前言 此部分内容，均为《基因学苑》公众号付费资源的学习笔记。 一、eggnog-mapper简介 拼接完的宏基因组序列，进行基因预测，去冗余，最终得到宏基因组测序的基因组。...那么这些基因都有哪些功能呢?这就需要进行基因功能注释。基因功能注释就是将待查基因与已知数据库进行比对，如果比对上则认为二者为同源基因，执行相同的功能。...宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。所以，在宏基因组研究中，一部分或者大部分基因无法注释得到功能属于正常现象。...这里我们使用 eggnog-mapper 工具来进行基因功能注释。eggnog-mapper 是一个非常方便的基因功能注释流程 。...可以自动化完成基因功能注释工作，其内置了COG/KOG/KEGG/GO/BiGG 等数据库，也可以自行创建注释数据库。
5.0 版本， 把包含了 5090 个基因组， 其中 2502 病毒基因组， 4.4M 个直系同源家族。如果做了eggNOG功能注释还有必要做COG注释吗？...新版本的EggNOG 还提供了自动化注释工具eggnog-mapper，可很方便的完成基因组的功能注释，注释信息可以关联COG/KOG/KEGG/GO/BiGG等。 ?...筛选后blast结果的注释信息 3）从比对结果出发，统计不同功能层级的相对丰度（各功能层级的相对丰度等于注释为该功能层级的基因的相对丰度之和），其中，KEGG 数据库划分为 5 个层级，eggNOG...4）从功能注释结果及基因丰度表出发，获得各个样品在各个分类层级上的基因数目表，对于某个功能在某个样品中的基因数目，等于在注释为该功能的基因中，丰度不为 0 的基因数目； ?...组间（内）差异分析，代谢通路比较分析，组间功能差异的Metastat和LEfSe分析。
需要注意的是，除了上述的50个关键字以外，true,false,null也不可以被用作标识符~ 1.3.1 注释 几乎所有编程语言都允许程序员在代码中输入注释 因为编译器会忽略注释,所以注释并不会影响程序的运行结果...单行注释: 注释单行内容. 格式: 每行都以”//”开头. 快捷方式: Ctrl+/ 添加注释,同样的快捷键,再按一次取消注释 2. 多行注释：注释多行内容,虽然叫多行注释,也可注释单行内容....快捷方式: 可以输入” /* ”之后按回车添加注释 3. 文档注释: 一般用来注释类和方法,通过注释内容来记录类或者方法的信息. 格式: 以” /** ”开头。...我是一个文档注释/DOC注释 * 我也可以注释多行内容 * 除此之外，我还可以添加一些作者/时间/版本...的信息 */ public static void main(String[] args)...它的值是指向内存空间的引用，就是地址，所指向的内存中保存着变量所表示的一个值或一组值。如：类，接口，数组,后面讲。。。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君 Eclipse 中的两种注释方法： (1)多行注释 (2)单行注释 一、 多行注释快捷键 1：添加注释 Ctrl+Shift+/...选中被注释的代码块后按下快捷键即可 Ctrl+Shift+\ ： 消除/* */注释 二、 单行注释快捷键(这里说的单行注释是指每一行代码前都有[//]) 1:添加注释...Float.parseFloat(resInfo.get(2)); //} catch (Exception e) { //e.printStackTrace(); //} ②单行代码 示例：鼠标放在要注释的代码行或选中代码行后按下快捷键即可...//float size = 0.0f; 2:消除注释 ctrl + shfit + c 或者 Ctrl+/： 消除//注释 ① 多行代码...Float.parseFloat(resInfo.get(2)); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } ②单行代码 示例：鼠标放在要注释的代码行或选中代码行后按下快捷键即可
类注释用于说明整个类的功能、特性等，它应该放在所有的“import”语句之后，在class定义之前。这个规则也适用于接口（interface）注释。 （2）方法注释。...·@exception：抛出的异常。 ·@throws：抛出的异常，和exception同义 Java除了提供基本的代码注释以外，还提供一种功能更加强大的注释形式：文档注释。...如果编写java源代码时添加了合适的文档注释，然后通过JDK提供的Javadoc工具可以直接将源代码里的文档注释提取成一份系统的API文档。 ...当其他人使用一个类或者一个方法时，他无需关心这个类或这个方法的具体实现，他只要知道这个类或这个方法的功能即可，然后使用这个类或方法来实现具体的目的，也就是通过调用应用程序接口（API）来编程。 ...API文档就是用来说明这些应用程序接口的文档。对于java语言而言，API文档通常详细的说明了每个类、每个方法的功能及用法。
