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生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

“能用代码解决的问题就不要手动去数”mpg直接查看dim(mpg)都可以解决(3)变量drv的意义是什么??mpg(4)使用hwy和cyl绘制一张散点图。...(1)此时颜色不会传达关于变量的信息,仅仅改变图的外观(2)手动设置图形属性时,是将其作为几何对象函数的一个参数,位置在aes()函数的外面(3)图形属性要是有意义的值,例如颜色名称是一个字符串color...ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, color = displ 问题用ggplot...创建ggplot2图形时+放在一行代码的末尾解决问题的方法1.5 分面将图分割成多个分面1.5.1 通过单个变量对图进行分面facet_wrap()后面跟的是离散型变量ggplot(data = mpg...哪些参数可以控制它的行为?(5)在比例条形图中,我们需要设定group = 1,这是为什么呢?换句话说,以下两张图会有什么问题?

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    一元线性回归

    ⑴简单线性回归 首先可以考虑最简单的情况,也即只有一个自变量和一个因变量。...⑵多项式回归 虽然各种检验结果均是显著的,但是上面的结果并不是很完美,因为我们从数据点的分布很明显看出weight关于height不完全是线性关系,这时候我们可以添加一个二次项来进行多项式回归: fit2...同样我们可以作图展示: ggplot(women, aes(x=height, y=weight)) + geom_point(size=2) + geom_smooth(method=lm,...里面通过geom_smooth()函数可以很方便的添加数据的回归线。...在构造的多项式里,x与x^2并不一定是独立的,这有可能会产生附加问题,另一种方法是使用poly()函数产生正交多项式,如下所示: library(ggplot2) N=300 x=1:N+rnorm(N

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    R-ggplot2 绘制带颜色条的相关性散点图

    本期推文就介绍一篇关于使用ggplot2 绘制带有颜色映射的相关性散点图,本期涉及的知识点如下: stat_bin_2d()绘制密度颜色映射 geom_smooth() 绘制拟合线 颜色映射相关性散点图绘制...这里大部分和推文R-ggplot2 学术散点图绘制 中的绘图技巧一样,下面我直接给出代码,如下: #绘图 + 颜色 library(tidyverse) library(RColorBrewer) library...0,10,20,30,40), labels=c("0","10",'20','30','>40'))+ #绘制拟合线并设置为红色 geom_smooth...0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))) plot2 知识点01:使用stat_bin_2d(binwidth = c(.012,.012)) 设置颜色映射属性 知识点02:使用geom_smooth...(图中colorbar的位置、字体都是可以自由设置的啊) 总结 使用R-ggplot2绘制学术图表确实可以避免Python-matplotlib需要自定义设置问题,提高绘图效率。

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    超简单的置信区间拟合散点图绘制方法推荐~~

    这里小编使用R和Python分别绘制,主要内容如下: R-ggplot2::geom_smooth()函数绘制 Python-seaborn::lmplot()函数绘制 R-ggplot2::geom_smooth...()函数绘制 小编这里将结合R-ggpubr包进行必要图表元素的的添加,首先,我们使用ggplot2进行基本的绘制,如下: 「样例一」:单一类别 library(tidyverse) library(ggtext...::geom_smooth(method = 'lm') 可以看出:使用ggpubr::stat_regline_equation() 和ggpubr::stat_cor() 分别添加了拟合公式和R和P...以上就是简单的介绍如何使用R和Python绘制带有拟合区间的散点图,更多详细资料可参考:ggplot2::geom_smooth()[1]seaborn.lmplot()[2] 总结 本期推文小编简单介绍了如何绘制在散点图上显示其线性模型线性模型的拟合结果及其置信区间...,同时也比较了R-ggplot2和Python-seaborn绘制图表的不同,希望小伙伴们可选择适合自己的工具进行可视化图表的绘制。

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    「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

    patchwork是基于ggplot2的拼图包,因为ggplot2本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...下面进入正题,掌握好ggplot2与patchwork的基本用法,一般的图形都可以搞定了,并必要搞的很复杂。解决问题是关键,认真工作也是关键,画图看起来是,其实不是。...安装 # 需要提取安装好devtools包, # 如果你解决安装和载入包很麻烦,可以试试pacman包,我在简书写了介绍和简单使用 devtools::install_github("thomasp85...增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形: p3 ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 ggplot(mtcars) + geom_bar...image.png 括号也是可以的: p3 ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 ggplot(mtcars) + geom_bar

