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    安捷伦芯片原始数据处理

    双通道芯片有时候实验设计挺复杂的,agilent的原始数据数据处理在中文互联网上也不算常见。...本文借助limma的帮助文档,完成一篇使用agilent双色表达分析,研究肺鳞癌早期肿瘤发生和免疫逃避机制的nature的原始数据处理和文章复现。...RG <- read.maimages(txt, source="agilent",green.only = F) 原始数据读进来是一个「RGList」对象,由limma包产生。...Description 一个基于列表的S4类,用于存储一批荧光斑点微阵列的红色和绿色通道前景和背景强度。RGList对象通常由read.maimages函数创建。...Description 一个简单的基于列表的类,用于存储一批芯片荧光点的M值和A值。MAList对象通常在标准化过程中由normalizewithinArrays或MA.RG函数创建。

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    aglient芯片原始数据处理

    以及 oligo包可以处理agilent芯片吗,这个作业难度非常高,不过我们生信技能树优秀讲师:小洁在繁重的授课压力下抽空整理了相关数据处理经验分享给大家,下面看她的表演: 本文讲的是aglient芯片原始数据的处理...GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下它的原始数据。aglient的芯片应用也很广泛,举个OSCC的栗子:GSE23558,跟着学习学习。...HealthyControl"),"normal","tumor") group_list <- factor(group_list, levels=c("normal","tumor")) 1.2 读取原始数据...这个原始数据下载,在GEO主页,可能对大家的网络有一点点要求,可以参考:下载GEO数据太慢?

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    illumina磁珠芯片原始数据处理

    LumiBatch类的结构如下所示,它在ExpressionSet类的基础上延伸出了三个元素:在assayData槽下的:se.exprs, beadNum 和 detection,用于存储illumina...lumiR 通过智能读取所有版本的 Illumina BeadStudio 软件的原始数据来初始化 LumiBatch 对象,并且 lumiR.batch 方法旨在读取一批数据文件。...总之,lumi 包提供了LumiBatch类的基础框架和相关方法来构建 Illumina 从原始数据开始到功能分析的工作流程。...三、 以GSE67936为例的原始数据处理 可以看到是illumina磁珠的表达量芯片,一共有168个样品。...Supplementary files 中有一个RAW原始数据的压缩包和一个non-normalized为标准化数据的压缩包。这个示例数据中的RAW.tar不可用,存储的平台的注释信息。

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