(x)#字符串长度 ## [1] 42 length(x)#注释str_length(x) 是 stringr 包中的函数，用于计算一个字符串中的字符数（包括空格和标点符号）。...R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。...例如，若要选择数据框df中的列x和y，可以使用以下代码：library(dplyr)，df <- select(df, x, y)，filter函数用于筛选数据框中的行，它接受一个逻辑条件作为参数，返回符合条件的行...这两个函数都用于将字符串转换为小写字母，但是它们有以下区别：库依赖：str_to_lower()需要先安装和加载stringr包，而tolower()是R的内置函数，不需要任何额外的库。...默认情况下，head()函数显示数据框的前6行，而tail()函数显示数据框的后6行。可以使用可选参数n来指定要显示的行数。
教程，可以参考官方文档：http://plyr.had.co.nz/ 3.2.2 dplyr dplyr是一个强大的R包，用于处理，清理和汇总非结构化数据，使得R中的数据探索和数据操作变得简单快捷，也是出于...tidyr包主要涉及：gather（宽数据转为长数据），spread（长数据转为宽数据），separate（多列合并为一列）和unite（将一列分离为多列） （1）gather 使用gather()函数实现宽表转长表...Lubridate包可以减少在R中操作时间变量，内置函数提供了很好的解析日期与时间的便利方法。lubridate 包是 Hadley Wickham开发的用于高效处理时间数据的 R 包。...（base包函数） [1] "2020-01-23" （2）日期格式转化 日期值通常以文本的形式输入到R中，然后转化为以数值形式存储的日期变量。...日期需要转换为文本，才方便读取。
全文并非是对数据整理的实操整理,主要整理在数据整理/清洗中常用的R包介绍 library(tidyr) library(dplyr) library(stringr) library(tibble) 1...(x2,"T") #判断x2中T开头的字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2中e结尾的字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o",...str_remove_all(x," ") #删除全部目标字符 2.玩转data.frame--dplyr包 2.1 arrange，数据框按照某一列排序,实际参数不能加" " library(dplyr...：使gene名变为列名，将样本名转化为data.frame中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的
DT[i,j,by] 如果这个过程是SQL中是由select …… from …… where …… groupby …… having 来完成的，在R的其他基础包中起码也是分批次完成的。...批量新建列： mydata[,c("delay_all","delay_dif") := ....注意以上新建列时，如果只有一列，列名比较自由，写成字符串或者变量都可以，但是新建多列，必须严格按照左侧列名为字符串向量，右侧为列表的模式，当然你也可以使用第二种写法。...就是如此简单，连接的执行逻辑是，内侧是左表，外侧是右表，所以是DX left join DT 如果没有设置主键，需要显式声明内部的on参数，指定连接主键，单主键必须在左右表中名称一致。...左手用R右手Python系列——数据合并与追加 长宽转换： 长宽转换仍然支持plyr中的melt/dcast函数以及tidyr中的gather/spread函数。
本节课程大纲 六个专题—— 1.玩转字符串★★★ 2.玩转数据框★★★ 3.条件和循环★★★★★ 4.表达矩阵画箱线图★★★★ 5.隐式循环★★★ 6.两个数据框的连接★★ 课前提示： 六个专题互不干扰互相独立...本节课涉及到的R包主要有三个：stringr、dplyr、tidyr 课前准备工作： options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...str_length(x) length(x) 2. str_split(字符串,"拆分符号") 拆分字符串 图片 -（1）拆分之后成为了了列表，列表的每个元素对应原来的每个元素拆分的结果 -（2）列表使用不方便...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1） 第一步：转置 -（2） 第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3） 第三步：新增一列“group...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图
如前面所述，第一个参数是文件名（或字符型变量）。注意我们如何显式地使用参数名file、head和sep。函数的参数能够按位置顺序赋值，而不用显式指定参数名，但指定参数名是最佳实践。...常用但不被熟知的参数是stringAsFactors。将该参数设为FALSE（默认是TRUE）可使字符所在列不被转换成factor列。...这样既节省计算时间（当大数据集包含许多字符列，也意味着有许多唯一值），又能保留列为字符。 stringAsFactors参数也可以用在data.frame中。再次创建“Sport”列。...注意，数据读取为tbl_df对象，它是tbl的扩展，也是data.frame的扩展。tbl是data.frame的特殊类型，它在dplyr包中定义。每列的数据类型显示在列名的下面，这是个很好的功能。...read_delim或者fread函数读取文件都非常快，具体使用哪个函数取决于dplyr或者data.table包中哪个更适合数据处理。 关于作者：贾里德 P. 兰德（Jared P.
