sig <- 0.05 / nrow(gwas) 数据可视化 ggplot(gwas, aes(x = bp_cum, y = -log10(p),color = as_factor(chr), size
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。
6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的Figure4中的一个小图...(BPcum)+min(BPcum))/2) axis.set 根据tissue列对数据进行筛选 dat <- dat_all[dat_all$tissue=="Plasma",] 作图代码 ggplot
对于GWAS分析的结果，最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下 ? 图中的每个点代表一个SNP位点，横坐标是SNP位点在染色体上的位置，纵坐标是关联分析计算出的p值。...曼哈顿图本质上就是一个散点图，绘制方法比较简单，有很多的R包可以直接出图，本篇主要介绍haploview软件。 这个软件可以直接读取plink关联分析的结果，然后绘制曼哈顿图。...设置好之后，点击OK就可以出图了。示例如下 ? 由于测试数据的SNP位点比较少，最后的效果图并不是特别美观。
简介 最近学习可视化时发现了一个好用的包，可以直接使用“拖拽”的方式生成绘图，不需要写任何代码！这个包是esquisse，具体介绍可以见对应的github[1]。...这是建立在ggplot2包[2]基础上设计的。你可以通过生成ggplot2图表以交互方式探索esquisse环境中的数据。入门门槛极低，有点类似tableau的感觉。...使用方式由以下两种，推荐使用窗口操作，因为不用记住代码，也很好找到。...窗口操作 通过RStudio菜单启动插件（推荐） 注意：如果您的环境中没有data.frame，则可以使用ggplot2中的数据集。推荐还是自己前面已经导入数据了，界面才会有显示可以使用的数据。...小编有话说 这个包对想学习ggplot语法的读者来说，也非常合适。可以直接导出你做图的代码，根据代码反过来学习对应语法，从实践中学习也是不错的选择。
一、参考博客 博客：曼哈顿距离最小生成树与莫队算法 博客：学习总结：最小曼哈顿距离生成树 二、前置知识 1.曼哈顿距离：给定二维平面上的N个点，在两点之间连边的代价。...（即distance(P1,P2) = |x1－x2|+|y1－y2|） 2.曼哈顿距离最小生成树问题求什么？求使所有点连通的最小代价。...3.最小生成树 三、具体实现方式 朴素的算法可以用O(N2)的Prim，或者处理出所有边做Kruskal，但在这里总边数有O(N2)条，所以Kruskal的复杂度变成了O(N2logN)。...证明结论：假设我们以点A为原点建系，考虑在y轴向右45度区域内的任意两点B(x1,y1)和C(x2,y2)，不妨设|AB|≤|AC|（这里的距离为曼哈顿距离），如下图： |AB|=x1+y1，|AC|=
曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图，R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式 ?...image.png 第一列是SNP对应的一个名字 第二列是染色体编号 第三列是SNP在染色体的位置 第四列是特征对应的一个P值 如果有多个特征依次往后排就可以了 曼哈顿图可以理解成一个x对应多个y的散点图...，ggplot2里做这种图的函数是geom_jitter() 今天用到的数据集是来自于rMVP这个包中的pig60K数据集 首先是获得这个数据集 library(rMVP) data('pig60K')...使用ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot(pig60K,aes(x=Chromosome,y=trait1))+ geom_jitter() ?...image.png 曼哈顿图通常是对特征的p值取-log10 ggplot(df,aes(x=Chromosome,y=-log10(trait1)))+ geom_jitter(aes(color
GWAS分析，QQ图和曼哈顿图是标配，可是这两个图具体是什么意思？怎么判断好坏，且听我一一道来。 QQ图和曼哈顿图是嘛意思？...常见的图是QQ图和曼哈顿图。比如： 什么是QQ图 QQ图，全称quantile-quantile plot，又称为「分位图」它是判断模型假阳性、假阴性的重要指标。...所以，好的GWAS分析，有结果的QQ图，都是前期在直线上，后面上翘。有点翘的QQ图才是好的QQ图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」...GWAS分析中，原理就是SNP位点和控制性状的基因存在LD状态，即SNP的分型可以代表基因的不同分型，所以，真实的显著位点应该是在基因两侧分布的，有一个上升和下降的趋势，比如这样的图： 「坏的曼哈顿图
QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。 首先准备输入文件： ?...verbose=TRUE,width=14,height=6,signal.col=NULL) 执行完毕后就可以看到我们的工作目录内产生了一个以"Rectangular-Manhattan"为前缀的文件，可以使用...简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！ 参考资料： https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。...曼哈顿图优点 大数据中，即展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。...曼哈顿图绘制工具 散点图，自然还是R语言，ggplot2可以画的非常漂亮。这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1....环形曼哈顿图 (1).全基因组关联研究（Genome-wide association study(GWAS)） >CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste
除了曼哈顿图，还有QQ图，它主要是从模型的角度看一下显著位点是否是假阳性。 显著性的位点，怎么能缺少LDblock（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图），倒三角缺不了的！...有时候还会绘制LD衰减图（LD衰减图绘制--PopLDdecay）。 做完GWAS只给出显著性位点和注释基因的汇总统计表格，没有几个绚丽的图就不好意思出来见人，如何绘制曼哈顿图和QQ图？...（颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的），还可以将多个性状或者多个环境的曼哈顿图合并（多性状GWAS结果如何合并做曼哈顿图！） 图好做，但是怎么看？怎么解读？...QQ图和曼哈顿图是嘛意思？ GWAS分析中，会有一个结果，每个SNP的P值，可以根据这个值，以及SNP的染色体和物理位置，进行作图。 常见的图是QQ图和曼哈顿图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」
火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。...检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。...> install.packages("ggplot2") > library(ggplot2) > R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads.../R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx") > data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter > r03 ggplot(data,aes(log2FC,-1
蝴蝶图是一种形似蝴蝶双向柱状图。做GO term 的时候常常同时展现上调和下调的数据，因此，这里用ggplot2绘制GO term双向柱状图。...##ggplot2 作图 library(ggplot2) library(stringr) #up updata<-goBP.up@result[1:5,c("Description","pvalue...decreasing = T),] updata$Description<-factor(updata$Description,levels = updata$Description) #上调 GO GO_up ggplot...Description,levels = downdata$Description) term.down<- levels(downdata$Description) #下调 GO GO_down ggplot
#include<iostream> #include<algorithm> #include<cstdio> #include<cstdlib> #inclu...
