具有特定输入格式的染色体热图
染色体热图是一种用于可视化染色体结构和基因组信息的图表。它通过将染色体的不同区域表示为不同颜色的矩形块，来展示染色体上的基因分布、染色体结构和染色体间的相似性。
染色体热图的输入格式通常是一个基因组数据文件，其中包含了染色体的序列信息和基因的位置信息。常见的输入格式包括BED、GFF、VCF等。这些格式可以通过基因组浏览器或专门的数据处理工具进行解析和可视化。
染色体热图在生物医学研究、基因组学、遗传学等领域具有广泛的应用场景。它可以帮助研究人员快速了解染色体的结构和功能，发现基因组中的重要区域，比较不同个体或物种之间的染色体差异等。
腾讯云提供了一系列与基因组数据处理和可视化相关的产品和服务，可以帮助用户进行染色体热图的生成和分析。其中包括：
- 腾讯云基因组浏览器（Genome Browser）：提供了基因组数据的可视化和分析功能，支持染色体热图的展示和交互式浏览。详情请参考：腾讯云基因组浏览器
- 腾讯云生物信息分析平台（Bioinformatics Analysis Platform）：提供了丰富的基因组数据分析工具和算法，可以用于染色体热图的生成、基因注释、差异分析等。详情请参考：腾讯云生物信息分析平台
- 腾讯云人工智能平台（AI Platform）：提供了强大的人工智能算法和工具，可以应用于基因组数据的分析和解读，进一步丰富染色体热图的内容和功能。详情请参考：腾讯云人工智能平台
通过以上腾讯云的产品和服务，用户可以方便地处理和分析基因组数据，并生成具有特定输入格式的染色体热图。这些工具和平台提供了高效、可靠的解决方案，帮助用户在云计算环境下进行基因组研究和应用开发。
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我对D3.js图书馆有意见。我试图在x轴代表不同染色体的图表中绘制出染色体数据。这对于条形图等来说是很容易做到的。
然而，我想绘制基于染色体位置的线性数据。蜱间距的大小也应与染色体的大小相关。
我的问题是，我应该使用哪个比例？我不认为线性比例符合这个目的。我读过一些关于阈值尺度的文章，但我不知道这是否是最好的选择。有人有更好的主意吗？
谢谢!我
tl:我需要一个x轴，在滴答之间有可变的间隔，根据线性数据，我该怎么做呢？
编辑:用示例显示图像
浏览 4提问于2016-03-08得票数 2
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我正在尝试为GWAS I的表演生成曼哈顿的情节。我有染色体的位置和分数了。我可以做5个单独的图，每个染色体上的位置作为x轴，p分数在y轴上。我想把它们并排画在同一张图上，这样只有一个y轴，然后染色体按顺序(1-5)显示。有谁有什么想法吗？
浏览 1提问于2015-04-09得票数 0
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规定，重组通过组合两条(或更多)父染色体的一部分来创建新的染色体。在此基础上，该库还提供了各种交叉技术的具体实现。有没有一种开箱即用的功能，我可以用来在群体中重组两种(或更多)基因型(即交换染色体)，而不改变每条染色体的基因？
考虑一个例子，其中初始群体由2个基因型组成，每个基因型由2个染色体组成。我需要两个个体之间的交叉，这样只有染色体交换，而基因保持不变。
代码中的相同示例如下所示：
// Create the initial population
final List<Genotype<CharacterGene>> initialPop
浏览 4提问于2019-11-06得票数 1
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我有大量的基因组数据如下：
chr leftPos Sample1 AnotherSample EtcSample
1 4324 434 43 33
1 5353 63 34 532
1 6632 543 3544 23
2 1443 25 345 543
2 7644 74 26 324
2
浏览 0提问于2015-11-29得票数 0
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我没有问过使用遗传算法的背包问题。初始化时我使用这种染色体1=权重，因为他的公式KP对染色体权值x的评价有利可图。输入后使用轮子选择后不会。in to p (a) = 0.04761/0.19761 = 0.24092；p (b) = 0.1/0.19761 = 0.50604；p (c) = 0.025/0.19761 = 0.12651。那么setelag即生成随机数，之后的随机数可以，将如何进行交叉？