unzip -c: 将解压的结果显示在屏幕上，并对字符稍作转换 -f 更 新现有的文件。 -l 显 示压缩文件内所包含的文件。...-P 使 用zip的密码选项。 -q 执 行时不显示任何信息。 -s 将 文件名中的空白字符转换为底线字符。...-f 此 参数的效果和指定"-u"参 数类似，但不仅更新既有文件，如果某些文件原本不存在于压缩文件内，使用 本参数会一并将其加入压缩文件中。...-L 显 示版权信息。 -m 将 文件压缩并加入压缩文件后，删除原始文件，即把文件移到压缩文件中。 -n 不 压缩具有特定字尾字符串的文件。...-r 递 归处理，将指定目录下的所有文件和子目录一并处理。 -S 包 含系统和隐藏文件。 -t 把 压缩文件的日期设成指定的日期。
o","A") str_replace_all(x2,"o","A")1.6 字符删除xstr_remove(x," ")str_remove_all(x," ")2 玩转数据框使用内置数据iris建立新的数据框...，按列拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵的概念基因表达的数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵的行代表某个基因在不同样本（不同处理，或时间点等）中的表达水平列表示某个样本中各个基因的表达水平...转置t把原来的行名变为第一列宽数据变长数据代码实现：set.seed(10086)# 随机种子，让rnorm的结果变固定exp = matrix(rnorm(18),ncol = 6)exp = round...library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% #t()转置 as.data.frame() %>% rownames_to_column...，其实是对左边的数据框取子集7 一些顶呱呱的函数7.1 match()7.2 一些处理文件的函数dir() # 列出工作目录下的文件dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件
一：字符函数 名称 功用 LOWER(xland) 将字符串表达式xland中的所有大写字母转换为小写字母 UPPER(xland) 将字符串表达式xland中的所有小写字母转换为大写字母...将字符串xland中所有str1换成str2 INSTR(xland,str,start,times) 在xland字符串中搜索str字符串,start为执行搜索操作的起始位置,times...to_date(xland,[format]) 将字符串转换成指定格式的日期形式 TO_NUMBER(xland) 将字符型数据转换成数字型数据 四：集合函数 名称 功用 AVG...计算一列值的平均值 COUNT 统计一列中值的个数 MAX 求一列值中的最大值 MIN 求一列值中的最小值 SUM 计算一列值的总和 五：预定义错误 名称 功用 zero_divide...） 六：显式游标属性 名称 功用 cursor_name%isopen 打开状态true，关闭状态false cursor_name%found 最近一次提取游标操作，成功为true
= iris[,5])}#批量装包pks = c("tidyr","dplyr","stringr")for(g in pks){if(!...对列表/向量中的每个元素实施相同的操作lapply(1:4,rnorm)两个数据框的链接merge可以合并inner_join:交集都存在的取inner_join(test1,test2,by="name...先转置3. 把行名变成一列4. “宽”变成“长”把格式变成类似于 ggplot2的形式，一列作为x，一列作为y5....1exp数据框如下library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% # 赋值dat，然后进行转置as.data.frame() %>...() # 列出工作目录下的文件dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件file.create("douhua.txt") #用代码创建文件file.exists("douhua.txt
