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Day5生信入门——数据结构(!选修!直接使用数据框中的变量!没学!!)

:4)]#除了第2-4个元素 x[c(1,5)]#第1个和第5个元素 2) 根据值 x[x==10]#等于10的元素 x[x<0] x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素...用以下命令即可获得示例数据框:X<-read.csv('doudou.txt') 图片 2)设置行名和列名 X数据里有doudou.txt 注意这里的变量...X是一个数据框 colnames(X) #查看列名 rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4... colnames(X)[1]数据...3)数据框的导出 write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号) 4)变量的保存与重新加载...b列 X$列名#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)6)直接使用数据框中的变量!!!!!!

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R语言之缺失值处理

,这与上面函数 summary( ) 的输出结果是一致的;第二幅图展示了数据框中 5 个变量不同组合下缺失值的个数,其中红色方块代表缺失值,最右边的数字代表个数。...3.1 删除缺失值:na.omit( )、complete.cases( ) 如果缺失值的数量很小,删除后对分析结果影响不大,我们可以使用前面提到的函数 na.omit( ) 删除数据框中的缺失值。...此外,函数 complete.cases( ) 可以用来识别矩阵或数据框中没有缺失值的行,它的返回值是 TRUE 或 FALSE。...R 中有多个可以实现缺失值多重插补的包,如 Amelia 包、mice 包和 mi 包等。其中 mice 包使用链式方程的多变量补全法,被广泛运用于数据清洗过程中。...从上面的输出结果中可以看出,对于每一个变量,其余变量都被用于它的缺失值预测。函数 mice( ) 的输出结果是一个列表,其中的对象 imp 也是一个列表,存放的是每个变量缺失值的插补值。

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    R语言处理缺失数据的高级方法

    的逻辑向量,若每行有一个或多个缺失值,则返回FALSE; 3.探索缺失值模式 (1)列表显示缺失值 mice包中的md.pattern()函数可以生成一个以矩阵或数据框形式展示缺失值模式的表格 [plain...7.多重插补 多重插补(MI)是一种基于重复模拟的处理缺失值的方法。 MI从一个包含缺失值的数据集中生成一组完整的数据集。每个模拟数据集中,缺失数据将使用蒙特卡洛方法来填补。...可用到的包Amelia、mice和mi包 mice()函数首先从一个包含缺失数据的数据框开始,然后返回一个包含多个完整数据集的对象。每个完整数据集都是通过对原始数据框中的缺失数据进行插而生成的。...处理生存分析缺失值的Kaplan-Meier多重插补 mix 一般位置模型中混合类别型和连续型数据的多重插补 pan 多元面板数据或聚类的多重插补 (1)成对删除 处理含缺失值的数据集时,成对删除常作为行删除的备选方法使用...若缺失数据的数目非常大,那么简单插补很可能会低估标准差、曲解变量间的相关性,并会生成不正确的统计检验的p值。应尽量避免使用该方法。

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    【学习】《R实战》读书笔记(第四章)

    读书会由辅导老师或者读书会成员推荐书籍,经过讨论确定要读的书,每个月读一本书且要精读,大家一起分享。 第四章 基本数据管理 本章概要 1操作数据和缺失值。...图3:R逻辑运算符号 基于逻辑运算符号关系来改变变量中内容,逻辑值为真,则可以修改。 拓展可以了解within()函数和car包中的recode()函数。 重命名变量 重命名变量名,可以采用方法。...方法二:包reshape中的rename()函数。 方法三:names()函数。 缺失值 数据集往往是不完整,因为各种缘由存有缺失值。 使用is.na()函数检查缺失值。...x) [1] NA 可以使用na.omit()函数删除不完整的观察。...()函数 用SQL操作数据框 使用包sqldf中的sqldf()函数基于SQl的查询语句操作数据框。

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    母牛的故事 替换空格 二进制中1的个数 不使用第三个变量交换a,b的值

