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没有docker我真的不想动这样的生信软件

,不过,有些软件仅仅是安装并没有用,还需要下载配套数据库,比如 HOMER的motif寻找,数据库文件也是几个G,如果是在海外,下载的网速也是一个问题。...这个时候docker是一个解决方案 它不仅仅是帮你安装软件,还打包好测试数据,运行的示例,配套数据库,甚至还赠送你一个操作系统!...希望你也可以学会 跟着jimmy学docker系列之第2讲:一个软件一个容器 跟着jimmy学docker系列之第3讲:为何不创建自己的docker容器呢?...跟着jimmy学docker系列之第4讲:docker容器资源调度问题(MAC版本) 使用+Docker分析RNA-Seq与ChIP-Seq Docker应用之一键化安装Wordpress(无需代码基础...: https://github.com/ShixiangWang/install_GISTIC https://hub.docker.com/r/shixiangwang/gistic

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Docker容器——在Github上面的一本关于Docker的书籍

Docker容器——在Github上面的一本关于Docker的书籍Docker 技术入门与实战> 背景 日常我们开发时,我们会遇到各种各样的奇奇怪怪的问题(踩坑o(╯□╰)o),这个常见问题系列就是我日常遇到的一些问题的记录文章系列...开发环境 库:docker_practice 官网:yeasy.gitbook.io/docker_practice/ 内容 本节分享一个在Github上面的一本关于Docker的书籍,它适合具备基础...前六章为基础内容,供用户理解 Docker 的基本概念和操作;7 ~ 9 章介绍包括数据管理、网络等高级操作;第 10 ~ 12 章介绍了容器生态中的几个核心项目;13、14 章讨论了关于 Docker...后续章节则分别介绍包括 Etcd、Fedora CoreOS、Kubernetes、容器云等相关热门开源项目。最后,还展示了使用容器技术的典型的应用场景和实践案例。...在线阅读:docker-practice.com,GitBook,Github 离线阅读:$ docker run -it --rm -p 4000:80 ccr.ccs.tencentyun.com

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    利用别名简化进入docker容器数据库的操作

    之前研究docker和数据库的交互,越发对docker这个东西喜爱了。因为平常偶尔会用到各类数据库测试环境验证一些想法,需要进一步简化进入到这些环境的步骤。...比如我现在有三套docker容器数据库测试环境: MySQL 5.7 MySQL 8.0 Oracle 19.3 使用docker ps查看具体信息: CONTAINER ID IMAGE...exec一条命令,进入对应容器环境的数据库SQL操作界面: docker exec -it mysql mysql -uroot -p docker exec -it mysql57 mysql -uroot...mysql57 mysql -uroot -p' alias sql='docker exec -it testdb sqlplus / as sysdba' 另外mysql默认有密码:第一次容器运行的...,或是搞坏了某个容器环境重新建立一个,只要名字还维持之前的,就不需要改啥配置。

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    深度:为什么中国数据库领域没有出现像Snowflake这样的巨头?

    毕竟很多东西只能慢工出细活,大刀阔斧的做事可能会把诸多细节忽略。 既然中国的工程师都这么高效,为什么中国在数据库领域目前还没有出现像 Snowflake 这样的巨头?...这导致投资者倾向于寻找具有宏大叙事的项目:创始团队最好是来自 BAT 这样的大型公司的高管,而他们的产品最好是美国已上市公司的对标,或是大家都能看得到的大赛道。...毕竟,在中国,通过收购方式退出的案例相对较少,还没有形成完善的体系。因此,如果投资者不寻找这种宏大叙事的项目,就很可能无法收回本金。...实现各个阶段的指标其实是相当具有挑战性的,这就要求创业公司必须在产品方向、工程开发、客户需求等方面做出权衡。无论根据何种指标,总的方向都是寻找投资回报比最高的路径。...在这样的市场环境下,很难出现中国公司常常喜欢的大一统数据库。