请解释，请帮帮我
浏览 1提问于2011-04-19得票数 0
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我正在尝试使用ggplot中的facet grid将样本和染色体绘制为行和列。我的问题是，考虑到我有25条染色体和许多样本，每个面都很小。有没有一种方法可以画出每个面的实际大小，并在样本和染色体之间水平和垂直滚动？以下是我的代码
seg <- read.table("tmp.seg")
head(seg)
id chr start end test ref log2
2 114F chrY 9992443 10038173 2654 3818 -0.03
3 114F chrY 9969577 10015307 460 1286 -
浏览 6提问于2016-07-25得票数 1
我有一个数据集，它显示了人类染色体的长度(在这里称为“值”)和它们各自的基因。进一步将基因分为RNA、prot编码、假基因和rest 4组(gtype)。我想在y轴和x轴上绘制单个染色体，我想用一个geom_point、bar或col来绘制染色体的密度(即“每条染色体的基因数目”除以染色体的长度)，然后根据基因的gtype生成一个facet_wrap。因此，4个小区只计算RNA基因除以值，1个小区计数prot编码基因除以值。
这个图只是将所有基因的总数除以单个值(不过，chrM是最大的，这是正常的)。
然而，我总是在x轴上失败，我不知道如何得到一个有意义的图。到目
浏览 1提问于2021-06-03得票数 0
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我目前正在使用qqman R包来创建曼哈顿图：
library(qqman)
manhattan(gWasResults,cex.axis = 0.5)
但我想将每个染色体中的所有颜色都改为黑色，如下所示：
manhattan(gWasResults,col = c("black","black"),cex.axis = 0.5)
如果我想在每条染色体之间添加间距，这样您就可以区分哪列数据/或数据点属于哪条染色体，我是否可以在曼哈顿模块中指定一个特定的绘图参数来实现这一点(见下图)？
浏览 0提问于2018-06-22得票数 3
这就是我想要绘制的：
使用ggplot2，我可以绘制正确的条形图，但在x轴上表示的是轨迹数，而不是染色体数。它只画出每条线的数量，比如1,2，...,500，但它不显示染色体。我如何才能做到这一点？
可重现的例子：
p <- ggplot(data = info, aes(x = number,y= Fst,fill = Chromesome))
p + geom_bar(stat = "identity") + labs(x = "Chromosome", y =Fst)
number Chromosome Fst
1 1
浏览 0提问于2016-03-16得票数 3
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我正在玩一种遗传算法，我想用它来进化图形。当染色体是图的时候，你知道应用交叉和变异的方法吗？
或者，我是不是遗漏了让我在位串上应用“常规”交叉和变异的图的编码？
非常感谢!任何帮助，即使它与我的问题没有直接关系，我也很感激！
曼纽尔
浏览 3提问于2010-07-02得票数 15
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我有一个带有基因组数据的文件，我试图为它创建一个数据的热图，并为染色体信息创建一个侧栏。为了绘制热图，我从我的文件中转换了数值，创建了一个数据矩阵，然后我就可以绘制出来：
Heatmap <- heatmap.2(DataMatrix, trace="none", col=greenred, key=T, keysize=1.5, labRow=NA, density.info="none", Colv=FALSE)
然而，我想添加一个额外的颜色侧栏来表示上述数据的染色体位置。特别是我想要两种颜色，如果是来自"chrX“或者”黄色“来自任何其他染色
浏览 12提问于2013-06-24得票数 0
我想用SNP标记画一个核型图。