在require()函数中，如果直接传递包的名称作为参数，不需要加引号；如果包的名称以字符串形式存储在变量中，则需要使用character.only = TRUE来指定这个变量是一个字符串1.2 解析1.2.1...require(pkg,character.only=T,quietly = T)直接传递包名称（不加引号）require(ggplot2) # 加载ggplot2包包名称存储在字符串变量中（需要加引号并使用...) # 关于scale的进一步学习：zz.scale.R4.2 解析4.2.1 dat = as.data.frame(t(exp))将表达矩阵 exp 转置后转换为数据框。...5.2.3 deg = mutate(deg,probe_id = rownames(deg))使用 dplyr 包中的 mutate 函数为数据框 deg 添加一列 probe_id，该列的值为数据框...5.2.4 ids = distinct(ids,symbol,.keep_all = T)使用 dplyr 包中的 distinct 函数，从数据框 ids 中移除重复的行，并保留每个 symbol
显式列名使用SET关键字，将一个或多个COLUMN=标量-表达式对指定为逗号分隔的列表。...例如： SET StatusDate='05/12/06',Status='Purged' 使用VALUES关键字显式列名，指定与相应的标量表达式列表相等的列列表。...当使用不带列列表的VALUES关键字时，请指定一个标量表达式的动态本地数组，该数组隐式对应于按列顺序的行的列。例如： VALUES :myarray() 此值赋值只能使用主机变量从嵌入式SQL执行。...例如，日期存储为天数的整数，时间存储为午夜起的秒数，%list存储为编码字符串。大多数其他数据(如字符串和数字)不需要转换；无论当前模式如何，它们都以相同的格式输入和存储。...在嵌入式SQL中，如果指定#SQLCompile Select=Runtime， IRIS将使用将输入值从显示格式转换为逻辑模式存储格式的代码编译SQL语句。
= score) 5 字符统计 题目：统计grammer列中每种编程语言出现的次数 难度：⭐⭐ R语言解法 # 神方法table table(df$grammer) 6 缺失值处理 题目：将空值用上下值的平均值填充...难度：⭐⭐ R解法 df % arrange(popularity) 20 字符统计 题目：统计grammer列每个字符串的长度 难度：⭐⭐⭐ R解法 library(Hmisc)...R解法 # 默认是6行，可指定行数 head(df,5) 23 数据计算 题目：将salary列数据转换为最大值与最小值的平均值 难度：⭐⭐⭐⭐ 期望输出 ?...R解法 #转化后该列属性是 字符串，R中对时间格式要求严格 df$createTime % str_replace('2020-','') 26...：从CSV文件中读取指定数据 难度：⭐⭐ 备注 从数据1中的前10行中读取positionName, salary两列 R语言解法 #一步读取文件的指定列用readr包或者原生函数都没办法 #如果文件特别大又不想全部再选指定列可以用如下办法
(Windows XP Home Edition中没有) ren 重命名文件。 replace 替换文件。 attrib 显示或更改文件属性。 find 搜索字符串。...%~dp$PATH:1 - 在列在 PATH 环境变量中的目录里查找 %1， 并扩展到找到的第一个文件的驱动器号和路径。...即aa1bb1aa2b echo %p:aa=c% #用c替换变量p中所有的aa，即显示c1bb1c2bb2 echo %p:aa=% #将变量p中的所有aa字符串置换为空，即显示1bb12bb2 echo...%%i in (*.txt) do find "abc" %%i 在当前目录和子目录里所有的.txt文件中搜索包含 abc 字符串的行 for /r ..../t 的输出结果，每行取1、2、3列 第一列对应指定的 %%a ，后面的 %%b 和 %%c 是派生出来的，对应其它列 分隔符指定为 - 和"空格"，注意 delims=- 后面有个"空格" 其中 tokens
换句话说，在建立分组时，指定的所有列都一起计算（所以不能从个别的列取回数据）。 group by 子句中列出的每个列都必须是检索列或有效的表达式（但不能是聚集函数）。...根据表统计信息及索引选用情况，大致估算出找到所需的记录所需要读取的行数，也就是说，用的越少越好 Extra 包含不适合在其他列中显式但十分重要的额外信息 Using filesort（九死一生），说明mysql...，小于10的日期需要加0； 在sql语句中进行时间比较的时候，时间值也需要和字符串一样使用单、双引号包括。...插入失败时，主键也会自增 不管是显式还是隐式开启事务，执行成功与否 ，主键 id 都会自增 1 7....a.meta_value+0 6.整型转字符串 CONVERT(`id`,CHAR) 7.Sql命令导入、导出 将表中的数据写入文件，请使用 SELECT … INTO OUTFILE。
