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使用markdown，knitr和pandoc在R语言中编写可重现的报告

像纸张这样的大型报告很少见，但是我们一直在编写较小的报告。这些包括在项目生命周期内编写的所有初步结果，每周更新，带有数字的电子邮件以及自己的笔记。...RStudio实现了一种称为“ RMarkdown”（或RMarkdown）的东西。此外，它包括“代码块”，这些代码块将由R运行。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...点击可以 knit HTML 做几件事 它运行文件中的所有代码 它会生成一个markdown文件，包括原始文档的位及其输出。 它将markdown文档转换为html。...避免麻烦 我们建议您使用 setwd() 中的脚本。这在这里更重要。在Rmd文件中更改工作目录将导致麻烦。因此，建议您假设所有Rmd文件都在项目的根目录中运行，以使其运行。

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71-R分享01-Rmd新手入门指南

★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...Rmd 文件的编译 RStudio 是一个集成的R软件环境， 可以用来编辑和执行R程序， 这个软件也可以用来编辑和编译R Markdown格式的文件， 使得R Markdown格式的文件变得容易使用。...如果不借助于RStudio 软件， 也可以用R软件、knitr包、rmarkdown包、pandoc软件来完成R Markdown源文件的编译。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...tex文件， 然后利用tinytex包调用外部的TinyTex软件将.tex文件编译为PDF结果。

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    1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总

    RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用cheatsheet下载，可以在公众号后台回复cheatsheet，获得包括rmarkdown在内的小抄。...默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...2.插入外部图形文件 如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一 使用Markdown语法!...方式二 在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。 ?...外部数据你可以不用markdown的形式输入，可以在R代码块使用 knitr::include_graphics() 具体可以见：和我的b站视频。 5.8.代码块的行号?

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    Rmarkdown使用及转换为R文件

    以下是R Markdown的一些主要特点和用途： 可嵌入R代码：在R Markdown文档中，你可以直接嵌入R代码块，并使用R语言进行数据处理、分析和可视化。...代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。...你可以根据需要选择适合的输出格式，并使用相应的R包和设置来生成最终的文档。 可嵌入文本和标记：除了R代码，你还可以在R Markdown文档中嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。...你可以使用Markdown或HTML标记语言来格式化文本和添加样式。 动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。...易于分享和发布：R Markdown文档可以轻松地分享和发布，无论是作为静态文档、动态应用程序还是网页。

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    1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总

    RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用cheatsheet下载，可以在公众号后台回复cheatsheet，获得包括rmarkdown在内的小抄。...默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...2.插入外部图形文件 如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一 使用Markdown语法!...方式二 在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。 ?...外部数据你可以不用markdown的形式输入，可以在R代码块使用 knitr::include_graphics() 具体可以见：和我的b站视频。 5.8.代码块的行号?

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    用 R Bookdown 做本书，上线

    Rmd 也即 R Markdown 和 Markdown 本质上都是标记语言 语言:Markdown 是一种轻量级的标记语言，用于编写格式化文本。...而 RMarkdown 是建立在 Markdown 基础之上的一种语言，旨在方便将文本和代码混合在同一个文件中。 用途:Markdown 主要用于编写格式化文本，如网页、文章、文档等。...而 RMarkdown 则专门设计用于数据分析与报告，允许在同一个文件中交织代码 (通常是 R 代码) 和文字说明。 代码执行:Markdown 无法直接执行代码，只能将代码块展示为格式化文本。...而 RMarkdown 可以执行嵌入的代码块，将结果动态渲染到文档中。这对于分析报告和可重复研究非常有用。 输出格式:Markdown 通常会被渲染为 HTML、PDF 等格式。...而 RMarkdown 主要由 R 生态圈中的工具支持，如 RStudio IDE。

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    如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件

    > dengfei ### 来干嘛 > 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html ### 来个例子 ```{r} example(plot) ``` 运行...结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题....">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力....当然, jupyter也可以对python, R, Julia进行markdown的转化, 包括代码和图表结果, 掌握markdown是每个数据分析师应该具备的技能....A最先发送的是pdf格式, 在发送中将文件取消, 不一会儿B同事收到了一个后缀为md的文件. md是markdown格式的后缀, 需要特定的软件转换后查看. 桥段2: ?