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    Docker 业务流程的概述以及用处

    然而,一个应用程序通常是在其架构中是多层的,这意味着多层之间有着依赖关系,依赖性的性质可以是从网络连接和远程API调用到应用程序层之间的消息交换。因此,应用程序是一组具有特定配置的不同容器。...基于TOSCA(云应用程序的拓扑结构和业务流程标准),这个编排计划描述了组件及其生命周期和组件之间的关系,特别是涉及到复杂的拓扑结构时。这包括什么与什么有关,什么主持什么,以及其它这样的考虑。...但后来我们意识到,对于具有依赖性的容器,我们需要具有运行时属性。例如为了创建容器或者对应容器的IP导入。当我们创建一个应用服务器容器时,我们需要数据库容器的端口和IP。...所以我们可以配置容器的创建,并使用了TOSCA关系预先配置挂钩,以获得在运行时的相关容器的信息。 将运行时信息公开到具有依赖关系的容器的方法是将它们设置为环境变量。...它们由两台主机组成,在本例中,Cloudify并没有创建,而是直接插入并安装了代理。一个是MongoD的容器,一个MongoD的进程。

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    通过端口来接Docker中的CentOS容器MySQL数据库

    宿主机(Mac)连接Docker中的CentOS容器MySQL数据库 #1 环境及需求 #1.1 环境 Navicat for Mac Docker -CentOS 6.9 -MySQL 5.7...#1.2 需求 在宿主机(Mac)上面远程链接Docker中CentOS容器里面的MySQL数据库 #1.3 基本配置 MySQL的安装和配置,请看上一篇博客 https://blog.csdn.net.../Coxhuang/article/details/103837993 #2 开始 #2.1 创建CentOS容器 创建容器 docker run -it -p 33060:3306 centos:addmysql.../bin/bash # 命令注释: # -p: 开放端口号 # 33060:3306: 冒号前面是宿主机的端口,冒号后面是容器的端口,意思就是在宿主机访问33060就会映射到宿主机的3306端口 ╭...正是172.17.0.2,是CentOS的3306端口没有开放,不允许远程连接 #2.3 配置MySQL允许远程连接 进入MySQL mysql -u root -p 修改MySQL配置 grant all

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    使用DCHQ自动部署和管理Docker Cloud 虚拟Java微服务

    一旦配置好了应用程序,用户就可以: 监视正在运行的容器的CPU,内存和I / O, 获取通知和提醒, 访问应用程序备份,自动缩放工作流及插入工作流来更新正在运行的容器。...因此,您需要选择一个代理将用于执行Docker映像构建的集群。如果还没有创建集群,请参阅本节以注册正在运行的主机或自动配置新的虚拟基础架构。...cluster_size和主机参数,用于跨多个主机进行HA部署 您会注意到cluster_size参数允许您指定要启动的容器数量(具有相同的应用程序依赖性)。...{{图片名称| container_ip}} - 允许您输入容器的名称作为环境变量的值。这对于允许中间件层与数据库建立安全连接(不暴露数据库端口)非常有用。...{{图片名称| container_private_ip}} - 允许您输入容器的内部IP作为环境变量的值。这对于允许中间件层与数据库建立安全连接(不暴露数据库端口)非常有用。

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    什么是Docker的编排?它到底意味着什么?为什么我们需要它?

    因此,应用程序也是一组具有特定配置的不同容器。这也就是为什么您需要一种方法来将您的应用程序整合在一起。...编排器将会处理两件事: 容器创建的时机 - 因为容器需要按照依赖性的顺序创建 为了允许容器之间能够相互通信所需要的配置 -正因为这样,编排器需要在容器之间传递各自容器运行时的属性。...所以Cloudify大部分情况下都会采用这个TOSCA编排计划(在Cloudify中称为蓝图),并使用遍历组件图或使用这个组件计划向代理发布命令的工作流。...但后来我们意识到,对于具有依赖性的容器,我们需要它的运行属性来进行下一步的操作。我们拿创建容器时采取的对应容器IP导入来作为例子。...因为当我们创建一个应用服务器容器时需要数据库容器的端口和IP,所以我们把容器的创建推送到了配置事件上,并且使用了一个TOSCA关系的预配置引导用来在运行时获取相关容器的信息,这样我们就可以解决这个问题了

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    假如服务器上没有 Docker 环境,你还能愉快的拉取容器镜像吗?

