上一次给大家介绍了如何用R语言进行主成分分析，今天介绍的主角也是PCA的好朋友噢，掌声欢迎我们的第二位小伙伴——冗余分析（RDA）。...1 冗余分析 简介 冗余分析（Redundancy Analysis,RDA），是一种回归分析结合主成分分析的排序方法。...； step 3：计算样方得分 和样方约束 ; step 4：对 进行PCA分析； 3 R语言实战 R语言中为我们提供了可直接用来进行简单冗余分析的函数，通过下载相应的程序包就可以使用...还可以可通过names()查看冗余分析输出的对象列表。...4 结语 冗余分析在生物统计中应用较多，概念比较难懂，本文中也只是对RDA做出了一个简短的解释，想进行更深入的学习可以参考下述资料： R语言实现冗余分析完整代码[2] 数量统计学生态笔记||冗余分析[3
冗余索引和重复索引有一些不同，如果创建了索引（a,b），再创建索引（a）就是冗余索引，因为这只是前面一个索引的前缀索引，因此（a,b）也可以当作(a)来使用，但是（b,a）就不是冗余索引，索引(b)也不是...冗余索引通常发生再为表添加新索引的时候。例如，有人可能会增加一个新的索引(A,B)而不是扩展以后的索引(A)。...大多数情况下都不需要冗余索引，应该尽量扩展已有的索引而不是创建新索引，但也有时候处于性能方面的考虑需要冗余索引，因为扩展已有的索引会导致其变得太大，从而影响其他使用该索引的查询性能。...注：state_id已经有索引了，根据前面的概念，这是一个冗余索引而不是重复索引） 怎么找出冗余索引和重复索引呢？...2.可以使用Percona Toolkit中的pt_duplicate-key-checker,该工具通过分析表结构来找出冗余和重复的索引。
冗余索引 概念 冗余索引和重复索引有一些不同。如果创建了索引（A,B），再创建索引（A）就是冗余索引，因为这只是前一个索引的前缀索引。...因此索引（A,B）也可以当做索引（A）来使用（这种冗余只是对B树索引来说的）。但是如果再创建索引（B,A），则不是冗余索引，索引（B）也不是，因为B不是索引（A,B）的最左前缀列。...另外，其他不同类型的索引（例如哈希索引）也不会是B树索引的冗余索引。 场景 冗余索引通常发生在为表添加新索引的时候。例如，有人可能会增加一个新的索引（A,B）而不是扩展已有的索引（A）。...大多数情况下都不需要冗余索引，应该尽量扩展已有的索引而不是创建新索引。但也有时候处于性能方面的考虑需要冗余索引，因为扩展已有的索引会导致其变得太大，从而影响其他使用该索引的查询的性能。...如果我们想让两个查询都变得更快，就需要两个索引，尽管这样一来原来的单列索引是冗余的了。 这就带来了索引冗余的缺点，索引成本高了。插入时需要维护更多的索引，效率自然下降。
一、冗余和重复索引 在 MySQL 中允许在相同的列上创建多个索引。重复索引是指在相同列上按照相同的顺序创建的相同类型的索引。...冗余索引和重复索引有些不同，例如创建了索引（A,B），在创建索引（A）就是冗余索引。...下面的例子是重复索引： create table test( id int not null primary key, A int not null, B int not null..., UNIQUE(id), INDEX(id) ) ENGINE=InnoDB; TIP： MySQL 需要单独维护重复索引和冗余索引； 优化器在优化查询时，也需要对每个索引进行过滤...，也会影响性能； 表中的索引多，会影响对数据进行增删改的速度。
冗余分析(Redundancy analysis)被广泛应用于物种与环境的关联。该分析假设响应变量在整个梯度上具有相同的连续的线性趋势，但通常真实情况并非如此。...为了克服这一问题，提出了分段冗余分析(piecewise redundancy analysis,pwRDA)。 pwRDA允许将响应和解释变量之间的关系分解为多个部分。...pwRDA和SMW分析都在segRDA包中进行。 SMW的结果为沿着梯度分布的群落断点的数量和位置提供了估计。在急剧变化的群落中，pwRDA模型比传统的RDA模型具有更大的信息量。...segRDA分三步：数据排序；SMW分析；pwRDA分析。...窗口大小的选择影响SMW分析的结果:小窗口产生许多表示小尺度变化的峰，而大窗口减少了峰的数量，平滑了小尺度变化。通过将不同窗口大小的差异平均在一起，可以降低尺度效应。