大家好，我是邓飞，对于GWAS分析结果，第一个要看的是曼哈顿图，看看有没有显著性的点，没有显著性的点，项目白做了！第二个要看的是QQ图，比较翘就非常理想。...我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman， 因为这个软件函数很方便。...「安装cmplot代码」 install.packages("CMplot") 看一下cmplot包的出图： 另外，cmplot也可以出这样的图： 示例数据 使用qqman中的gwasResults...Set to FALSE to disable. ❞ cmplot作图 我们用同样的数据，使用cmplot作图。...合并密度图和圆形曼哈顿图： CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),
本文作者蒋刘一琦 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...什么是曼哈顿图 曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP（来源wiki）。 ?...好久没看过文章） 怎么做曼哈顿图 用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制，如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。...上述数据处理完成后，我们就可以使用ggplot作图： ggplot(don, aes(x=BPcum, y=-log10(P))) + geom_point( aes(color=as.factor
今天介绍一下曼哈顿图如何打印出SNP的名称，类似这样的： 1. 软件包 qqman 下载 在CRAN中下载： install.packages("qqman") 2....示例曼哈顿图 manhattan(dat) 4....代码汇总： ## 曼哈顿图如何显示snp的名称 # qqman library(qqman) data("gwasResults") dat = gwasResults head(dat)
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...("data.xls", header = TRUE, sep = "\t") 数据清洗 plot_data % janitor::clean_names() %>% # 使用..."Slc22a3") down_genes % filter(symbol %in% c("Il15", "Il34")) 数据可视化 plot_data %>% ggplot...将图例大小设为 5，位置设置为右上角 guides(color = guide_legend(override.aes = list(size = 5))) + theme_bw() + # # 设置图的主题为白色背景...# 设置图的主题样式，包括边框、网格线、背景等 theme(panel.border = element_rect(colour = "black", fill = NA, size = 0.5
大家好，我是邓飞，虽然我知道GWAS分析后一定是要有曼哈顿图的，没有曼哈顿图的GWAS没有灵魂，但是，谁能想到，需要在曼哈顿图上添加上基因，怎么不在上面画蒙娜丽莎呢？？？...应用场景： GWAS分析后，对结果进行曼哈顿图绘制（GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante），对显著性位点基因型基因注释（显著SNP的基因注释教程！） 曼哈顿图的数据哪里来？...当然是GWAS分析而来，GWAS有不同的模型，得到的结果都是类似的：SNP、染色体、物理位置、P值，这些就够了： 通过下面代码进行绘制曼哈顿图和QQ图，QQ图的代码： CMplot(dat1,plot.type...= "q",threshold = 0.05,file="pdf",file.name = "re1_qq") QQ图结果： 曼哈顿图代码： CMplot(dat1,plot.type = "m",...highlight = xx$SNP, highlight.text = xx$gene, file.name = "re1_plus_gene", file="pdf") 生成的图
作为一种经典的可视化方式，曼哈顿图使用广泛，在GWAS分析中随处可见，本文就来揭秘曼哈顿图绘制的核心方法。...曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近，曼哈顿区是摩天大楼最多的城市，标志性的景观如下 ? 曼哈顿图示意如下 ?...每条染色体可以看做是一座高楼，整体看上去形似曼哈顿区的摩天大楼，所以称之为曼哈顿图。 了解了曼哈顿图的命名，再来看下它所展示的信息。...使用别人的R包就是这个样子，别人给你什么，你用什么，想要个性化，要么通知R包的开发者新增功能，当然人家不一定会买账，要么自己来。 将qqman中的核心源代码部分截取出来，如下 ? ?...理解了曼哈顿图的本质，就可以自已用R或者熟悉的软件来定制曼哈顿图。
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