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    还有这样的拟合操作!?这个可视化工具太牛了~~

    ()和geom_dumbbell() 等优秀绘图函数,接下来,小编详细介绍这这几个绘图函数,内容如下: geom_xspline() 该绘图函数主要用于使用X样条连接控制点的样式,这里和ggplot2的...geom_smooth()函数进行比较,首先看一下原始的可视化样式: geom_line()+geom_point() # 构建数据 set.seed(1492) dat <- data.frame(x...() 添加拟合函数geom_smooth()的结果: + geom_line(size=1) + geom_point(shape=21,size=5,colour="black") + geom_smooth...() 当然,你也可以通过修改geom_xspline()函数的参数进行,如下: + geom_point(shape=21,size=5,colour="black") + geom_smooth(...总结 今天小编简单介绍了R-ggalt包 的几个常用的绘图函数,特别是其geom_xspline() 提供了多个拟合样式和参数设置,非常的好用,希望对小伙伴们有所帮助~~ 参考资料 [1] R-ggalt

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    跟着PNAS学画图:R语言ggplot2分组添加拟合曲线

    这篇论文的数据和代码是公开的,链接是 https://github.com/CPop-SDU/sex-gap-e0-pnas,我们按照他提供的代码和数据试着复原一下论文里的图。...ggplot2作图 df4qx %>% pivot_wider(names_from = sex,values_from = qx) -> dftemp 最基本的图 library(ggplot2...,我这里就跳过了,因为我的电脑没有这个字体 接下来做细节调整 添加一条水平辅助线 dftemp %>% ggplot(aes(age,y=m/f,color=country))+ geom_smooth...小明的数据分析笔记本 今天推文的示例数据和代码可以在公众号后台留言 20210829 获取 (精确匹配开头结尾都不能有空格) 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子...后记 今天发现视频号和公众号现在可以带货了,京东和拼多多平台的商品可以生成我自己的链接,如果有人通过这个链接购买商品 我就可以得到相应比例的佣金。

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    「R」使用 ggplot2 进行曲线拟合

    有读者询问如何对散点图拟合非线性的曲线。实际上我们通常看到的无论是直线拟合还是各种曲线拟合都属于广义线性模型。 这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...<- data.frame( x = x, y = y ) 使用 ggplot2 绘制散点图: library(ggplot2) p ggplot(df, aes(x, y)) +...geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth() 对散点进行平滑拟合,默认使用的是 loess 方法。...p + geom_smooth(method = "lm") #> `geom_smooth()` using formula 'y ~ x' img 如果针对的是非线性回归,而我们已经看到了大致的模式...p + geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ I(x^3)) 除了直接 geom_smooth() 进行拟合,还可以先使用 lm() 建立模型,生成对应的值

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    ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

    4.3 ggplot2简介 4.3.1 ggplot2和图形语法 ggplot2可以用来创建优雅的图形,由于它的灵活,简洁和一致的接口,可以提供美丽、可直接用来发表的图形,吸引了许多用户,特别是科研领域的用户...对象p是类ggPlot的R S3对象,由数据和其他包含关于该图的信息的组件组成。我们可以使用Summary()函数访问信息的详细信息,以跟踪确切使用了哪些数据以及变量是如何映射的。...实际上,在ggplot2中,除了颜色之外,我们还可以使用大小、形状、笔划(边界的厚度)和填充(填充颜色)来区分适当绘图中的分组。...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴 坐标系的用途是在计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。在ggplot2中可用的不同坐标系中,笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。...4.3.3.4 添加标签图层以更改标题和轴标签 默认情况下,由ggplot2创建的绘图没有任何标题,并且带有与绘图中使用的变量名相对应的轴标签。

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    (数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

    一、简介   ggplot2是R语言中四大著名绘图框架之一,且因为其极高的参数设置自由度和图像的美学感,即使其绘图速度不是很快,但丝毫不影响其成为R中最受欢迎的绘图框架;ggplot2的作者是现任Rstudio...图中可能还有分组,就是生成关于数据的不同子集的图形。...使用ggplot2绘图的过程就是选择合适的几何对象、图形属性和统计变换来充分暴露数据中所含有的信息的过程;   因为ggplot2绘图语法风格的迥然不同,使得其学习成本比其他绘图包(包括基础绘图框架)要高不少...,在刚开始上手的时候可能稍有难度(而且官网的帮助内容比较不友好),而本文也是我在日常使用和与别人交流中摸索和总结出来的,将对ggplot2的绘图语法和绘图部件进行介绍,并附以常用的一些图形示例;   下面我们就来探索...xlab,ylab:设置x轴与y轴的名称 三、ggplot2的图形图层语法   图形图层语法是ggplot2的语法基础,它使得图形的重复更新变得更简单灵活,在遇到新问题时也许只需要照搬之前堆砌成的一个优美图形全部代码再稍加修改即可直接使用

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