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xarray系列 | 基于xarray和dask并行写多个netCDF文件

xarray的典型计算工作流程通常包括: 使用xr.open_mfdataset 或 xr.open_dataset(chunks=...)...读取单个或多个文件到 Dataset 对读取的输入对象执行一系列变换操作 使用to_netcdf方法保存结果 上述步骤通常会产生很大的nc文件(>10G),尤其是在处理大量数据时。...() dask计算图,点击可看大图 计算完成后,为了并行存储nc文件,需要将上述结果分割为多个对象: 创建分割函数将上述dataset对象分割为多个子dataset对象: import itertools...netCDF可是的写操作一直是xarray的痛点,尤其是在并行写和增量写文件方面。...之前也介绍过另一种文件格式 Zarr真的能替代NetCDF4和HDF5吗,在文件并行写和增量写方面非常友好,尤其是涉及到大文件时。

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国内气象人开发的基于Python的Grads文件解析利器

xgrads的主要功能是解析Grads文件为xarray对象,可以更好的利用xarray的高维数据分析和可视化功能,加速气象相关的数据处理、分析和可视化。以下是对此库的具体介绍。...网格分析和显示系统(GrADS或OpenGrADS)是一个广泛使用的软件,用于方便访问、操作和可视化地球科学数据。它使用后缀为.ctl的描述符(或控制)文件来描述原始二进制4D数据集。...ctl文件类似于NetCDF文件的头信息,包含了除了变量数据以外的所有维度、属性和变量的信息。 xgrads是为解析和读取GrADS常用的.ctl文件而设计的。目前,它可以解析各种.ctl文件。...from xgrads import open_mfDataset dset = open_mfDataset('....的兼容,利用此工具将grads文件解析为xarray对象可以更好的利用xarray的大量函数,更好的进行数据分析和可视化。

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    PowerBI从Onedrive文件夹中获取多个文件,依然不使用网关

    整个过程的PQ底层逻辑很清楚,使用一个示例文件作为函数,然后用这个函数遍历文件夹中的所有文件,最终将结果合并到一张表中: ? 发布到云端,还是遇到相同的问题,需要安装并打开网关: ?...同样还是前一篇文章中的“打开文件-信息-打开文件位置-复制路径”: ? 只不过这次我们应该复制到账号名的位置(即根目录)即可。...一共有三个,我们分别看一下微软文档中简介和从以上路径获取的信息: 1.SharePoint.Files ? SharePoint.Files获取的是文件,根目录下和子文件夹下的所有文件: ?...解决了上面两个问题,我们就可以使用SharePoint.Contents函数和获取的链接进行操作了: ? 获取了Onedrive中的所有文件夹,接下来导航到自己想要的文件夹,然后合并文件即可: ?...正如在这篇文章中说的: 从Power BI“最近使用的源”到盗梦空间的“植梦” 如果将所有的excel文件都放在onedrive中(强烈建议这么做),那么之后我们再想往模型中添加excel文件,只需要点击最近使用的源

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    【xarray库(二)】数据读取和转换

    ——(唐)元稹《离思五首·其四》 ” xarray 中的DataArray 和 Dataset 对象除了上节介绍过的直接手动创建之外,更多的情况下却是通过其他数据储存结构转换和存储在硬盘中的数据存储文件读取而来...pandas 数据类型转换和读取写入 pandas 若要由pandas对象转换为 xarray 对象或者由 xarray 转为pandas对象,可以对pandas[4] 对象使用to_xarray[5...]方法或者对 xarray 对象使用to_pandas[6]方法进行转换。...由于没有指定 index,则在默认情况下,index 默认为数字且从 0 开始,步长为 1....Zarr 能够以多种方式存储阵列,包括内存、文件和基于云的对象存储,如 Amazon S3 和谷歌云存储。Xarray 的 Zarr 后端允许 Xarray 利用这些功能。

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    【7】vscode不同的窗口样式和颜色插件peacock、设置打开多个窗口、md文件打开方式和预览以及插入目录

    1.peacockv插件scode不同的窗口样式和颜色 插件搜索: 使用快捷键 Ctrl+Shift+P 可以快速调出 Command Palette,输入 "Peacock:" 我们选择 "Peacock...Favorite Color",选择自己喜欢的颜色 1.1 启动窗口自动设置颜色: 设置----插件扩展--peacock----"peacock.surpriseMeOnStartup" 设置为 true 打开...:settings.json 进行设置 效果: 2.设置打开多个窗口 打开:settings.json 进行设置 添加 “workbench.editor.showTabs”:true,之后重启...vscode即可 或者 3. md文件打开方式和预览以及插入目录 3.1md文件打开方式 安装下面两个插件: 预览: 效果: 3.2 创建目录 插件下载: Auto Markdown TOC