这是学习笔记的第 1983 篇文章 对于MySQL索引，准备分成几个部分来进行说明，我们先来第一篇。 首先来说下什么是索引组织表？...在学习MySQL开发规范-索引规范的时候，强调过一个要点：每张表都建议有主键。我们在这里来简单分析一下为什么？...在MySQL里，对于主键的依赖远比其他数据库要高，我们常听到的索引，比如唯一性索引，非唯一性索引，覆盖索引等都是辅助索引(secondary index,也叫二级索引）,从存储的角度来说，InnoDB的二级索引列中默认包含主键列...对于数据库和文件系统中，大量使用了平衡二叉树来实现索引，对于MySQL来说，是使用B+树的方式，我们来对两种存储方式做下分析。 如下是B树的存储方式： ? 如下是B+树的存储方式： ?...我们来做下对比和分析， 1）B树和B+树很大的不同是，B树的键值不会出现多次，而对于B+树却不同，键值对应的具体数据都在叶子节点上。
如果不给该字段加索引，当where语句中使用该字段时，会不会扫全表呢？如果给其加了索引，那么势必会带来一些开销，假如这个索引用不到的话，给其加了索引岂不是画蛇添足了呢？...我们可以通过analyze table等语句来更新表 Index_type：表明该索引的类型，一般为BTREE 索引那么多，Mysql使用索引的目的是什么呢？...不需要再读取完整的记录（Mysql一般会先从索引文件中读取要找的记录，然后根据索引再从数据表中读取真正的记录） 其他 在了解了自己表结构以及索引结构之后，通常可以使用explain语句来查看Mysql的查询执行计划...索引树中找weixin_user_id=61的记录 取两次索引结果的并集（这里，每个索引中都会包含主键的） 拿着最终索引结果去数据表中取真实记录 同理：The Index Merge Union Access...不过具体问题具体分析，例如在某些场景下，例如：论坛中会存在查找某一个时间段的所有问题等场景，此时由于查询条件仅仅是add_time一个维度，显然给其加上索引能够大大加速查找。
BuildAssetInfo构建asset信息 1.每个收集器下asset会构建出BuildAssetInfo，这种asset是没有冗余，只有依赖列表 2.每个依赖asset会构建出BuildAssetInfo...会记录将要打入的bundle列表 依赖的Asset列表 这个asset依赖的其他asset列表，只对收集器资源有效 /// /// 依赖的所有资源 /// 注意：包括零依赖资源和冗余资源...; } 预计会被打入的Bundle列表 HashSet _referenceBundleNames 在处理数据时，如果一个依赖asset会被打入多个bundle，在这里记录，则视为冗余...在遍历收集器资源依赖资源时，依赖资源add主资源的Bundle名 在最后处理冗余时，如果列表数量>2，则依赖asset生成独立bundle BuildBundleInfo构建bundle信息 一个bundle...计算共享报名，已经去掉了冗余资源：把冗余asset的bundle变为文件夹路径名 如果asset有bundle名，一定不是冗余 对于没有bundle名的看，是否被2个引用 移除不参与构建的资源 如果一个
SQL语句，这里以 MySQL索引（四）常见的索引优化手段中示例表作为演示。...小鱼这里分析下文中提到的几个sql 语句。...分析 SELECT * FROM employees WHERE name < 'Li'; 语句的trace 字段。...} /* group_index_range */, "analyzing_range_alternatives": { --- 分析各个索引使用成本...rows_estimation": [ --- 这里预估了表访问的成本 { "analyzing_range_alternatives": {--分析各个索引使用成本
