腾讯视频链接:https://v.qq.com/x/page/x3230xgj0x6.html
发表在Cancer Cell 2019 Sep的文章 PMID: 31474569:《Single-Cell Transcriptomics in Medulloblastoma Reveals Tumor-Initiating Progenitors and Oncogenic Cascades during Tumorigenesis and Relapse. 》
比如Nextflow、Snakemake等等,这方面的各种教程多如牛毛,我这里就不赘述了,大家根据关键词搜索即可自行学习。
但是读者多了之后我接受到的大家的反馈就是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件实在是太慢了,因为我做演示的服务器在境外,所以自己压根就没有意识到这点。但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可,高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法,就是参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好,然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件:
一些小伙伴根据我们提供的资料做出来了自己的系列笔记,比如新鲜出炉的一篇NC单细胞文章图表复现的7个笔记:
比如肿瘤异质性研究的标准思路(多组学+多位点取样),发表在 Clin Cancer Res 2021; 的 文章:《Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma》
现如今,随着互联网上提供免费视频的网站越来越多,但是为了让用户在体验上会不断的增强,在选择网站的时候还是要掌握好一些技巧,这样才能够在观看视频过程中越来越方便快捷,大大地提高了在这方面的体验感。接下来,由小编告诉你几个技巧,对选择还是很有帮助的。
我之所以注意到它,主要是他们做了芯片加上测序再结合qPCR,非常的保险。胞外囊泡的芯片分析共发现了85种差异circRNA分子,癌与癌旁组织的高通量测序分析发现了140种显著差异的circRNA分子。两种分析的结果中发现了3个circRNA变化趋势一致,最后又使用QPCR分析,如下所示:
去年,我们的Volume I成功发表40篇论文,获得60000多次阅读和下载量,效果良好,所以Frontier出版社主动联系我们积极筹办Volume II,现已开放在线投稿,欢迎赐稿主题为“计算表观遗传学”,与细胞重编程,人类疾病,细胞分化相关的计算表观遗传学方向的研究者不要错失良机。
如果这里面确实没有你需要的NGS技术,你需要做的仍然是看完我这些视频,搞清楚我是如何学习一个ngs技术的,然后把这个技能迁移到你自己的ngs数据。你会发现,万变不离其宗,本质上都是Linux能力,如何在服务器里面配置和管理软件,如何看各个软件说明书文档。
但是在高通量测序大行其道的这10年,困扰大家的问题在于如何从繁多的基因定位到少量的几个基因,这也就是数据挖掘的核心,缩小目标基因!各种数据挖掘文章本质上都是要把目标基因集缩小,比如表达量矩阵通常是2万多个蛋白编码基因,不管是表达芯片还是RNA-seq测序的,采用何种程度的差异分析,最后都还有成百上千个目标基因。如果是临床队列,通常是会跟生存分析进行交集,或者多个数据集差异结果的交集,比如:多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包 ,这样的基因集就是100个以内的数量了,但是仍然有缩小的空间,比如lasso等统计学算法,最后搞成10个左右的基因组成signature即可顺利发表。
每个癌症基本上都对应一个CNS文章,集中在2012年前后发表的,然后就爆发了2016年前后的TCGA数据库挖掘的大潮,但是TCGA官方在2018和2020自己团队就出了两次CNS子刊级别的TCGA数据库挖掘系列文章,基本上就断绝了TCGA数据库挖掘出好文章的可能性。
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了9讲,你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。
