详细流程如下： 1）使用Read_qc模块对原始数据进行质控和去除宿主污染； 2）使用metaWRAP-Assembly模块中的metaSPAdes工具对去除污染后的数据进行组装； 3）使用MaxBin2...、metaBAT2和CONCOCT软件进行binning，并使用bin_refinement模块对binning结果进行提纯，最后用CheckM评估结果的污染率与完整度。...2.MAGs的聚类和去冗余 使用软件dRep对MAGs进行species-level genome bins (SGBs)上的聚类，然后使用软件GTDB-Tk基于Genome Taxonomy数据库对MAG...最后使用HUMANN3进行功能分析。 5.统计分析 使用R程序包vegan计算Alpha多样性和Beta多样性，使用R程序包 random Forest进行随机森林回归分析。...学习心得 文章通过使用公共数据库中的测序数据，对宏基因组原始下机数据进行组装和binning，结合统计学和机器学习算法对数据进行个性化的挖掘，并且在GitHub（https://github.com/Owenke247
一个图形化的交互式运行环境，对于编程语言的学习和开发，特别是可视化方面，提供了极大的便利。...python语言基于命令行的交互式运行环境，可以方便的测试和运行简单代码，但是对于可视化的支持不是很友好，为此，有开发人眼开发出了ipython这一加强版的交互式运行环境，在ipython的基础上，又进一步打造出了...jupyter notebook是一款基于浏览器的应用，正如名字中的notebook一词所表示的含义，通过jupyter notebook，我们可以以笔记的形式记录和保存相关的代码和运行结果，并将结果以文档的形式与其他人共享...下面来介绍使用jupyter notebook运行python和R的方法 1....使用方式和python类似，示例如下 ? 通过jupyter notebook, 可以实时查看代码的运行效果，在开发可视化代码时，非常的好用。
本篇文章聊聊如何使用 Golang 来运行 Python 代码，用 Python 现成软件包来偷个懒儿，来少写一些代码。 写在前面 最近折腾了一些“陈年项目”，不少都是使用 Python 实现的。...所以，如果我们愿意调整 Python 源码，那么我们可以使用 3.8 版本的 Python，否则方案就只能在 3.7 版本的 Python 运行。...我们有更好的方案，直接基于 Python 和 Golang 的官方提供的镜像，来制作构建环境和运行环境，让 Docker 容器既小巧又可靠。 编程实战 好了，前置的相关知识，到这里就了解的差不多了。...Xavier de la Vega III (Doc Vega)").as_dict()) 将上面的代码保存为 app.py，然后使用 python app.py 执行这个程序，验证程序能够正常运行。...为了能够让镜像构建速度加快，我们可以为 Python 和 Golang ，以及我们所使用的系统 Alpine 添加软件源镜像。
m_sum(x): return x * (x+1)def test_m_sum(): assert m_sum(3) == 11在pytest_study文件夹下打开cmd直接输入pytest运行...2 脚本分析2.1 断言使用assert从上边脚本看到断言的话使用assert即可，根据官网的说法是pytest断言基本都是用的assert；2.2 使用pytest运行用例规则文件名规则：test_*....py和*_test.py命名的函数函数名规则：以test_开头的函数类的规则test_开头的方法，不能有__init__ 方法python包的规则同python一样，包需要有__init__.py文件以...-q或-quiet参数进行静默运行函数（说白了就是结果输出简单化）3 练习下用例运行规则先在pytest_study目录下再新建一个test_case包；图片然后把之前写的第一个用例test_mm.py...0.13s ===========================================================================(venv) F:\pytest_study>使用
对于Kubernetes的cluster的数据收集和监控已经成为IT运维的一个重要话题。...这里我推荐使用TCP。...因为Splunk的Metrics Store支持statsd协议，所以可以很容易的和Heapster集成。...当使用udp协议的时候，需要配置的numMetricsPerMsg的值比较小，当这个值比较大的时候，会出message too long的error。当使用tcp的时候可以配置较大的数值。...运行 kubectl apply -f *.yaml 来部署heapster 如果正常运行，对应的heapster pod的日志如下 I0117 18:10:56.054746 1 heapster.go
CheckM利用基因的单拷贝性来有效的估计基因组完整度和污染，同时能绘制基因组关键特征（例如GC含量、编码率）的图像来评估基因组的质量。...： lineage_wf 运行tree、lineage_set、analyze、qa taxonomy_wf 运行taxon_set、analyze、qa 一般情况下推荐使用基于系统发育的流程...（程序会自动创建文件夹），如果所获得的draft基因组都是属于某个已知分类单元，那么使用基于分类学的方法更加便捷，使用方法如下所示： checkm taxonomy_wf ...运行结束后生成的bins_qa.txt结果文件中包含bin的谱系、基因组基因数目、marker基因数目、完整度、污染度等信息，如下所示： 在结果路径bins_qa_result/bins中为每个bin.../checkm_tetra.out 95 评估结果如下所示： bin_qa_plot使用方法如下所示： checkm bin_qa_plot --image_type pdf -x fa bins_qa_result