mysql出现问题时，相信大家都有一套完善的调试、调优方法，从最基础的查看slow log,query log到mysql explain查询索引分析等；而由于在mongo方面的技术积累没有mysql那么多...索引 mongo中索引跟mysql中索引同样重要，没有索引，每次查找都需要遍历全表。...mongo的索引类型包括如下几种： single filed索引：最基本的索引类型，加在单个filed上，可以指定升降序，默认_id列会自动加上该索引 Compound Index：复合索引加在多个...索引会跳过所有不包含被索引键的文档。...无论哪种模式，explain的结果中都会有winning plan的信息，这些winning plan是通过mongo查询分析器获得的，查询分析器会缓存winning plan的信息，所以queryplanner
转载~ 数据库优化是一个很常见的面试题，下面就针对这一问题详细聊聊如何进行索引与sql的分析与优化。...一、执行计划（EXPLAIN） MySQL 提供了一个 EXPLAIN 命令，它「可以对 sql语句进行分析，并输出sql执行的详细信息」，可以让我们有针对性的优化。...1.1执行计划详解 「在使用索引的时候首先应该学会分析SQL的执行，使用EXPLAIN关键字可以模拟优化器执行SQL查询语句，可以知道MySQL是如何处理SQL语句」。...二、回表查询 在之前《索引基本原理》 中提到InnoDB索引有聚簇索引和辅助索引。 聚簇索引的叶子节点存储行记录，InnoDB必须要有，且只有一个。...如果Explain分析SQL时Extra属性显示Using filesort，表示使用了filesort排序方式，需要优化。
： 最好的情况就是全值匹配 最佳左前缀法则 不在索引列上做任何操作(计算、函数、类型转换)，这些操作会导致索引失效 存储引擎不能使用索引中范围条件右边的列 尽量使用覆盖索引(查询列和索引列一致)，避免select...= 或者 )的时候会导致索引失效 is null，is not null也无法使用索引 like以通配符开头('%abc')会导致索引失效 字符串不加单引号索引会失效 少用or，用它来连接时索引会失效...结果 可以发现，第一第二条语句的索引是失效了，而第三和第四条是用到了索引的。...这就是最佳左前缀法则，即一楼一定不能少，带头大哥不能死，否则就会导致索引全部失效，中间兄弟不能断，否则会导致索引部分失效。 那么如果是这样的语句能不能用到索引呢？...执行计划 可以看到，第一句是用到了索引的，但是第二句没有，因为第二句中索引列使用了函数。所以索引列上少计算。 4. 存储引擎不能使用索引中范围条件右边的列： 这个是啥意思？
索引 1、什么是索引？ MySQL官方对索引的定义为：索引（Index）是帮助MySQL高效获取数据的数据结构。...2、索引的优势和劣势 优势 提高了数据检索的效率，降低了数据库的IO成本 降低了数据排序的成本，降低了CPU的消耗 劣势 实际上索引也是一张表，该表保存了主键与索引字段，并指向实体表的记录，所以索引列也是要占用空间的...虽然索引大大的提高了查询速度，但同时也会降低更新表的速度，因为进行更新表时，MySQL不仅要保存数据，还要保存一下索引文件每次更新添加了索引列的字段，都会调整因为更新所带来的键值变化后的索引信息 3、...索引的分类 单值索引：即一个索引只包含单个列，一个表可以有多个单值索引 唯一索引：索引列的值必须唯一但允许有空值 复合索引：即一个索引包含多个列 4、基本语法 创建 CREATE [UNIQUE] INDEX...主键自动建立唯一索引 频繁作为查询条件的字段应该创建索引 查询中与其他表关联的字段，外键关系建立索引 频繁更新的字段不合适创建索引 Where条件里用不到的字段不创建索引 在高并发下倾向创建组合索引 查询中排序的字段
发表在 BMC Bioinformatics201415:323 https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-323，很简单的设计，就是考虑到做多个GSE数据集的meta分析的人越来越多了...，但是很多人都瞎搞，整合数据集的时候没有去冗余。...meta分析都想做，结果第一步就失策，哈哈，反思一下！ 我的领域最出名的GSE数据集的meta分析应该就是2011年的TNBC了，如下： ?
