import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # 生成测试数据 x = np.linspace(0, 10, 10) y = 11-x # 绘制柱状图...plt.bar(x, y) # 循环，为每个柱形添加文本标注 # 居中对齐 for xx, yy in zip(x,y): plt.text(xx, yy+0.1, str(yy), ha='
当我们想要在一幅图中展示多个热图时，采用传统的一页多图的方式，会导致排版的混乱，第一个例子，同时展示两幅热图以及对应的图例，代码如下 >>> import matplotlib.pyplot as plt...可以看到，默认的宽高比情况下，图例的高度大大超过了热图的高度，这种情况相下，可以通过调节figure的宽高比来使得图形显示比例正常。...此时排版同样很混乱，而且无法通过简单的调整输出图像的宽高比来解决问题。 对于多副热图的排版问题，在matplotlib中，可以通过ImageGrid方法来调节。...通过ImageGrid，不仅可以解决图例的排版问题，还可以排版多副大小不一的热图，代码如下 >>> data1 = np.random.rand(50).reshape(5, 10) >>> data2...对于多副热图的排版而言，通过ImageGrid可以大大提高处理的简便性。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！
目前基于热图的绘制需求越来越高，让我们想到的事情逐渐成熟，却已经有人开始实现了这个功能，并上传到了CRAN。...复杂热图的绘制长期以来都是基础包omplexHeatmap来实现，现在可以使用了tidyHeatmap了.但是这也不是基于ggplot的版本，所以差强一步。...安装tidyHeatmap 遗憾的是，cran中包存在问题，我检查发现是版本问题，因此在github上的例子只能安装github版本的tidyHeatmap。...treate~ Ant2 2575 treated paire~ Intracel~ 0.329 ## # ... with 494 more rows 复杂热图...首先一定要明白，R语言是以长格式的数据来绘图的； 参数解释： .data “tbl”格式的数据框 .horizontal ：在热图中水平显示的列的名称 .vertical 在热图汇总垂直展示的列名称
今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站 小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfa.1 head(dfa.1) 读取添加文本的数据 dfb...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
grep > grep -rnw '/path/to/somewhere/' -e 'pattern' -r或者-R是递归的， -n 是行号，并且 -w 代表匹配整个单词。...-l (小写 L) 可以添加只给出匹配文件的文件名。...-e 是搜索过程中使用的模式 除了这些, --exclude, --include,--exclude-dir标志可用于高效搜索： 只搜索那些具有 .c 或 .h 扩展名的文件 > grep --include...{c,h} -rnw '/path/to/somewhere/' -e "pattern" 排除搜索所有以 .o 扩展名结尾的文件： > grep --exclude=\*.o -rnw '/path/...例如，这将排除目录dir1/、dir2/ 以及所有与*.dst/ 匹配的目录 > grep --exclude-dir={dir1,dir2,*.dst} -rnw '/path/to/somewhere
grep > grep -rnw '/path/to/somewhere/' -e 'pattern' -r或者-R是递归的， -n 是行号，并且 -w 代表匹配整个单词。...-l (小写 L) 可以添加只给出匹配文件的文件名。...-e 是搜索过程中使用的模式 除了这些, --exclude, --include,--exclude-dir标志可用于高效搜索： 只搜索那些具有 .c 或 .h 扩展名的文件 > grep --include...{c,h} -rnw '/path/to/somewhere/' -e "pattern" 排除搜索所有以 .o 扩展名结尾的文件： > grep --exclude=\*.o -rnw '/path...例如，这将排除目录dir1/、dir2/ 以及所有与*.dst/ 匹配的目录 > grep --exclude-dir={dir1,dir2,*.dst} -rnw '/path/to/somewhere
导语 GUIDE ╲ 热图是一种流行的可视化高维数据的图形方法，其中一个数字表被编码为彩色单元格的网格。矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。...背景介绍 热图可以说是我们在日常可视化中最常用到的图形之一了，绘制热图的R包和工具也是数不胜数，我们也介绍过许多常见的工具，比如pheatmap、complexheatmap等等，今天小编给大家介绍一个可以交互式绘制热图的...R包--heatmaply，交互式热图允许通过将鼠标悬停在单元格上来检查特定值，以及通过在相关区域周围拖动矩形来放大热图的区域，使用起来非常灵活方便。...heatmaply( mtcars, cellnote = mtcars ) 将热图保存到文件中 由于我们的图片是交互式的，我们可以用以下代码将热图的交互式版本保存到 HTML 文件中： dir.create...R包中的一员，heatmaply可以绘制交互式的热图，其许多参数设置也和ggheatmap、pheatmap等常用的R包有联动，在色彩的美观度上也是非常优越，通过zoom in/zoom out也可以让我们方便的查看热图的细节