date 数字类型字符串 float/long 其他字符串 text + keyword 除了上述字段类型之外，其他类型都必须显式映射，也就是必须手工指定，因为其他类型ES无法自动识别。...如果不提供显式映射，Elasticsearch 将会根据输入数据自动推断并生成隐式映射，但可能无法达到最理想的效果。...如果原始数据包含错误的类型，使用 "coerce" 可能会隐藏这些问题，而不是将其暴露出来。 copy_to：该参数允许将多个字段的值复制到组字段中，然后可以将其作为单个字段进行查询。...这些字段将不会被索引，因此将无法搜索，但仍会出现在_source返回的匹配项中。这些字段不会添加到映射中，必须显式添加新字段。 strict ：如果检测到新字段，则会引发异常并拒绝文档。...必须将新字段显式添加到映射。 eager_global_ordinals：用于聚合的字段上，优化聚合性能，但不适用于 Frozen indices。
2.4 管道符 #原始代码 x1 = select(iris,-5) #选择除了第5列的iris数据集 x2 = as.matrix(x1) #转matrix x3 = head(x2,50) #只要前...50行 pheatmap::pheatmap(x3) #画热图 #使用管道符%>%的代码 iris %>% select(-5) %>% as.matrix() %>% head(50)...par(mfrow = c(2,2)) for(i in 1:4){ plot(iris[,i],col = iris[,5]) } #3.批量装包 pks = c("tidyr","dplyr...) dat = t(exp) %>% #转置，得到matrix as.data.frame() %>% #变data.frame rownames_to_column() %>% #把行名变成真正的一列...2种方法 2.如何把数据框某列的“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余的信息 #这里示例数据中，a$tumor_stage.diagnoses
生信技能树学习之R语言的综合应用 一、玩转字符串 图片 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...七、一些顶呱呱的函数 # 1.match----- load("matchtest.Rdata") x y ## 如何把y的列名正确替换为x里面的ID？...---- dir() # 列出工作目录下的文件 dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件 file.create("douhua.txt") #用代码创建文件 file.exists....Rdata中存放的两个数据框连接在一起，按共同的列取交集 x=merge(dat,ids,by = "probe_id") x2=inner_join(dat,ids,by = "probe_id")
str_split(x," ") x2 = str_split(x," ")[[1]];x2 ### 4.字符检测 str_detect(x2,"h") ##用来检测元素中的字符，生成与向量元素相等的逻辑值向量...list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...操作的函数，批量操作 图片 图片 分批次将运行结果保存为R.data格式便于管理数据 图片 大段代码暂时不运行可以进行折叠，并加入一个if 判断或者注释掉 表达矩阵箱线图 表达矩阵 R 语言作图要求将宽数据的表达矩阵转变成长数据后昨天...) dat = t(exp) %>% #转置表达矩阵，宽表变长表 as.data.frame() %>% #将表达矩阵转换为数据框 rownames_to_column() %>% #将行名变成一列...gene", ##新的列的名字 values_to = "count") ## 把原来列中的数值一一对应形成一个新的数值列'count' 图片 library(ggplot2
R语言基础学习笔记-Day71. 复习R包stringr字符串操作的几个函数-长度、拆分、提取、字符检测、替换和删除。...undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。..., sum)#对test每一行求和向量/列表的隐式循环-lapply,批量操作### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作lapply(1:4,rnorm...表达矩阵需要变化3.2.1 初始的表达矩阵：3.2.2 转置（行变列，列变行）3.2.3 把原来的行名变成第一列3.2.4 变形（宽变长）一定要先单独学会某个包/函数，才能应用它吗？不一定！...生信实战中R语言的几个重点函数【小洁老师语录】编程能力，就是解决问题的能力，也是变优秀的能力R语言基础入门课程-到此结束7. 数据挖掘生信技能树小洁老师7.1 为什么数据挖掘？
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