    你是否曾经遇到过需要在没有安装任何 Docker 客户端的机器上拉取容器镜像这样变态的需求呢?如果有,你当时又是如何解决的呢?今天我们就来给大家介绍几种另辟蹊径的方法来实现这样的需求。...项目地址:https://github.com/NotGlop/docker-drag 安装 docker-drag docker-drag 其实就是一个 Python 脚本,目前版本总共才 168 行代码...项目地址:https://github.com/moby/moby 它的使用基本上和 docker-drag 类似,大致有如以下几步所示。...dp 使用 Go 语言开发,天生具有良好的跨平台性。相对于前两个工具来说更容易在多平台上部署使用,而且 dp 还支持将多个镜像打包在一起。...客户端的前提下拉取容器镜像的方法。

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    6 利用Docker .NET应用程序模板制作您的容器应用程序(第2部分)

    这样,您可以确保跨不同主机(或区域)的应用程序服务器群集具有高可用性,并且您可以遵守关联性规则以确保数据库在单独的主机上运行。...如果没有指定生命周期,那么通过: on_create:创建容器时执行插件。 on_start: 在容器启动后执行插件。 on_stop: 在容器停止前执行插件。...[图片] 用新镜像替换(重新部署)容器 对于希望通过重建包含应用程序代码的Docker镜像容器模型的开发人员来说,HyperForm提供了一个自动化的容器替换工作流程,该工作流程将注册表中的最新镜像替换为最新的...,那么自定义脚本插件 可以被调用来进行这样的更新。...,以实现服务发现,即时集装箱化和应用程序存储自动化,以及数据注入以支持复杂的应用程序依赖性。

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    自托管应用集大成,内容管理自动化 | 开源专题 No.93

    发布 网站监控 可主题化 为移动设备优化 快速轻量级 极少的 JavaScript,没有庞大的框架 非常少的依赖性 单个、易分发的 的 Docker 容器 所有请求都是并行的...该项目具有以下优势: 前后端分离,界面美观 简化功能和设置 美观易用的用户界面 安装方面需要先安装 CookieCloud 插件并同步站点信息,在配套下载器和媒体服务器上使用 可通过 Docker 镜像或本地运行进行安装配置...主要功能、关键特性和核心优势如下: 提供简单的 Web 界面,实现轻松安装和维护 包含简便更新和备份通知 可以通过 AIO 接口启用每日备份,并自动更新所有容器、Nextcloud 及其应用程序 支持从备份存档中恢复实例...集成了各种可选组件,如 Office 功能、Talk 录制服务器等 具有高性能后端支持文件管理及聊天服务 TagStudioDev/TagStudiohttps://github.com/TagStudioDev...为用户提供自由灵活的文件组织方式 支持标签组合等强大的组织方法 不依赖专有程序或格式,不产生海量附加文件,不改变现有文件结构和工作流程 支持跨平台、多用户设置以及拥有大型库(几 TB)的用户 美观易用,

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    Docker 编配 ...它是什么意思,为什么你会需要它

