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比对软件STAR创建索引文件(index)

创建index,这一步只需要运行一次就可以了 STAR --runMode genomeGenerate \ --runThreadN 10 \ --genomeDir ....运行程序模式,默认是比对,所以第一步这个参数设置很关键 —runThreadN:运行的线程数,根据你自己电脑的配置来设置,数字越大运行越快 —genomeDir:这个参数很重要,是存放你生成index的文件路径...,需要你事先建立一个有可读写权限的文件夹 —genomeFastaFiles 基因组fasta格式文件 —sjdbGTFfile GTF注释文件 —sjdbOverhang 这个值为你测序read的长度减...1,是在注释可变剪切序列的时候使用的最大长度值 有一点需要注意,STAR建索引时特别消耗内存,能把你服务器内存全部用光,然后报类似于下面的错误。

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    利用录制方式快速创建jmeter脚本

    利用录制方式快速创建jmeter脚本 jmeter的脚本生成方式有两种,一种是手动编写脚本,一种是录制生成脚本,本文就给大家介绍下如何通过录制方式快速创建请求脚本。...Jmeter录制脚本有的两种方式。 一种是通过第三方工具Badboy录制,然后导出为jmeter可用的脚本。另一种是使用jmeter自身的HTTP代理服务器进行录制。...录制中报错,需要勾选如下选项: ? 录制步骤 URL框中输入访问网址,比如https://www.sogou.com/,然后点击右侧的箭头按钮。 ?...默认开启录制按钮,可以点击红色录制按钮,进行暂停或者继续录制。 2.在右侧的内嵌浏览器进行操作,左侧会自动记录每一步的请求脚本,录制完成后,点击红色按钮完成脚本录制。...5.点击代理服务器的启动按钮开始录制。 ? 6.在浏览器中完成操作后,点击停止按钮,在线程组下可以看到录制生成的脚本,保存之后就可以进行其他调试优化了。 ?

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    MongoDB 索引创建

    那这两种方式有什么差异呢,在创建索引是是否能观察到索引完成的进度呢。本文将是基于此的描述,同时也描述了索引创建相关的注意事项。...即该集合上的无法正常读写,直到索引创建完毕 任意基于所有数据库申请读或写锁都将等待直到前台完成索引创建操作 后台方式 将索引创建置于到后台,适用于那些需要长时间创建索引的情形...在索引创建期间,即使完成了部分索引创建索引依旧不可用,但是一旦创建完成即可使用。...意外中断索引创建 如果在后台创建索引期间,mongod实例异常终止,当mongod实例重新启动后,未完成的索引创建将作为前台进程来执行 如果索引创建失败...跳过索引创建来启动 三、索引创建期间性能 后台创建索引比前台慢,如果索引大于实际可用内存,则需要更长的时间来完成索引创建 所有涉及到该集合的相关操作在后台期间其执行效能会下降,应在合理的维护空挡期完成索引创建

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    MariaDB 创建索引

    索引用于快速找出在某个列中有一特定值的行,如果不使用索引MySQL必须从第l条记录开始读完整个表,直到找出相关的行.表越大,查询数据所花费的时间越多,如果表中查询的列有一个索引,MySQL能快速到达某个位置去搜寻数据文件...如果有大量索引,索引文件可能比数据文件更快达到最大文件尺寸 ● 当对数据进行增删改查时,索引也需要动态调整,大大降低了数据的可维护性 MySQL索引的设计原则: ● 索引并非越多越好,一个表中如有大量的索引...MariaDB支持多种方法在单个或多个列上创建索引,在创建表的定义语句create table中指定索引列,使用alter table语句在存在的表上创建索引,或使用create index语句在已存在表上添加索引...#指定升序或者降序的索引值存储 ◆创建普通索引创建最基本的索引类型,没有唯一性之类的限制,其作用只是加对快数据的访问速度. 1.创建book表的同时,在year_public字段上建立普通索引,SQL...创建一个表table_2,在表中的name字段上创建单列索引.

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    mysql创建索引

    1、索引需要占用磁盘空间,因此在创建索引时要考虑到磁盘空间是否足够 2、创建索引时需要对表加锁,因此实际操作中需要在业务空闲期间进行 SELECT * FROM table_name WHERE...在已存在的表中,可以使用ALTER TABLE语句或者CREATE INDEX语句创建索引 在已存在的表中,索引创建语句结构 1.普通索引(Normal): ALTER TABLE 表名 ADD INDEX...UNIQUE INDEX 索引名 ON 表名(列名); 唯一索引的特点: 一个表中,可以有多个唯一索引 查询效率高 如果在某一列建立唯一索引,必须保证这列不能有重复数据 如果一个唯一索引上指定...'table_name' ADD PRIMARY KEY pk_index('col'); 从命令上可以看出 索引按类别分类:普通索引,唯一索引,全文索引,空间索引 索引按列的数量分类:单列索引,...,因此会占用存储空间,一般来说,索引表占用的空间的数据表的1.5倍;索引表的维护和创建需要时间成本,这个成本随着数据量增大而增大;构建索引会降低数据表的修改操作(删除,添加,修改)的效率,因为在修改数据表的同时还需要修改索引