今天有一位小伙伴让我教他下载公众号,因为没有基础,我推荐了之前一番看过的一个python系列视频课程。
1、首先依次点击windows->preference->java->install JARs->选中你的jre->点击Duplicate
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今天给大家分享11个非常好用的资源、工具网站。不论你是做运营、设计,还是个人生活中的应用,甚至只是提升你在线冲浪的快乐感,你都值得拥有它们。
第一个 Nodejs 程序 本教程仅适合您已经有一定的JS编程的基础或者是后端语言开发的基础。 如果您是零基础,建议您先学一下老马的前端免费视频教程 第一步:创建项目文件夹 首先创建 demos 文件夹。然后在此文件夹下创建01_hello.js文件 # 以下是linux/mac下使用终端用命令行创建文件,windows下请直接用资源管理可视化鼠标操作 $ mkdir demos && cd demos # 创建 01_hello.js文件 $ touch 01_hello.js 第二步:编写 nodejs
无论是出于分享、娱乐或是教育的目的,视频都被广泛应用在社交平台、短视频APP甚至是新闻平台。与此同时,个人和自媒体对于视频剪辑软件的需求也随之增加。比如,你可能会想要将电视剧中的精彩片段截取出来混剪成一段有趣的视频后分享等,这就需要视频剪辑软件了。
对于初学者而言,应该从本手开始,本手的功夫扎实了,棋力才会提高。一些初学者热衷于追求妙手,而忽视更为常用的本手。本手是基础,妙手是创造。一般来说,对本手理解深刻,才可能出现妙手;否则,难免下出俗手,水平也不易提升。
文章数据分析流程图如下: 任务 如果你有R代码基础,那么你可能需要阅读我在生信技能树的甲基化教程列表: 01-甲基化的一些基础知识.pdf 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf 03-甲基化芯片
而且目前看来,中国疫情控制成果令人瞩目!不过这一点我是不敢居功的,虽然说大家的确宅家了,但是生信技能树B站的超50万学习量的免费视频教程合辑:https://space.bilibili.com/338686099/#/ 表现很一般,弹幕讨论也不多,所以肯定是有其它神奇的能力带领中国人民完成了这一壮举!
代码已上传至github github代码地址:https://github.com/Miofly/mio.git
如果是一个免疫组库项目,走igblastn或者MiXCR流程只需要800元人民币即可,但是如果要提供结果解读服务或者个性化的统计可视化,需要具体谈。都会提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据,一样的费用!我们会代替你跑如下所示的流程:
学过或正在学习MXNet框架的同学,一定很熟悉《动手学深度学习》这个课程。该课程算是第一个最硬国语版讲解深度学习的课程(从理论到实战)。Amusi记得该课程首次推出是2017年9月,紧跟着吴恩达大佬的《DeepLearning.ai》课程发布。
2020年开年就战火纷飞,注定这绝对是不会让你轻松忘记的一年,数据库也迎来了新类型。
亲爱的朋友们,在这个粉丝稀少的年代,承蒙各位丰厚的鼓励和支持。过去的几个月里,我开始尝试录制视频作品,做PPT,学习视频录制、剪辑软件、注册课堂到审核通过发布。实话讲,相比录制视频的繁琐程序,使用敲打文字来沉淀自己的思想更让我有愉悦感,今后我会更专注地写更多的小文分享给大家。但对于入门一个工具软件来讲,文字的效果的确远不及视频。在几位忠实读者的建议下,我录制了三季视频课程,全长约 8 个小时。通过它,我也迈出了知识变现的第一步。
前提是需要已经购买课程,把购买下载过得加密视频进行导出,还需要使用原有播放器播放。
但是实际上肿瘤外显子队列是很烧钱的,通常来说,一个肿瘤病人需要测50X的血液加上200X的肿瘤,基本上3000块钱是跑不了的,100人的队列就是三十好几万了。而且收集100个肿瘤病人也只能说是背靠大医院平台了。
这是一个广告营销案例、文案策划案例的宝藏网站。上面有全世界多个行业的品牌营销案例,支持多个维度搜索,包括热门搜索、营销日历搜索、品牌搜索等等。
一款程序员的工具箱,里面包含非常多实用工具,不仅有各种程序相关功能,还有很多不懂程序人也能用的简易功能。PHP在线加密工具、在线网页工具、JSON格式转化转换工具