首先，Doxygen在不做任何额外的工作下可以很容易地把我们的代码生成相应的HTML格式的文档。然而，你也可以通过嵌入类似如何使用你声明过的类的用法的注释使之更有用。...学习Doxygen的C++注释方法很容易。有很多注释的格式可以被Doxygen认同，参见Doxygen的官网，尤其是这个部分，当然也仅仅是一个子集而已。...， 2) 针对类的成员和参数，注释也可以在其后面， 3) 注释有两种方式：简单的（一行）或者详细的或者两者都有， 4) 把类型代码的注释（类和用法描述）放在.h文件里，而不是在实现文件（.cxx...代码前的详细注释 加一个额外的‘*’ /** This is a method that does so * much that I must write an epic * novel just...代码前的详细注释 加额外的‘*<’ void DoNothing(); /**< This is a method that does so * much that I must write
@function 一般情况下不用加, 只需要给函数加上—注释就可以.@lfunction 用来表示一个局部函数, 但是ldoc默认是不会导出局部变量和函数的....以上几个标签都是描述function的一些行为的 @table 描述一个table, 也可以不加, 只需要给table加上—注释就可以....exclude, 表明要排除的文件或目录 project 项目的名称, 会出现在文档的左上角...., 默认是 doc colon 使用冒号风格代替 @ 风格的 tag boilerplate 忽略所有源文件中的首个注释(块), 比如: license 注释. ext 输出文件的后缀(默认为 html...) one 文档使用单列的布局 style, template 指定模板和样式的目录.
1.介绍 我们如果是进行SDK或者API的提供者。那么当编写过多的代码之后。需要提供规范的API帮助文档。 Kotlin和java类似，提供了一个Kdoc的工具帮助进行注释文档的生成。...注意：生成的前提条件是在源代码中规范的进行了文档注释 2.规则 API帮助文档是要给别人看的，一般是非私有的属性和函数以及类和接口等提供文档注释。...而私有化的接口等，主要是内部使用的可以不用文档注释 3.注释 什么是文档注释呢？在Kotlin的语法中注释分为三种： 单行注释：使用 //在行首进行添加。...例如类文档注释： /** *版权所有：xxxxxx *许可信息查看：xxxxx * 描述 * 实现的功能介绍 *历史版本： * 2020-08-23 ：xxxx * */ 等等信息 4.标签注解 我们在使用注释的过程中...5.生成注释文档 Kotlin的注释文档生成需要使用一个Dokka的工具进行：https://github.com/Kotlin/dokka Dokka支持java和Kotlin混合项目生成KDoc文档
一、概述 IDEA自带的注释模板不是太好用，我本人到网上搜集了很多资料系统的整理了一下制作了一份比较完整的模板来分享给大家，我不是专业玩博客的，写这篇文章只是为了让大家省事。...这里设置的注释模板采用Eclipse的格式，下面先贴出Eclipse的注释模板，我们就按照这种格式来设置： 类注释模板：...方法注释模板： 二、类注释模板 1、File–>settings–>Editor–>File and Code Templates–>Files 我们选择Class文件（当然你要设置接口的还也可以选择...1.0版本，这里写死就可以了 2、效果图展示 三、方法注释模板 1、创建模板 IDEA还没有智能到自动为我们创建方法注释，这就是要我们手动为方法添加注释，使用Eclipse时我们生成注释的习惯是 /...**+Enter，这里我们也按照这种习惯来设置IDEA的方法注释 1、File–>Settings–>Editor–>Live Templates （1）新建组：命名为userDefine （2）新建模板
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君 一、概述 IDEA自带的注释模板不是太好用，我本人到网上搜集了很多资料系统的整理了一下制作了一份比较完整的模板来分享给大家，我不是专业玩博客的，写这篇文章只是为了让大家省事...这里设置的注释模板采用Eclipse的格式，下面先贴出Eclipse的注释模板，我们就按照这种格式来设置： 类注释模板：...方法注释模板： 二、类注释模板 1、File–>settings–>Editor–>File and Code Templates–>Files 我们选择Class文件（当然你要设置接口的还也可以选择...1.0版本，这里写死就可以了 2、效果图展示 三、方法注释模板 1、创建模板 IDEA还没有智能到自动为我们创建方法注释，这就是要我们手动为方法添加注释，使用Eclipse时我们生成注释的习惯是 /...**+Enter，这里我们也按照这种习惯来设置IDEA的方法注释 1、File–>Settings–>Editor–>Live Templates （1）新建组：命名为userDefine （2）新建模板