    因此,应用程序是一组具有特定配置的不同容器。这就是为什么你需要一种方法来把你的应用程序粘贴在一起。...基于TOSCA(云应用程序的拓扑和编配标准),这个编配方案描述了组件及其生命周期,以及组件之间的关系,特别是涉及到复杂的拓扑时。这包括什么与什么相连接,什么host了什么,以及其他这样的考虑。...Cloudify基本上采用这个TOSCA编配方案(在Cloudify中称为blueprint),并使用遍历组件的图(graph)或这个方案的组件并向代理发布命令这样的工作流来实现这个方案。...我们从Create开始使用 - 创建一个容器,我们没有在一开始时就去实现配置,并开始运行应用程序。...但后来我们意识到,对于具有依赖性的容器,我们需要有运行时的环境属性,比如为了创建容器,我们需要导入相应容器的IP。当我们创建一个app服务器容器时,我们需要端口和数据库容器的IP。

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    如何在Mysql的Docker容器启动时初始化数据库

    第二种在Spring Boot客户端连接Mysql容器时初始化数据库,你可以参考使用 flyway 进行数据库版本控制一文,但是这依赖客户端的能力。能不能做到Mysql容器启动时就自己初始化数据库呢?...默认情况下它们会初始化在启动容器时声明的 MYSQL_DATABASE变量中的数据库中,例如下面的命令会初始化一个REGION_DB 数据库: $ docker run --name some-mysql...-e MYSQL_DATABASE=REGION_DB -d mysql:tag 如果你的启动命令没有指定数据库那么就必须在数据库 DDL 脚本中声明并指定使用该数据库。...本来我没有配置第三行,结果运行容器后发现初始化数据的中文全部乱码了。所以需要在初始化数据库前修改Mysql的编码等配置,这里我顺便把时区也改为了+8:00。 第四步,复制包含数据库脚本的 ....第五步,使用 mv 命令把第四步拷贝的文件夹下的所有.sql文件复制到 /docker-entrypoint-initdb.d下,这样才能利用2.章节的机制进行初始化数据库。

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    0499-如何使用潜水艇在Hadoop之上愉快的玩耍深度学习

    为了使分布式深度学习/机器学习应用程序易于启动,管理和监控,Hadoop社区启动了Submarine项目,同时还包含一些其它的改进比如GPU支持,Docker容器支持,容器DNS支持,调度改进等。...通过升级到最新的Hadoop,用户现在可以在集群上直接使用ETL/Streaming作业运行深度学习。这样可以轻松访问同一集群上的数据,从而实现更好的资源利用率。 ?...在YARN管理页面中,你可以打开自己的任务链接,查看任务的docker容器使用情况以及所有执行日志。 ? 有了这个强大的工具,数据科学家不需要了解复杂的YARN或如何使用Submarine计算引擎。...你可以在Zeppelin中使用Azkaban的作业文件格式。编写具有依赖性的多个notebook任务。 ? Azkaban可以在zeppelin中调度这些有依赖性的notebooks ? ?...6 Hadoop Submarine安装器 由于分布式深度学习框架需要在多个Docker容器中运行,并且需要能够协调容器中运行的各种服务,同时需要为分布式机器学习完成模型训练和模型发布服务。

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    5种常见的Docker Compose错误

    当人们第一次采用容器时,他们倾向于采用现有的工作流程,只添加一个docker build步骤。...解决方案:在 Docker 外运行你的代码 一种方案是在 Docker Compose 中启动所有依赖项,但在本地运行你正在积极处理的代码。这模仿了开发非容器化应用程序的工作流。...例如,你的 Web 应用可能依赖一个数据库,如果 Web 应用启动时数据库还没有就绪,那么它就会崩溃。 解决方案:使用depends_on depends_on使你能控制启动顺序。...如果你觉得自己的开发工作流由于 Docker 没有以峰值容量运行而变得迟缓,那么可以参考以下几点。...人们拥有成百上千的卷、旧的容器镜像以及如果不小心有时还会运行的容器,这并不少见。这就是为什么我们推荐偶尔运行docker system prune,删除当前没有使用的所有卷、容器和网络。

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    Argo CD系列视频图文版之Github 实现全自动化 CICD