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    R tips:使用lapply和do.call读取并合并多个文件

    在R中做数据处理时,数据导入导出是常见操作,对于导入而言,如果源数据保存在多个文件中,那么导入后首先就需要进行合并操作。 这个读取及合并操作可以使用lapply和do.call来完成。...先模拟几个数据文件,以用于导入### # 创建6个文件,每个文件有一个数据框,为一行三列数据,列名a,b,c dir.create("test") lapply(1:6, function(x){...,并使用do.call来调用rbind去合并6个文件### library(magrittr) # 读入数据 file_list %lapply(function(x){ read.table(x, header = T) }) # 使用rbind合并 do.call(rbind, file_list) #结果如下: #...file_list) #Error in match.names(clabs, names(xi)) : # names do not match previous names 这个时候,可以手动打开原文件

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    【基础知识】为python部署第三方库(设备可联网版)

    conda和pip两个命令具有同样的作用,都可以用来安装库,但我个人更加推荐优先使用conda命令进行安装,如果某个包conda没有,再尝试使用pip命令进行安装,具体原因后面有空会另开一篇进行对比。...conda install pkg_name #如conda install xarray pip install pkg_name #如pip install xarray conda install...pkg_name=xx #如conda install xarray=0.20.1,可以指定安装库的版本号 #02 逐个添加国内源 由于Anaconda的服务器在国外,所以conda命令相比pip.../anaconda/cloud/conda-forge/ proplot #指定清华源进行下载,其中-c可以换成--channels conda config --set show_channel_urls...这里仍以清华源为例: conda config --set show_channel_urls yes #生成.condarc文件 vim .condarc #编辑.condarc文件,将下面代码复制进去后

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    xarray | 如何将ORA-S5西太数据mat格式转为nc格式

    通过使用 Python 中的 scipy.io.loadmat 和 xarray 库,我们将构建一个 xarray.Dataset 对象,并最终保存为 NetCDF 文件。...id=1457906617809981442&otherId=1457906623216439298 打开网格文件 from scipy.io import loadmat # 打开数据 file_path...# 打开数据 file1 = '/home/mw/input/07251377/ORA-S5西太数据/oras5_201205.mat' # 使用loadmat函数加载.mat文件 mat_data...通过使用 Python 的 scipy.io.loadmat 和 xarray 库,我们成功地构建了一个 xarray.Dataset 对象,其中包含了诸如盐度 (salt)、温度 (temp)、u-方向速度分量...布置个小练习吧,你试试写一个脚本将多个mat文件批量转为nc 布置个小练习吧,你试试写一个脚本将多个mat文件批量转为nc

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    数据处理 | 使用cfgrib加载GRIB文件

    使用 cfgrib.open_datasets 能读取大部分 GRIB 1 和 2 文件,包括包含不同层次类型的文件 支持所有现代 Python 版本,包括 3.9,3.8,3.7,3.6 和 PyPy3...conda-forge 包安装 延迟和高效读取数据,节省内存占用和磁盘访问 允许使用 dask 进行大于内存的分布式处理 支持将坐标转换为不同的数据模型和命名约定 支持将 GRIB 文件的索引写入磁盘,...推荐使用 apps/python/3.6.3/gnu 环境。从 PyPi 网站中下载 cfgrib,attrs 和 cffi 三个包的 wheel 文件,将这三个包安装到本地用户目录。...cfgrib 存储从 GRIB 2 文件中筛选的要素场的元数据和索引信息,包括文件路径,消息起始偏移量。...高级特性 cfgrib 的 engine 支持 xarray 的所有只读特性,例如: 使用 xarray.open_mddataset() 将多个 GRIB 文件合并到一个单一的 dataset 使用

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    如何快速熟悉一个陌生的nc格式数据

    前言 首先,要快速熟悉一个陌生的nc格式数据,你可以使用Python中的xarray库。xarray是一个用于处理多维数组的强大工具,特别适用于处理带有标签的多维数据。...它提供了一种直观的方式来组织、分析和可视化数据,尤其适用于气候科学和地球科学领域的数据处理。 xarray库的核心数据结构是DataArray和Dataset。...通过使用xarray库,你可以快速加载、检查和分析nc格式的数据,以便更好地理解和利用这些数据。...接下来,我将为你提供一个简单的xarray库介绍,以帮助你更好地理解如何使用它来处理陌生的nc格式数据。...打开数据 import xarray as xr # 数据 f = '/home/mw/input/cru3546/cru_ts4.07.2021.2022.pre.dat.nc' # 打开数据集