Xcode作为iOS的开发神器，为我们提供了十分丰富的文档提示功能，在开发过程中，我们可以十分方便的按下Option键，选中一个类或者方法查看其文档说明。...而实际开发过程中我们也可以使用规范的方法添加注释，达到这样的效果。本篇主要介绍几种常用的文档注释方法。 多行注释文档 /** 多行注释文档相比于普通多行注释多了一个星号。...这里写图片描述 我们发现一个问题，效果图中前两行并没有换行，我们若是希望换行就需要在之间添加一个空行 ---- 单行注释文档 ///# 标题1 ///## 标题2 ///hello oc，下面的空行是为了换行...这里写图片描述 ---- 标签注释 标签注释穿插在我们代码的任意位置，我们通过xcode的类视图来查找标签，可以快速定位，十分方便，常见的三种注释标签如下： //MARK: - 在代码的某处添加一个标签...这里写图片描述 ---- 算法注释 算法是相对比较复杂的方法，我们通过注释对其进行详尽的说明，其文档注释使用的关键字如下： /// - Precondition: 前置条件 /// -
JAVA 文档注释，类的说明，HTML说明文档的生成 有的时候,我们会写一些类,编译成.class文件,给别人使用,那么,别人不知道这个类有哪些方法,如何调用. 所以我们需要做一个类的说明文档....可以采用在.java类里面进行注释,通过注释来生成类的说明 … Java – 34 Java 文档注释 Java 文档注释 Java只是三种注释方式.前两种分别是// 和/* */,第三种被称作说明注释...:Java语言类的源文件 … 如何为我们的程序编写开发文档——Java文档注释 Java文档注释是用于生成Java API文档的注释,通过在程序中的类.属性.方法部分加上注释,就可以用javadoc命令生成漂亮的...注意,文档注释只说明紧跟其后的 … java文档注释–javadoc的用法 1.前言 Java中有三种注释方式.前两种分别是 // 和 /* */,主要用于代码的注释,以此来方便代码的可读性.第三种被称作说明注释或文档注释...… InnoDB关键特性之insert buffer insert buffer 是InnoDB存储引擎所独有的功能.通过insert buffer,InnoDB存储引擎可以大幅度提高数据库中非唯一辅助索引的插入性能
背景 预测得到一个物种的全部基因之后，接下来自然而然的问题就出现了。这些基因都有哪些功能呢?这就需要进行基因功能注释。...基因功能注释就是将待查基因与已知数据库进行比对，如果比对上则认为二者为同源基因，执行相同的功能。宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。...所以，在宏基因组研究中，一部分或者大部分基因无法注释得到功能属于正常现象。 一、基因功能注释原理 基因功能无法实现软件预测，只能与数据库进行比对。...因为二者是同源关系的基因，所以就认为二者执行同样的功能。基因功能注释大体上就是这样的过程，原理并不复杂。这里我们其实注意到。对于基因功能注释，数据库的影响非常大。...KEGG 将基因组信息和高一级的功能信息有机地结合起来，通过对细胞内已知生物学过程的计算机化处理和将现有的基因功能解释标准化，对基因的功能进行系统化的分析。
文档注释 2. 常见 javadoc 标签 1. 文档注释 注释内容可以被JDK提供的工具javadoc所解析，生成一套以网页文件形式体现的该程序的说明文档，一般写在类中。...基本格式 javadoc -d 文件夹名 -xx -yy Demo1.java xx,yy表示java代码里用到的 javadoc 标签，如：@author，@version 应用实例 /** * @
： 可以从 剪贴板ctrl+v替换，也可以直接输入： 最重要的：Ctrl + Shift + L调出所以快捷键列表 一、多行注释快捷键 1.选中你要加注释的区域，用ctrl+shift+C或者ctrl...+/会加上//注释 2.先把你要注释的东西选中，用shit+ctrl+/ 会加上/* */注释 3.以上快捷在重复按一下就会去掉加上的注释 4.要修改在eclispe中的命令的快捷键方式我们只需进入...windows -> preference -> General -> key设置就行了 二、Eclipse中添加文档注释快捷键 1.例如默认的文档注释： /** *...@author XX * */ 2.快捷键为：ALT + SHIFT +J 3.修改文档注释的注释格式内容，修改的方法有两种： A.直接在eclipse给的模板下进行修改...全局 全部构建 Ctrl+B 源代码 作用域 功能 快捷键 Java编辑器 格式化 Ctrl+Shift+F Java编辑器 取消注释 Ctrl+\ Java编辑器 注释 Ctrl+/ Java
