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我有一份ATAC序列窄峰的档案。与PEPATAC流水线类似，这里的算法是:首先，保留最重要的峰值，并删除与该显著峰值直接重叠的任何峰值。然后，此过程迭代到下一个最重要的峰值，依此类推，直到由于与更重要的峰值直接重叠而保留或移除了所有峰值。以下是我的数据示例 data <
浏览 30提问于2020-12-18得票数 2
我正在尝试匹配具有相似文件名的文件，以将其用作函数的输入。例如，如果目录中的文件名为：atac.macaque.R2.fastq.gzatac.human.R2.fastq.gz
是否有一个函数可以识别atac.macaque.R1.fastq.
浏览 6提问于2020-02-21得票数 0
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在时间序列中，我们可以找到峰值(最小值和最大值)。有一些算法可以找到峰值。我的问题是：
在python中，有没有用于时间序列数据峰值检测的库？或者使用RPy的R中的某些东西？
浏览 10提问于2012-11-23得票数 3
/vignette_data/atac_v1_pbmc_10k_fragments.tsv', min.features = 200现在，我的错误出现在有人能提供可能的解决方案来缓解这种状况吗？
浏览 59提问于2022-06-07得票数 0
48h后，1/3以上的转录组差异表达(>5,000个基因；405个编码胞外区蛋白质的基因，基因本体(GO)登录0005576)，与维穆拉非尼治疗5天后体内A375肿瘤的基因表达变化明显重叠(图3a，b和扩展数据图Colo800和UACC62黑色素瘤细胞在维母拉非尼和H3122肺腺癌细胞中也有类似的广泛表达。尽管有不同的细胞来源、不同的致癌因素和不同的靶向治疗，但黑色素瘤分泌体与肺腺癌细胞之间仍有明显的重叠</e
浏览 4提问于2021-09-11得票数 3
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我有这个数据框 atac.v1.pbmc.5k.possorted.bam.bam possorted.bam.bamchr1.9941.10736658
chr1.20874.21591
浏览 20提问于2020-07-22得票数 0
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你好，我是蟒蛇的新手。我有以下问题:我想要编写一个脚本，如果( DNA )序列具有歧义性，则写入所有可能的序列(如果序列少于100个，如果有超过100个可能的序列，则打印一个适当的错误消息)以处理DNA核苷酸的歧义：。示例:对于序列“AYGH”，脚本的输出将是“ACGA”, “ACGC”, “ACGT”, “ATGA”, “ATGC”和“ATGT”。A，C，G和T是缺省的核苷酸。i
浏览 1提问于2016-11-30得票数 0
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我是Bash脚本的新手，我有一个问题要解决。我有一个如下所示的文件：ATTGGCAATTAAATTCTTTTATTACCAAGTAAATTCTTTT.38
浏览 18提问于2019-10-31得票数 0
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是否对numpy 中的序列进行了向量化的元素辅助？[1,2], dtype=object)这将用于将标量启发式映射到确定它的矩阵中的相邻单元(例如，从操作具有峰值重叠的单元的范围)。
浏览 2提问于2016-11-20得票数 1
R的新手，最近通过ATAC-seq workshow in R工作。在我调用makeGRangesFromDataFrame函数的5.1节中，我得到了以下错误- > atac_esca.gr <- makeGRangesFromDataFrame(atac_esca,keep.extra.columns= T)
Error in makeGRangesFromDataFrame(atac_esca, keep.extra.
浏览 100提问于2020-04-02得票数 3
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这个问题是关于确定数字序列中最大值的数量和位置的算法。因此，这个问题有一种统计的味道，但它更倾向于编程，因为我对特定的统计属性不感兴趣，解决方案需要在R中。使用统计来回答这个问题是可以的，但不是必需的。
我想提取时间序列数据中的最大周期(即有序的数字序列)。这类数据的一个例子是太阳耀斑时间序列(~11年周期，在
浏览 1提问于2013-05-02得票数 2
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调用原始基因组A，然后通过在A的中间插入1kb的序列来创建基因组A‘，并使用A’作为参考来对A的读数进行比对，以模拟序列中的缺失。我现在想写一个程序来检测我的“删除”的位置。我做了以下假设：
情况1.删除左侧且不与删除重叠的读取可以从aHbS (a和b是常数，a，b >=0)开始，接着是Ms、Is、Ds序列，最后以cSdH
浏览 19提问于2017-04-14得票数 1
我希望根据列中的值2和-2来转换输入数据。结果应该如下所示。Input:
ATAC 0 1 -1 -2 2S2 -2 CCNLS3 -2 BHGVS4 -2 ATACS4 2 BHGV
S5 2 ATAC</e
浏览 5提问于2017-09-07得票数 1
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我有一个时间序列，我想检测(并识别)一些峰，但只对R中的一个特定范围。360, along = y)plot(x, y, type="b")如有任何建议，将不
浏览 4提问于2014-10-02得票数 3
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我分析了大量正弦形式的时间序列。我已经成功地用R中的peakPick来计算时间序列中的峰值。然而，山谷带来了一个问题。基本上我用：形成相对一致的山峰和山谷。peak.min.sd = 0.5,
浏览 1提问于2020-11-17得票数 0
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我遇到了这个数学问题，这是完成我的申请所需要的，所以我寻求帮助。，如果这个矩形的任何部分放置在另一个矩形的任何部分上，是否有一个区域的交集？我搜索并发现了一点帮助，但这并不能解决问题：
一个矩形的左边位于另一个矩形右侧的右侧，意味着第一个矩形的右边完全放置在第二个矩形的右侧，一个矩形的右边缘不位于另一个矩形的左边缘的左侧，意味着第一个矩
浏览 4提问于2011-11-03得票数 4
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我有一个字符串CCAATA CCGT，我试图得到连续子序列的固定长度，n。然后，我想得到这样的东西：0 thru 3 : CCAA 2 thru 5 : AATA 4 thru 7 : TACC
5 thru在这里，我在列表中循环并得到索引& lastIndexOf。之后，3 thru 6 : ATAC</e
浏览 0提问于2018-01-24得票数 3
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序列1，2，3和4,2将被删除，因为add to 6函数将返回5,7,54。如果两个序列重叠，则删除第一个序列。重叠大小写： 对于数组1, 2,3，9, 4,1 ,4,6,7和数字5，序列2，3和4,1被删除，因为它们相加为5。对于4，1情况。你可以看到4,1,4代表两个重叠的序列。我们说4,1和1,4重叠得到4,1,4，在这些情况下，第一个重叠
浏览 20提问于2021-07-03得票数 3
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我正在尝试从包含头部(重叠群的名称)和DNA序列的fasta文件创建数据帧。在我的数据帧的第一列，我想要文件名，在第二行，我想要重叠群的名称，在第三列，我想要重叠群序列的长度(基对的数量-我不必计算这个-它也在重叠群ID中，这样我以后就可以拆分了)。在jupyter笔记本中(嵌入在bash shell中)，我尝
浏览 21提问于2019-04-06得票数 2
我有个关于发现峰的问题。我想用它来检测信号时间序列(信号1)中的峰值。这很好，但我也有代理数据，作为重要的阈值，具有相同的长度(信号2)。我现在想在信号1上使用find峰，但只有当信号1大于信号2的时候。我试着使用find峰值的常规属性，但是没有什么效果，所以far...Here就是我现在所拥有的：
GPDC是一个9x9x512双倍。Dim 1包含部分有向相干值，它是通过一个方向上的多元自回归模型估
浏览 1提问于2018-10-14得票数 0
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