它与函数segments一起工作，但是我想使用ggplot2包来显示一个优雅的图形。
ggbio：
我用函数layout_karyogram检查了ggbio包，但是染色体是在垂直位置绘制的。我没有找到一种方法来旋转每个染色体下面的名字的图表，并写我的SNP的名字在他们的片段旁边。
geom_bar：
然后我尝试了来自包geom_bar的ggplot2：
数据<- data.framework(chromosome=paste0(“chr”，1:4)，size=c(100,400,300,200)，stringsAs
浏览 1提问于2017-03-28得票数 3
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我有一个有5列的数据，代表不同的方法，这些方法包含有多少染色体是通过不同的方法捕获的。列是代表数据分组类别的因子，总代表染色体长度，方法代表捕获该区域的方法，从和到显示捕获片段。
总的想法是绘制染色体总长度的范围，以便看到所有染色体的方法之间的重叠。
举个例子，我留下了这个
数据输入
a <- data.frame(FACTOR = as.factor(c(1,1,1,2,2,3,3,3,3,4)),
TOTAL = as.numeric(c(100,100,100,90,90,80,80,80,80,70)),
METHO
浏览 2提问于2021-07-21得票数 1
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我下载了1000个基因组数据(染色体1-22)，这是VCF格式.我怎么能把所有的染色体组合在一个文件里？我应该先把所有的染色体转换成二进制文件，然后再做--bmerge mmerge-list吗？或者还有其他方法把它们结合起来呢？有什么建议吗？
浏览 0提问于2018-04-04得票数 4
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我是hadoop (v2.6.0)的新手，我在hadoop (Linux)中研究遗传算法。我的问题是：
1:我想复制hdfs位置的文件输入(文本)，用于所有从服务器(而不是分区的文件)，例如，我有一个文件(200 Mb)，我想将所有文件发送给从服务器。( 200用于从1,200用于从2 ...etc)这是可能的吗?如果有可能，那么执行该操作的关键是什么？
第二个问题:我有两个奴隶和一个主人.当我启动时，我的程序是否默认在所有奴隶中执行？或者hadoop决定什么奴隶将执行这个程序?如果hadoop决定我如何使我的程序毫无例外地在所有的奴隶中可执行?我希望这是可能的。因为当我的程序启动时，我看到它
浏览 3提问于2015-05-16得票数 0
我正在尝试使用Biopython的BasicChromosome库绘制核型/表意文字图。我能够像在教程中那样绘制我的染色体并在染色体内部进行注释；但是，我的老板更喜欢染色体外部的注释以及各种符号。
我如何扩展这个伟大的简单的象形文字绘制工具？我注意到它使用了reportlab，我猜我必须定制源代码？例如，我是否可以复制模块Bio.Graphics.BasicChromosome并编辑属于绘图注释的部分，然后显式导入我的版本？为了添加符号，我必须学习reportlab的其他功能？
浏览 2提问于2017-07-11得票数 0
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好吧，这快把我逼疯了。
我有一个从txt文件读取的data.frame df。在它中，我有一个列的结果列表，每个样本都有标签(称为df[1]到df[15]。每个结果都按染色体(df$chr)列出。
我想绘制df[i]和df[15]之间的相关性，但由chr组织。目前，我正在将所有的相关性绘制在一张图上，并且正在生成每个染色体的图。然而，所有的图看起来都是一样的，所以我怀疑它给了我整个样本的相关性，而不是按染色体分组。你能帮上忙吗？
df <- read.delim("~/Desktop/Plots/blabl.txt", header=TRUE)
ind = unique(
浏览 2提问于2014-08-16得票数 0
据我所读，遗传算法通常(总是？)适用于比特的染色体。因此，如果一个问题涉及最大化一个采用整数值的函数，则整数首先被编码为位。
