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1
回答
使用
snakemake
运行
metabat2
,但未获得bin文件
我一直在尝试用
snakemake
运行
metabat2
。我可以
运行
它,但是
metabat2
/中的输出文件丢失了。
checkM
在
使用
数据后工作,并且可以工作,我只是后来找不到文件。应该有
使用
数字创建的文件,但无法预测将创建多少个文件。有没有一种方法可以指定它来确保文件是在该文件中创建的?rule all: [
浏览 0
提问于2020-02-22
得票数 0
1
回答
使用
snakemake
运行
metabat2
和
checkM
您好,我一直在尝试将
metabat2
和
checkm
放在我的管道中,看看我的样本中有哪些细菌,但我一直在
运行
snakema的错误。我的
snakemake
代码是 input: [f"zipped/zipped.gz/bin" for sample in samples], [f"
m
浏览 54
提问于2020-02-20
得票数 0
2
回答
在
使用
公式的函数中调用时找不到对象
我正在尝试从另一个接受公式作为参数的函数中调用
checkm
函数。我得到一个找不到对象的错误。下面是最小的实现
和
错误。library(lrmest)form<-formula(Y~X1+X2+X3+X4)
checkm
浏览 2
提问于2014-05-21
得票数 0
2
回答
如果选中一个复选框而另一个未选中,则jQuery检查
、
我得到了这个HTML:<input type="checkbox" id="
checkm
" />Männer<br>if($('#checkw').prop('
浏览 7
提问于2015-01-28
得票数 0
回答已采纳
1
回答
过滤表模型
、
、
、
每次刷新之前,我将按以下方式获取每个复选框的状态:checkI = checkboxI.isSelected();checkboxM.setSelected(
checkM
);然后是我的if语句,以找出选择了哪些框,这就是问题所在,因为我似乎无法解决如何应用筛选器a),这两个复选框都被选中,因此显示了所有内容为"A“
和
"B”的行),其中一个复选框被
浏览 7
提问于2016-04-27
得票数 0
回答已采纳
1
回答
作业完成后,
snakemake
丢失输出异常
、
、
我通过
snakemake
运行
DASTool,由于某种原因,虽然我得到了输出箱,但下面的错误会裁剪我们。虽然这是一个小麻烦,因为我有输出,但它会立即杀死我的
snakemake
运行
。DAS_Tool -i {input.da1},{input.da2} -c {input.da3} -o {output.daout} --search_engine diamond -l maxbin2,
metabat2
DAS_Tool -i {input.da1},{input.da2} -c {input.da3} -o
浏览 50
提问于2020-04-21
得票数 0
回答已采纳
2
回答
snakemake
在下位流工作流管理系统中的集成
、
我正在尝试
使用
用
snakemake
制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策,我们不允许在hpc上安装任何东西),我不能
使用
snakemake
来
运行
它(我们没有在HPC上安装它),但是我必须在nextflow中
运行
它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上,我必须在
snakemake
中
运行
nextflow。开发人员提到,该工具可在bioconda上
使用
。mamba install -c conda-forg
浏览 8
提问于2022-02-28
得票数 -1
1
回答
使用
snakemake
远程前缀时指定源文件
、
从医生那里: 然而,我不清楚的是,如何指定源文件,如所述。
浏览 1
提问于2019-09-24
得票数 1
2
回答
使用
Snakemake
处理SLURM指令而无需在登录节点上
运行
进程
、
我试图
使用
Snakemake
来处理高性能HPC上RNASeq管道的
运行
,
使用
SLURM来调度作业。我读到
Snakemake
本机支持
使用
snakemake
--cluster在集群上
使用
SBATCH调度作业,但是这会创建一个CATC-22: 如果从登录节点
运行
snakemake
--cluster,则它生成的
Snakemake
进程将继续在登录节点上
运行
,直到管道停止
运行</e
浏览 12
提问于2022-08-05
得票数 1
1
回答
使用
单进验证与消化函子
和
Snap
、
、
我现在尝试了很长一段时间来思考如何在消化函子形式的字段中
使用
验证,这需要访问另一个单子。T.unpack) (text Nothing)并希望
使用
函数usernameExists of 来检查输入的用户名是否唯一。
checkM
中的函数validateM分别对我有帮助吗?我发现了几个如何
使用
消化函子
和
快照和会话的例子,例如: 但没有显示Snap.Snaplet.Auth
和
消化功能直接合作,我仍然是一个菜鸟当涉及到单变压
浏览 2
提问于2012-05-25
得票数 3
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1
回答
Snakemake
:如果规则的输出文件已经生成,会发生什么?