和英国电信公司工作，并担任顾问，帮助团队以更敏捷的方式工作。他写过一本关于 UI 设计的书，自那以后一直在撰写技术文章... 假设你的机器有足够的空间和内存，这样做的理由是什么？...除了不必支付他人服务器的运行成本外，你还可以在不担心安全问题的情况下运行对私有数据的查询。 为此，我使用的是 Ollama。这是“一个允许你在本地机器上运行开源大型语言模型 (LLM) 的工具”。...它也可以通过 Docker 使用。...但它确实运行了，只是非常缓慢。 你可以看到，已经有了一个内置终端，所以我进行了一个快速的测试查询： 这并不快，但模型显然还在运行。...作为一个额外的视角，我和历史学家/工程师 Ian Miell 谈到了他如何在一个稍微庞大一些的 128GB 机器上使用更大的 Llama2 70b 模型从提取的来源中写出历史文本。
通过 Snakemake，我们可以定义一系列任务以及这些任务之间的依赖关系，从而构建一个可重复、可维护和可扩展的工作流程。 结合conda/mamba，它们很容易被扩展到服务器、集群、网格和云环境。...简单来说，它有以下优点： 可读性强 易移植 模块化管理 透明 能生成流程图，看到每个过程 可扩展 可拓展的平台 2如何使用 在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...因此，想要正确使用Snakemake你需要一个写好了rule的Snakefile，其中rule包含input、output和action（有时也会包含一些参数eg. threads）。...接下来程序直接读取input和output，执行shell中的命令并获得输出ds1_plot.pdf。 进阶演示 接下来加点难度，运行下列代码会发生什么？...其他Snakemake教程推荐： 使用SnakeMake搭建生信流程[3] Snakemake Workflow Management!
使用 nohup 部署和后台运行 Java 项目 1. 下载示例项目 首先，我们选择了Spring官方的PetClinic项目作为示例。...使用 nohup 启动 Java 项目 输入nohup java -jar xxx.jar >> api.log &可以运行 可以看到生成了一个api.log日志文件，通过cat命令可以看我们这个项目运行时候的状态...解决方案看这篇文章：java: 无法访问org.springframework.boot.SpringApplication解决办法 小注意 一般在使用nohup之前先用java -jar运行一下...jar包，看一下可以正常运行吗，如果不可以记得修改一下代码，java -jar虽然是java原生的运行jar包的方式，但是他只能够在命令框开启的时候运行，关闭了就停止了。...检查应用状态 使用 ps 命令检查Java进程是否正在运行： ps aux | grep spring-petclinic.jar
Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...这是Snakemake的一个优点，另外Snakemake支持“断点续行”，假如你的任务运行到一半因为某种原因中断了，你可以重新运行一下命令，Snakemake会机智的从中断的地方继续运行，已经成功运行的任务不会重复运行...；Snakemake支持并行处理任务，可以设定运行核心数或并行任务数，也可以将任务投递到集群运行。...运行命令snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf就可以生成本文开头的流程图。运行命令snakemake -np可以预览所有的shell命令。...通过添加--cores/--jobs/-j N参数可以指定并行数，如果不指定N，则使用当前最大可用的核心数。一切准备妥当，运行命令snakemake --cores 16，程序就跑起来了。
deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...比如这一步使用fastp软件对fastq文件去接头，因为是单端测序，所以可以命名为fastp_se，但是这不是强制的，完全可以命名为abcd。...wildcardsnakemake使用正则表达式匹配文件名，比如下边的代码fastpse脚本中，我们使用{s}{u}去代替两个字符串，而且我们也可以对这两个字符串的内容进行限制。...s和u，是我随便写的，你完全可以写成a和b这一步也就相当于我们用了for循环对GSM6001951和GSM6001952两个样本8个文件执行fastp。.../raw/v1.29.0/snakemake读取config/config.yaml文件configfile: "config/config.yaml"env创建smk环境，用于运行snakemake流程
This is a quick discussion of how to set up a local development environment for ...