    流程规划 flask-demo 提交代码后,自动构建容器镜像,并将制品推送到 docker hub 中,再触发 flask-demo-kustomize action,修改部署清单仓库中的镜像地址。...添加 docker hub 账号密码 为不在工作流中暴露认证信息,需要将 docker hub 账号密码以 secret 的形式存储在源码仓库中。 账号密钥 2....添加触发 CI 的 Token 我们需要源码仓库的工作流自动触发部署清单仓库中的工作流,此时需要创建具有 workflow 权限的 Personal access token。...创建 github workflow 该工作流由下面几个步骤组成: 下载源码到当前目录 登录 docker hub 打包源码镜像并推送到镜像仓库 触发 flask-demo-customize 的工作流...ArgoCD 官方强烈推荐的最佳实践,也差不多是这样的。但是,我们仍然有问题需要解决,这也是 Gitops 中的一个重点。

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    Docker Compose 5种常见错误

    当人们第一次采用容器时,他们倾向于采用现有的工作流程,只添加一个docker build步骤。...解决方案:在 Docker 外运行你的代码 一种方案是在 Docker Compose 中启动所有依赖项,但在本地运行你正在积极处理的代码。这模仿了开发非容器化应用程序的工作流。...例如,你的 Web 应用可能依赖一个数据库,如果 Web 应用启动时数据库还没有就绪,那么它就会崩溃。 解决方案:使用 depends_on depends_on使你能控制启动顺序。...如果你觉得自己的开发工作流由于 Docker 没有以峰值容量运行而变得迟缓,那么可以参考以下几点。...人们拥有成百上千的卷、旧的容器镜像以及如果不小心有时还会运行的容器,这并不少见。这就是为什么我们推荐偶尔运行docker system prune,删除当前没有使用的所有卷、容器和网络。

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    Docker Compose 5种常见错误

    当人们第一次采用容器时,他们倾向于采用现有的工作流程,只添加一个docker build步骤。...解决方案:在 Docker 外运行你的代码 一种方案是在 Docker Compose 中启动所有依赖项,但在本地运行你正在积极处理的代码。这模仿了开发非容器化应用程序的工作流。...例如,你的 Web 应用可能依赖一个数据库,如果 Web 应用启动时数据库还没有就绪,那么它就会崩溃。 解决方案:使用 depends_on depends_on使你能控制启动顺序。...如果你觉得自己的开发工作流由于 Docker 没有以峰值容量运行而变得迟缓,那么可以参考以下几点。...人们拥有成百上千的卷、旧的容器镜像以及如果不小心有时还会运行的容器,这并不少见。这就是为什么我们推荐偶尔运行docker system prune,删除当前没有使用的所有卷、容器和网络。

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    临时工说:Docker 容器化数据库中的骗局和骗子们,你真的需要 database in Docker

    只要一提到 database with docker 的话题,基本上被提到的不是云厂商,就是京东等一些互联网公司,为什么他们要进行数据库容器化。...因为量多,而相对于这两种数据库,其他数据库产品Docker 化的进度就非常低,Oracle Docker化的基本没有听说,当然SQL SERVER 本身Docker 化的更没有听说。...,那么此时骗子就形成了,因为要折腾,要体现自己的价值,不管自己的公司是否有这个需求,也要上这个需求,把DOCKER 数据库包装成一个金矿,降本增效,开源节流,合理使用资源,当然PPT的 骗子们一定具有把老板骗的晕头转向的能力...数据库容器化,这里并未全盘否定,无脑的数据库容器化,才是此篇文章要讽刺的,并且让一些看似高端,实际是虚有其表,内涵其他意图的people的实际意图进行展露,上文中已经将一些需要数据库DOCKER化的场景进行了分析...,再次重申这里抵制的无脑的数据库DOCKER化和任意数据库均可DOCKER化 这样的说法,因为太不负责,这样的言论和现在,抖音视频上一个劲的告诉你银行存钱跑不赢通胀,而他后面的东西才是司马昭之心。

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