默认图 精修图 ❝此图只展示个别列文本添加，其余列处理方法均一致。 ❞ 图形解读 ❝此图主要在常规相关性热图的基础上进行了细节的精细调整，通过自定义构建数据的方式来调整文本角度完美解决文本添加问题。...需要根据坐标区域来自定义设置文本角度递减度非常的灵活。也算是一个小优化版。...❞ 关注下方公众号下回更新不迷路 ❝本节介绍到此结束，有需要获取此文档代码的朋友，欢迎到小编淘宝店铺R语言数据分析指南，购买R可视化文档-2024版，「购买将赠送2023年的绘图文档内容」。...目前此文档(2023+2024)「已经更新上传了150+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。...❞ 2024更新的绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单，「小编只分享案例文档不额外回答问题无答疑问。」 在线同步更新 2024年案例图展示 2023年案例图展示
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap...：匹配最后一个点号之前的所有内容。替换为空，保留最后一个点号后的内容。sub("\\d+$", "", ...)\\d+$：匹配末尾的所有数字。替换为空，去除末尾的数字。P1P2
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...rownames(mat) = mat[, 1] mat = mat[, -1] mat= mat[, -ncol(mat)] mat = t(as.matrix(mat)) #下面部分主要是要和数据中所包含的类型对应...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?
之前写硕士论文的时候需要同时对比相位图和幅值图，故需要绘制包含双Y轴的图 绘制数据对左侧 y 轴的图 创建左右两侧都有 y 轴的坐标区。yyaxis left 命令用于创建坐标区并激活左侧。...后续图形函数（例如 plot）的目标为活动侧。绘制数据对左侧 y 轴的图。...然后，绘制一组数据对右侧 y 轴的图。...新图与对应的 y 轴使用相同的颜色，并循环使用线型序列。hold on 命令同时影响左右两侧。...cla reset 现在，当您创建绘图时，绘图将仅包含一个 y 轴。例如，基于单个 y 轴绘制三条线条。
论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 数据和代码的github主页链接 https:/.../github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP 这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构 https://zenodo.org/record/5910709#....YmAcp4VBzic 今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 10 image.png 论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数，这里只介绍作图代码，数据计算的过程我还看不懂...这里主要有两个数据，一个是热图颜色的数据，另外一个是加减号的文本数据，部分示例数据集如下 image.png image.png 读取数据 dat01<-read.csv("ExtendedFig10
我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见： 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版) 通过WGCNA作者的测试数据来学习 重复一篇WGCNA分析的文章（代码版） 重复一篇WGCNA分析的文章...（解读版）（逆向收费读文献2019-19） 关键问题答疑：WGCNA的输入矩阵到底是什么格式 其中有一个是“老米”投稿：手把手10分文章WGCNA复现：小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有...TOM矩阵热图，就是配色很奇怪。...奇怪的配色 但是官网配色是： ? 官网配色 首先，这个差异其实并不重要，当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无，仅仅是因为教程里提到了而已，大部分情况下，就是凑图。...或者说是搜索技巧： https://www.biostars.org/p/394615/#394743 简单的配色代码即可解决： TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors
seurat.object_copy), levels= my_levels) VlnPlot(seurat.object_copy, features = c("some_gene")) 因为顺序变了，要是想保持原来每个样本对应的颜色的话...，也要改变小提琴的颜色.如： 原始的样子 VlnPlot(=combined,features = T,log = F,slot = "data",pt.size = 0) ?...如果不知道原来的颜色： library(scales) show_col(hue_pal()(4)) Heatmap调整热图颜色为scale_fill_gradientn() DoHeatmap(object...image.png Heatmap调整上面bar的颜色 DoHeatmap(subset(combined_copy,downsample = 100), features = combined.markersTop50...image.png 如果要修改gene的顺序的话，修改level后重新运行FindAllMarkers.