    请编程实现在第n年的时候,共有多少头母牛? 输入描述: 输入数据由多个测试实例组成,每个测试实例占一行, 包括一个整数n(0的含义如题目中描述。...输出描述: 对于每个测试实例,输出在第n年的时候母牛的数量。 每个输出占一行。...= EOF, 2.替换空格 题目链接:传送门 描述: 请实现一个函数,将一个字符串s中的每个空格替换成“%20”。...代码实现 /** * 代码中的类名、方法名、参数名已经指定,请勿修改,直接返回方法规定的值即可 * * * @param s string字符串 * @return string字符串 */...示例2 输入: -1 复制 返回值: 32 复制 说明: 负数使用补码表示 ,-1的32位二进制表示为 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111 1111,其中32个1

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    R语言泰坦尼克号随机森林模型案例数据分析|附代码数据

    R的随机森林算法对我们的决策树没有一些限制。我们必须清理数据集中的缺失值。rpart它有一个很大的优点,它可以在遇到一个NA值时使用替代变量。在我们的数据集中,缺少很多年龄值。...因此,让我们使用可用的年龄值在数据子集上生成一个树,然后替换缺少的那些样本: > combi$Age[is.na(combi$Age)] na(combi...$Age),]) 您可以继续检查摘要,所有这些NA值都消失了。...我们的数据框现已被清理。现在进入第二个限制:R中的随机森林只能消化多达32个等级的因子。我们的FamilyID变量几乎翻了一倍。...如果您正在使用更大的数据集,您可能希望减少树的数量,至少在初始探索时,使用限制每个树的复杂性nodesize以及减少采样的行数sampsize 那么让我们来看看哪些变量很重要: > varImpPlot

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    R in action读书笔记(20)第十五章 处理缺失数据的高级方法

    处理缺失数据的高级方法 15.1 处理缺失值的步骤 一个完整的处理方法通常包含以下几个步骤: (1) 识别缺失数据; (2) 检查导致数据缺失的原因; (3) 删除包含缺失值的实例或用合理的数值代替(插补...15.3 探索缺失值模式 15.3.1 列表显示缺失值 mice包中的md.pattern()函数可生成一个以矩阵或数据框形式展示缺失值模式的表格: > library(mice) > data(sleep...,1则表示没有缺失值. 15.3.2 图形探究缺失数据 aggr()函数不仅绘制每个变量的缺失值数,还绘制每个变量组合的缺失值数。...每个模拟数据集中,缺失数据将用蒙特卡洛方法来填补。此时,标准的统计方法便可应用到每个模拟的数据集上,通过组合输出结果给出估计的结果,以及引入缺失值时的置信区间。...若使用均值 替换,Dream变量中的缺失值可用1.97来替换,NonD中的缺失值可用8.67来替换(两个值分别是Dream和NonD的均值)简单插补的一个优点是,解决“缺失值问题”时不会减少分析过程中可用的样本量

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    把函数包起来就是一个R包 - 完整开发指南

    ,在我们的包被安装的时候,如果这些包之前没有被安装,这个时候会被安装 Suggests不是必需安装的,可能在示例数据,运行测试,创建vignettes或者包里面只有少量函数使用这些包,所以我们要在需要这些包的函数里面检查这些包是否安装...= TRUE) {} 文档化数据 有3个主要的方法可以在包中包含数据: 如果想要在包中包含二进制数据,并且可以被用户使用,将这些数据放在data/文件夹中,这是放示例数据的最好的地方 如果想要包含解析后的数据...,这些数据只在使用的时候才会load,使用 usethis::create_package()会自动加上 在data/文件夹中的数据是处理后的数据,可以保留产生这些数据的原始数据(存放在data-raw...document有额外的两个tag: @format 是对数据的overview,包含对每个变量的说明 @source 是对数据来源的说明,通常是网址\url{} R/sysdata.rda的数据是函数所需的数据...;另外要使得我们包中每个函数都可以使用外部包的函数,就需要对NULL加上注释: #' @importFrom pkg fun NULL Others usethis::use_pipe 在R包中使用管道符

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    「Workshop」第二期:程序控制与数据操作流

    涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...is.na()) 位置 mean, meadian 逻辑值 mean, sum 位置 dplyr:: first last nth 排序 quantile min max 分布 IQR mad sd var...tibble tribble, enframe as_tibble, is_tibble 缺失值 drop_na fill replace_na 长转宽 pivot_wider, spread ?...fwrite data.table 语法 dt[i, j, by] 数据过滤与合并等操作与 R 基础语法一致,也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、...stringr 列表处理与迭代计算:purrr 统计建模:stats 与 broom 绘图:graphics 与 ggplot2 函数编程:apply家族和purrr等 开发: devtools usethis testthat

