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使用sed在FASTA标题行的开头和结尾添加单词

sed是一种流编辑器,常用于文本处理和替换操作。在FASTA标题行的开头和结尾添加单词可以通过以下sed命令实现:

代码语言:txt
复制
sed -e 's/^>/word&word/' -e 's/$/word/' input.fasta > output.fasta

这个命令将会在FASTA文件的每个标题行开头和结尾添加单词"word"。其中,input.fasta是输入的FASTA文件名,output.fasta是输出的文件名。

这个命令使用了sed的替换操作符's',并结合了正则表达式和替换模式。'^>'表示匹配以">"开头的行,'word&word'表示在匹配到的行开头添加"word",'$'表示匹配行尾,'word'表示在行尾添加"word"。

这个操作适用于需要在FASTA文件的标题行开头和结尾添加单词的场景,例如在序列标识符中添加额外的信息或标记。

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sed 全称是 Stream EDitor,是一种流编辑器,什么是流编辑器呢。也就是相当于一个格式化的工具。当数据流过这个工具时,都被格式化成固定的格式。比如一个流水线中的一个模具,原材料是各种形状的,但是结果模具处理之后都变成同一的形状。这就是流编辑器。sed 默认一次处理一行内容。处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为“模式空间”(pattern space),接着用 sed 命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行,这样不断重复,直到文件末尾。原文件内容并没有改变。sed 主要用来自动编辑一个或多个文件,简化对文件的反复操作。而不需要编写转换程序来完成。

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