今天小编向大家介绍一下使用gapmap和dendsort包生成带间隙的热图绘制方法及效果。...gapmap在树状图和热图的可视化中都引入了间隙，以指数方式将两个节点的距离（不相似）映射到间隙大小的比例。...install.packages("dendsort") library(dendsort) 1.绘制排序后的热图 gapmap(m = as.matrix(dataTable), d_row...:unit(0,"lines") )+ theme(axis.ticks.margin = grid::unit(-0.8, "lines")) #将axis.tick.margin设置为负值,使文本标签更接近树状图...小编总结： R语言中绘制聚类热图的方法有很多，比如pheatmap、heatmap还有我们今天介绍的gapmap等，小伙伴们可以比较优势，选择适合自己作图的R包哦~
在画用例图的时候，理清用例之间的关系是重点。用例的关系有泛化(generalization)、扩展(extend)和包含(include)。其中include和extend最易混淆。...下面我们结合实例彻底理清三者的关系。 基本概念 用例图（Use Case Diagram）:用例图显示谁是相关的用户，用户希望系统提供什么服务（用例），以及用例之间的关系图。...用例图主要的作用是获取需求、指导测试。 用例图的4个基本组件：参与者(Actor)、用例(Use Case)、关系(Relationship)和系统。...包含(include)： include为包含关系，当两个或多个用例中共用一组相同的动作，这时可以将这组相同的动作抽出来作为一个独立的子用例，供多个基用例所共享。...用例图：大家可以参照着图，好好理解。 加深理解 我们再用另外一个场景的用例说明一下include和extend,因为就这两个玩意比较容易搞混。
标签：VBA，自定义函数 如下图1所示，在单元格A1中包含多行文本，现在要求删除这些文本中开头单词相同的行，仅保留第1行，结果如图1单元格B1中所示。...图1 可以使用VBA编写一个自定义函数来实现。...dict = Nothing Set dOut = Nothing End Function 在单元格B1中输入公式： =fnUnique(A1) 然后，选取单元格B1，单击功能区“开始”选项卡中的“...注：本文示例收集自vbaexpress.com，供有兴趣的朋友研究。 欢迎在下面留言，完善本文内容，让更多的人学到更完美的知识。
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息，进一步丰富了展示的信息，一个经典的热图如下...图中提供了两大类的信息，第一大部分也是热图的主体部分，即表达量信息，上图中，每一列表示样本，每一行表示基因，用不同颜色表征表达量的不同数值；第二部分为行或者列的注释信息，对应上图中顶部的样本注释信息...那么这样的一幅图如何来做？...可用的R包当然很多，我最常用的是pheatmap这个R包，在作图之前，先准备好数据，即表达量数据和样本的注释信息 # 1.基因表达量数据 # 纯文本文件，每一行为基因，每一列为样本 > data 文本文件，每一行为样本，每一列为一种注释信息 > group <- read.table("sample.group.txt", header = T, sep = "\t", row.names
周末浏览资料，看到一个例子展示如何分析包含表情符号的文本数据。，分享给读者 表情符号是内联出现在文本中的图形符号。...你也可以使用表情符号来分析文本数据。例如，使用它们来识别相关的文本字符串或可视化文本的情绪或情感。 在处理文本数据时，表情符号的行为可能不可预测。根据系统字体，系统可能无法正确显示一些表情符号。...使用compose函数创建一个包含此表情符号的字符串，并以前缀“\x”指定两个代码单元。...文件weekendpdates .xlsx包含状态更新，其中包含标签“#weekend”和“#vacation”。...figure wordcloud(textData); Emoji查找 使用contains函数识别包含特定表情符号的状态更新。查找包含“带墨镜微笑”表情符号的文档索引( ，代码U+1F60E)。
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