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    geotrellis使用(十六)使用缓冲区分析的方式解决投影变换中边缘数据值计算的问题

    文件(见geotrellis使用(十四)导出定制的GeoTiff),但是实际中有时会有BUG,就是数据值发生非常明显的变化,理论上只进行了切割、重投影操作,数据值不应该会发生特别大的变化。...二、问题探索        使用QGIS打开导出的Tiff文件,形状、位置、投影等信息都正确,甚至大部分数据值都正确,唯一出现问题的地方就是边缘,边缘出现了很多不正常的值。...但是目前来看我们必须要想一个办法来解决这个问题,下面就是本文重点要讲的——使用缓冲区分析的方式解决投影变换中边缘数据值计算的问题。...五、总结        以上就是通过使用缓冲区分析的方式解决投影变换中边缘数据值计算过程中出现偏差的问题。看似简单的原理与实现过程,其实同样可以上升到哲学的高度去思考。...当然该方法不止能解决重采样造成的问题,凡是涉及到边缘值计算的都可以采用该方法,下一篇文章我将讲解如何使用该方法解决瓦片计算过程中的边缘问题。

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    R语言基础教程——第3章:数据结构——因子

    因子具有因子水平(Levels),用于限制因子的元素的取值范围,R强制:因子水平是字符类型,因子的元素只能从因子水平中取值,这意味着,因子的每个元素要么是因子水平中的字符(或转换为其他数据类型),要么是缺失值...通常情况下,在创建数据框变量时,R隐式把数据类型为字符的列创建为因子,这是因为R会把文本类型默认为类别数据,并自动转换为因子。前面我们在讲数据框时,就有提到。...student$Gender [1] M M F Levels: F M 该因子中的每个值都是一个字符串,它们被限制为“f”、“m”和缺失值(NA)。...,可能需要去掉与因子水平对应的数据,通常情况下,需要删除未使用的因子水平,可以使用droplevels函数,它接受因子或是数据框作为参数。...如果x是数据框,那么把数据框中未使用的因子删除。

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    动态数组公式:动态获取某列中首次出现#NA值之前一行的数据

    标签:动态数组 如下图1所示,在数据中有些为值错误#N/A数据,如果想要获取第一个出现#N/A数据的行上方行的数据(图中红色数据,即图2所示的数据),如何使用公式解决?...图1 图2 如示例图2所示,可以在单元格G2中输入公式: =LET(data,A2:E18,i,MIN(IFERROR(BYCOL(data,LAMBDA(x,MATCH(TRUE,ISNA(x),0...))),""))-1,DROP(TAKE(data,i),i-1)) 即可获得想要的数据。...如果想要只获取第5列#N/A值上方的数据,则将公式稍作修改为: =INDEX(LET(data,A2:E18,i,MIN(IFERROR(BYCOL(data,LAMBDA(x,MATCH(TRUE,ISNA...(d)-1)) 如果数据区域中#N/A值的位置发生改变,那么上述公式会自动更新为最新获取的值。

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    学徒讨论-在数据框里面使用每列的平均值替换NA

    最近学徒群在讨论一个需求,就是用数据框的每一列的平均数替换每一列的NA值。但是问题的提出者自己的代码是错的,如下: ? 他认为替换不干净,应该是循环有问题。...:我是这么想的,也不知道对不对,希望各位老师能指正一下:因为tmp数据框中,NA个数不唯一,我还想获取他们的横坐标的话,输出的结果就为一个list而不是一个数据框了。...所以我在全局环境里面设置了一个空的list,然后每一列占据了list的一个元素的位置。list的每个元素里面包括了NA的横坐标。...答案二:使用Hmisc的impute函数 我给出的点评是:这样的偷懒大法好!使用Hmisc的impute函数可以输入指定值来替代NA值做简单插补,平均数、中位数、众数。...,就数据框的长-宽转换!

