl.../ 03 — %>%：管道函数 ——将左侧的值应用到右侧数据data位置管道函数在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读...#key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key #value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量value #…：可以指定哪些列聚到同一列中 #na.rm：是否删除缺失值 widedata <-

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GEO数据挖掘

3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致临床信息中的分组信息与表达矩对应p = identical(rownames(pd),colnames(exp));pif(!...：清空环境变量+load Rdata3.3.1 获取分组信息的三种方法：有现成的可以用来分组的列自己生成使用字符串处理的函数获取分组# Group(实验分组)和ids(探针注释)rm(list = ls...acc=GPL570if(F){ #注：表格读取参数、文件列名不统一，活学活用，有的表格里没有symbol列，也有的GPL平台没有提供注释表格 b = read.delim("GPL570-55999...把行名变成一列library(dplyr)deg 的探针取多个探针的平均值如何实现随机去重？

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5R语言综合运用

R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。...例如，若要选择数据框df中的列x和y，可以使用以下代码：library(dplyr)，df 中的行，它接受一个逻辑条件作为参数，返回符合条件的行...例如，若要选出数据框df中满足条件x>10且y的行，可以使用以下代码：df 10 & y 使用多个逻辑条件组合...这两个函数都用于将字符串转换为小写字母，但是它们有以下区别：库依赖：str_to_lower()需要先安装和加载stringr包，而tolower()是R的内置函数，不需要任何额外的库。...总的来说，两个函数都可以用于将字符串转换为小写字母，但str_to_lower()更具特定性，而tolower()则更通用且直接可用。

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R入门？从Tidyverse学起！

(处理因子问题) tidyverse的安装也很简单，在R中输入以下命令： #安装包 install.packages("tidyverse") #使用前，记得载入包 library(tidyverse...其他格式转化，例如用read.csv读取的数据默认是dataframe格式，就可以使用as_tibble转换为tibble格式 ?...（对数据分组） 1. filter 只选取Species列中，值为virginica的数据（这里也是用到了管道符，将filter函数作用于iris数据） ?...3. mutate 增加一列，列名为Sepal.Area，值为width和length相乘，然后不保留原来的Sepal.Length 和 Sepal.Width两列 ?...统计：broom broom是一个用于数学建模的包，以回归分析为例，R中的各种回归分析往往不会返回一个整齐的data frame结果，而broom 则帮助我们直接将统计结果转化为data frame格式直接将统计结果转化为

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Day09 生信马拉松-GEO数据挖掘（中）

眼睛数，自己生成--仅适用排列有序，每种分组都在一起 Group = rep(c("Disease","Normal"),each = 10) }else if(T){ # ★★第三种方法，使用字符串处理的函数获取分组...# #方法1 BioconductorR包(最常用) if(T){ 'GPL32737' #http://www.bio-info-trainee.com/1399.html 查询GPL对应的R...acc=GPL570 先下载GPL对应的txt到本地文件 if(F){ #注：表格读取参数、文件列名不统一，活学活用，有的表格里没有symbol列，也有的GPL平台没有提供注释表格 b = read.delim...图操作代码 dat=as.data.frame(t(exp)) #将matrix形式的exp转换为data.frame library(FactoMineR) library(factoextra)...，对于我们一般习惯基因名为行，样本名为列的数据框，就需要t()转置 cor()函数求相关系数的时候也是按列计算，如果计算行之间的相关系数也需要对矩阵进行t()转置参考资料：scale函数对矩阵归一化是按行归一化

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R语言常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

6、grep（）找出所数据框中元素所在的列值（仅数据框中） 7、assign（）通过变量名的字符串来赋值 8、 split（）根据因子变量拆分数据框/向量 9、unique（）返回 x 但是省去重复的数值...时间序列【往期回顾】 R语言 | 第一部分：数据预处理 R语言|第2讲：生成数据 R语言常用的数据输入与输出方法 | 第三讲 R语言数据管理与dplyr、tidyr | 第4讲 R语言控制流：for...：把数值型对象分区间转换为因子 table：交叉频数表 split：按因子分组 aggregate：计算各数据子集的概括统计量 tapply：对“不规则”数组应用函数 17、数学计算 +, -, *,...lower.tri：矩阵的下三角部分 mat.or.vec：生成矩阵或向量 t：矩阵转置 cbind：把列合并为矩阵 rbind：把行合并为矩阵 diag：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm：...数组转置 nrow, ncol：计算数组的行数和列数 dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名 row/colnames：行名或列名 %*%：矩阵乘法 crossprod：矩阵交叉乘积（内积）

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csvtk：高效命令行版极简dplyr

文本信息类 headers 打印首行（列名） dim 查看文件的行列数，和 R 中的 dim 类似 + summary 对所选列进行简单的描述性统计，如果是统计内容是数字，则类似于 R 中的 summary...+ 格式转化类 pretty 可以让 csv 变成漂亮的对齐易读表格 + transpose 类似于 R 中的 t() 对数据进行转置 csv2json 则可以让数据转换为 json 格式 csv2md...filter2 按照数学表达式筛选，约等于 lunix 中的 awk，复杂版 + join 按照字段合并多个文件，类似于 linux 的 join split 按照某列值拆分文件，也就是分组保存为多个文件...collapse 按照所选字段的 key 合并其它字段 + 文本编辑类如果你熟悉 R 中的 dplyr，这类型的子命令中有不少都会让你感觉熟悉。...+ mutate 对某一列进行正则表达处理增加新的一列 mutate2 对多列进行 awk 类似的字符和数学表达式处理，增加新列 + gather 类似于 dplyr 中的 gather() 函数，数据

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数据分析：多诊断指标ROC分析

数据分析：多诊断指标ROC分析介绍pROC::roc函数能够使用一个指标（predictor）去区分两个或多个分组（response），并计算95%置信区间的原理基于以下几个关键点：ROC曲线：ROC曲线是一种图形表示...指标转换：pROC::roc函数首先将分组变量（response）中的类别标签转换为二进制形式（例如，"healthy"和"cancer"转换为0和1）。...index：用于预测的指标列的名称。group：包含响应变量（如“健康”或“癌症”）的分组列的名称。group_names：一个向量，包含group列中的所有可能的组名。...将inputdata中相应的列名替换为"Idx"和"Cmp"，以便与pROC::roc函数的要求一致。15-21. 使用pROC::roc函数计算ROC曲线。...将三个结果的数据框合并，并使用dplyr::mutate和factor函数调整type列，以确保所有的类型按照相同的顺序排列。这有助于后续在同一图形上统一展示。

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天意R笔记|新手必须掌握的R语言基础

可以使用 c() 函数来创建向量，例如 vec <- c(1, 2, 3, "a", TRUE) 向量是R中处理和分析数据的基础，很多高级数据结构如矩阵、数组和列表都是基于向量构建的。...例如， x <- c(10.4, 5.6, 3.1, 6.4, 21.7) 将一系列数值组合成名为x的浮点数向量。赋值符号可以用中，所有元素自动转换为数值类型。...4.拼接字符串： paste()函数可以将多个数据项拼接为一个字符串。...例如，使用 summary(data) 可以查看向量data的相关统计指标。 7.因子函数： factor() 函数用于将字符向量转换为有序或无序因子，便于进行分类分析。...可以通过索引访问矩阵元素，如A[2, 3]；创建单位矩阵可以使用diag(n)；特定元素的矩阵填充示例已经给出。 9.矩阵转置函数： t()函数可以对矩阵进行转置，如t(A)将矩阵A转置。

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