我一直在尝试用snakemake运行metabat2。我可以运行它，但是metabat2/中的输出文件丢失了。checkM在使用数据后工作，并且可以工作，我只是后来找不到文件。应该有使用数字创建的文件，但无法预测将创建多少个文件。有没有一种方法可以指定它来确保文件是在该文件中创建的？rule all: [
浏览 0提问于2020-02-22得票数 0
您好，我一直在尝试将metabat2和checkm放在我的管道中，看看我的样本中有哪些细菌，但我一直在运行snakema的错误。我的snakemake代码是 input: [f"zipped/zipped.gz/bin" for sample in samples],
[f"m
浏览 54提问于2020-02-20得票数 0
我正在尝试从另一个接受公式作为参数的函数中调用checkm函数。我得到一个找不到对象的错误。下面是最小的实现和错误。library(lrmest)form<-formula(Y~X1+X2+X3+X4)
checkm
浏览 2提问于2014-05-21得票数 0
我得到了这个HTML：<input type="checkbox" id="checkm" />Männer<br>if($('#checkw').prop('
浏览 7提问于2015-01-28得票数 0
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过滤表模型
、、、
每次刷新之前，我将按以下方式获取每个复选框的状态：checkI = checkboxI.isSelected();checkboxM.setSelected(checkM);然后是我的if语句，以找出选择了哪些框，这就是问题所在，因为我似乎无法解决如何应用筛选器a)，这两个复选框都被选中，因此显示了所有内容为"A“和"B”的行)，其中一个复选框被
浏览 7提问于2016-04-27得票数 0
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我通过snakemake运行DASTool，由于某种原因，虽然我得到了输出箱，但下面的错误会裁剪我们。虽然这是一个小麻烦，因为我有输出，但它会立即杀死我的snakemake运行。DAS_Tool -i {input.da1},{input.da2} -c {input.da3} -o {output.daout} --search_engine diamond -l maxbin2,metabat2DAS_Tool -i {input.da1},{input.da2} -c {input.da3} -o
浏览 50提问于2020-04-21得票数 0
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我正在尝试使用用snakemake制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策，我们不允许在hpc上安装任何东西)，我不能使用snakemake来运行它(我们没有在HPC上安装它)，但是我必须在nextflow中运行它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上，我必须在snakemake中运行nextflow。开发人员提到，该工具可在bioconda上使用。mamba install -c conda-forg
浏览 8提问于2022-02-28得票数 -1
我试图使用Snakemake来处理高性能HPC上RNASeq管道的运行，使用SLURM来调度作业。我读到Snakemake本机支持使用snakemake --cluster在集群上使用SBATCH调度作业，但是这会创建一个CATC-22：
如果从登录节点运行snakemake --cluster，则它生成的Snakemake进程将继续在登录节点上运行，直到管道停止运行</e
浏览 12提问于2022-08-05得票数 1
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我现在尝试了很长一段时间来思考如何在消化函子形式的字段中使用验证，这需要访问另一个单子。T.unpack) (text Nothing)并希望使用函数usernameExists of 来检查输入的用户名是否唯一。checkM中的函数validateM分别对我有帮助吗？我发现了几个如何使用消化函子和快照和会话的例子，例如：
但没有显示Snap.Snaplet.Auth和消化功能直接合作，我仍然是一个菜鸟当涉及到单变压
浏览 2提问于2012-05-25得票数 3
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我对snakemake非常陌生，我从github下载了一个利用snakemake的包，我成功地运行了它一次，但是由于我的数据太大，完成整个过程花费了27个小时，但是大约99%的时间花在执行1条规则上，所以我想跳过这个特定的规则如果规则所有部分中列出了该规则的输出文件，snakemake会自动跳过该规则吗？不然，我该怎么办才能跳过呢？
浏览 5提问于2021-07-09得票数 2
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我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但没有工作，我不知道如何准确地检测错误检查逐行。sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/snakemake_log.txt
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？
这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？
浏览 1提问于2018-04-23得票数 1
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我刚开始使用snakemake工作流管理，我很难理解通配符输入是如何工作的。我试图对一些SRR数据进行QC，但是snakemake给出了"MissingRuleException错误“。wrapper:蛇形-np蛇
错误构建作业数据集.MissingRuleException:没有生成Snakefile的规则(如果使用输入函数
浏览 3提问于2021-09-27得票数 2
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我正在尝试运行关于snakemake的教程。 File "/opt/conda/envs/snakemake/lib/python3.9/importlib/__init__.py", linesample")
Azure Blob Storage v12.8.1
浏览 0提问于2021-08-06得票数 0
我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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我已经用mambaforge安装了conda环境来使用snakemake。我已经按照的说明安装了mambaforge。我已经创建了环境并创建了一个.py文件，但是当我尝试运行它时，它显示的是普通代码，而不是编译代码。我也尝试使用which conda来找到正确的路径，但是没有给我提供如下所示的路径，我已经在conda base环境和我的设置环境中尝试了which conda，它返回的结果如下：
我确信我的conda
浏览 3提问于2021-05-21得票数 1
我想知道如何最好-或最简单地-使用snakemake与conda。我知道“但是，对于一个简单的snakemake工作流，我认为只需(i)激活单个现有的conda环境、(ii)运行snakemake工作流和(iii)再次禁用环境就更容易了。这到底是一个好的和简单的策略，还是什么是首选的解决方案？
我是否需要将Snakemake及其依赖项包含在我所有相关的conda环境中，还是应该在全球安装snakemake？
浏览 1提问于2017-11-13得票数 3
我有一些代码，我正在合并到Snakemake管道中。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，所以我想编写灵活的代码。我有一个配置文件，可以被Snakemake读取，还有一个配置文件，如果代码在Snakemake之外运行，它将被解析。script:然后，在runfile.py中，我测试了脚本是否在Snakemake中运行，如下所示：
if 'snakemake' in g
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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在尝试运行snakemake时，我总是必须安装/下载conda。(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.shCreating conda environment ..我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。
浏览 22提问于2022-02-25得票数 1
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