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    龙行龘龘!如何批量提取wrfout变量存为nc

    为了更好地处理WRF模型输出数据(当然因为wrfout文件太大了!),我们经常需要批量提取其中的变量,并将提取的数据保存为NetCDF格式(.nc文件),这样可以方便我们后续的分析和可视化操作。...使用适用于 wrf-python 的 xarray 数据结构。将投影对象转换为字符串以便作为 NetCDF 属性使用。...:param xarray_array: xarray.DataArray :param output_path: str,输出文件路径 :param mode: str,文件打开模式(..., mode='w', format='NETCDF4', group=None, encoding=None): """将 xarray 写入 NetCDF 格式的输出文件 使用适用于...将投影对象转换为字符串,以便可以将其作为 NetCDF 属性使用 :param xarray_array: xarray.DataArray :param mode: 文件打开模式,默认为

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    除夕快乐 | xarray2024.11.0读取GRIB数据进阶

    本文将带你学习几个数据处理小技巧 三维数据读取 xarray数据写入GRIB格式 快速打印变量 三维变量可视化 安装依赖 # 推荐使用conda进行依赖管理 conda install -c conda-forge...将 DataArray 写入 GRIB 文件 import xarray as xr from cfgrib.xarray_to_grib import canonical_dataarray_to_grib...grib_keys = { "centre": 98, # 编码中心代码(例如中国气象局) "typeOfLevel": "surface", "level": 0, } # 打开文件句柄并以二进制写入模式写入...grib-notebook-read-grib-using-cfgrib/ https://www.showdoc.com.cn/meteva/3975601833484385 当然还有更多特性,例如同时打开多个...grib文件和使用dask加速处理等源自xarray的优势功能 这些留给有需要的同学自行探索吧 另外shortname 可以到以下网址查询 https://codes.ecmwf.int/grib/param-db

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    wrf-python 详解之如何使用

    使用 join 方法组合多个文件 使用join方法合并一系列文件时,会将文件/序列索引作为新数组的最左侧维度。...如果指定值的话,那么从每个文件中提取变量时,指定值将应用于每个文件。在具有多个时刻的多个文件中,这样做可能是没有意义的,因为每个文件的第 n 个索引可能表示不同的时刻。...对这三种绘图系统,当使用 xarray 时通过变量可直接确定地图对象,如果没有使用 xarray,可从 WRF 输出文件获取。 还包括直接从 xarray 切片中获取地理边界的函数。...# 从 netcdf 文件中获取地图对象 cart_proj = get_cartopy(wrfin=ncfile) # 从文件中获取地理边界,默认使用 XLAT, XLONG # 提供变量名,可以获取其栅格边界...移动嵌套 当嵌套区域是移动的时候,使用 cat 方法合并多个文件后,区域边界将是时间的函数;当使用 join 方法合并多个文件后,区域边界将是文件和时间的函数。

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    从 netCDF 文件导出到 *.csv 文件

    1、问题背景问题:需要将 netCDF 文件的数据导出到 *.csv 文件,但希望在不使用循环的情况下完成。目前使用的代码存在性能和代码可读性问题,因为使用了三重循环。...2、解决方案方法:为了解决上述问题,可以使用 xarray 库来将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式,然后使用 csv 库将表格格式的数据导出到 *.csv 文件。...xarray.open_dataset() 函数打开 netCDF 文件。...示例:import xarray as xr# 打开 netCDF 文件dataset = xr.open_dataset('path/to/netcdf_file.nc')# 导出数据到 csv 文件...代码可读性增强:使用 xarray 库可以简化代码,使其更加易于阅读和维护。局限性:如果 netCDF 文件中的数据量非常大,则可能需要对代码进行进一步优化以提高导出数据的速度。

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    从xarray走向netCDF处理(一):数据结构及数据读取

    安装 xarray的安装依旧推荐使用conda,还不会的小伙伴移步:一文教你解决Python所有安装配置 conda install xarray 在终端里输入如上命令,之后输入y,等待安装结束就好了...数据结构图示 数据类型的使用 读取数据: xarray.open_dataset()读取Dataset类型数据,即能读取多个物理量。...如果nc文件中含有多个物理量,用open_dataarray()读取会报错,因此建议统一都用open_dataset()来读取文件。...提取物理量 从文件中读取数据ds = xarray.open_dataset() 假如数据中含有一个名为var的物理量可以通过ds.var或ds[var]来获取 实例 此处使用的是ERA-Interim...# 取出ds中名为t2m的物理量,可以看到它的维度,坐标系,以及t2m有单位和名字两个属性 >>>ds['t2m'] xarray.DataArray 't2m' (time: 12, latitude

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