    6.4K31

    93-R分享06-Rmd的多种输出格式

    R Markdown文件(.Rmd)文件支持多种输出， 如网页(html_document)、MS Word(word_document)、PDF(pdf_document, 需要LaTeX编译器支持)...--- 对应以下网站： 出的md 文件如下： 这样，我就可以将Rmd 的内容输出成md，来发公众号啦。...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...接下来，将复制的带有图床的md，备份到本地一份，notion 上传一份，再公众号上传一份。 比如[[通过mac笔记应用MWeb设置七牛云图床并发布到语雀]]。mweb这个软件后面我也会介绍一下。...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件中设置外，还可以使用命令render特别设置： render("1-example.Rmd", output_format = "word_document

    2.3K20

    75-R分享02-用Rmd做简历

    )[5] 直接把项目下载到自己的目录： 一共四个文件： intro.md 介绍你自己的相关文本； positions.csv 描述你的学术、工作经历； aside.md 放置在边栏的信息，包括照片，联系方式...-8 一般就可以了： 接下来就是编辑这个文件的痛苦过程了： 其中关于自己的学术资料以及文章相关内容的获取，可以参见：[[74-R茶话会16-用scholar包展示谷歌学术档案]] [[27-获得自己的谷歌学术...，Y叔叔将其进行了一定的改善，并且提供了一个makefile 的执行脚本； ShixiangWang/pagedown-academic-cv-template: CSV and Markdown Driven...提供了一个带有检查与一定交互功能的R 脚本。 但还是存在少量的bug。...github.com)[11] 的脚本。

    97230

    80-R分享03-在Rmd中使用行内代码与参数化

    前言 在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南（中）]] 我们都提过，Rmd 的参数化功能非常的实用。...这里还结合Rmd 的文中使用代码的功能，来聊聊如何自动化执行脚本。 参数化 在[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]] 中我们提过Rmd 的头文件配置。...md行内代码 Rmd 比起普通的md 文件，除了可以通过代码块直接运行R 代码外，还可以通过行内代码调用变量，实现更加方便的自动化管理。...比如上例中yaml 头部创建的变量对象，就可以通过行内代码调用： 显示在输出结果中，就会输出group1,2 对应的值： 通过这样的参数化方法，我们可以直接对文档进行一次修改，甚至外部传递参数，实现更好的自动化处理...参考资料 [1]R Markdown 入门教程 | 统计之都 (cosx.org): https://cosx.org/2021/04/rmarkdown-introduction/ [2]12 Lesson

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    Jupyter或许并非理想的Notebook

    我得到的结论是： 为了产生高质量的测试代码，应该使用一流的 IDE 为了调试代码，应该使用可视调试工具 为了写报告，我对表达性标记语言更为满意（如 markdown、reST 及 LaTeX） 幸运的是...开发出生产就绪的代码 只要你想做一个实验，也就是说，写一个可以在你的数据上有所作为的方法，你就应该思考一下用法、极限案例等等。在一个单独的文件、文档和单元测试中来做。...Python 和 R 都支持这种快速测试。最好花十分钟时间写一下那些需要十小时调试错误输出的极限案例。 为了清楚起见，单元测试绝不能与定义方法的文件存在于同一个文件夹中。...这是我发现的目前为止最好用的 knitr 搬运包。也是一个完全支持 Python cell（或者Python和R的混合）的Rmarkdown。...Pweave作为外部工具配置 结论 这不是另一篇《为啥Jupyter notebook糟糕极了》（Why Jupyter notebooks suck ）的文章。

    70830

    Jupyter可能并非理想的Notebook

    我得到的结论是： 为了产生高质量的测试代码，应该使用一流的 IDE 为了调试代码，应该使用可视调试工具 为了写报告，我对表达性标记语言更为满意（如 markdown、reST 及 LaTeX） 幸运的是...开发出生产就绪的代码 只要你想做一个实验，也就是说，写一个可以在你的数据上有所作为的方法，你就应该思考一下用法、极限案例等等。在一个单独的文件、文档和单元测试中来做。...Python 和 R 都支持这种快速测试。最好花十分钟时间写一下那些需要十小时调试错误输出的极限案例。 为了清楚起见，单元测试绝不能与定义方法的文件存在于同一个文件夹中。...这是我发现的目前为止最好用的 knitr 搬运包。也是一个完全支持 Python cell（或者Python和R的混合）的Rmarkdown。...Pweave作为外部工具配置 结论 这不是另一篇《为啥Jupyter notebook糟糕极了》（Why Jupyter notebooks suck ）的文章。