一、多行注释快捷键 1.选中你要加注释的区域，用 Ctrl+Shift+C 或者 Ctrl+/ 会加上 // 注释，再重复按一下就会去掉 // 注释。...（.js文件中只有 Ctrl+Shift+C 管用，.java文件中都管用） 2.选中你要加注释的区域，用 Ctrl+shit+/ 会加上 /*...*/ 注释，再用 Ctrl+shit+\ 会去掉...（注意：正斜杠是加注释，反斜杠是去掉注释） 3.要修改在eclispe中的命令的快捷键方式我们只需进入 Windows -> Preferences -> General -> keys 设置就行。...二、Eclipse中添加文档注释快捷键 1.例如默认的文档注释： /** * @author xxx * * */ 2.快捷键为：Alt+Shift...+J 3.修改文档注释的注释格式内容，修改的方法有两种： A.直接在eclipse给的模板下进行修改 打开Eclipse Window --> Preferences --> Java
导言 在 Rust 中，文档注释（doc comments）是一种特殊的注释格式，用于为代码提供文档和说明。...文档注释可以包含在函数、结构体、枚举、模块等代码元素之前，以提供关于代码功能、使用方法和示例的详细说明。本篇博客将详细介绍 Rust 中的文档注释的使用方法、格式和最佳实践。...文档注释的使用方法 在 Rust 中，文档注释使用特定的注释符号 /// 或 //! 来标记。这些注释应该位于要文档化的代码元素之前，并提供与该代码元素相关的信息。...通过文档注释，我们可以为代码提供详细的说明和示例，帮助其他开发人员了解代码的功能和使用方法。 文档注释的格式 文档注释的格式使用 Markdown 语法。...最佳实践 在编写文档注释时，以下是一些最佳实践： 使用简洁、清晰和准确的语言描述代码的功能和用途。 提供详细的参数说明，包括参数的名称、类型和用途。 为返回值提供清晰的描述和说明。
前言 IDEA 文档插件 Doc View 又更新了新版本，本次更新版本如下： 支持在方法右键菜单选择 Doc Editor 直接编辑文档 编辑接口文档名称 编辑接口描述 编辑字段是否必填 编辑字段注释说明...点击确定, 会回写到源文件的注释中 支持在 Entity 中通过邮件菜单选择Doc Editor 编辑字段信息 编辑字段是否必填 编辑字段注释说明 点击确定, 会回写到源文件的注释中 支持将 Entity...Doc Editor 在方法右键菜单 弹起操作面板，可编辑参数如下： 接口名称：默认取方法名，当有注释且注释 tag 为 @docName 时，会取 @docName 对应的名称； 接口描述：取注释的描述内容...下面使用动图演示： 在实体类右键菜单 在实体类中右键菜单，其实相当于方法中的请求/返回参数那一部分。 操作面板操作如下： 是否必填：将使用注释 tag @required 作为是否必填的标识。...当然也支持 javax.validation.constraints 的部分注解； 描述信息：描述内容为注释内容，修改后会回写到注释中； 复制为 Json 字符串，支持多级嵌套。
通过这篇文章《"--"注释在Oracle和MySQL下的区别》，我们了解了注释的具体使用方式，GreatSQL技术社区的《MySQL Server可执行注释》则为我们讲解了"可执行"注释的作用，确实值得借鉴...MySQL Server当前支持如下3种注释风格： 以'#'开头的单行注释 以'-- '开头的单行注释 C语言风格的单行/多行注释 如下SQL脚本给出了3种注释风格的示例， /* 这是一个 多行注释 示例...，MySQL Server针对C风格的注释在解析上做了一些扩展，当注释满足如下风格时，MySQL Server将会解析并执行注释中的代码， /*! ...-----------------------------------------------------------+ 1 row in set (0.01 sec) MySQL Server提供的可执行注释功能...功能实现上，MySQL Server是在词法解析阶段先对语句做了一遍拦截，针对/*!按具体情况做了特殊处理，如有兴趣您可以参考MySQL的词法解析相关源码。
批量获取一个基因或者SNP的详细信息在很多时候都是很困扰的一个问题，今天给大家介绍一个可以注释位点或者基因的R包cellabaseR。...此包提供了getGene，getSnp，getProtein，getTranscript，getRegion，getVariant，getClinical，getTf，getXref信息获取功能。...所涉及的数据资源见链接：http://docs.opencb.org/display/cellbase/Data+sources+and+species。...res <-getXref(object=cb, ids="ENST00000373644", resource="xref") ##基于Gviz实现基因组的可视化 test <-createGeneModel...testTrack <- Gviz::GeneRegionTrack(test) Gviz::plotTracks(testTrack,transcriptAnnotation='symbol') } ##注释
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