这个映射有必要吗？似乎你可以取整数的染色体，直接进行交叉和变异。因此，如果我有一个接受35个整数输入的函数，我可以只对这些整数应用遗传操作符，而不是在35xB位上(其中B是编码一个整数所需的位数)。这事没做有原因吗？
也许这个算法会受到影响，因为这个问题定义得比较粗糙(也就是说，如果我们不使用比特，可以用较短的染色体来定义一个问题)，但我很好奇是否有人有更好的答案。
浏览 0提问于2013-08-06得票数 8
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我正在使用JGAP为一个原理图生成测试向量。通过将染色体的基因设置为位，我获得了单个测试载体的最大覆盖率。现在我需要用最少的测试向量获得100%的覆盖率。
如果我将每个基因设计为测试向量，id需要根据基因的数量和总覆盖率来计算适应度函数，id还需要同时进化染色体长度和每个测试向量(基因)位。
有没有可能有一个可变长度的染色体？
对于这种类型的任务有什么标准的设计吗？
浏览 0提问于2012-05-23得票数 2
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嗨，我想用下面的数据做一个使用ggplot2的堆叠条形图
Chr NonSyn_Snps Total_exonic_Snps
A01 9217 13725
A02 6226 9133
A03 14888 21531
A04 5272 7482
A05 4489 6608
A06 8298 12212
A07 6351 9368
A08 3737 5592
A09 12429 18119
A10 7165 10525
基本上，我想为每个染色体堆叠NonSyn_Snps和Total_exonic_Snps，但不幸的是我不能。
这就是我到目前为
浏览 0提问于2013-07-02得票数 1
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我想知道某些基因是否聚集在一起。现在，我已经有了一个基因列表，以及它们的起始和停止位置，我已经知道如何计算这些基因之间的距离。问题是我不知道如何考虑染色体的转换。
你不能测量1号染色体上的基因和2号染色体上的基因之间的距离。
我想像这样计算距离:基因2的起始位置--基因1的停止位置。然后，这些基因之间的距离。
但是我该如何解释:当你到达下一个染色体时，R码获取了第2号染色体上一个基因的起始位置，但是一个基因在第1号染色体上的终止位置是不可能的(至少对于我的研究来说)。
所以我想知道如何在R中解释这一点，如果基因位于不同的染色体上，我只需要略过这些基因。
希望你们能帮我。
关于下面的代码:这三个
浏览 0提问于2019-01-09得票数 1
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嗨，我做了一个x轴上的染色体和y轴上的P值的图。在x轴上，我得到了分析中的所有20条染色体，但我希望x轴的大小增加到23条。
ggplot(Results, aes(x = factor(Chromosomes), y = P-value)) +
geom_point() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90) + xlab("Chromosome")+ ylab("P-value") +labs(title=
"Results_analysis" ,y="P-value
浏览 26提问于2021-05-12得票数 0
染色体上有很多基因，你的生物信息学朋友想要检查一个特定的染色体是否有一系列的基因。基因发生的顺序很重要。你想在这件事上帮助你的朋友。他给你n条染色体和一系列他想要检查的基因。帮助他确定这些基因是否以给定的顺序存在于染色体中。
因为你不是生物系的学生，他让你变得更容易了。他用ASCII中的字母、数字或特殊字符来代表基因。空格不代表基因。
示例
如果染色体是abdfgc，而他要查询的基因是abc，这些基因在染色体中(以正确的顺序)存在(用粗体标记)。a*b*dfg*c*。但是，如果查询是bca，则这在染色体中没有以正确的顺序出现。
输入
第一行输入由一个整数n组成，它是测试用例的数量。
每个测试用
浏览 0提问于2018-11-22得票数 0
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我已经创建了一个Gomoku(连续5) AI使用阿尔法-贝塔剪枝。它在一个不那么愚蠢的层面上做出了一些举动。首先，让我模糊地描述α-Beta算法的分级函数.