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    R沟通｜制作个性化ppt！

    你可以分别使用R中的packageVersion（'rmarkdown'）和rmarkdown :: pandoc_version（）检查rmarkdown软件包和Pandoc的版本。...打开New File-R markdown，选择PowerPoint ? 新建一个ppt 建议先新建一个project，然后在这个项目中再生成对应的Rmarkdown文件。...你可以创建一个新的*.pptx文件模板，并用它作为参考文档(模板)。Pandoc将阅读模板中的样式，并将它们应用到从R Markdown创建的PowerPoint演示文稿中。...对于文献插入、代码输出大小、图片输出大小等，在这就不做太多介绍，具体可参考谢益辉的《R Markdown: The Definitive Guide》[1]，以后小编有空争取做一篇关于这些技巧的教程。...参考资料 [1] 《R Markdown: The Definitive Guide》: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

    1.3K31

    将rmd文件输出为含中文的pdf：踩过的坑及最终解决

    RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境图片Rmd输出过程首先R Markdown会将Rmd文件转化为一个名为...knitr的文档， knitr可以理解为一个由纯文本和代码交织在一起的文档，然后再将这个文档转化为一个新的Markdown文件（.md），最后由pandoc转化为任意指定的文档格式。...pandoc是一种标记语言转换工具，可以实现不同标记语言之间的转换。就这样，我们最终的数据分析报告得以呈现在大家面前。...包rticles包提供了适用于各类场景的rmd模板，安装以后便可以选择支持中文的模板，在rstudio菜单栏中依次选择file->new file->R Markdown，然后选择下图所示的模板。...输出PDF的设置1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总

    96610

    R文档沟通｜Dashboards入门（1）

    仪表盘的布局通常是基于网格搭建的，各个组件排列在各种大小的“盒子”中。 使用 flexdashboard 包，你可以 使用 R Markdown 将一组相关数据可视化作为指示盘进行发布。...嵌入各种各样的组件，包括 HTML 小部件、R 图形、表格数据和文本注释等内容。 可以指定按行或列进行布局(各组件会自动调整大小以填满浏览器，并且在移动设备上也十分适配)。...使用 File -> New File -> R Markdown 对话框在 RStudio 中创建文档，并选择 "Flex Dashboard" 模板(小编个人推荐)。界面如下所示： ?...注：如果你并没有使用 RStudio进行操作，那么你也可以从 R 控制台创建一个新的 flexdashboard R Markdown 文件，具体操作如下： rmarkdown::draft( "dashboard.Rmd...这一节稍微介绍下，之后我们会介绍一些 flexdashboard 的基本特性和用法。 最近有幸加入了Rmarkdown中文书写作及翻译的队伍中，这个包应该算是我任务中的一部分吧（初稿）。

    1.4K30

    R沟通｜Rmarkdown教程（3）

    默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中， 这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。...2.插入外部图形文件 如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它: 方法一 使用Markdown语法!...方式二 在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。 ?...外部表格输入 markdown格式 ? Typora格式 ? 2.

    2.8K20

    R沟通｜Bookdown中文书稿写作手册（上）

    在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...，通常是原始数据或统计分析的结果以表格形式展示出来，它们可能被多次在不同的章节中引用; 定理是浮动的, 这里定理是指与之相关的一大类，包括常用的定理、引理、推论、命题、例子等，它们在文中也会被反复引用;...Rmarkdown + Mathjax/TEXTEX Markdown作为一种轻量级的标记语言成为网页作为文字主要载体的互联网时代首先的写作工作，但它显然不适合数学与统计类论文或图书的撰写，但knitr...和pandoc的出现使不同风格的内容整合与转换成为可能，而不同风格的内容各有善长的工具实现，作为统计类专业论文或图书类文档主要的内容有： 文字， 由 markdown 完成 公式，由 TEXTEX 完成...Rmarkdown 视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】 R沟通｜Rmarkdown教程（4） R沟通｜Rmarkdown教程（3） R沟通

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    R沟通｜Rmarkdown教程（2）

    R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...选项框 在新建的markdown文件里，主要包含三块内容：1.YAML、2.markdown文本、3.代码块。 ?...2）markdown文本 markdown文本是rmarkdown里的主要内容(上图3位置)，由编辑人员按照markdown语法自行编写文本内容， 3）代码块 rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块...这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。...若未指定output_format格式，则输出rmarkdown文件中output指定的格式类型。 rmarkdown::render("test.Rmd") ? 命令行导出 4.

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