作者：闫钟峰，Datawhale优秀学习者 寄语：本文介绍了创建多级索引、多层索引切片、多层索引中的slice对象、索引层的交换等内容。 创建多级索引 1....=True 才会保留原来的索引---这个参数默认是False(丢弃原始索引)。...多层索引切片 使用第一层的索引,会把该索引下的所有行都选中,除非该索引的二级索引只有一个,否则返回行数不会等于一行。..._2')为索引的。...第二个参数指定需要重排索引的轴,0表示行轴,也就是重排行索引的层级。
1 GO和KEGG富集分析工具：Clusterprofiler包和REVIGO 进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。...2 去冗余 因为GO条目的分级特性，其富集结果会有冗余，对结果的分析造成影响，其中一个策略是计算两个GO terms之间的语义相似性，去除冗余。...我在进行GO terms集的相似性分析时，一般采取基于Resnik和Lin两种方法的综合方法，简称为simRel方法，利用REVIGO进行分析，然后基于R语言做图。
助你了解索引，分析索引，使用索引，从而写出更高性能的sql语句。还在等啥子？卷起袖子就是干！ 案例分析 我们先简单了解一下非关系型数据库和关系型数据库的区别。 MongoDB是NoSQL中的一种。...这时候需要分析查询慢的原因，一般情况下是程序员sql写的烂，或者是没有键索引，或者是索引失效等原因导致的。...索引简介 官方定义：索引（Index） 是帮助MySQL高效获取数据的数据结构。 大家一定很好奇，索引为什么是一种数据结构，它又是怎么提高查询的速度？我们拿最常用的二叉树来分析索引的工作原理。...频发更新的字段不适合创建索引 5. where条件里用不到的字段不需要创建索引 性能分析 MySQL 自身瓶颈 MySQL自身参见的性能问题有磁盘空间不足，磁盘I/O太大，服务器硬件性能低。 1....索引字段频繁更新，或者表数据物理删除容易造成索引失效。 6. 擅用 explain 分析sql语句 7. 除了优化sql语句外，还可以优化表的设计。如尽量做成单表查询，减少表之间的关联。
Mysql索引使用案例分析 1 Index Design 1.1 设计过程 考察只用排序 还是 先检索在排序（排序会限制索引使用）。 考察哪些列选择性更好，哪些列在where中最多。...，而是使用普通索引或者唯一性索引的部分前缀，索引要和某个值相比较，可能会找到多个符合条件的行。...出现这种情况一般是要进行优化的，首先是想到用索引来优化。 Using filesort：mysql 会对结果使用一个外部索引排序，而不是按索引次序从表里读取行。...范围查询那一列可以正常走索引，但是后面的列无论点查还是排序都不能用索引了！...**排序列和连接列的组合索引一般是没有效果的，不要这样用 对于驱动表来说索引连接键没什么用，只需要关注索引覆盖where和orderby的情况 对于被驱动的表来说：多列索引里面哪一列都能用于连接键，前后中间都可以
作者：ITDragon龙 链接：cnblogs.com/itdragon/p/8146439.html MySQL索引优化分析 为什么你写的sql查询慢？为什么你建的索引常失效？...通过本章内容，你将学会MySQL性能下降的原因，索引的简介，索引创建的原则，explain命令的使用，以及explain输出字段的意义。助你了解索引，分析索引，使用索引，从而写出更高性能的sql语句。...这时候需要分析查询慢的原因，一般情况下是程序员sql写的烂，或者是没有键索引，或者是索引失效等原因导致的。...索引简介 官方定义：索引（Index） 是帮助MySQL高效获取数据的数据结构。 大家一定很好奇，索引为什么是一种数据结构，它又是怎么提高查询的速度？我们拿最常用的二叉树来分析索引的工作原理。...索引字段频繁更新，或者表数据物理删除容易造成索引失效。 6. 擅用 explain 分析sql语句 7. 除了优化sql语句外，还可以优化表的设计。如尽量做成单表查询，减少表之间的关联。
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