当它收到一个板作为输入，它首先发现所有重复的石头，并给它一个分数的4个可能的值取决于它的有用性作为一个威胁，这是由长度决定的。它将返回所有重复分数的总和。
但是，问题是我明确地决定了分数(总共4分)，而且他们似乎不是最好的选择。所以我决定用遗传算法来生成这些分数。每一个基因都将是4个分数中的一个。例如，硬编码分数的染色体是: 5,400，10,000,50000。
然而，由于我使用遗传算法来创建评分函数的分数，我不知道该如何实现遗传适应度
浏览 6提问于2017-11-28得票数 1
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我有一个从运行GWAS的输出中派生的数据帧。每一行都是基因组中的一个单核苷酸多态性，以及它的染色体、位置和P.value。从这个数据帧中，我想生成一个曼哈顿图，其中x轴从Chr1上的第一个SNP到chr5上的最后一个SNP，y轴是-log10(P.value)。为此，我生成了一个Index列，以便沿着x轴以正确的顺序绘制SNP，但是，我希望x轴由染色体列而不是Index来标记。不幸的是，我不能使用染色体来绘制我的x轴，因为任何给定染色体上的所有SNP都将被绘制在一列点中。
下面是一个要使用的示例数据帧：
<code>A0</code>
到目前为止，我的情节是：
<
浏览 11提问于2019-08-23得票数 1
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我正在尝试使用R中的chromoPlot包来可视化染色体片段。 根据guide，我应该制作一个定义感兴趣的染色体的染色体文件和一个包含感兴趣的片段的数据文件 然后 library(chromoMap)
chromoMap("FF Chromosome Map/DB/chromosome_file.txt","FF Chromosome Map/DB/Anne Larsen.txt") 在染色体图上画出这些片段。 但是，当我尝试运行代码时出现错误 ********************************** __ __ ************
** _
浏览 19提问于2019-12-26得票数 0
3回答
如何绘制染色体图形的位置
、、、
我想要生成一个图，描绘14条线性染色体，供我工作的有机体使用，在每条染色体的指定位置上有彩色条。理想情况下，我希望使用R，因为这是我唯一有经验的编程语言。
我探索了各种方法，例如用GenomeGraphs，但我发现这比我想要的/显示的数据要复杂得多(例如显示细胞分裂带)，而且常常是人类染色体特有的。
我想要的基本上是以下大小的14个灰色条：
chromosome size
1 640851
2 947102
3 1067971
4 120049
浏览 3提问于2015-11-16得票数 16
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我在我的代码中使用JGAP，我想像这样评估染色体：
Evaluation 0:
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Evaluation 1:
3 5 2 1 4 6 7 8 9
到目前为止，我得到的是带有重复等位基因的染色体，就像这样：
Evaluation 1:
3 3 5 6 7 8 9 9 1
有没有什么配置可以用来获得具有非重复等位基因的染色体？
浏览 0提问于2012-06-15得票数 0
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这是我的tensorflow 1.x图，我想移除输入节点和映射部分，并将我的输入输入到resnet部分。更具体地说，我想删除解码部分的图形，以解码输入的图像。我该怎么做？请说明我应该用哪一种格式来做呢？我应该使用冻结的graph.pb、saved_model.pb或.ckpt文件吗？
浏览 7提问于2022-08-16得票数 0
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我正在构建一个遗传算法，我想知道用什么数据结构来编码染色体(本质上是一个由0和1组成的长序列)。
我的目标是提高在染色体中随机改变比特和在染色体之间进行交叉的效率。本质上是比特或比特的子序列的大量复制和改变。
到目前为止，我只是使用普通的布尔数组，但我觉得应该有更好的数据结构来有效地处理非常大量的二进制数据。
有什么建议吗？
浏览 2提问于2011-08-11得票数 0
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我为这个问题的简单性道歉。
我正在尝试使用一个叫ChromHMM的程序来分析一些生物数据。我尝试按照说明运行程序，但似乎无法正确输入参数。
以下是一个示例: E:\ComputationalAnalysis\ChromHMM>java -mx1600M -jar ChromHMM.jar BinarizeBed
chromosomelengthfile=\CHROMSIZES\hg19.txt inputbeddir=\Donor1 cellmarkfileta ble=\Donor1\cellmarkfile.txt outputbinarydir=\firstoutput
浏览 0提问于2013-04-13得票数 0
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在R中画圆环以绘制圆形图
、、、、
我正在尝试制作一个类似于基因表达图的圆形图。我发现R中的circlize包可以做到这一点，我正在尝试遵循这个
我设法做到: 6.创建绘图区域
但是当我输入的时候
circos.genomicPoints(Region, value, numeric.column = c(1,2))
我得到了这个错误：
Error in get.cell.meta.data("sector.index") :
Length of `sector.index` should only be 1.