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    【数据分析 R语言实战】学习笔记 第三章 数据预处理 (下)

    3.3缺失值处理 R中缺失值以NA表示,判断数据是否存在缺失值的函数有两个,最基本的函数是is.na()它可以应用于向量、数据框等多种对象,返回逻辑值。...第一个图由小条形的长度显示各变量缺失数据比例 第二个图显示了综合的缺失模式,可以与md.pattern()生成的结果对照观察,其中浅色方框表示完整数据,深色框表示缺失值。...R可以使用complete.cases()指令选取完整的记录,有缺失值的行则删去不要。...(rank ),它返回每个数字在整个向量中的秩,可以简单地理解为各个数字的大小顺序。...和stack()一样,melt()也有对应的函数用来还原数据:acast()用于数组,dcast()用于数据框,其中的参数formula是一个公式,左边的每个变量都会成为新数据集中的一列,右边的变量是因子

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    SQL 中的 NULL 值:定义、测试和处理空数据,以及 SQL UPDATE 语句的使用

    SQL NULL 值 什么是 NULL 值? NULL 值是指字段没有值的情况。如果表中的字段是可选的,那么可以插入新记录或更新记录而不向该字段添加值。此时,该字段将保存为 NULL 值。...需要注意的是,NULL 值与零值或包含空格的字段不同。具有 NULL 值的字段是在记录创建期间留空的字段。 如何测试 NULL 值? 使用比较运算符(如=、)无法测试 NULL 值。...使用 IS NULL 和 IS NOT NULL 运算符可以有效地处理数据库中的空值情况。 SQL UPDATE 语句 UPDATE 语句用于修改表中的现有记录。...演示数据库 以下是示例中使用的 Customers 表的一部分: CustomerID CustomerName ContactName Address City PostalCode Country...UPDATE语句用于修改数据库表中的记录,可以根据需要更新单个或多个记录,但务必小心使用WHERE子句,以防止意外更新。

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    【Python】基于某些列删除数据框中的重复值

    导入数据处理的库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多列组合删除数据框中的重复值') #把路径改为数据存放的路径 name = pd.read_csv('name.csv...从结果知,参数为默认值时,是在原数据的copy上删除数据,保留重复数据第一条并返回新数据框。 感兴趣的可以打印name数据框,删重操作不影响name的值。...从结果知,参数keep=False,是把原数据copy一份,在copy数据框中删除全部重复数据,并返回新数据框,不影响原始数据框name。...结果和按照某一列去重(参数为默认值)是一样的。 如果想保留原始数据框直接用默认值即可,如果想直接在原始数据框删重可设置参数inplace=True。...但是对于两列中元素顺序相反的数据框去重,drop_duplicates函数无能为力。 如需处理这种类型的数据去重问题,参见本公众号中的文章【Python】基于多列组合删除数据框中的重复值。 -end-

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    【Python】基于多列组合删除数据框中的重复值

    最近公司在做关联图谱的项目,想挖掘团伙犯罪。在准备关系数据时需要根据两列组合删除数据框中的重复值,两列中元素的顺序可能是相反的。...本文介绍一句语句解决多列组合删除数据框中重复值的问题。 一、举一个小例子 在Python中有一个包含3列的数据框,希望根据列name1和name2组合(在两行中顺序不一样)消除重复项。...import numpy as np #导入数据处理的库 os.chdir('F:/微信公众号/Python/26.基于多列组合删除数据框中的重复值') #把路径改为数据存放的路径 df =...apply(frozenset, axis=1):把取出两列中的行当做变量依次传到frozenset函数中去。 frozenset:冻结集合,不可变,存在哈希值。...从上图可以看出用set替换frozense会报不可哈希的错误。 三、把代码推广到多列 解决多列组合删除数据框中重复值的问题,只要把代码中取两列的代码变成多列即可。

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    「R」ggplot2在R包开发中的使用

    尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格的函数中)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法,但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...然而,提供一个 plot()用于一个对象的可视化总结帮助用户理解该对象是有帮助的。为了满足你的所有用户,我们建议写一个函数将这个对象转换为一个数据框(如果更加复杂,可以是包含数据框的列表)。...为了使用vdiffr,你需要将testthat[6](通过usethis::use_testthat()初始化)和vdiffr加入DESCRIPTION的Suggests条目。

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