我对
snakemake
非常陌生,我从github下载了一个利用
snakemake
的包,我成功地
运行
了它一次,但是由于我的数据太大,完成整个过程花费了27个小时,但是大约99%的时间花在执行1条规则上,所以我想跳过这个特定的规则如果规则所有部分中列出了该规则的输出文件,
snakemake
会自动跳过该规则吗?不然,我该怎么办才能跳过呢?
浏览 5
提问于2021-07-09
得票数 2
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2
回答
Snakemake
无效语法
我尝试了所有类型的方法,
使用
配置文件等,但没有工作,我不知道如何准确地检测错误检查逐行。sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/
snakemake
_log.txt
浏览 0
提问于2019-11-07
得票数 1
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1
回答
运行
snakemake
管道,该管道具有来自同一工作目录的不同信任
、
可以
使用
来自同一个工作目录的两个不同的信任来
运行
snakemake
管道吗? 这里的配置文件将有一个“项目名称”参数,该参数将定义管道的输入
和
输出路径。由于
snakemake
锁定了工作目录,所以我想知道在同一个工作目录中
使用
不同配置文件
运行
相同的管道是否会导致一些冲突。如果是,对这种情况是否有可行的替代战略?
浏览 1
提问于2018-04-23
得票数 1
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1
回答
Snakemake
中的MissingRule异常
、
、
我刚开始
使用
snakemake
工作流管理,我很难理解通配符输入是如何工作的。我试图对一些SRR数据进行QC,但是
snakemake
给出了"MissingRuleException错误“。wrapper:蛇形-np蛇 错误构建作业数据集.MissingRuleException:没有生成Snakefile的规则(如果
使用
输入函数
浏览 3
提问于2021-09-27
得票数 2
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1
回答
Snakemake
"Auto-scaling Azure Kubernetes cluster without shared filesystem“失败并出现依赖错误
、
、
、
我正在尝试
运行
关于
snakemake
的教程。 File "/opt/conda/envs/
snakemake
/lib/python3.9/importlib/__init__.py", linesample") Azure Blob Storage v12.8.1
浏览 0
提问于2021-08-06
得票数 0
2
回答
什么是
snakemake
元数据文件?我什么时候能擦除这些?
我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.
snakemake
/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。 这些文件是用来做什么的?在
snakemake
运行
完成后,我能安全地擦除它们吗?或者,对于
snakemake
,是否需要它们才能正确地执行下一次
运行
?更普遍地说,有没有一些关于
snakemake
在.
snakemake
文件夹中创建的文件的文档?
浏览 1
提问于2017-08-10
得票数 8
回答已采纳
1
回答
在pycharm解释器(Linux mint 20)中,mambaforge,conda可执行文件路径为空。
、
、
、
我已经用mambaforge安装了conda环境来
使用
snakemake
。我已经按照的说明安装了mambaforge。我已经创建了环境并创建了一个.py文件,但是当我尝试
运行
它时,它显示的是普通代码,而不是编译代码。我也尝试
使用
which conda来找到正确的路径,但是没有给我提供如下所示的路径,我已经在conda base环境和我的设置环境中尝试了which conda,它返回的结果如下: 我确信我的conda
浏览 3
提问于2021-05-21
得票数 1
1
回答
在简单
snakemake
工作流中
使用
conda环境
、
我想知道如何最好-或最简单地-
使用
snakemake
与conda。我知道“但是,对于一个简单的
snakemake
工作流,我认为只需(i)激活单个现有的conda环境、(ii)
运行
snakemake
工作流
和
(iii)再次禁用环境就更容易了。这到底是一个好的
和
简单的策略,还是什么是首选的解决方案? 我是否需要将
Snakemake
及其依赖项包含在我所有相关的conda环境中,还是应该在全球安装
snakemake
?
浏览 1
提问于2017-11-13
得票数 3
1
回答
使用
脚本参数在
Snakemake
中指定Python版本
、
我有一些代码,我正在合并到
Snakemake
管道中。我还希望能够独立于
Snakemake
运行
代码,所以我想编写灵活的代码。我有一个配置文件,可以被
Snakemake
读取,还有一个配置文件,如果代码在
Snakemake
之外
运行
,它将被解析。script:然后,在runfile.py中,我测试了脚本是否在
Snakemake
中
运行
,如下所示: if '
snakemake
' in g
浏览 3
提问于2019-04-30
得票数 3
回答已采纳
2
回答
预装conda envs
Snakemake
、
、
、
、
在尝试
运行
snakemake
时,我总是必须安装/下载conda。(
snakemake
) (ec2-user)$ bash run_
snakemake
.shCreating conda environment ..我注意到conda安装在.
snakemake
/文件夹中。
浏览 22
提问于2022-02-25
得票数 1
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