当我输入的时候
circos.genomicLines(Region, value, numeric
浏览 2提问于2014-09-02得票数 1
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C程序数据流图的生成
、、、、
我需要为C代码制作数据流图。我所说的数据流图指的是图中的节点表示加法和乘法等操作，边表示节点之间的操作数(数据)流。我的目标是分析计算密集型内核的数据流图的并行性和执行时间。我使用了许多工具从C程序生成数据流图，如Trimaran、Oink、GCC等。在这些工具中，GCC的Gimple内部表示为我提供了一些SSA (静态单赋值)形式的每个基本块的数据流分析。SSA表单简化了我的分析。下面是我使用GCC的方法：
-fdump-tree-cfg为每个函数生成控制流图，其中节点表示基本块，边表示控制依赖。还显示了每个基本块中的数据依赖关系。但是，它没有给出每个基本块的数据流图。我需要可视化数据依赖，
浏览 3提问于2012-07-20得票数 3
1回答
我正在使用R的genalg库，并试图在运行二进制泛型算法时保存所有代。在库中似乎没有一种内置的方法，所以我试图通过评估函数保存每个染色体，x。
为了测试这个方法，我尝试在评估函数中插入print(x)，以便能够看到所有被评估的染色体。然而，印刷染色体的数量并不总是与我所怀疑的相匹配。
我以为印刷染色体的数量将等于群体大小的迭代次数，但似乎并不是一直都在尝试。
问题是，我想知道每个染色体属于哪一代(或迭代)，我无法判断染色体的数目是否与iter倍popSize不同。
这是什么原因，以及我如何“修复”它。还是有另一种方法来保存每条染色体，以及它属于哪一种迭代？
下面是一个例子，我认为评估函数会打印
浏览 6提问于2016-04-13得票数 0
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遗传算法通常采用“变异率”来控制染色体的变异率。研究门的大多数研究人员建议保持低速率，以便快速收敛，找到局部最优，而不是使优化成为随机游走。然而，我发现一个主要的问题是保持一个低的突变率。如果在某一点上的育种不产生“新的”儿童/染色体，该算法将运行效率很低。假设种群中的所有个体都有相同的染色体，那么交叉就会变成相同的个体，直到其中一条染色体发生突变。以较低的速率，这可能需要相当长的时间(在此之前，具有相同染色体的适应度函数会被一次又一次地恢复)。
为了确保我们探索新的解决空间，当下一代的儿童/染色体重复时，故意突变难道不是更有效吗？这不是让“变异率”过时了，整个算法更高效吗?还是我在这里遗漏了
浏览 0提问于2019-09-26得票数 4
假设我有一个由七列组成的数据集，我只取了一列(xyz_magnitude)的大小为1,415,684行，并将其提供给它来计算该列的频谱图，我希望获得与输入(xyz_magnitude)大小相同的一列的频谱图，但它得到的是一列超过1,415,684行的频谱图。它实际打印7,087,647行
为什么光谱图的行数如此之大，为什么它与输入的行数不同
这是我的代码
dataset = np.loadtxt("dataset.txt", delimiter=",")
magnitude = dataset[:,5]
ls, freqs, bins, im = plt.spe
浏览 0提问于2017-12-17得票数 0
1回答
在Python中保存和比较给定输入图G生成的子图的有效方法是什么？
一些细节：
输入图G是一个顶点数从n=100~10000变化的有向简单图.边数-可以假定最大值是完全图的10% (通常较少)，因此在这种情况下它给出了n*(n-1)/10的最大数目。
有一种算法可以从输入图G子图中生成数以万计的子图。并对每个子图进行了一些(耗时)的计算。对“子图，计算结果”必须存储以供以后使用(动态规划方法--如果给定子图已经被处理，我们希望重用它的结果)。
因为(2.)在字典中存储子图/结果对是非常好的，其中子图是关键。如何才能有效地做到这一点？如何有效计算子图散列值？
让我们假设内存不是问
浏览 8提问于2016-06-09得票数 1
3回答
人有22条染色体，2条性染色体X和Y。
我想从‘chr3 1’，‘chr3 2’，'chr3‘中生成这些染色体名.‘chrX 22’，'chrX‘和'chrY’，只输入染色体数目，X和Y。