· 使用 eclipse 开发第一个程序 我们在上一节建好的 Java 项目中，开始开发 Java 程序。首先，新建一个 Java 类。在 src目录上右键单击，建立一个Java 类。...; } } 运行该程序： 在代码上单击右键后，点击 Run as à Java application。如图 4 所示。也可以使用快捷键“ctrl+F11”，直接实现运行。...或者直接点击工具栏的中运行按钮 。 图 4 运行 Java 程序 界面下方的控制台（console）出现运行结果，如图 5 所示。...图 6 eclipse 的自动编译 · Java 项目的 src 目录和 bin 目录f49.png) src 用于存放源代码，bin 用于存放 eclipse 自动编译生成的 class 文件。...进入我的电脑，打开Java 项目目录，我们可以看到src 和bin 目录： 图 7 Java 项目的完整结构 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/
希望通过我的分享，帮助大家更好地了解和使用各类技术产品，在不断的学习过程中，可以帮助到更多的人，结交更多的朋友....使用Docker打包和运行Java镜像：完整指南 在这篇文章中，我们将详细讲解如何使用Docker打包和运行一个Java应用镜像。...通过此教程，即使你是一个小白，也能轻松学会如何构建Docker镜像并运行Java应用。 摘要 本教程包括以下内容： 准备Java镜像的基础环境。 编写启动脚本和Dockerfile。...使用Docker构建Java应用镜像。 启动容器运行Java应用。 可能遇到的问题及解决方案。 最后会引导大家加我的微信，方便随时交流！...总结 通过以上步骤，你已经成功使用Docker打包并运行了一个Java应用镜像。这种方式可以极大地简化应用部署流程，并提高运行环境的稳定性。
Snakemake的主要优势包括： 易于使用和学习：Snakemake使用简单的、基于Python的语法来定义工作流，这使得它对于具有Python基础的科学家来说非常容易上手。...灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。 可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...Snakemake能够自动化地处理任务分发和并行化，优化资源使用。...可重复性：通过使用容器技术（如Docker和Singularity）和Conda环境，Snakemake支持高度可重复的科学分析，确保不同环境下的分析结果一致。...社区支持：Snakemake有一个活跃的社区，提供大量的文档、教程和案例，帮助用户学习如何有效使用它。
downloads/esc.testdata.step2.tar.bz2 解压 tar xvf esc.testdata.step2.tar.bz2 目录样式： 4.2 mageck-vispr init 的使用...： 在~/MAGeCK_VISPR_test/目录下生成了snakemake文件config.yaml 换了文件夹再运行了一次，发现旧文件没有被覆盖。...顺带把类似的矩阵路径也修改了 修改之后还有报错 报错如下： 说我的day0 label...应该是和design matrix冲突了.....注释掉 再次 snakemake -n 这下对了，能看到进程总览 运行snakemake文件 snakemake --cores 8 运行结束后的界面 7- 输出结果 8- 软件优势 1-...能提供完整的pipeline文件，直观看到分析中使用的参数，方便参考和流程的整理 2-结合了snakemake的优势，批量操作便捷
-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。 我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...如果这样的话，岂不是每对测序数据，都需要专门写一个规则文件，使用echo 传递变量打印出来吗？ 但问题是，也不好修改规则啊。...因此，这时候我们就需要显式的去指定输出的文件了： snakemake -np results/awesome/002_R1.fq results/awesome/002_R2.fq 成功运行了！...这个过程总结如下： 同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs...The order of jobs does not reflect the order of execution. 5-多加一个任务 如果我们的规则中只有一个任务，那和一般的脚本并没有太大的区别。
在宏基因组分析中，一个最常见的任务就是计算contigs和genes的丰度，这是我们后续定量分析的基础。...这里我们也可以借助CheckM来实现。...要计算coverage首先需要准备bam的index文件，如下所示： samtools index contig.reads.sorted.bam 运行结束后生成会生成伴随的index文件contig.reads.sorted.bam.bai...接下来使用CheckM计算coverage： mkdir bins cp contigs.fasta bins checkm coverage -x fasta -m 20 -t 20 bins contigs_coverage.out...接下来可以将reads数转化为相对丰度，也即除以总reads数和序列长度，类似于RNA-seq中的RPKM标准化方法。
Date : [[2022-05-27_Fri]] Tags : #工作流/snakemake Directed acyclic graph 对于工作流来说，Directed acyclic graph...snakemake选项 首先构建我们的rule： rule bwa_map: input: "data/genome.fa", "data/samples/{sample...samtools index {input}" 以及创立模拟文件： mkdir -p data/samples touch data/genome.fa data/samples/{A..D}.fastq 尝试运行...--dag 选项： snakemake --dag sorted_reads/{A,B}.bam.bai 直接运行会输出一些图像内容文本： $ snakemake --dag sorted_reads...0.00 0.6 0.85", style="rounded"]; 1 -> 0 2 -> 1 4 -> 3 5 -> 4 } 这里我们可以使用
20220517_统计脚本运行过程中使用的时间和运行内存 必须使用/usr/bin/time调用time命令，不能直接使用time命令 (base...（一）时间相关 image.png （二）内存相关 image.png （三）IO 相关 image.png （四）统计信息输出到文件 如果你希望将 time 统计的信息输出到文件，可以使用
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