使用snakemake将文件复制到多个目录，其中通配符用于目标名称的一部分

Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统，用于构建和运行数据分析工作流。它可以帮助自动化复杂的数据分析流程，并提供了灵活的规则定义和任务调度功能。

在使用Snakemake将文件复制到多个目录时，可以使用通配符来表示目标名称的一部分。通配符是一种模式匹配的方法，可以在规则中使用，以便根据输入文件的名称生成输出文件的名称。

以下是一个示例Snakemake规则，用于将文件复制到多个目录：

rule copy_files:
    input:
        "input_file.txt"
    output:
        directory("output/{directory}/input_file.txt")
    shell:
        "cp {input} output/{wildcards.directory}/input_file.txt"

在这个示例中，input_file.txt是输入文件，output/{directory}/input_file.txt是输出文件的模式。{directory}是通配符，它将根据输入文件的名称动态生成目标目录的名称。

使用Snakemake运行这个规则时，可以通过在命令行中指定通配符的值来生成相应的目标目录。例如，要将文件复制到名为"dir1"和"dir2"的两个目录中，可以运行以下命令：

snakemake --snakefile my_workflow.smk --directory dir1 dir2

这将根据规则中的通配符值生成相应的目标目录，并将文件复制到这些目录中。

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