# Input the data here
number_of_chr = 22,'X','Y'
for x in range(number_of_chr[0]):
print('chr'+str(x+1))
从代码中，我可以生成'chr1‘到’chr1 22‘，但是如何生成'chrX’和chrY‘并将它们附加
浏览 10提问于2013-11-30得票数 3
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二维阵列遗传算法中的交叉算法
、、、、
我有以下两条染色体，它们被表示为二维数组。
// First chromosome
[
[ 12 45 23 ]
[ 34 01 89 ]
[ 33 90 82 ]
]
// Second chromosome
[
[00 45 89 ]
[00 00 34 ]
]
染色体上的限制是染色体阵列中的每个阵列必须保持在一起。例如，在第一染色体上，[ 12 45 23 ]必须保持在一起。考虑到这一点，我认为采用上述染色体结构进行交叉的方法是随机选择一个水平交叉点。例如：
// First produced off-spring
[
[ 12 45 23 ] // First
浏览 1提问于2020-01-06得票数 3
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遗传算法中有一个阶段，我们应该选择从父母到后代的染色体交叉。
这是很容易做通过二进制形式。
但是，如果我们使用值编码编码染色体，该怎么办？
假设我染色体上的一个位是一个双型值，比如说0.99，它的范围是(0-1)，因为它代表一个概率。
如何交叉这个双数？
转换成二进制到交叉然后再转换回来.？
浏览 4提问于2016-05-04得票数 2
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我有两个列表:一个是选择的大约200万个染色体位置的列表(例如9866,9899,10257...)。另一个是染色体位置和p值的配对列表(例如(9866，0.001)，(9899，0.05)...)
我想检索选定的200万条染色体的p值。我的代码目前如下：
Selection = []
for i in selected indices:
for x in list(range(len(T3))):
if T3[x][0] == i:
b = T3[x][0],T3[x][1]
Selection
浏览 0提问于2016-11-23得票数 2
当我把“染色体”放到Google中时，它会显示“染色体”的含义、音标、用法等等。我认为它很有用，我经常使用这个函数来查找单词。但是并不是你在引擎中输入的所有单词都能给出字典的结果，我想知道是否有办法强制Google去做。
浏览 4提问于2017-05-27得票数 0
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我已经创建了一个Gomoku(连续5) AI使用阿尔法-贝塔剪枝。它在一个不那么愚蠢的水平上移动。首先，让我描述α-Beta算法的分级函数.当它收到一个板作为输入，它首先发现所有重复的石头，并给它一个分数取决于它的有用性作为一个威胁。它将返回所有重复分数的总和。
但是，问题是我明确地决定了分数(总共4分)，而且他们似乎不是最好的选择。所以我决定用遗传算法来生成这些分数。每一个基因都将是4个分数中的一个。例如，硬编码分数的染色体应该是：5,400,000,000,50000。
然而，由于我使用遗传算法来创建评分函数的分数，我不知道该如何实现遗传适应度函数。因此，我想到了以下几点：
而不是使用适应
浏览 0提问于2017-11-28得票数 3
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您好，我有一个关于在python中链接子进程的输入和输出的问题。我试图通过跳过一个步骤的输出来简化程序，将其传递给另一个子进程，而不是将其输出到文件中。然后打开另一个进程在该文件上运行。
例如，第一个过程使用SAMTOOLS从一个大的bam文件中输出一个特定的染色体。所以..。bigfile.bam被读入并输出染色体22.bam