大海:不是哦。{"A".."z"}虽然包含了所以英文字母,但同时也还包含其他的一些标点符号,还记得我们在视频《不要只会照猫画虎,这个免费视频彻底理解PQ的字符编码!》里讲的方法吗?我们可以查一下A到z之间包含了哪些字符:
Free-Tensorflow Tensorflow 免费中文视频教程,开源代码,免费书籍. 官方教程 官方介绍 https://tensorflow.google.cn/ 安装教程 https://
Shotcut 是一款免费开源的跨平台视频编辑软件,具有直观的用户界面和强大的功能。它支持各种常见的视频和音频格式,提供了丰富的编辑工具和效果选项,适合从初学者到专业人士的各种需求。
问题描述:在使用matplotlib绘图时,一般会自动设置坐标轴刻度。很多时候,这个自动设置并不合适,用户更希望绘制结果的坐标轴上只显示有效刻度,也就是只显示有对应值的刻度。
Photopea https://www.photopea.com/ Photopea 是一个非常实用的在线 PS 网站,是一个与 PS 电脑软件相似度非常高的在线 PS 网站,是一个免费并且非常强大的高级图像编辑器。 它支持打开 PSD,XCF,SKetch,XD,CAD文件。
平时有接触很多学员,但印象最深的却是这一位。刚接触时感觉他很着急有很多顾虑,常常一个问题没说完又马上跳到另一个问题,他最纠结的问题是马上要毕业了,突然发现自己在学校里学的理论知识找工作根本用不上,想要赶紧用剩下的半年时间猛补技术,不知道自己应该报班学习还是通过视频自学,鉴于他学习能力很强,之前又有基础,我建议他先试着通过视频自学,之后半年多没联系,他突然发消息说自己已经入职了一家大型互联网企业,现在月薪可观,很感谢之前的建议,他说知道很多人和他一样想自学,他走过一些弯路,所以想跟大家聊聊怎么自学编程才能减少误区!
很久很久以前,在公众号里推送过一个抓狐狸游戏,详见Python编写人机对战小游戏(抓小狐狸),还有免费视频可以看微课|中学生可以这样学Python(例4.6):抓小狐狸游戏,今天再给出另一个版本的实现。
利用物联网技术,围绕设施化畜禽养殖场生产和管理环节,通过智能传感器在线采集养殖场环境数据(二氧化碳、氨气、硫化氢、温湿度等)同时集成或改造现有的养殖环境控制设备。可通过手机、电脑等信息终端向管理者推送实时监测信息、报警信息。
这是群里一个朋友的提问,算是一个大家可能会遇到的坑,可以了解一下。即:
工欲善其事必先利其器。业务分析也一样,不过,利器未必是复杂之器,都江堰就没有什么特殊复杂的设计,但是效果是杠杠的。业务分析也一样,BPMN和数据模型,组合起来就能产生非常好的效果。所以,我经常跟人讲,业务架构门槛很低,进门非常容易,但是天花板足够的高,多好的领域,门槛低,天花板还高,空间广阔。
问题描述:当前文件夹中有一文件data.txt,其中包含一些自然数,每行一个。要求编写程序,读取data.txt中的所有自然数,将其升序排序之后写入新文件data_new.txt中。
Allavsoft for Mac是一款MacOS系统上的专业视频下载工具,支持任何视频文件格式的转换,支持从Facebook,Yahoo Video,Google Video,DailyMotion,eHow等各种视频分享网站下载视频。Allavsoft支持将视频下载和转换为流行的视频格式。
在一个月黑风高的晚上,突然想把自己正在看的视频下载下来,又苦苦找不到下载的选项(类似于B站这些视频),突然想能不能用手边的python去解决这个问题,于是花了行哥毕生2秒的时间终于搜索到了这一答案,特地在此分享给各位小伙伴
通常情况下,我们认为转录因子在某个基因的启动子区域结合是调控关系,靶基因。但是这个SATB2居然绝大部分的结合位点都不是各个基因的启动子区域,就很尴尬了。不过,研究者综合motif 富集分析发现了肠道关键转录因子CDX2,HNF4A和转录调控过程中发挥重要作用的转录激活因子P300,提示SATB2可能与CDX2和HNF4A共同参与了增强子激活靶基因的转录调控。
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众所周知,现在移动端流量占比是越来越重,尤其是app抢占了大量的移动端入口流量,而搜索引擎中移动端的流量也不容忽视,前面本渣渣有分享过百度搜索下拉词的挖掘采集工具及源码,今天就为大家分享Python百度移动端搜索下拉词采集工具及源码。
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