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    Oracle创建索引

    数据库索引是为了提高查询速度的一种数据结构。 索引创建语句 索引创建语句非常简单。 CREATE INDEX 索引名 ON 表名(列名); 除了单列索引,还可以创建包含多个列的复合索引。...CREATE INDEX 索引名 ON 表名(列名1, 列名2, 列名3, ...); 删除索引也非常简单。 DROP INDEX 索引名; 查看某个表中的所有索引也同样简单。...3.如果经常在某表的一个字段上进行Order By的话,则也应该在这个列上建立索引。 4.不应该在小表上建立索引索引的优缺点 索引主要是为了提高数据的查询速度,这就是索引的优点。...但是当进行增删改的时候,会更新索引。因此索引越多,增删改的速度就会越慢,因为有一个维护索引的过程。创建索引之前需要权衡该字段是否经常发生增删改操作,否则可能会带来负优化的问题。...索引的优点 1.很大地提高了数据的检索速度。 2.创建唯一索引能保证数据库表中每一行数据的唯一性(唯一性约束)。 3.提高表与表之间的连接速度。 索引的缺点 1.索引需要占用物理空间。

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    oracle创建索引的sql语句_mysql创建组合索引

    创建索引一般分为在线索引和非在线索引,在线与非在线的区别:非在线锁表,优先创建索引,此时DML都被阻塞,所以快;相反,在线锁的是行而非表,通过临时表进行索引创建,所以不会影响DML操作,但副作用就是慢...如果在生产环境操作,不停服务的话,势必导致创建索引期间仍有DML操作进来。另外如果是大表,那么采用非在线而导致锁表所带来的影响可能会很大。一句话,生产环境不停服的脚本操作,建议使用online。...1、创建索引。...LOAD_ID, LOAD_STATUS, FACILITY_RRN) tablespace TBS_MY_INDEX pctfree 10 initrans 2 maxtrans 255; 2、创建在线索引...DROP INDEX 索引名; 4、查看某个表的索引,表名需大写。 SELECT * FROM ALL_INDEXES WHERE TABLE_NAME = '表名' 5、查看某个表哪些列有索引

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    oracle删除索引_创建普通索引sql

    1.索引分类 a) 唯一索引, 作用是数据约束,保证数据唯一,还有就是数据索引,提高查询效率 b)一般索引,只有数据索引的作用, 2.唯一索引的建立 create unique index 索引名...on employee(empname); 3.一般索引 create index 索引名 on 表名(字段名) ok,现在我们为employee的address字段,添加一般索引 create index...,field2 desc); 4.函数索引 如果在我们的查询条件使用了函数,那么索引就不可用了。...price字段上做的索引了 ok,我们来创建函数索引 create index index_price on product(nvl(price,0.0)); 5.索引的删除 drop index 索引名...drop index idx_empname; 6.其它的 唯一索引能极大的提高查询速度,而且还有唯一约束的作用 一般索引,只能提高30%左右的速度 经常插入,修改,应在查询允许的情况下,尽量减少索引

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    MySQL 创建索引索引效率验证

    优化的方式很多,一个比较简单且低成本的方式就是创建索引。 一、索引简介 索引的目的是为了提高数据表的查询效率。 索引的作用类似于字典前面的拼音,笔画。...给数据表创建索引 使用 create index 索引名 on 表名(字段名称(长度)); 来创建索引。 如果指定的字段类型是字符串,需要指定长度,建议长度与数据表中定义字段时的长度一致。...创建索引后,查看索引,可以看到刚创建索引信息。 5. 删除索引 使用 drop index 索引名 on 表名; 来删除索引。...创建索引后查询 上面已经将刚才创建索引删掉了,现在重新创建索引,然后执行相同的查询语句。 ? 从查询结果下面的时间可以看到是0.00秒,所以说这个时间的精度不够,需要使用更精确的监测时间来查看。...通过 show profiles; 查看,创建索引之前的查询时间是 0.03757600 秒,创建索引之后的查询时间是 0.00038250 秒,时间相差了 将近 100 倍,这就是索引带来的效率提升。

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    【SQL Server】创建索引

    索引类型 聚聚索引:表中各行的物理顺序与键值的逻辑(索引)顺序相同,每个表只能有一个 主键索引:为表定义一个主键将自动创建主键索引,主键索引是唯一索引的特殊类型。...唯一索引:唯一索引不允许两行具有相同的索引值。...如何创建索引 语法 CREATE [UNIQUE] [CLUSTERED|NONCLUSTERED] INDEX index_name ON table_name [WITH FILLFACTOR...表名和索引名称之间,用“.”分开 索引创建示例 在Students表的StudentName列创建非聚集索引 use StudentManager go if exists(select name...创建索引的原则 按照下列标准选择建立索引的列 - 频繁搜索的列 - 经常作为查询选择的列 - 经常排序、分组的列 请不要使用下面的列创建索引 - 仅包含几个不同值得列 如男,女 -

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