下一个子过程使用BEDTOOLS将染色体22.bam转换为染色体22.bed，因此...染色体22.bam被读入并输出染色体22.bed
我想要做的是将第一个进程的stdout传递给第二个进程，这样就不需要中间文件了。
到目前为止我有这个..。
for x in 1,
浏览 3提问于2012-01-31得票数 3
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我正在将生物信息学管道转换为snakemake，并有一个遍历M个文件的脚本(其中每个非性别染色体都是M=22 )。 每个文件实际上包含N个标签列，我希望它们作为单独的文件。python脚本可以可靠地做到这一点，我的问题是，如果我为snakefile的输出提供通配符(包括染色体和标签)，它将运行脚本MxN次，而我只希望它运行M次。 我可以通过在每个染色体上只查找一个标签文件来绕过这个问题，但这不符合snakemake的精神，管道中的下一步需要所有标签文件的输入。 我已经尝试使用检查点功能(据我所知，它会在每个规则执行后重新评估DAG )来检查输出，了解已生成N个文件并跳过N个作业。但是这个程序
浏览 22提问于2019-05-26得票数 1
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我使用JGAP作为api来设置我的GA应用程序。在我的染色体中，有时会有重复的整数值被设置为等位基因。我正在使用基本的随机生成器从期望的范围中获取随机值。我想避免基因在染色体中是相同的整数。你知道我该怎么解决这个问题吗？
浏览 1提问于2013-10-31得票数 2
我从QListWidgetItem创建了一个拖动对象。我可以在这个拖动对象中以mime数据的形式发送文本。
如何从mime数据中发送和检索像素图？是否有可能创建一个QGraphicsItem并检索它？
我尝试从QListWidget拖放到QGraphicsView中。
浏览 0提问于2012-06-21得票数 1
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我想知道GA的交叉阶段。据我所知，0.7 => 70%的交叉发生的几率，是一个典型的值开始。如果你的父母选择的过程是基于特定染色体的回归适应度，那么最合适的染色体通过而不是交叉的可能性很高，那么精英主义真的有必要吗？
我.我也需要一个过滤器来去除每一代的重复染色体？
浏览 1提问于2013-07-26得票数 4
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我有两个数据集，每个数据集都有10000个染色体区域。然后我计算我的染色体区域与特定的染色体元素(线)重叠的次数。我这样做了4次，如果我的染色体区域与30%，50%，80%和100%的线元素重叠，我会计算重叠。
然后，我希望制作一个条形锅，显示计算实际与线条重叠所需的百分比越少，得到的重叠越多。
下面是我所做的一个简单例子。我已经用进行facet_wrapt和填充等操作所需的值定义了我的向量。
overlap <- c(0.3,0.5,0.8,1.0,
0.3,0.5,0.8,1.0,
0.3,0.5,0.8,1.0,
浏览 0提问于2021-07-18得票数 1
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我要做一个用遗传算法解决子集和问题的项目。不幸的是，在对算法进行编码时我发现了一个大问题.
我的算法：
只要没有找到解，步骤的次数比步骤做的要小: chromosomeperform选择(roulette)select n染色体的概率和分布函数由计算为crossedperform，交叉点是选择randomly)select m染色体到mutationperform突变，如果找到解决方案，则停止。
(算法取自“遗传算法+数据结构=进化程序，第2章")变量，如人口规模、数据量、数据收集范围、步骤数、突变次数(步骤)、交叉次数(一步)在程序选项中严格设置。
问题是，在种群中经过一定(相对较小
浏览 3提问于2011-05-18得票数 1
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